More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_1925 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_2050  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 
212 aa  433  1e-120  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00274298  normal  0.196014 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1925  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 
212 aa  433  1e-120  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00396712  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2155  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 
212 aa  433  1e-120  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.116273  normal  0.663988 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2493  TetR family transcriptional regulator  99.06 
 
 
239 aa  429  1e-119  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2171  TetR family transcriptional regulator  94.34 
 
 
212 aa  411  1e-114  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.068169  normal  0.22854 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4531  hypothetical protein  94.34 
 
 
227 aa  411  1e-114  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2245  TetR family transcriptional regulator  94.34 
 
 
212 aa  411  1e-114  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2258  transcriptional regulator, TetR family  94.34 
 
 
212 aa  411  1e-114  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.968255  hitchhiker  0.0010637 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2126  TetR family transcriptional regulator  93.87 
 
 
212 aa  410  1e-113  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00345057  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1862  TetR family transcriptional regulator  93.36 
 
 
213 aa  404  1e-112  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1888  transcriptional regulator, TetR family protein  86.19 
 
 
213 aa  380  1e-104  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2116  regulatory protein, TetR  84.76 
 
 
214 aa  374  1e-103  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  9.3152e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1816  TetR family transcriptional regulator  84.36 
 
 
228 aa  369  1e-101  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0241637  normal  0.594701 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2066  TetR family transcriptional regulator  84.29 
 
 
211 aa  369  1e-101  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.612632  hitchhiker  0.000107098 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2543  TetR family transcriptional regulator  84.76 
 
 
211 aa  370  1e-101  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.214617 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2339  TetR family transcriptional regulator  84.29 
 
 
215 aa  364  1e-100  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.519522  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2052  TetR family transcriptional regulator  81.6 
 
 
212 aa  357  8e-98  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00634978  normal  0.379689 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1586  TetR family transcriptional regulator  56.86 
 
 
215 aa  244  6e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.377059  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02639  transcriptional regulator  52.66 
 
 
208 aa  231  5e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1341  TetR family transcriptional regulator  55.56 
 
 
224 aa  231  8e-60  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003766  predicted transcriptional regulator for fatty acid degradation FadQ TetR family  51.69 
 
 
214 aa  228  4e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01897  transcriptional regulator, TetR family protein  49.75 
 
 
207 aa  220  1e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111118  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2069  TetR family transcriptional regulator  48.57 
 
 
219 aa  195  3e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.118237  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3598  TetR family transcriptional regulator  48.78 
 
 
235 aa  187  1e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.153473  normal  0.929745 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1660  TetR family transcriptional regulator  48.78 
 
 
235 aa  186  2e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.903697  normal  0.835101 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2144  TetR family transcriptional regulator  48.29 
 
 
235 aa  185  4e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0903799 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1588  TetR family transcriptional regulator  47.8 
 
 
235 aa  184  6e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.472704 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2153  transcriptional regulator PsrA  45.15 
 
 
233 aa  184  6e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.64739  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1684  TetR family transcriptional regulator  47.8 
 
 
235 aa  183  1e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.46279  normal  0.0995016 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25180  transcriptional regulator PsrA  44.66 
 
 
233 aa  184  1e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3282  regulatory protein, TetR  47.8 
 
 
238 aa  183  1e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3871  TetR family transcriptional regulator  47.8 
 
 
235 aa  183  2e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3508  transcriptional regulator PsrA  47.8 
 
 
238 aa  183  2e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1938  TetR family transcriptional regulator  43.54 
 
 
225 aa  182  3e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2129  TetR family transcriptional regulator  40.48 
 
 
229 aa  157  1e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.101154  normal  0.382383 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14520  Transcriptional regulator PsrA  42.08 
 
 
239 aa  155  4e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1789  TetR family transcriptional regulator  39.81 
 
 
210 aa  145  6e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.461504  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2773  TetR family transcriptional regulator  38.57 
 
 
295 aa  137  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00136461  normal  0.297144 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1677  transcriptional regulator, TetR family  38.57 
 
 
288 aa  136  3e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.688428  normal  0.314033 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1655  transcriptional regulator, TetR family  41.92 
 
 
222 aa  135  4e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.721526  normal  0.229233 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1699  TetR family transcriptional regulator  39.7 
 
 
290 aa  135  5e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0964215  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4675  TetR family transcriptional regulator  39.69 
 
 
273 aa  131  6e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.104564 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1055  TetR family transcriptional regulator  39.69 
 
 
273 aa  131  8e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1535  TetR family transcriptional regulator  39.69 
 
 
273 aa  131  8e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1511  TetR family transcriptional regulator  39.69 
 
 
273 aa  131  8e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.752097  hitchhiker  0.00148325 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1457  TetR family transcriptional regulator  39.18 
 
 
276 aa  130  1e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.166824  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1417  TetR family transcriptional regulator  39.18 
 
 
272 aa  130  1e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.702279  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1719  TetR family transcriptional regulator  39.18 
 
 
272 aa  130  1e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.7573  hitchhiker  0.00027252 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1762  TetR family transcriptional regulator  38.66 
 
 
318 aa  129  3e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0114483  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1805  TetR family transcriptional regulator  38.66 
 
 
316 aa  129  3e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.754817  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1033  TetR family transcriptional regulator  38.66 
 
 
318 aa  129  3e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.781792  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1784  TetR family transcriptional regulator  38.66 
 
 
316 aa  129  3e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.261379  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1958  TetR family transcriptional regulator  38.66 
 
 
316 aa  129  3e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00062632  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0133  TetR family transcriptional regulator  38.66 
 
 
318 aa  129  3e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.221572  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1275  TetR family transcriptional regulator  38.66 
 
 
318 aa  129  3e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.033456  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2528  TetR family transcriptional regulator  38.66 
 
 
317 aa  129  4e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0660251  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06115  transcriptional regulator TetR family  39.88 
 
 
210 aa  128  5e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.131749  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01051  transcriptional regulator TetR family  39.88 
 
 
210 aa  128  5e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.250197  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0538  putative transcription regulator protein  40.88 
 
 
340 aa  125  6e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0548249  normal  0.54431 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0418  transcriptional regulator, TetR family  40.78 
 
 
352 aa  124  1e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.340149  hitchhiker  0.000146207 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0433  transcriptional regulator, TetR family  39.78 
 
 
354 aa  122  3e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.425009  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1543  TetR family transcriptional regulator  36.14 
 
 
238 aa  120  1e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.176522 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0804  transcriptional regulator, TetR family  33.96 
 
 
227 aa  115  4e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3595  TetR family transcriptional regulator  33.81 
 
 
313 aa  112  4e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0666  transcriptional regulator  38.12 
 
 
205 aa  112  4e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3446  TetR family transcriptional regulator  35.24 
 
 
335 aa  111  7e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.843948  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3681  TetR family transcriptional regulator  32.71 
 
 
234 aa  104  8e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1790  TetR family transcriptional regulator  33.82 
 
 
220 aa  103  2e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.536923  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3323  TetR family transcriptional regulator  36.76 
 
 
227 aa  101  1e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.481358  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5106  TetR family transcriptional regulator  34.15 
 
 
223 aa  98.6  6e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.146428  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3483  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
218 aa  96.7  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.961452  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3711  transcriptional regulator, TetR family  32.68 
 
 
207 aa  92.8  3e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.644349  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3211  regulatory protein, TetR  33.97 
 
 
221 aa  90.5  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.878438  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2259  TetR family transcriptional regulator  33.01 
 
 
221 aa  90.5  2e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.289727  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1982  transcriptional regulator, TetR family  30.58 
 
 
209 aa  90.1  2e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.142001  hitchhiker  3.22137e-05 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1814  transcriptional regulator, TetR family  29.95 
 
 
216 aa  89  5e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3711  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 
220 aa  87  2e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1792  regulatory protein, TetR  31.14 
 
 
238 aa  79.3  4e-14  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5299  TetR family transcriptional regulator  24.63 
 
 
227 aa  77  2e-13  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4645  TetR family transcriptional regulator  29.19 
 
 
224 aa  75.9  5e-13  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0225  TetR family transcriptional regulator  24.54 
 
 
240 aa  74.3  1e-12  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.512739 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0212  TetR family transcriptional regulator  22.93 
 
 
242 aa  73.2  3e-12  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.581109  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4006  TetR family transcriptional regulator  26.67 
 
 
237 aa  72  7e-12  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5974  TetR family transcriptional regulator  29.59 
 
 
227 aa  70.1  2e-11  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0426648  hitchhiker  0.00085933 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3284  TetR family transcriptional regulator  54.84 
 
 
222 aa  67  2e-10  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.961661 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4015  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 
239 aa  65.5  5e-10  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.345828  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7459  TetR family transcriptional regulator  28.14 
 
 
233 aa  65.9  5e-10  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.626167  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4548  TetR family transcriptional regulator  24.76 
 
 
247 aa  65.1  8e-10  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00225011  normal  0.280375 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0744  regulatory protein TetR  30.97 
 
 
191 aa  64.3  1e-09  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1598  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
239 aa  63.5  2e-09  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.235097  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1637  transcriptional regulator, TetR family  55.17 
 
 
193 aa  63.9  2e-09  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.890844  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0588  TetR family transcriptional regulator  25.6 
 
 
276 aa  62.8  3e-09  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0377  transcriptional regulator, TetR family  29.89 
 
 
224 aa  62.4  4e-09  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.294343  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6563  putative transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 
186 aa  62.8  4e-09  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0113679 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4901  TetR family transcriptional regulator  33.67 
 
 
209 aa  62.4  5e-09  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2022  transcriptional regulator, TetR family  30.43 
 
 
225 aa  62.4  5e-09  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.613149  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2710  TetR family transcriptional regulator  24.64 
 
 
231 aa  61.2  1e-08  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.324102  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0446  TetR family transcriptional regulator  49.15 
 
 
220 aa  60.5  2e-08  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.73057 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1742  transcriptional regulator, TetR family  51.85 
 
 
235 aa  60.5  2e-08  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.666045  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2863  TetR family transcriptional regulator  50.79 
 
 
216 aa  59.7  4e-08  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>