More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_2115 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008577  Shewana3_1918  outer membrane efflux protein  93.05 
 
 
489 aa  909    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.812724 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2115  RND efflux system outer membrane lipoprotein  100 
 
 
489 aa  995    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.308485  normal  0.0233457 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1863  RND efflux system outer membrane lipoprotein  99.8 
 
 
489 aa  993    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0805796 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3212  putative outer membrane protein  50 
 
 
494 aa  476  1e-133  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000656  putative outer membrane protein  50.41 
 
 
500 aa  476  1e-133  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2924  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.92 
 
 
511 aa  234  3e-60  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1155  MFS efflux system, outer membrane porin  34.44 
 
 
511 aa  231  3e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0159689  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  32.77 
 
 
503 aa  228  2e-58  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2657  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.03 
 
 
473 aa  227  3e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0121184  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2179  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.33 
 
 
462 aa  224  4e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.159854  normal  0.0708517 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2969  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.64 
 
 
465 aa  216  9e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.678758  normal  0.17281 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3427  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.37 
 
 
471 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0491334  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2509  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.83 
 
 
471 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.293505  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2335  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.37 
 
 
471 aa  214  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6200  multidrug efflux system outer membrane subunit  31.98 
 
 
504 aa  213  4.9999999999999996e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.584656  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0699  hypothetical protein  29.14 
 
 
489 aa  213  7e-54  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1362  outer membrane efflux family protein  32.72 
 
 
558 aa  212  1e-53  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3101  outer membrane efflux protein  31.98 
 
 
465 aa  211  3e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00986507  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4575  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.17 
 
 
483 aa  211  3e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0719  hypothetical protein  29.14 
 
 
479 aa  211  3e-53  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2616  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.03 
 
 
501 aa  211  3e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1872  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.02 
 
 
509 aa  210  6e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0874  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.88 
 
 
483 aa  209  9e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2340  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.38 
 
 
502 aa  208  2e-52  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4452  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.95 
 
 
484 aa  208  2e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0511722  normal  0.669116 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1273  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.74 
 
 
484 aa  207  3e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0681573  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0783  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.65 
 
 
493 aa  207  3e-52  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.436637  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2809  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.72 
 
 
497 aa  207  4e-52  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2446  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.04 
 
 
471 aa  207  4e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.177234  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  31.69 
 
 
479 aa  205  1e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1570  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.2 
 
 
473 aa  204  3e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2159  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.41 
 
 
529 aa  201  1.9999999999999998e-50  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1914  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.01 
 
 
531 aa  199  7.999999999999999e-50  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000272629  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2318  outer membrane protein  30.67 
 
 
479 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510391  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0447  Fis family transcriptional regulator  31.7 
 
 
512 aa  196  9e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.818927 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6853  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.26 
 
 
491 aa  194  3e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.851364 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0814  outer membrane protein  29.67 
 
 
479 aa  193  6e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2193  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.75 
 
 
495 aa  193  8e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0126086  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1397  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.98 
 
 
483 aa  191  2e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0470639  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.14 
 
 
489 aa  191  4e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1101  outer membrane protein  28.89 
 
 
470 aa  191  4e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3581  outer membrane protein OprN precursor  31.71 
 
 
499 aa  190  5.999999999999999e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2743  outer membrane protein OprN precursor  31.33 
 
 
472 aa  189  7e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32380  multidrug efflux outer membrane protein OprN precursor  31.6 
 
 
472 aa  189  7e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0450823  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2502  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.52 
 
 
533 aa  189  9e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.568762  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1811  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.57 
 
 
507 aa  189  1e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3923  outer membrane efflux protein  30.67 
 
 
569 aa  188  2e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.19723 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1818  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.44 
 
 
482 aa  187  3e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.332659  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0144  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.75 
 
 
483 aa  187  3e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.16245  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3793  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.29 
 
 
495 aa  187  4e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.351966 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3274  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.46 
 
 
495 aa  187  5e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2638  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.57 
 
 
505 aa  185  1.0000000000000001e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.544022  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3709  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.81 
 
 
485 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1666  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.18 
 
 
546 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.13133 
 
 
-
 
NC_003296  RS02156  putative outer membrane drug efflux lipoprotein  31.28 
 
 
483 aa  184  3e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.910807 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1086  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.98 
 
 
482 aa  184  3e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.981132  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4072  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  28.13 
 
 
464 aa  184  3e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.153495 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1085  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.79 
 
 
486 aa  184  4.0000000000000006e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.377293  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4998  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.11 
 
 
515 aa  183  7e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.599541  normal  0.824643 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2663  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.02 
 
 
496 aa  182  8.000000000000001e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1557  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.86 
 
 
495 aa  182  8.000000000000001e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.275301  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1695  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.02 
 
 
512 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0284  outer membrane efflux family protein  28.18 
 
 
518 aa  182  1e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.552621  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1994  outer membrane efflux protein  31.13 
 
 
495 aa  182  1e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.184092  normal  0.0261874 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2127  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.02 
 
 
513 aa  182  1e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.58 
 
 
495 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.624231 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3628  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.58 
 
 
495 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.399788  normal  0.615306 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2240  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.65 
 
 
518 aa  181  2e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1702  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  27.66 
 
 
521 aa  181  2e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4467  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.58 
 
 
495 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.419427  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2670  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.6 
 
 
532 aa  181  2.9999999999999997e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0133401  normal  0.268883 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3932  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.3 
 
 
491 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5656  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.64 
 
 
501 aa  181  2.9999999999999997e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.162521  normal  0.0223313 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5539  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.63 
 
 
503 aa  179  7e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.541532  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3378  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.08 
 
 
470 aa  179  8e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.469197 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1325  major facilitator superfamily efflux pump outer membrane lipoprotein  29.24 
 
 
547 aa  179  9e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.324666  normal  0.0263416 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4744  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.63 
 
 
503 aa  179  9e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.918566  hitchhiker  0.00837312 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3623  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.63 
 
 
503 aa  179  9e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.392647  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0143  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.3 
 
 
541 aa  179  1e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.302016 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0400  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  28.6 
 
 
494 aa  178  2e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2426  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.64 
 
 
487 aa  178  2e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.335348  normal  0.737188 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1620  Outer membrane protein  31.47 
 
 
565 aa  177  3e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.92 
 
 
482 aa  177  3e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.328582  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6272  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.27 
 
 
558 aa  177  5e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.397121 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46400  Outer membrane protein  29.81 
 
 
479 aa  176  6e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6156  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.48 
 
 
560 aa  176  8e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0572523 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1195  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.55 
 
 
482 aa  176  8e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000171892  normal  0.38657 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0412  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.83 
 
 
477 aa  176  8e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1641  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  31.29 
 
 
569 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1798  hypothetical protein  31.29 
 
 
569 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2564  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.88 
 
 
495 aa  175  9.999999999999999e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.248386  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6520  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.28 
 
 
500 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.128206 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4314  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31 
 
 
502 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.488327 
 
 
-
 
NC_003296  RS00901  multidrug resistance efflux pump protein  34.32 
 
 
495 aa  174  2.9999999999999996e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.707111 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4009  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.96 
 
 
486 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0874069  normal  0.0174443 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5103  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.57 
 
 
502 aa  174  2.9999999999999996e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2035  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.76 
 
 
486 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.152355  normal  0.152355 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2436  hypothetical protein  29.29 
 
 
520 aa  174  3.9999999999999995e-42  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.63 
 
 
496 aa  173  5e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.63 
 
 
496 aa  173  5e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>