More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_1150 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011663  Sbal223_1201  efflux transporter, RND family, MFP subunit  86.76 
 
 
369 aa  646  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  1.18856e-07  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3483  HlyD family secretion protein  93.51 
 
 
369 aa  681  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2786  RND family efflux transporter MFP subunit  88.44 
 
 
372 aa  648  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000125206  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1084  RND family efflux transporter MFP subunit  97.84 
 
 
370 aa  689  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.143794  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1150  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 
373 aa  753  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  3.35121e-05  normal  0.257402 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1084  RND family efflux transporter MFP subunit  98.38 
 
 
370 aa  732  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0120074  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3169  RND family efflux transporter MFP subunit  86.76 
 
 
369 aa  646  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  2.22351e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3170  RND family efflux transporter MFP subunit  87.03 
 
 
369 aa  648  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  7.21535e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3313  RND family efflux transporter MFP subunit  86.49 
 
 
369 aa  644  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  9.84298e-06  normal  0.15916 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1156  RND family efflux transporter MFP subunit  63.71 
 
 
370 aa  444  1e-124  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  3.11518e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1030  RND family efflux transporter MFP subunit  65.64 
 
 
365 aa  444  1e-123  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  1.01532e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1365  RND family efflux transporter MFP subunit  62.75 
 
 
370 aa  418  1e-116  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  2.56097e-05  hitchhiker  0.000707959 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1266  RND family efflux transporter MFP subunit  61.93 
 
 
371 aa  415  1e-115  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  3.2302e-07  hitchhiker  0.00027333 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0472  secretion protein HlyD  58.5 
 
 
359 aa  413  1e-114  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.000402153  normal  0.138011 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004022  membrane-fusion protein  61.35 
 
 
369 aa  413  1e-114  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  1.60707e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1177  RND family efflux transporter MFP subunit  61.09 
 
 
417 aa  411  1e-113  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01444  hypothetical protein  61.27 
 
 
350 aa  402  1e-111  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1963  putative secretion protein, HlyD family  56.36 
 
 
390 aa  389  1e-107  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  7.2673e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0438  hypothetical protein  58.02 
 
 
352 aa  384  1e-105  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  4.66929e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1851  RND family efflux transporter MFP subunit  34.31 
 
 
361 aa  192  1e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000181813  hitchhiker  0.00565244 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1982  RND family efflux transporter MFP subunit  34.2 
 
 
360 aa  191  2e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  5.42821e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2428  RND family efflux transporter MFP subunit  33.95 
 
 
361 aa  189  8e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00201655  decreased coverage  1.51053e-06 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  34.58 
 
 
374 aa  189  9e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2179  RND family efflux transporter MFP subunit  37.05 
 
 
361 aa  187  3e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  2.48395e-06  normal  0.140593 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  34.91 
 
 
360 aa  180  5e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00136978  hitchhiker  1.41161e-05 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2410  RND family efflux transporter MFP subunit  34.91 
 
 
360 aa  180  5e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000315716  hitchhiker  0.00636413 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1906  HlyD family-like protein  32.34 
 
 
361 aa  179  6e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000977353  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1658  RND family efflux transporter MFP subunit  35.96 
 
 
360 aa  179  8e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000232607  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0266  RND family efflux transporter MFP subunit  33.74 
 
 
375 aa  178  1e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.987776 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2588  RND family efflux transporter MFP subunit  34.98 
 
 
360 aa  178  1e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  7.07575e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1881  HlyD family-like protein  34.37 
 
 
360 aa  178  1e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2665  RND family efflux transporter MFP subunit  34.78 
 
 
360 aa  176  5e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000267288  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1796  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.78 
 
 
360 aa  176  8e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  4.36323e-06  hitchhiker  1.1193e-07 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2550  RND family efflux transporter MFP subunit  34.78 
 
 
360 aa  176  8e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000229958  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  33.95 
 
 
361 aa  176  9e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000249801  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  32.55 
 
 
349 aa  176  9e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0703  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.78 
 
 
355 aa  175  9e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1866  RND family efflux transporter MFP subunit  33.71 
 
 
385 aa  174  2e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  2.32808e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1440  secretion protein HlyD  33.53 
 
 
376 aa  173  6e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3889  RND family efflux transporter MFP subunit  32.85 
 
 
364 aa  171  1e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3204  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.02 
 
 
368 aa  166  7e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2557  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.01 
 
 
403 aa  165  1e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0276  transporter, putative  33.23 
 
 
383 aa  161  2e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01922  RND efflux membrane fusion protein  32.38 
 
 
318 aa  160  3e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0290  putative transporter  33.23 
 
 
383 aa  160  4e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.507974  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1737  secretion protein HlyD  31.43 
 
 
360 aa  159  6e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  1.90652e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0870  acriflavin resistance periplasmic protein  32.95 
 
 
351 aa  157  3e-37  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2095  secretion protein HlyD  32.94 
 
 
354 aa  156  4e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1036  RND family efflux transporter MFP subunit  32.35 
 
 
354 aa  156  4e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0341  RND family efflux transporter MFP subunit  32.82 
 
 
375 aa  156  5e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.666034  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1146  RND family efflux transporter MFP subunit  32.66 
 
 
351 aa  155  1e-36  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3927  RND family efflux transporter MFP subunit  31.25 
 
 
392 aa  155  1e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0176  RND family efflux transporter MFP subunit  32.37 
 
 
353 aa  154  2e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.371241 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2132  HlyD family secretion protein  32.61 
 
 
360 aa  152  9e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.732379  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  31.06 
 
 
366 aa  152  1e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3081  RND family efflux transporter MFP subunit  35.53 
 
 
371 aa  150  3e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.153012  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2224  multidrug efflux pump, membrane fusion protein  32.24 
 
 
388 aa  150  3e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0900  RND family efflux transporter MFP subunit  31.97 
 
 
388 aa  149  8e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  34.12 
 
 
381 aa  148  2e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.421019  normal  0.31825 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0706  secretion protein HlyD  27.71 
 
 
366 aa  146  4e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  3.31728e-06  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2781  RND family efflux transporter MFP subunit  30.99 
 
 
372 aa  145  8e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00032103  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2816  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.09 
 
 
403 aa  145  9e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.51387  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0768  acriflavin resistance periplasmic protein  31.44 
 
 
348 aa  145  9e-34  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.69171  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.65 
 
 
388 aa  144  2e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1057  RND family efflux transporter MFP subunit  28.77 
 
 
373 aa  144  2e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.347653 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3650  secretion protein HlyD  32.77 
 
 
397 aa  144  3e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.521212 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4492  secretion protein HlyD  30.65 
 
 
382 aa  143  4e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0226833 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3495  RND family efflux transporter MFP subunit  30.72 
 
 
365 aa  143  5e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2034  RND family efflux transporter MFP subunit  30.66 
 
 
403 aa  142  8e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  30.45 
 
 
340 aa  142  1e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0930  RND family efflux transporter MFP subunit  30.4 
 
 
366 aa  140  3e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3140  secretion protein HlyD  30.25 
 
 
360 aa  139  5e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.203317  normal  0.359518 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1809  secretion protein HlyD  32.08 
 
 
397 aa  140  5e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4297  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.82 
 
 
397 aa  139  6e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.430357  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2001  secretion protein HlyD  29.75 
 
 
375 aa  139  9e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.167131  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0975  RND family efflux transporter MFP subunit  30.38 
 
 
382 aa  139  1e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0109715 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1650  secretion protein HlyD  32.42 
 
 
397 aa  139  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2269  RND family efflux transporter MFP subunit  29.9 
 
 
390 aa  137  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0264196  normal  0.209917 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1288  RND family efflux transporter MFP subunit  31.27 
 
 
365 aa  138  2e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4943  RND efflux membrane fusion protein precursor  30.3 
 
 
375 aa  137  3e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1969  RND family efflux transporter MFP subunit  34.45 
 
 
418 aa  135  9e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.728278 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2064  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.95 
 
 
365 aa  135  9e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2243  RND family efflux transporter MFP subunit  29.3 
 
 
376 aa  135  1e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.31 
 
 
380 aa  135  1e-30  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0465471  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1194  acriflavin resistance periplasmic protein  30.87 
 
 
380 aa  135  1e-30  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3679  RND family efflux transporter MFP subunit  30.95 
 
 
365 aa  135  1e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0907  RND efflux membrane fusion protein-related protein  30.34 
 
 
406 aa  135  2e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1580  RND family efflux transporter MFP subunit  30.85 
 
 
365 aa  134  2e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.186167  normal  0.460313 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3803  RND family efflux transporter MFP subunit  31.23 
 
 
376 aa  134  2e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.591559 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2700  secretion protein HlyD  31.4 
 
 
403 aa  134  2e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56880  putative membrane fusion protein  30.03 
 
 
376 aa  134  2e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0946  RND family efflux transporter MFP subunit  29.78 
 
 
382 aa  134  2e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1496  RND family efflux transporter MFP subunit  30.54 
 
 
365 aa  134  3e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1580  RND family efflux transporter MFP subunit  30.54 
 
 
365 aa  134  3e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.610408  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1201  RND family efflux transporter MFP subunit  30.54 
 
 
365 aa  134  4e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0341767  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0078  RND family efflux transporter MFP subunit  30.54 
 
 
365 aa  134  4e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0383  RND family efflux transporter MFP subunit  30.54 
 
 
365 aa  134  4e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3371  secretion protein HlyD  32.59 
 
 
370 aa  134  4e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.165029  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0031  RND family efflux transporter MFP subunit  30.54 
 
 
365 aa  134  4e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1044  RND family efflux transporter MFP subunit  30.54 
 
 
365 aa  134  4e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>