More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_1533 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008322  Shewmr7_1533  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  100 
 
 
291 aa  590  1e-167  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000439021  normal  0.0168974 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1467  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  100 
 
 
291 aa  590  1e-167  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.807732  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1525  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  99.66 
 
 
291 aa  589  1e-167  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00489615 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2398  pseudouridine synthase  95.19 
 
 
291 aa  565  1e-160  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0731299  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2717  pseudouridine synthase  93.81 
 
 
291 aa  559  1e-158  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.374808  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1669  RNA-binding S4 domain protein  94.16 
 
 
291 aa  560  1e-158  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00289659  hitchhiker  0.000456402 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2696  pseudouridine synthase  94.16 
 
 
291 aa  560  1e-158  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.764496  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2796  RNA-binding S4 domain-containing protein  93.81 
 
 
291 aa  559  1e-158  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.479983  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1437  pseudouridine synthase, Rsu  87.29 
 
 
290 aa  521  1e-147  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.204063  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2436  pseudouridine synthase, Rsu  84.48 
 
 
290 aa  514  1e-145  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2124  pseudouridine synthase, Rsu  84.75 
 
 
295 aa  516  1e-145  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.380507  normal  0.682206 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2246  pseudouridine synthase  85.57 
 
 
293 aa  510  1e-144  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0041999 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2907  pseudouridine synthase  84.83 
 
 
287 aa  508  1e-143  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.191084  normal  0.0790045 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1648  pseudouridine synthase  83.51 
 
 
290 aa  508  1e-143  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000180778  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1691  pseudouridine synthase  82.82 
 
 
288 aa  501  1e-141  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.58425  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2010  23S rRNA pseudouridylate synthase B  64.36 
 
 
294 aa  385  1e-106  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.606088  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2311  23S rRNA pseudouridylate synthase B  63.67 
 
 
294 aa  382  1e-105  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.909741  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2662  23S rRNA pseudouridylate synthase B  65.6 
 
 
299 aa  382  1e-105  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.783064  hitchhiker  5.12691e-07 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2201  23S rRNA pseudouridylate synthase B  65.64 
 
 
291 aa  381  1e-105  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  3.12166e-05 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2359  23S rRNA pseudouridylate synthase B  67.27 
 
 
291 aa  379  1e-104  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.666226  hitchhiker  4.02657e-07 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1467  23S rRNA pseudouridylate synthase B  67.27 
 
 
290 aa  378  1e-104  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1609  23S rRNA pseudouridylate synthase B  67.02 
 
 
291 aa  379  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  3.05854e-06 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1864  23S rRNA pseudouridylate synthase B  67.27 
 
 
291 aa  379  1e-104  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  6.61811e-13 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1427  23S rRNA pseudouridylate synthase B  67.02 
 
 
291 aa  379  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.535105  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1909  23S rRNA pseudouridylate synthase B  67.02 
 
 
291 aa  379  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  5.21291e-13 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1846  23S rRNA pseudouridylate synthase B  67.02 
 
 
291 aa  379  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.539759  hitchhiker  3.24002e-05 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1493  23S rRNA pseudouridylate synthase B  67.27 
 
 
290 aa  378  1e-104  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01245  23S rRNA pseudouridylate synthase  67.27 
 
 
291 aa  379  1e-104  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1851  23S rRNA pseudouridylate synthase B  67.02 
 
 
291 aa  379  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.269412 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3519  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  65.94 
 
 
355 aa  379  1e-104  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01255  hypothetical protein  67.27 
 
 
291 aa  379  1e-104  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1378  23S rRNA pseudouridylate synthase B  67.27 
 
 
291 aa  379  1e-104  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2380  pseudouridine synthase  67.27 
 
 
291 aa  379  1e-104  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.227728  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1901  23S rRNA pseudouridylate synthase B  67.27 
 
 
290 aa  378  1e-104  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  3.16134e-07 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003093  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  63.3 
 
 
312 aa  375  1e-103  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00130129  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1159  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B (rRNA pseudouridylate synthase B)  65.6 
 
 
354 aa  375  1e-103  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.374483  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1929  23S rRNA pseudouridylate synthase B  61.17 
 
 
289 aa  375  1e-103  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02753  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase  62.96 
 
 
312 aa  377  1e-103  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0800  pseudouridine synthase family 1 protein  65.85 
 
 
321 aa  376  1e-103  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1928  23S rRNA pseudouridylate synthase B  64.75 
 
 
318 aa  373  1e-102  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.521525  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2169  23S rRNA pseudouridylate synthase B  64.62 
 
 
301 aa  372  1e-102  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.310222  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2039  23S rRNA pseudouridylate synthase B  64.39 
 
 
344 aa  372  1e-102  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2309  23S rRNA pseudouridylate synthase B  64.03 
 
 
344 aa  369  1e-101  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0743  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  64.13 
 
 
325 aa  368  1e-101  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.405122  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2824  pseudouridine synthase, Rsu  58.9 
 
 
289 aa  352  6e-96  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.564406  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1063  pseudouridine synthase  59.06 
 
 
293 aa  344  1e-93  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02283  pseudouridine synthase (makes pseudouridine2605 in 23 S RNA)  59.86 
 
 
298 aa  335  7e-91  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.268189  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1162  RNA-binding S4 domain-containing protein  61.16 
 
 
328 aa  313  3e-84  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0608  pseudouridine synthase, Rsu  56.99 
 
 
310 aa  305  6e-82  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.543804  normal  0.283386 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0851  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  59.14 
 
 
286 aa  304  1e-81  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  6.82568e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0646  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  56.83 
 
 
315 aa  303  2e-81  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.945317  normal  0.276422 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1957  RNA-binding S4 domain-containing protein  57.41 
 
 
345 aa  303  3e-81  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1041  pseudouridine synthase, Rsu  58.53 
 
 
268 aa  302  5e-81  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0593866  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3394  RNA-binding S4 domain-containing protein  59.84 
 
 
300 aa  300  3e-80  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  4.68714e-08  normal  0.359184 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1815  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  55.97 
 
 
408 aa  296  3e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4002  RNA-binding S4 domain-containing protein  55.76 
 
 
355 aa  295  4e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  decreased coverage  6.993e-07 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3785  RNA-binding S4 domain-containing protein  55.76 
 
 
354 aa  295  4e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  4.22758e-06 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1416  RNA-binding S4 domain-containing protein  55.76 
 
 
355 aa  295  5e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.504489  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23110  hypothetical protein  55.19 
 
 
386 aa  294  1e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000760883 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1492  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  55.39 
 
 
405 aa  294  1e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0450106  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3581  pseudouridine synthase, Rsu  55.6 
 
 
409 aa  294  1e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1951  hypothetical protein  55.19 
 
 
386 aa  293  2e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0106658  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1841  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  55.76 
 
 
385 aa  292  4e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2010  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  59.84 
 
 
268 aa  291  7e-78  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.154184  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1722  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  55.16 
 
 
398 aa  290  2e-77  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.950771  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15730  Pseudouridine synthase  56.13 
 
 
382 aa  290  2e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0984  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  59.92 
 
 
244 aa  288  7e-77  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0877  RNA pseudouridine synthase family protein  59.5 
 
 
244 aa  286  4e-76  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1470  RNA-binding S4 domain protein  60.92 
 
 
292 aa  283  2e-75  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.177762  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1793  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  60.92 
 
 
292 aa  283  2e-75  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1089  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  58.98 
 
 
290 aa  282  5e-75  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.164298  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1689  pseudouridine synthase  55.6 
 
 
379 aa  281  9e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0924391  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1855  pseudouridine synthase, Rsu  55.1 
 
 
315 aa  272  4e-72  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1357  pseudouridine synthase  55.47 
 
 
369 aa  272  5e-72  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1594  hypothetical protein  56.79 
 
 
248 aa  272  5e-72  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1402  hypothetical protein  55.97 
 
 
248 aa  270  2e-71  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2034  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  57.02 
 
 
631 aa  270  2e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.209025 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  56.61 
 
 
615 aa  270  2e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1759  RNA pseudouridine synthase family protein  56.28 
 
 
554 aa  269  5e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.282053  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1872  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  54.1 
 
 
383 aa  269  5e-71  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0178  RNA pseudouridine synthase family protein  55.87 
 
 
554 aa  268  1e-70  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00491144  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1510  RNA pseudouridine synthase family protein  55.87 
 
 
554 aa  268  1e-70  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1286  hypothetical protein  55.79 
 
 
598 aa  268  1e-70  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0722025  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0988  RNA pseudouridine synthase family protein  55.87 
 
 
554 aa  268  1e-70  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1737  RNA pseudouridine synthase family protein  56.33 
 
 
554 aa  268  1e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0207122  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1912  RNA pseudouridylate synthase family protein  55.87 
 
 
513 aa  268  1e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.402665  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2567  RNA pseudouridylate synthase family protein  56.15 
 
 
502 aa  268  1e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00446007  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2455  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  57.63 
 
 
340 aa  266  2e-70  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.155456  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2823  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  55.92 
 
 
633 aa  267  2e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1758  pseudouridine synthase  56.2 
 
 
554 aa  266  2e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.324653  normal  0.0138956 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1379  pseudouridine synthase, Rsu  56.2 
 
 
572 aa  266  4e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1064  RNA pseudouridylate synthase family protein  55.87 
 
 
380 aa  266  4e-70  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1419  RNA-binding S4 domain-containing protein  56.2 
 
 
572 aa  265  5e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0617825 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1473  RNA-binding S4 domain-containing protein  56.2 
 
 
586 aa  265  6e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.780813  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1629  pseudouridine synthase  55.92 
 
 
626 aa  265  6e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00621954 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1497  pseudouridine synthase, Rsu  56.2 
 
 
586 aa  265  7e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1016  pseudouridine synthase, Rsu  56.2 
 
 
586 aa  265  7e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.718536  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1228  pseudouridine synthase, Rsu  49.44 
 
 
317 aa  265  8e-70  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  3.79641e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4638  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  56.2 
 
 
588 aa  264  1e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.386925  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1114  pseudouridine synthase  54.96 
 
 
594 aa  263  2e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.692137  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>