109 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_1976 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3317  Beta-xylosidase-like  46.68 
 
 		 1174 aa  1020    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00018095  hitchhiker  0.000000702951 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1999  glycoside hydrolase family protein  98.66 
 
 		 1121 aa  2257    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000101187  decreased coverage  0.0000000170847 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1976  glycoside hydrolase family protein  100 
 
 		 1121 aa  2282    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00565193  hitchhiker  0.00420486 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2086  beta-xylosidase-like protein  95.99 
 
 		 1121 aa  2190    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00280414  decreased coverage  0.0000000469917 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2047  glycoside hydrolase family protein  78.21 
 
 		 1112 aa  1811    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000114958  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2161  glycoside hydrolase family protein  68.19 
 
 		 1143 aa  1505    Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000526501  hitchhiker  0.0000457644 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2728  hypothetical protein  42.19 
 
 		 848 aa  586  1e-166  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1623  glycoside hydrolase family 43  41.59 
 
 		 804 aa  531  1e-149  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0299424  normal  0.680345 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1393  immunoglobulin I-set domain-containing protein  44.19 
 
 		 810 aa  401  9.999999999999999e-111  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0637  glycoside hydrolase family protein  44.95 
 
 		 471 aa  399  1e-109  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000622549  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0639  glycoside hydrolase family protein  46.55 
 
 		 475 aa  399  1e-109  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000370471  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0662  glycoside hydrolase family protein  44.3 
 
 		 471 aa  398  1e-109  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000191922  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2809  ATPase  43.51 
 
 		 789 aa  387  1e-106  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.153749  decreased coverage  0.000000401461 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0015  alpha-L-arabinofuranosidase B  46.34 
 
 		 707 aa  387  1e-106  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0664  glycoside hydrolase family protein  45.59 
 
 		 476 aa  390  1e-106  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3292  glycoside hydrolase family 43  44.09 
 
 		 488 aa  364  5.0000000000000005e-99  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.223704  hitchhiker  0.00299224 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1622  glycoside hydrolase family 43  42.71 
 
 		 703 aa  352  3e-95  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.372812  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29390  beta-xylosidase  37.37 
 
 		 494 aa  307  7e-82  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.838648  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1543  beta-xylosidase  33.79 
 
 		 531 aa  212  4e-53  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.000200892  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1738  hypothetical protein  39.39 
 
 		 249 aa  185  4.0000000000000006e-45  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000000306198  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1729  glycoside hydrolase family 43  28.49 
 
 		 472 aa  185  5.0000000000000004e-45  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.101805  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1737  hypothetical protein  44.04 
 
 		 251 aa  179  4e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000179479  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1542  beta-xylosidase  34.41 
 
 		 581 aa  169  4e-40  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0638  hypothetical protein  37.55 
 
 		 250 aa  155  5e-36  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000613219  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0663  hypothetical protein  36.24 
 
 		 250 aa  148  5e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.351278  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0667  LamG domain-containing protein  40 
 
 		 247 aa  147  8.000000000000001e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0642  LamG domain-containing protein  40.72 
 
 		 247 aa  147  1e-33  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000110792  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0641  hypothetical protein  32.3 
 
 		 258 aa  130  1.0000000000000001e-28  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000324507  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0666  hypothetical protein  34.98 
 
 		 258 aa  129  4.0000000000000003e-28  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0640  hypothetical protein  36.36 
 
 		 250 aa  128  6e-28  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000266751  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0665  hypothetical protein  35.83 
 
 		 250 aa  125  7e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0510  glycoside hydrolase family 43  26.89 
 
 		 456 aa  123  1.9999999999999998e-26  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0180422  hitchhiker  0.00320544 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2813  glycoside hydrolase family 43  27.07 
 
 		 331 aa  100  2e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0257715  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3403  glycoside hydrolase family 43  26.94 
 
 		 357 aa  99.4  4e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.000194853  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3750  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  28.66 
 
 		 319 aa  94.4  1e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00407758  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0786  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  28.24 
 
 		 346 aa  93.6  2e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000141301  normal  0.447167 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4703  glycoside hydrolase family 43  27.37 
 
 		 341 aa  93.2  3e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.184013  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2201  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  27.67 
 
 		 343 aa  90.9  1e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2051  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  27.37 
 
 		 357 aa  90.5  2e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2082  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  28.89 
 
 		 356 aa  88.2  7e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000230744  hitchhiker  0.000000189943 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1980  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  28.61 
 
 		 355 aa  86.7  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000532018  hitchhiker  0.000349844 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4284  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  31.34 
 
 		 327 aa  87  0.000000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2156  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  27.93 
 
 		 352 aa  86.7  0.000000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000116592  hitchhiker  0.00999646 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1995  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  28.18 
 
 		 355 aa  84.3  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000026265  hitchhiker  0.0000968585 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04520  beta-xylosidase  27.09 
 
 		 491 aa  82.8  0.00000000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.130696  normal  0.0670778 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2732  glycoside hydrolase family 43  25.89 
 
 		 315 aa  81.3  0.0000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1390  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  26.86 
 
 		 341 aa  80.1  0.0000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.287204  normal  0.664348 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0473  glycoside hydrolase family 43  25.91 
 
 		 829 aa  80.5  0.0000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.658009  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1547  S-layer domain protein  29.37 
 
 		 3320 aa  76.3  0.000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1856  hypothetical protein  26.41 
 
 		 739 aa  74.3  0.00000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0763554  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1014  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  25.79 
 
 		 472 aa  73.9  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000194163  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0989  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  28.68 
 
 		 334 aa  71.6  0.00000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0127699  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0179  cellulose-binding family II  27.3 
 
 		 598 aa  69.3  0.0000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00318302 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2449  glycoside hydrolase family 43  25 
 
 		 537 aa  70.1  0.0000000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.114761  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6081  glycoside hydrolase family 43  26.1 
 
 		 480 aa  67.8  0.000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2423  glycoside hydrolase family 43  26.5 
 
 		 699 aa  65.5  0.000000006  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06352  Endo-alpha-1,5-L-arabinanasePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5AZC8]  27.73 
 
 		 400 aa  65.1  0.000000008  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.605603  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0516  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  26.43 
 
 		 366 aa  64.3  0.00000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.00000112186  decreased coverage  0.000226611 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3011  LamG domain-containing protein  23.41 
 
 		 4761 aa  63.5  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0737  glycoside hydrolase family protein  25.75 
 
 		 345 aa  63.2  0.00000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.612706  normal  0.340405 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4496  glycoside hydrolase family 43  27.06 
 
 		 503 aa  63.2  0.00000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0241272  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2866  glycoside hydrolase family 43  21.97 
 
 		 487 aa  63.2  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.141314  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2169  LamG domain-containing protein  24.12 
 
 		 4357 aa  62  0.00000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0078  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  29.73 
 
 		 379 aa  61.2  0.0000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.144884  normal  0.277265 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1990  tail collar domain-containing protein  23.53 
 
 		 865 aa  60.1  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6044  glycoside hydrolase family 43  27.61 
 
 		 501 aa  60.5  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.845022  normal  0.0554344 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4504  glycoside hydrolase family 43  26.72 
 
 		 510 aa  60.1  0.0000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2392  glycoside hydrolase family 43  26.63 
 
 		 306 aa  58.2  0.0000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000000540158  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3360  glycoside hydrolase family 43  26.79 
 
 		 522 aa  58.5  0.0000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0779432 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0396  VcfQ-like protein  26.7 
 
 		 1306 aa  57.8  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3200  hypothetical protein  27.88 
 
 		 307 aa  56.6  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00274431  normal  0.134727 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03044  Endo-arabinanase [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q1HFU2]  26.84 
 
 		 386 aa  55.1  0.000007  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1524  glycoside hydrolase family 43  24.22 
 
 		 524 aa  55.1  0.000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3109  glycoside hydrolase family protein  24.38 
 
 		 644 aa  54.3  0.00001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2998  S-layer domain-containing protein  42.2 
 
 		 926 aa  53.9  0.00002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2966  PKD domain containing protein  27.16 
 
 		 531 aa  53.9  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.506413 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0206  glycoside hydrolase family 43  25.5 
 
 		 304 aa  53.1  0.00003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.306204  normal  0.253285 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4996  protein of unknown function DUF1680  25.23 
 
 		 846 aa  52  0.00006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0569195 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1087  MotA/TolQ/ExbB proton channel  28.39 
 
 		 598 aa  51.6  0.00008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000962589  normal  0.110672 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0430  glycoside hydrolase family 43  25 
 
 		 497 aa  51.6  0.00009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.710686 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1047  hypothetical protein  25 
 
 		 316 aa  50.4  0.0002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0850  hypothetical protein  31.65 
 
 		 428 aa  50.1  0.0002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0290611  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1511  surface protein  44.09 
 
 		 1065 aa  50.1  0.0002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.36671  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2469  fibronectin, type III  28.43 
 
 		 3507 aa  49.7  0.0003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2203  protein of unknown function DUF1549  26.89 
 
 		 1091 aa  49.3  0.0004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2027  glycoside hydrolase family protein  22.64 
 
 		 325 aa  48.9  0.0005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.808853  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2915  cell wall/surface repeat protein  24.11 
 
 		 1310 aa  48.9  0.0005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1614  glycosy hydrolase family protein  27.88 
 
 		 1471 aa  48.1  0.0009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3020  hypothetical protein  49.23 
 
 		 1250 aa  48.1  0.001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.54139  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4788  Xylan 1,4-beta-xylosidase  26.1 
 
 		 562 aa  46.6  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.771274  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1291  Beta-xylosidase  24.59 
 
 		 553 aa  47  0.002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2914  cell surface receptor IPT/TIG domain protein  24.74 
 
 		 1035 aa  46.6  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3599  glycoside hydrolase family 43  29.81 
 
 		 497 aa  47.4  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0127437  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4267  LamG domain protein jellyroll fold domain protein  24.79 
 
 		 236 aa  47.4  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.958159 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6366  putative transmembrane protein  25.87 
 
 		 739 aa  46.2  0.003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2506  S-layer-like domain-containing protein  25 
 
 		 1013 aa  46.6  0.003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6069  LamG domain-containing protein  27.78 
 
 		 739 aa  46.6  0.003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0193  glycoside hydrolase family 43  24.44 
 
 		 324 aa  46.6  0.003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00680352  normal  0.581709 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1692  LamG domain protein jellyroll fold domain protein  23.35 
 
 		 523 aa  46.2  0.003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.363459  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01100  hypothetical protein  33.86 
 
 		 992 aa  46.2  0.004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>