188 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_2447 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_2375  ribonuclease T  100 
 
 		 222 aa  456  1e-127  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000351163  normal  0.329752 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2447  ribonuclease T  100 
 
 		 222 aa  456  1e-127  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000116461  normal  0.258904 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2540  ribonuclease T  98.65 
 
 		 222 aa  450  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000100926  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2755  ribonuclease T  96.4 
 
 		 222 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1778  ribonuclease T  93.24 
 
 		 223 aa  427  1e-119  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000746493  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1735  ribonuclease T  92.79 
 
 		 223 aa  426  1e-118  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000754481  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1739  ribonuclease T  94.44 
 
 		 223 aa  423  1e-117  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000763816  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2545  ribonuclease T  94.44 
 
 		 223 aa  423  1e-117  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000125683  hitchhiker  0.0000000175262 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1600  ribonuclease T  91.96 
 
 		 224 aa  404  1.0000000000000001e-112  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000738709  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1850  ribonuclease T  87.91 
 
 		 223 aa  392  1e-108  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000591528  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2739  ribonuclease T  86.18 
 
 		 222 aa  392  1e-108  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000161836  hitchhiker  0.000451945 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1520  ribonuclease T  84.23 
 
 		 257 aa  383  1e-106  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0577175  normal  0.681349 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2571  ribonuclease T  83.56 
 
 		 232 aa  381  1e-105  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000796721  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1397  ribonuclease T  84.62 
 
 		 226 aa  383  1e-105  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000120149  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1456  ribonuclease T  83.26 
 
 		 221 aa  379  1e-104  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.527776  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2093  ribonuclease T  81.28 
 
 		 258 aa  378  1e-104  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000154544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1759  ribonuclease T  71.76 
 
 		 215 aa  318  3.9999999999999996e-86  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000523182  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1868  ribonuclease T  71.76 
 
 		 226 aa  318  5e-86  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.216303  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1719  ribonuclease T  69.55 
 
 		 226 aa  318  6e-86  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00130888  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2568  ribonuclease T  71.7 
 
 		 226 aa  317  9e-86  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000324213  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2385  ribonuclease T  67.71 
 
 		 223 aa  314  6e-85  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0167921  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2199  ribonuclease T  70.33 
 
 		 226 aa  313  9e-85  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.595371  hitchhiker  0.00000581969 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2669  ribonuclease T  67.71 
 
 		 223 aa  313  9.999999999999999e-85  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0134256  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002938  ribonuclease T  71.09 
 
 		 214 aa  312  1.9999999999999998e-84  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000394372  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1687  ribonuclease T  70.23 
 
 		 225 aa  311  6.999999999999999e-84  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1794  ribonuclease T  69.86 
 
 		 224 aa  308  4e-83  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.109049  normal  0.0279286 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1988  ribonuclease T  70.09 
 
 		 215 aa  307  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000048723  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3473  ribonuclease T  69.52 
 
 		 231 aa  306  1.0000000000000001e-82  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01622  ribonuclease T  70.09 
 
 		 215 aa  306  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0540348  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1977  ribonuclease T  70.09 
 
 		 215 aa  306  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.170755  hitchhiker  0.00113879 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1546  ribonuclease T  70.09 
 
 		 215 aa  306  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.49714  normal  0.657229 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1729  ribonuclease T  70.09 
 
 		 215 aa  306  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1844  ribonuclease T  70.09 
 
 		 215 aa  306  2.0000000000000002e-82  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01612  hypothetical protein  70.09 
 
 		 215 aa  306  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0578049  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0527  ribonuclease T  71.09 
 
 		 243 aa  306  2.0000000000000002e-82  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000101499  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2364  ribonuclease T  70.09 
 
 		 215 aa  306  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.087389  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1863  ribonuclease T  70.09 
 
 		 215 aa  306  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.135732  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02991  ribonuclease T  70.62 
 
 		 214 aa  305  4.0000000000000004e-82  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1544  ribonuclease T  69.38 
 
 		 215 aa  304  9.000000000000001e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.554445  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1604  ribonuclease T  69.38 
 
 		 215 aa  303  1.0000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1740  ribonuclease T  69.38 
 
 		 215 aa  303  1.0000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00194443  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1909  ribonuclease T  69.38 
 
 		 215 aa  303  1.0000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1531  ribonuclease T  69.38 
 
 		 215 aa  303  1.0000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.81711  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1862  ribonuclease T  67.28 
 
 		 221 aa  297  7e-80  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.31939  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0085  ribonuclease T  66.18 
 
 		 218 aa  291  4e-78  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.169544  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02742  ribonuclease T  66 
 
 		 210 aa  291  5e-78  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2450  ribonuclease T  66.34 
 
 		 207 aa  290  8e-78  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.299626  normal  0.086285 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0501  ribonuclease T  65.05 
 
 		 218 aa  285  2.9999999999999996e-76  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1399  ribonuclease T  63.32 
 
 		 211 aa  278  6e-74  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0415119  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1531  ribonuclease T  62.56 
 
 		 222 aa  271  4.0000000000000004e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.197134  normal  0.241323 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2506  ribonuclease T  63.16 
 
 		 221 aa  270  1e-71  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1619  ribonuclease T  63.64 
 
 		 224 aa  270  2e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.79735  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14060  ribonuclease T  63.64 
 
 		 202 aa  268  5e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18700  ribonuclease T  63.64 
 
 		 224 aa  268  5e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.145132 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4520  ribonuclease T  64.62 
 
 		 224 aa  268  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.02449 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1391  ribonuclease T  65.64 
 
 		 224 aa  268  7e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.396287 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3895  ribonuclease T  64.1 
 
 		 225 aa  264  7e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.525441 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1085  ribonuclease T  62.63 
 
 		 203 aa  261  4.999999999999999e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.106932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2429  ribonuclease T  62.44 
 
 		 231 aa  261  4.999999999999999e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.759564  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1126  ribonuclease T  62.63 
 
 		 224 aa  261  4.999999999999999e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4158  ribonuclease T  63.59 
 
 		 225 aa  261  6e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1114  ribonuclease T  62.12 
 
 		 224 aa  261  6e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2128  ribonuclease T  58.82 
 
 		 221 aa  259  2e-68  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.714224  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4327  ribonuclease T  62.12 
 
 		 224 aa  259  3e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2458  ribonuclease T  53.73 
 
 		 216 aa  239  2.9999999999999997e-62  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.802877  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2268  ribonuclease T  51.98 
 
 		 216 aa  234  8e-61  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.862019  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1633  ribonuclease T  55.22 
 
 		 239 aa  229  3e-59  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  0.00000000000000360038  hitchhiker  0.000696557 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1866  ribonuclease T  54.23 
 
 		 246 aa  226  3e-58  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00131644  normal  0.0390394 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0597  ribonuclease T  55.96 
 
 		 207 aa  221  4.9999999999999996e-57  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0238382  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1661  ribonuclease T  55.28 
 
 		 274 aa  218  6e-56  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000109903  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2077  ribonuclease T  52.5 
 
 		 209 aa  216  2e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3036  ribonuclease T  52.26 
 
 		 207 aa  215  5e-55  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0728  ribonuclease T  52 
 
 		 226 aa  215  5e-55  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2894  ribonuclease T  51.76 
 
 		 207 aa  213  9.999999999999999e-55  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0350  ribonuclease T  47.74 
 
 		 228 aa  209  4e-53  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.42903 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1302  ribonuclease T  52.08 
 
 		 194 aa  202  4e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.290543 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0251  ribonuclease T  56.25 
 
 		 201 aa  201  7e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0427  ribonuclease T  56.25 
 
 		 201 aa  201  7e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0923721  hitchhiker  0.000000000415989 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0300  ribonuclease T  50.26 
 
 		 224 aa  195  4.0000000000000005e-49  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0645  ribonuclease T  48.48 
 
 		 241 aa  186  3e-46  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.677543  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1351  ribonuclease T  46.57 
 
 		 210 aa  184  6e-46  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0135397  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1287  ribonuclease T  46.57 
 
 		 210 aa  184  7e-46  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00538  ribonuclease T  47.92 
 
 		 211 aa  184  1.0000000000000001e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0528077  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3213  DNA polymerase III subunit epsilon  30.88 
 
 		 242 aa  62  0.000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0006  DNA polymerase III subunit epsilon  30.22 
 
 		 236 aa  60.5  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0849  DNA polymerase III subunit epsilon  30.43 
 
 		 231 aa  59.3  0.00000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.577786  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3482  DNA polymerase III subunit epsilon  26.73 
 
 		 242 aa  58.2  0.0000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4265  DNA polymerase III subunit epsilon  28.02 
 
 		 240 aa  57  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.434115 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  29.69 
 
 		 1440 aa  55.8  0.0000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3939  DNA polymerase III subunit epsilon  26.92 
 
 		 245 aa  55.5  0.0000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.945097  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2006  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.35 
 
 		 233 aa  55.1  0.0000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.473172  decreased coverage  0.00101697 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0831  DNA polymerase III PolC  27.42 
 
 		 1436 aa  54.7  0.000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0685824  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1806  DNA polymerase III, alpha subunit  26.5 
 
 		 1402 aa  54.3  0.000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1751  DNA polymerase III subunit epsilon  28.79 
 
 		 242 aa  54.3  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2071  DNA polymerase III subunit epsilon  27.18 
 
 		 234 aa  53.9  0.000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4426  DNA polymerase III subunit epsilon  29.05 
 
 		 244 aa  53.9  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000436585  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2073  DNA polymerase III subunit epsilon  28.28 
 
 		 242 aa  53.9  0.000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.466344  normal  0.632153 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1324  DNA polymerase III PolC  29.57 
 
 		 1438 aa  53.9  0.000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1991  DNA polymerase III subunit epsilon  27.18 
 
 		 234 aa  53.9  0.000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1350  DNA polymerase III PolC  29.57 
 
 		 1438 aa  53.9  0.000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>