More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_1382 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_3193  polysaccharide biosynthesis protein  52.82 
 
 
921 aa  652  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1470  polysaccharide export protein  86.98 
 
 
828 aa  1517  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.270093  normal  0.749053 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1382  polysaccharide export protein  100 
 
 
837 aa  1701  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0357414 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1375  polysaccharide export protein  97.73 
 
 
837 aa  1634  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0193694  decreased coverage  2.8911e-06 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2264  ClpX, ATPase regulatory subunit  71.72 
 
 
827 aa  1251  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000642696  decreased coverage  0.000131264 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2903  polysaccharide export protein  86.02 
 
 
828 aa  1472  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0690654  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3035  polysaccharide export protein  85.78 
 
 
828 aa  1499  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.636336  normal  0.407015 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2543  polysaccharide export protein  52.74 
 
 
919 aa  645  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.941823  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1315  polysaccharide export protein  99.76 
 
 
837 aa  1699  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0893778 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2893  polysaccharide export protein  60.6 
 
 
912 aa  626  1e-178  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.325033  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1399  polysaccharide export protein  44.02 
 
 
920 aa  624  1e-177  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00159215  normal  0.0100644 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2843  polysaccharide export protein  43.48 
 
 
910 aa  622  1e-177  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.427616  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2671  polysaccharide export protein  43.34 
 
 
919 aa  611  1e-173  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0763  polysaccharide export protein  38.96 
 
 
852 aa  604  1e-171  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00148481  normal  0.528442 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1651  polysaccharide export protein  60.12 
 
 
915 aa  603  1e-171  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.530434  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0277  polysaccharide export periplasmic protein  36.91 
 
 
869 aa  603  1e-171  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1395  polysaccharide export protein  57.03 
 
 
931 aa  597  1e-169  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0391429  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1576  ClpX, ATPase regulatory subunit  39.53 
 
 
833 aa  576  1e-163  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  3.3468e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3032  polysaccharide export protein  42.69 
 
 
922 aa  565  1e-159  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.190653  normal  0.0184914 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00687  hypothetical protein  43.28 
 
 
897 aa  417  1e-115  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3645  polysaccharide biosynthesis/export protein  38.84 
 
 
920 aa  412  1e-114  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.712772  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2236  polysaccharide export protein  34.53 
 
 
948 aa  412  1e-113  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.987184  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1842  polysaccharide biosynthesis/export domain-containing protein  35.17 
 
 
781 aa  397  1e-109  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.749239  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0530  polysaccharide export protein  32.78 
 
 
1055 aa  395  1e-108  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.925852 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3062  polysaccharide export protein  32.17 
 
 
834 aa  378  1e-103  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2184  polysaccharide export protein  29.15 
 
 
833 aa  370  1e-101  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.243697  hitchhiker  0.000313767 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1515  polysaccharide export protein  31.65 
 
 
869 aa  370  1e-101  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000317972  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3403  polysaccharide export protein  30.19 
 
 
977 aa  353  8e-96  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00684592  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0794  polysaccharide export protein  32.83 
 
 
869 aa  352  1e-95  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.020437  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1604  polysaccharide export protein  32.98 
 
 
952 aa  344  4e-93  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2606  polysaccharide export protein  31.99 
 
 
936 aa  332  2e-89  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1078  polysaccharide export protein  29.56 
 
 
830 aa  309  1e-82  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0888  polysaccharide export protein  32.07 
 
 
940 aa  300  5e-80  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.434689  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4937  polysaccharide export protein  29.37 
 
 
800 aa  298  3e-79  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00100729  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2769  polysaccharide export protein  28.65 
 
 
846 aa  298  3e-79  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.594167 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0473  polysaccharide export protein  29.6 
 
 
824 aa  295  2e-78  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2568  Soluble ligand binding domain protein  29.92 
 
 
812 aa  290  6e-77  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.171347  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2676  polysaccharide export protein  27.8 
 
 
849 aa  286  7e-76  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4605  polysaccharide export protein  28.05 
 
 
791 aa  271  3e-71  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.321524  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3949  polysaccharide export protein  29.68 
 
 
823 aa  262  2e-68  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.256427 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1714  polysaccharide export protein  30.33 
 
 
947 aa  258  5e-67  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.397648  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0353  polysaccharide export protein  26.44 
 
 
830 aa  253  1e-65  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.949664  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1345  polysaccharide biosynthesis/export domain-containing protein  33.74 
 
 
568 aa  252  2e-65  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000291611 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2732  polysaccharide export protein  32.25 
 
 
753 aa  251  4e-65  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445544  normal  0.725394 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0648  polysaccharide export protein  33.33 
 
 
779 aa  249  2e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1986  polysaccharide biosynthesis protein, putative  31.09 
 
 
877 aa  220  1e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0660  capsular polysaccharide biosynthesis/export protein  31.76 
 
 
877 aa  219  1e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0566  capsular polysaccharide biosynthesis/export protein  31.76 
 
 
800 aa  219  2e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1959  capsule polysaccharide export system periplasmic protein  31.57 
 
 
875 aa  219  2e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.940843  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3790  polysaccharide export protein  29.17 
 
 
803 aa  198  4e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1889  capsule polysaccharide export system periplasmic protein  33.44 
 
 
576 aa  189  2e-46  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.105703  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0599  polysaccharide export protein  25.19 
 
 
580 aa  149  3e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  5.41966e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0598  polysaccharide export protein  26.95 
 
 
478 aa  127  8e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000477703  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4601  polysaccharide export protein  28.72 
 
 
473 aa  112  2e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.930879 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1344  polysaccharide export protein  35 
 
 
425 aa  111  5e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00232143 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2584  polysaccharide export protein  29.31 
 
 
605 aa  108  6e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  unclonable  2.40824e-05 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0293  capsular polysaccharide ABC transporter, periplasmic polysaccharide-binding protein  32.74 
 
 
552 aa  103  2e-20  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.994472  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5729  polysialic acid transport protein KpsD  26.5 
 
 
606 aa  102  3e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001787  capsular polysaccharide export system periplasmic protein KpsD  25.52 
 
 
579 aa  102  3e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1924  polysaccharide export protein  24.21 
 
 
551 aa  98.6  4e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0359634 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02231  hypothetical protein  22.44 
 
 
700 aa  97.4  1e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1618  capsular polysaccharide ABC transporter, periplasmic polysaccharide-binding protein  31.3 
 
 
552 aa  96.3  2e-18  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1438  capsular polysaccharide ABC transporter, periplasmic polysaccharide-binding protein  30.57 
 
 
552 aa  95.1  5e-18  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.473166  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1779  capsular polysaccharide ABC transporter, periplasmic polysaccharide-binding protein  30.57 
 
 
552 aa  95.1  5e-18  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1823  polysaccharide export protein  28.33 
 
 
387 aa  94.7  6e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0435675  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1011  polysaccharide export protein  27.24 
 
 
388 aa  92.8  3e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.192426  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03058  capsular polysaccharide transport protein, putative  23.5 
 
 
609 aa  92  4e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.715854  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1842  polysaccharide export protein  28.87 
 
 
379 aa  92  5e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.185865  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1114  polysaccharide export protein  29.47 
 
 
431 aa  91.3  7e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0366205  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1826  polysaccharide export protein  30.89 
 
 
516 aa  91.3  7e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.698968  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0246  polysaccharide export protein  29.69 
 
 
537 aa  90.9  8e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  8.56367e-05  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4938  polysaccharide export protein  22.75 
 
 
603 aa  90.1  1e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2691  polysaccharide export protein  29.5 
 
 
508 aa  90.5  1e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.113552  decreased coverage  0.00268462 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0621  KpsD protein  23.76 
 
 
606 aa  90.1  2e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.440749 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1690  polysaccharide export protein  31.96 
 
 
558 aa  89  3e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0289  polysaccharide export protein  24 
 
 
992 aa  87.8  7e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.593882  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003530  polysaccharide export periplasmic protein  22.68 
 
 
700 aa  85.9  3e-15  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3241  polysaccharide export protein  28.03 
 
 
587 aa  85.9  3e-15  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1508  polysaccharide export protein  24.22 
 
 
495 aa  85.5  4e-15  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4309  polysaccharide export protein  23 
 
 
495 aa  85.5  4e-15  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1535  polysaccharide export protein  23.88 
 
 
495 aa  85.1  5e-15  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.106975 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06665  hypothetical protein  25.36 
 
 
373 aa  83.2  2e-14  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1669  polysaccharide export protein  27 
 
 
347 aa  82.4  3e-14  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  1.78188e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1060  polysaccharide export protein  29.68 
 
 
393 aa  82.4  3e-14  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5952  polysaccharide export protein  27.39 
 
 
557 aa  82  5e-14  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1369  capsular polysaccharide export protein, putative  25.51 
 
 
362 aa  81.6  6e-14  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.361316  normal  0.297509 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0915  capsular polysaccharide biosynthesis/export periplasmic protein  29.95 
 
 
396 aa  81.3  6e-14  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.138032  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2482  capsular polysaccharide biosynthesis/export protein  29.95 
 
 
391 aa  81.3  7e-14  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.153813  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0546  capsular polysaccharide biosynthesis/export periplasmic protein  29.95 
 
 
396 aa  81.3  7e-14  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2620  capsular polysaccharide biosynthesis/export protein  29.95 
 
 
391 aa  81.3  7e-14  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3319  polysaccharide export protein  27.24 
 
 
351 aa  80.9  8e-14  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.211792 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2273  polysaccharide export protein  30.26 
 
 
392 aa  80.9  9e-14  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.534811  normal  0.26202 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5038  polysaccharide export protein  26.36 
 
 
358 aa  80.5  1e-13  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2473  polysaccharide export protein  27.49 
 
 
379 aa  80.5  1e-13  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0662836  normal  0.109205 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3726  polysaccharide export protein  30.92 
 
 
392 aa  80.5  1e-13  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.489348  normal  0.448229 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1712  polysaccharide export protein  25.84 
 
 
386 aa  80.9  1e-13  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.69321  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5549  polysaccharide export protein  30.92 
 
 
392 aa  80.5  1e-13  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3701  polysaccharide export protein  29.44 
 
 
392 aa  79  3e-13  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0799  polysaccharide export protein  29.81 
 
 
393 aa  79.3  3e-13  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0310  polysaccharide biosynthesis/export protein  21.16 
 
 
703 aa  79.3  3e-13  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>