More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_2074 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008322  Shewmr7_2074  two component transcriptional regulator  100 
 
 
226 aa  464  9.999999999999999e-131  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00164535  hitchhiker  0.00140528 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1904  two component transcriptional regulator  99.56 
 
 
226 aa  463  1e-129  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00970528  hitchhiker  0.0000356769 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1959  two component transcriptional regulator  92.92 
 
 
226 aa  435  1e-121  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.400986  normal  0.283843 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2426  DNA-binding response regulator  88.11 
 
 
237 aa  414  9.999999999999999e-116  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1941  two component transcriptional regulator  75.22 
 
 
236 aa  357  6e-98  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2046  two component transcriptional regulator, winged helix family  74.78 
 
 
226 aa  355  3.9999999999999996e-97  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.095715  hitchhiker  0.000000000691151 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2301  two component transcriptional regulator  74.34 
 
 
226 aa  355  5e-97  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00729091  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2416  two component transcriptional regulator  73.89 
 
 
226 aa  351  5.9999999999999994e-96  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.134995  hitchhiker  0.000110965 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2050  two component transcriptional regulator  73.89 
 
 
226 aa  349  2e-95  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2316  response regulator receiver protein  62.83 
 
 
226 aa  292  3e-78  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000147543  hitchhiker  0.000888492 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2294  two component transcriptional regulator  61.95 
 
 
226 aa  279  2e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000876575  normal  0.575243 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1718  response regulator receiver protein  60.18 
 
 
224 aa  268  5e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0955826  normal  0.0525727 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1936  two component transcriptional regulator  54.46 
 
 
226 aa  246  3e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0482001  normal  0.0104585 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2150  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  50.73 
 
 
220 aa  207  1e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.175243  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2236  two component transcriptional regulator  50 
 
 
227 aa  196  2.0000000000000003e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000435819  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1906  transcriptional regulatory protein-like protein  41.56 
 
 
248 aa  166  4e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00141074  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1750  transcriptional regulatory protein CpxR  38.86 
 
 
242 aa  158  8e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000216865  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1603  transcriptional regulatory protein CpxR  38.77 
 
 
226 aa  155  4e-37  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2625  two component transcriptional regulator  39.91 
 
 
232 aa  155  6e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  unclonable  0.00000000000561273 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1393  transcriptional regulatory protein CpxR  38.33 
 
 
226 aa  154  9e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6145  two component response regulator  38.43 
 
 
229 aa  153  2e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4066  two component transcriptional regulator  37.44 
 
 
253 aa  153  2e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.945155 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1651  winged helix family two component transcriptional regulator  37.44 
 
 
272 aa  152  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.514526  normal  0.527007 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4460  two component transcriptional regulator  38.77 
 
 
230 aa  152  2.9999999999999998e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.94443  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0311  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  38.84 
 
 
228 aa  152  2.9999999999999998e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00012342  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1213  two component transcriptional regulator  38.1 
 
 
252 aa  152  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1253  two component transcriptional regulator  37 
 
 
253 aa  150  1e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.85938  hitchhiker  0.000294124 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000851  probable transcriptional regulator SyrB  39.04 
 
 
221 aa  150  2e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00675785  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4508  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.22 
 
 
231 aa  150  2e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06763  transcriptional regulatory protein CpxR  38.6 
 
 
221 aa  150  2e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3432  response regulator receiver protein  37.17 
 
 
228 aa  150  2e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000345172  normal  0.351937 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4657  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.84 
 
 
240 aa  148  7e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3920  two component transcriptional regulator  34.38 
 
 
232 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.175599  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3962  two-component response regulator PfeR  40.62 
 
 
240 aa  146  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3461  response regulator receiver  37.5 
 
 
226 aa  146  2.0000000000000003e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00149  transcriptional regulator CpxR  38.84 
 
 
229 aa  147  2.0000000000000003e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0558  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.28 
 
 
237 aa  145  4.0000000000000006e-34  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0822  response regulator receiver  37.95 
 
 
241 aa  145  5e-34  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0530683  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1841  two component transcriptional regulator  37.84 
 
 
216 aa  145  7.0000000000000006e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0207334  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0785  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.33 
 
 
235 aa  144  8.000000000000001e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2264  transcriptional regulator CpxR  39.38 
 
 
228 aa  144  1e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000005667  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2937  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.33 
 
 
243 aa  144  1e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3846  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.12 
 
 
222 aa  143  2e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4562  two component transcriptional regulator  37.33 
 
 
247 aa  143  2e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.488322  normal  0.0982939 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4284  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.56 
 
 
227 aa  143  2e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3686  response regulator receiver  37.05 
 
 
233 aa  143  2e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1606  two component transcriptional regulator  34.36 
 
 
230 aa  143  2e-33  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.307098  normal  0.688459 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0676  two comoponent transcriptional regulator  35.59 
 
 
231 aa  142  3e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000000021656  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4221  two component transcriptional regulator  36.12 
 
 
240 aa  142  3e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.430301  normal  0.246318 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3061  two component transcriptional regulator  35.4 
 
 
229 aa  142  3e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.296421  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1750  two component transcriptional regulator  35.4 
 
 
234 aa  142  5e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31480  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  34.06 
 
 
239 aa  142  5e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  hitchhiker  0.00376265  normal  0.556858 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13280  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.84 
 
 
227 aa  142  5e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536961  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1784  alkaline phosphatase synthesis transcriptional regulatory protein  35.4 
 
 
234 aa  142  5e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.561076  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0539  DNA-binding response regulator PhoP  37.93 
 
 
239 aa  141  7e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000130788 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4699  DNA-binding response regulator PhoP  37.93 
 
 
239 aa  141  7e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002219  copper-sensing two-component system response regulator CpxR  37.5 
 
 
229 aa  141  7e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000572967  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1449  two component transcriptional regulator  34.07 
 
 
246 aa  141  7e-33  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.566781  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1256  alkaline phosphatase synthesis transcriptional regulatory protein PhoP  36.96 
 
 
236 aa  141  8e-33  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.577358  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4021  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.24 
 
 
235 aa  141  8e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4720  DNA-binding response regulator PhoP  37.93 
 
 
239 aa  141  9e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4484  DNA-binding response regulator PhoP  37.93 
 
 
239 aa  141  9e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4319  alkaline phosphatase synthesis response regulator  37.93 
 
 
239 aa  141  9e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4330  alkaline phosphatase synthesis response regulator  37.93 
 
 
239 aa  141  9e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4704  DNA-binding response regulator PhoP  37.93 
 
 
239 aa  141  9e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000673192 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4833  DNA-binding response regulator PhoP  37.93 
 
 
239 aa  141  9e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0982965  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4714  DNA-binding response regulator PhoP  37.93 
 
 
239 aa  141  9e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2279  DNA-binding response regulator  37.23 
 
 
238 aa  140  9.999999999999999e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0165  two component transcriptional regulator  39.73 
 
 
243 aa  140  9.999999999999999e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0174  two component transcriptional regulator  39.73 
 
 
243 aa  140  9.999999999999999e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.947413  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1333  response regulator receiver protein  36.12 
 
 
222 aa  140  9.999999999999999e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.40527  normal  0.1595 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0155  two component transcriptional regulator  39.73 
 
 
243 aa  140  9.999999999999999e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0636837 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2549  response regulator receiver  35.24 
 
 
222 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2277  two component transcriptional regulator  35.4 
 
 
248 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.113906  normal  0.0109188 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0279  two component transcriptional regulator  38.84 
 
 
227 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000622263  unclonable  0.000000000101633 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7488  two component response regulator  36.28 
 
 
228 aa  140  1.9999999999999998e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.461205  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2797  transcriptional regulator, CpxR  41.23 
 
 
227 aa  140  1.9999999999999998e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.0000288823  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0794  two component transcriptional regulator  34.78 
 
 
232 aa  139  3e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.665518  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4419  two component transcriptional regulator  37.02 
 
 
239 aa  139  3e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0707  winged helix family two component transcriptional regulator  36.12 
 
 
222 aa  139  3e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0319  two component transcriptional regulator  35.84 
 
 
223 aa  139  3e-32  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000369721  hitchhiker  0.00000000968682 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0191  two component transcriptional regulator  39.21 
 
 
244 aa  139  3e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4064  two component transcriptional regulator  35.71 
 
 
233 aa  139  3e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.98903  normal  0.0666639 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0804  two component transcriptional regulator  37.89 
 
 
236 aa  139  4.999999999999999e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.324741  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0415  two component transcriptional regulator  36.21 
 
 
231 aa  139  4.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.777838 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0579  two component transcriptional regulator  36.84 
 
 
230 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04130  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  34.82 
 
 
236 aa  139  4.999999999999999e-32  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.118973  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0588  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.06 
 
 
226 aa  138  6e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.944339  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1681  response regulator receiver protein  36.96 
 
 
227 aa  138  6e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0956507  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4581  two-component response regulator  34.65 
 
 
239 aa  138  6e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.382311  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_143  DNA-binding response regulator, two-component system, OmpR family  35.11 
 
 
256 aa  138  7e-32  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0098  two component transcriptional regulator  35.65 
 
 
229 aa  138  7e-32  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.761303  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2130  response regulator receiver  35.27 
 
 
252 aa  138  7e-32  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.539517  hitchhiker  0.00279069 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3485  two component transcriptional regulator  37.28 
 
 
236 aa  138  7.999999999999999e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0987  two component transcriptional regulator  37.39 
 
 
235 aa  138  7.999999999999999e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000260123  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0461  two component transcriptional regulator  39.46 
 
 
248 aa  138  7.999999999999999e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.735267  normal  0.697364 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0070  two component transcriptional regulator  36.4 
 
 
229 aa  138  8.999999999999999e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.834843 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3036  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.22 
 
 
273 aa  137  1e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.106658  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1562  two component transcriptional regulator  37.05 
 
 
228 aa  137  1e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000591425  unclonable  0.00000000000208218 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0630  two component transcriptional regulator  34.8 
 
 
223 aa  137  1e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0672917  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>