150 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_2158 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_1819  hydrogenase expression/formation protein  100 
 
 
192 aa  394  1e-109  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2158  hydrogenase expression/formation protein  100 
 
 
192 aa  394  1e-109  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.6852  normal  0.309785 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1877  hydrogenase expression/formation protein  100 
 
 
192 aa  394  1e-109  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2096  hydrogenase expression/formation protein  93.75 
 
 
192 aa  375  1e-103  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2091  hydrogenase expression/formation protein  90.62 
 
 
187 aa  355  1.9999999999999998e-97  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.910871  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1912  hydrogenase expression/formation protein  93.51 
 
 
185 aa  343  7e-94  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.816191  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1919  hydrogenase expression/formation protein  93.51 
 
 
185 aa  343  7e-94  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2407  hydrogenase expression/formation protein  93.51 
 
 
185 aa  342  2e-93  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.132093  hitchhiker  0.000269982 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1886  hydrogenase expression/formation protein  92.43 
 
 
185 aa  342  2.9999999999999997e-93  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2030  hydrogenase expression/formation protein  82.51 
 
 
185 aa  313  8e-85  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.468392  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1762  hydrogenase expression/formation protein  80.98 
 
 
187 aa  312  1.9999999999999998e-84  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1905  hydrogenase expression/formation protein  80.87 
 
 
185 aa  309  2e-83  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0136333 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2106  hydrogenase maturation protease  74.01 
 
 
184 aa  280  1e-74  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1676  hydrogenase expression/formation protein  70.65 
 
 
185 aa  273  8e-73  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.903036 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0937  hydrogenase maturation protease HydD  51.41 
 
 
179 aa  207  6e-53  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.353395  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0098  hydrogenase maturation protease HydD  50.28 
 
 
180 aa  202  2e-51  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0404839  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1103  hydrogenase maturation protease  52.87 
 
 
179 aa  198  3.9999999999999996e-50  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1900  hydrogenase maturation protease superfamily  45.81 
 
 
179 aa  184  8e-46  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1400  hydrogenase maturation protease HydD  47.73 
 
 
178 aa  181  8.000000000000001e-45  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1433  peptidase M52, hydrogenase expression/formation protein  47.22 
 
 
181 aa  179  2e-44  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.50886  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0715  Ni/Fe hydrogenase, expression/formation protein  45.45 
 
 
177 aa  179  2e-44  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.930335  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1280  hydrogenase maturation protease HydD  47.73 
 
 
178 aa  179  2.9999999999999997e-44  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00834079  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0462  hydrogenase maturation protease HydD  46.59 
 
 
178 aa  176  2e-43  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00000346095  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0864  hydrogenase maturation protease HydD  45.22 
 
 
181 aa  163  2.0000000000000002e-39  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0765  hydrogenase expression/formation protein  34.59 
 
 
161 aa  107  1e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2951  hydrogenase expression/formation protein  34.32 
 
 
170 aa  104  9e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.585714 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0267  hydrogenase expression/formation protein  34.97 
 
 
165 aa  103  2e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.312911  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2036  peptidase M52, hydrogen uptake protein  32.5 
 
 
190 aa  97.4  1e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2740  hydrogenase maturation protease  35.85 
 
 
164 aa  95.9  3e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000112894  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1037  hydrogenase expression/formation protein  32.72 
 
 
161 aa  94.4  1e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0456714  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1244  hydrogenase expression/formation protein  34.19 
 
 
165 aa  92.4  3e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.791163  normal  0.298279 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2139  hydrogenase expression/formation protein  34.19 
 
 
165 aa  92.4  4e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0269  hydrogenase expression/formation protein  32.9 
 
 
168 aa  88.6  5e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0820491 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0786  hydrogenase maturation protease  34.81 
 
 
160 aa  79.7  0.00000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.177407  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3393  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  34 
 
 
164 aa  79.7  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.441153 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3494  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  34 
 
 
164 aa  79.7  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.627392  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0272  hydrogenase maturation protease  35.46 
 
 
159 aa  80.1  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.268401 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2530  hydrogenase expression/formation protein  35.9 
 
 
169 aa  79.3  0.00000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.780336  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3319  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  34 
 
 
164 aa  79.7  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00237916  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3399  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  34 
 
 
164 aa  79.7  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3328  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  34 
 
 
164 aa  79.7  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.581349  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0542  hydrogenase expression/formation protein  33.13 
 
 
169 aa  78.6  0.00000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.995345  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4305  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  33.33 
 
 
164 aa  77.4  0.0000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.227122  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3462  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  33.33 
 
 
164 aa  77.4  0.0000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1153  hydrogenase expression/formation protein  34.21 
 
 
218 aa  77.4  0.0000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.838065  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02869  predicted maturation element for hydrogenase 2  33.33 
 
 
164 aa  76.6  0.0000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0703  hydrogenase expression/formation protein  33.33 
 
 
164 aa  77  0.0000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02818  hypothetical protein  33.33 
 
 
164 aa  76.6  0.0000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2322  hydrogenase expression/formation protein  30.63 
 
 
166 aa  76.3  0.0000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.659738  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3173  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  33.33 
 
 
164 aa  77  0.0000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0700  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  33.33 
 
 
164 aa  77  0.0000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3279  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  33.33 
 
 
164 aa  77  0.0000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3420  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  33.33 
 
 
164 aa  76.6  0.0000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1414  hydrogenase expression/formation protein  32.3 
 
 
166 aa  75.5  0.0000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0162  hydrogenase expression/formation protein  29.57 
 
 
201 aa  74.3  0.0000000000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.793155  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3970  HybD peptidase  33.33 
 
 
159 aa  74.3  0.000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0335  hydrogenase expression/formation protein  31.21 
 
 
191 aa  72.8  0.000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00352637  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0148  hydrogenase maturation protease  32.91 
 
 
161 aa  72.8  0.000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2136  peptidase M52, hydrogen uptake protein  32.33 
 
 
156 aa  72.4  0.000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3372  hypothetical protein  30.9 
 
 
206 aa  72.4  0.000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.288217  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1947  hydrogenase maturation protease  37.69 
 
 
166 aa  71.2  0.000000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1968  hydrogenase maturation protease  28.91 
 
 
155 aa  71.2  0.000000000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0051  hydrogenase maturation protease  30.67 
 
 
166 aa  70.1  0.00000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0212564  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3145  hydrogenase expression/formation protein  30.19 
 
 
159 aa  70.5  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00208925  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11780  hydrogenase maturation protease  27.33 
 
 
179 aa  70.1  0.00000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0353355 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3281  hydrogenase maturation protease  35.2 
 
 
158 aa  69.3  0.00000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1280  hydrogenase maturation protease  28.12 
 
 
166 aa  69.3  0.00000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.172644  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2879  hydrogenase maturation protease  35.2 
 
 
158 aa  69.3  0.00000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.980378 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2053  hydrogenase maturation protease  33.55 
 
 
152 aa  69.7  0.00000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.52965  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2150  hydrogenase expression/formation protein  30.57 
 
 
206 aa  68.6  0.00000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.133093  normal  0.20367 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0499  HyaD peptidase  29.69 
 
 
206 aa  68.2  0.00000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3986  HyaD peptidase  31.35 
 
 
204 aa  67  0.0000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1635  hydrogenase expression/formation protein  29.52 
 
 
202 aa  67.4  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3909  hydrogenase maturation protease  31.65 
 
 
168 aa  67.4  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1707  hydrogenase expression/formation protein  29.52 
 
 
202 aa  67  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.460815  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3101  hydrogenase expression/formation protein  31.21 
 
 
222 aa  67  0.0000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1247  hydrogenase maturation protease  28.87 
 
 
156 aa  67  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.188771 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2176  hydrogenase expression/formation protein  32.39 
 
 
208 aa  66.6  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0123485  normal  0.201269 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1800  hydrogenase expression/formation protein  29.52 
 
 
202 aa  66.6  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.16559  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7262  hydrogenase expression/formation protein  32.62 
 
 
214 aa  67  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.356245 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50560  hydrogenase expression/formation protein, HoxM  33.12 
 
 
207 aa  66.6  0.0000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00480221  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1640  hydrogenase expression/formation protein  29.52 
 
 
202 aa  66.6  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1648  hydrogenase expression/formation protein  29.52 
 
 
202 aa  66.6  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0173  hydrogenase maturation protease  33.1 
 
 
170 aa  65.9  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4092  peptidase M52, hydrogen uptake protein  29.56 
 
 
174 aa  65.5  0.0000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0783921  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1165  hydrogenase expression/formation protein  29.26 
 
 
203 aa  64.3  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.464172  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1293  HyaD peptidase  27.72 
 
 
221 aa  64.3  0.000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000175592  normal  0.533116 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3135  hydrogenase maturation protease  29.45 
 
 
159 aa  63.9  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1999  hydrogenase maturation  30.91 
 
 
195 aa  63.2  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.116789  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3329  peptidase M52, hydrogenase maturation peptidase  31.85 
 
 
172 aa  63.2  0.000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1127  hydrogenase maturation protease  28.83 
 
 
159 aa  62.8  0.000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0380  hydrogenase maturation protease  25.3 
 
 
176 aa  62.8  0.000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1090  hydrogenase 1 maturation protease  25.95 
 
 
195 aa  63.2  0.000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0557672  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1859  hydrogenase maturation protease  32.39 
 
 
194 aa  62.4  0.000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0522  hydrogenase maturation protease  29.27 
 
 
177 aa  62  0.000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1157  hydrogenase expression/formation protein  31.16 
 
 
195 aa  61.6  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.486513  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_119  Ni/Fe hydrogenase maturation protease  30.26 
 
 
160 aa  59.7  0.00000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0834  hydrogenase maturation protease  28.49 
 
 
177 aa  59.3  0.00000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.850937  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1449  peptidase M52, hydrogen uptake protein  30.22 
 
 
158 aa  59.3  0.00000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.230112  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1971  hydrogenase expression/formation protein  29.03 
 
 
223 aa  58.9  0.00000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.814536  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>