69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_1995 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011663  Sbal223_2140  L-arabinose isomerase  92.6 
 
 		 500 aa  992    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.47731  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0774  L-arabinose isomerase  68 
 
 		 500 aa  743    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.031491  normal  0.0818763 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1979  L-arabinose isomerase  99.8 
 
 		 500 aa  1045    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000173872  normal  0.0652997 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1995  L-arabinose isomerase  100 
 
 		 500 aa  1047    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00575721  unclonable  0.000026783 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2066  L-arabinose isomerase  99.8 
 
 		 500 aa  1045    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000205701  hitchhiker  0.000020018 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2066  L-arabinose isomerase  92.2 
 
 		 505 aa  988    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000180583  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1238  L-arabinose isomerase  56.77 
 
 		 496 aa  604  1.0000000000000001e-171  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.112661 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2001  L-arabinose isomerase  54.8 
 
 		 500 aa  596  1e-169  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2259  L-arabinose isomerase  55 
 
 		 500 aa  597  1e-169  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1887  L-arabinose isomerase  54.8 
 
 		 500 aa  596  1e-169  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.45012  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2027  L-arabinose isomerase  54.62 
 
 		 501 aa  588  1e-167  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.929629  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3664  L-arabinose isomerase  56.89 
 
 		 501 aa  590  1e-167  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2327  L-arabinose isomerase  54.62 
 
 		 501 aa  589  1e-167  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.305098  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1121  L-arabinose isomerase  57.14 
 
 		 502 aa  576  1.0000000000000001e-163  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2734  L-arabinose isomerase  55.15 
 
 		 496 aa  576  1.0000000000000001e-163  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2397  L-arabinose isomerase  53.13 
 
 		 496 aa  572  1.0000000000000001e-162  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1382  L-arabinose isomerase  54.67 
 
 		 504 aa  571  1e-161  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.326225  normal  0.788134 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0326  L-arabinose isomerase  53.23 
 
 		 500 aa  571  1e-161  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.562727 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2243  L-arabinose isomerase  52.8 
 
 		 501 aa  568  1e-161  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000390243 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3996  L-arabinose isomerase  53.74 
 
 		 501 aa  565  1e-160  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0451143  normal  0.502282 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1914  L-arabinose isomerase  53.41 
 
 		 502 aa  562  1.0000000000000001e-159  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2731  L-arabinose isomerase  53.54 
 
 		 496 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.746734  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2151  L-arabinose isomerase  53 
 
 		 503 aa  564  1.0000000000000001e-159  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0609  L-arabinose isomerase  52.19 
 
 		 500 aa  560  1e-158  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.97882  normal  0.159934 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0106  L-arabinose isomerase  51.79 
 
 		 500 aa  555  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0113  L-arabinose isomerase  51.79 
 
 		 500 aa  555  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00063  hypothetical protein  51.59 
 
 		 500 aa  553  1e-156  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0067  L-arabinose isomerase  51.79 
 
 		 500 aa  553  1e-156  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3537  L-arabinose isomerase  51.79 
 
 		 500 aa  553  1e-156  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0113  L-arabinose isomerase  51.59 
 
 		 500 aa  554  1e-156  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.198158 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0108  L-arabinose isomerase  51.59 
 
 		 500 aa  552  1e-156  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0109  L-arabinose isomerase  51.59 
 
 		 500 aa  552  1e-156  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.309204 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0066  L-arabinose isomerase  51.59 
 
 		 500 aa  553  1e-156  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0064  L-arabinose isomerase  51.59 
 
 		 500 aa  553  1e-156  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0849875  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00064  L-arabinose isomerase  51.59 
 
 		 500 aa  553  1e-156  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3595  L-arabinose isomerase  51.59 
 
 		 500 aa  553  1e-156  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000176548 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0064  L-arabinose isomerase  51.59 
 
 		 500 aa  553  1e-156  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.203815  normal  0.780498 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3203  L-arabinose isomerase  53.67 
 
 		 497 aa  548  1e-155  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0054  L-arabinose isomerase  51.39 
 
 		 500 aa  549  1e-155  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1154  L-arabinose isomerase  52.16 
 
 		 495 aa  543  1e-153  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.77803  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0498  L-arabinose isomerase  51.41 
 
 		 502 aa  540  9.999999999999999e-153  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.730829  normal  0.520823 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1863  L-arabinose isomerase  50.9 
 
 		 502 aa  533  1e-150  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0382  L-arabinose isomerase  50.4 
 
 		 502 aa  523  1e-147  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0672  L-arabinose isomerase  49.1 
 
 		 496 aa  521  1e-147  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0648  L-arabinose isomerase  48.9 
 
 		 496 aa  521  1e-147  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0388449  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6217  L-arabinose isomerase  52.63 
 
 		 493 aa  519  1e-146  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.620258 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2897  L-arabinose isomerase  50.1 
 
 		 494 aa  520  1e-146  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.629446  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06960  L-arabinose isomerase  51 
 
 		 502 aa  518  1e-146  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3272  L-arabinose isomerase  51 
 
 		 515 aa  512  1e-144  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0251873 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4713  L-arabinose isomerase  52.02 
 
 		 497 aa  511  1e-143  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29550  L-arabinose isomerase  50 
 
 		 502 aa  509  1e-143  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0381  L-arabinose isomerase  51.21 
 
 		 506 aa  501  1e-141  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0244  L-arabinose isomerase  48.8 
 
 		 501 aa  500  1e-140  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2753  L-arabinose isomerase  47.6 
 
 		 502 aa  496  1e-139  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0767064  decreased coverage  0.00000377093 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0873  L-arabinose isomerase  49.58 
 
 		 501 aa  494  9.999999999999999e-139  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0224  L-arabinose isomerase  50.3 
 
 		 511 aa  486  1e-136  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0403  L-arabinose isomerase  47.9 
 
 		 503 aa  479  1e-134  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1018  L-arabinose isomerase  44.06 
 
 		 505 aa  431  1e-119  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0852  L-arabinose isomerase  41.6 
 
 		 474 aa  403  1e-111  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.0011775  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0482  L-arabinose isomerase  41.95 
 
 		 473 aa  390  1e-107  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2888  L-arabinose isomerase  28.14 
 
 		 452 aa  140  3.9999999999999997e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.434523  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0751  L-arabinose isomerase  25.99 
 
 		 478 aa  136  8e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.148644  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1033  L-arabinose isomerase  23.54 
 
 		 465 aa  117  3.9999999999999997e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000049306  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4382  L-fucose isomerase-like protein  20.05 
 
 		 498 aa  55.5  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00643603  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3096  putative L-arabinose isomerase protein  20.91 
 
 		 541 aa  52.4  0.00002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.695467 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6090  putative L-arabinose isomerase protein  23.14 
 
 		 475 aa  51.6  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3616  L-arabinose isomerase  24.5 
 
 		 476 aa  50.1  0.00009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.779197  normal  0.435926 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2038  putative L-arabinose isomerase protein  22.17 
 
 		 470 aa  48.9  0.0002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.787291  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0430  putative L-arabinose isomerase protein  19.57 
 
 		 475 aa  43.5  0.009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>