More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_1056 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_1560  peptidoglycan glycosyltransferase  52.82 
 
 
643 aa  705  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0473  penicillin-binding protein 2  51.53 
 
 
638 aa  664  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0538731  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3317  peptidoglycan glycosyltransferase  92.23 
 
 
618 aa  1201  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  1.42864e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0687  penicillin-binding protein 2  50.65 
 
 
633 aa  643  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  6.14363e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1170  penicillin-binding protein 2  50.33 
 
 
633 aa  640  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.117814  normal  0.171214 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0661  penicillin-binding protein 2  50.65 
 
 
633 aa  643  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  7.49016e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3485  peptidoglycan glycosyltransferase  78.05 
 
 
618 aa  1031  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  7.5861e-05  unclonable  1.00578e-10 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01217  cell division protein FtsI/penicillin-binding protein 2  52.33 
 
 
641 aa  681  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3149  peptidoglycan glycosyltransferase  78.93 
 
 
618 aa  1006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  7.90878e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1181  penicillin-binding protein 2  51.54 
 
 
634 aa  652  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.142913  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0699  peptidoglycan glycosyltransferase  76.21 
 
 
618 aa  1025  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00364586  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2869  peptidoglycan glycosyltransferase  93.69 
 
 
618 aa  1219  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  1.24923e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0855  peptidoglycan glycosyltransferase  78.01 
 
 
618 aa  1025  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  2.72636e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004222  penicillin-binding protein 2 (PBP-2)  53.78 
 
 
638 aa  692  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  2.6113e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0991  peptidoglycan glycosyltransferase  100 
 
 
618 aa  1283  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  5.94498e-05  normal  0.0491088 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1056  peptidoglycan glycosyltransferase  100 
 
 
618 aa  1283  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0906078  hitchhiker  0.0072323 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0995  peptidoglycan glycosyltransferase  99.68 
 
 
618 aa  1280  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  9.00115e-07  normal  0.206093 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3150  penicillin-binding protein 2  51.86 
 
 
634 aa  658  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0887106  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2588  peptidoglycan glycosyltransferase  75.25 
 
 
610 aa  1003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0301777  normal  0.34105 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1135  transcriptional regulator, Fis family protein  51.05 
 
 
628 aa  669  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0373953  normal  0.889933 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3275  peptidoglycan glycosyltransferase  92.23 
 
 
618 aa  1201  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  2.07443e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2935  peptidoglycan glycosyltransferase  78.59 
 
 
627 aa  1041  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0357968  normal  0.0108979 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3453  peptidoglycan glycosyltransferase  92.23 
 
 
618 aa  1201  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00243084  hitchhiker  0.00384932 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2964  penicillin-binding protein 2  51.86 
 
 
636 aa  641  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0616  penicillin-binding protein 2  50.65 
 
 
633 aa  644  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  5.4384e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1715  penicillin-binding protein  51.27 
 
 
652 aa  662  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0696  penicillin-binding protein 2  50.32 
 
 
633 aa  649  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.982712  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0800  penicillin-binding protein 2  50.32 
 
 
633 aa  649  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.590609  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01657  cell elongation-specific transpeptidase of penicillin-binding protein 2 (peptidoglycan synthetase)  53.83 
 
 
637 aa  691  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.530513  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0682  penicillin-binding protein 2  50.32 
 
 
633 aa  649  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  2.20235e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0742  penicillin-binding protein 2  50.32 
 
 
633 aa  649  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.302066  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0724  penicillin-binding protein 2  50.65 
 
 
633 aa  643  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000167121  normal  0.141878 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1092  penicillin-binding protein 2  92.23 
 
 
618 aa  1201  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000952492  hitchhiker  1.09983e-07 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2991  penicillin-binding protein 2  50.65 
 
 
633 aa  643  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  2.98209e-10  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00604  transpeptidase involved in peptidoglycan synthesis (penicillin-binding protein 2)  50.65 
 
 
633 aa  643  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0219544  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1168  penicillin-binding protein 2  98.54 
 
 
618 aa  1268  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3708  penicillin-binding protein 2  74.88 
 
 
610 aa  978  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000241854  decreased coverage  4.26063e-07 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3021  penicillin-binding protein 2  51.48 
 
 
631 aa  635  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00366199  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00593  hypothetical protein  50.65 
 
 
633 aa  643  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0186683  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3010  penicillin-binding protein 2  50.65 
 
 
633 aa  643  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  2.10034e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0655  penicillin-binding protein 2  50.65 
 
 
633 aa  643  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  4.71681e-07  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0756  penicillin-binding protein 2  50.32 
 
 
633 aa  649  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.151758  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1092  penicillin-binding protein 2  51.22 
 
 
634 aa  647  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2949  penicillin-binding protein 2  51.31 
 
 
631 aa  633  1e-180  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.151032  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1849  penicillin-binding protein 2  51.31 
 
 
631 aa  634  1e-180  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1201  penicillin-binding protein 2  50.33 
 
 
631 aa  629  1e-179  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.621118  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03333  hypothetical protein  49.84 
 
 
632 aa  630  1e-179  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0985  penicillin-binding protein 2  49.19 
 
 
625 aa  628  1e-179  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0321  peptidoglycan glycosyltransferase  47.45 
 
 
637 aa  604  1e-171  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.277376  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2356  peptidoglycan glycosyltransferase  47.36 
 
 
641 aa  578  1e-163  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4860  penicillin-binding protein 2  44.91 
 
 
629 aa  567  1e-160  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.493297  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4970  peptidoglycan glycosyltransferase  45.34 
 
 
631 aa  568  1e-160  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.474352 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4682  peptidoglycan glycosyltransferase  44.91 
 
 
629 aa  566  1e-160  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4807  penicillin-binding protein 2  44.75 
 
 
629 aa  567  1e-160  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0974911 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0614  penicillin-binding protein 2  45.35 
 
 
629 aa  565  1e-159  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4825  penicillin-binding protein  46.2 
 
 
631 aa  560  1e-158  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.436079  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4365  peptidoglycan glycosyltransferase  46.64 
 
 
631 aa  560  1e-158  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.710659  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3798  peptidoglycan glycosyltransferase  45.01 
 
 
630 aa  558  1e-158  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.624413  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3903  peptidoglycan glycosyltransferase  45.34 
 
 
630 aa  552  1e-156  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2065  penicillin-binding protein 2  44.75 
 
 
623 aa  549  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.180725  normal  0.157728 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1336  penicillin-binding protein 2  44.75 
 
 
623 aa  550  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.692108  hitchhiker  2.0031e-06 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2125  penicillin-binding protein 2  44.75 
 
 
623 aa  550  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  3.81771e-08 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1212  penicillin-binding protein 2  44.75 
 
 
623 aa  550  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2070  penicillin-binding protein 2  44.75 
 
 
623 aa  549  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  5.25085e-06 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1106  penicillin-binding protein 2  45.78 
 
 
646 aa  550  1e-155  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.906879  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0235  penicillin-binding protein 2  45.59 
 
 
621 aa  551  1e-155  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12060  penicillin-binding protein 2  45.29 
 
 
646 aa  543  1e-153  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3741  penicillin-binding protein 2  44.95 
 
 
631 aa  541  1e-152  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2022  peptidoglycan glycosyltransferase  44.95 
 
 
667 aa  541  1e-152  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.238074  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2313  peptidoglycan glycosyltransferase  44.59 
 
 
629 aa  535  1e-151  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.124317  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3060  penicillin-binding protein 2  43.94 
 
 
630 aa  536  1e-151  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.569181  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08390  Peptidoglycan glycosyltransferase  45.87 
 
 
640 aa  534  1e-150  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.630549  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2165  penicillin-binding protein 2  44.46 
 
 
655 aa  533  1e-150  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.574544 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1545  peptidoglycan glycosyltransferase  43.92 
 
 
633 aa  531  1e-149  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00213347  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2711  Peptidoglycan glycosyltransferase  43.53 
 
 
618 aa  530  1e-149  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.307804  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2413  peptidoglycan glycosyltransferase  43.16 
 
 
632 aa  527  1e-148  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0462384  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0664  penicillin-binding protein  44.63 
 
 
612 aa  526  1e-148  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  1.64685e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2509  penicillin-binding protein  43.46 
 
 
629 aa  527  1e-148  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.741152  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1513  cell elongation specific D,D-transpeptidase  44.63 
 
 
615 aa  525  1e-147  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0564593  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2494  peptidoglycan glycosyltransferase  41.4 
 
 
645 aa  518  1e-145  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0317  peptidoglycan glycosyltransferase  42.55 
 
 
646 aa  510  1e-143  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3341  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase / peptidoglycan glycosyltransferase  44.17 
 
 
619 aa  506  1e-142  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.198786  normal  0.0253146 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1974  penicillin-binding protein 2  43.13 
 
 
626 aa  504  1e-141  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0103  penicillin-binding protein 2  43.26 
 
 
611 aa  501  1e-140  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2848  peptidoglycan glycosyltransferase  42.81 
 
 
626 aa  498  1e-139  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.209414  hitchhiker  2.41166e-07 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0172  peptidoglycan glycosyltransferase  44.17 
 
 
630 aa  495  1e-139  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.82525  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0113  peptidoglycan glycosyltransferase  41.8 
 
 
636 aa  488  1e-137  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3920  peptidoglycan glycosyltransferase  41.25 
 
 
673 aa  490  1e-137  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1326  penicillin-binding protein 2  43.76 
 
 
617 aa  487  1e-136  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1329  penicillin-binding protein 2  43.76 
 
 
617 aa  486  1e-136  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1633  peptidoglycan glycosyltransferase  42.69 
 
 
607 aa  485  1e-135  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.113287  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0263  peptidoglycan glycosyltransferase  42.36 
 
 
630 aa  483  1e-135  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0800  peptidoglycan glycosyltransferase  41.45 
 
 
678 aa  485  1e-135  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0101369  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0054  peptidoglycan glycosyltransferase  42.28 
 
 
793 aa  478  1e-133  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.171257  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1745  peptidoglycan glycosyltransferase  42.76 
 
 
662 aa  478  1e-133  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.371842  normal  0.361926 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1607  peptidoglycan glycosyltransferase  40.59 
 
 
650 aa  474  1e-132  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.188503  normal  0.818335 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0079  peptidoglycan glycosyltransferase  42.02 
 
 
766 aa  475  1e-132  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.456531  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1563  peptidoglycan glycosyltransferase  42.36 
 
 
664 aa  472  1e-131  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.167338  normal  0.439071 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1008  peptidoglycan glycosyltransferase  41.05 
 
 
640 aa  471  1e-131  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0590  penicillin-binding protein 2  41.85 
 
 
687 aa  466  1e-130  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.253689  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>