More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_0466 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009997  Sbal195_0505  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  86.99 
 
 
559 aa  909    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4112  MSHA biogenesis protein MshL  93.94 
 
 
560 aa  965    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3768  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  74.02 
 
 
556 aa  827    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3835  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  86.99 
 
 
559 aa  905    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.139484  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0560  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  86.27 
 
 
558 aa  914    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0389  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  76.77 
 
 
563 aa  830    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3663  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  99.47 
 
 
561 aa  1139    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0508  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  86.99 
 
 
559 aa  905    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0544  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  77.54 
 
 
567 aa  841    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0484  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  87.17 
 
 
559 aa  912    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3347  type II and III secretion system protein  73 
 
 
549 aa  795    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.292077  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4417  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  74.73 
 
 
562 aa  832    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0454  MSHA biogenesis protein MshL  72.66 
 
 
561 aa  771    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3486  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  99.82 
 
 
561 aa  1142    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.552648  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0466  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  100 
 
 
561 aa  1144    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.142109  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3751  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  76.25 
 
 
556 aa  834    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4576  MSHA biogenesis protein MshL  53.8 
 
 
609 aa  524  1e-147  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0469  type IV pilus, mannose-sensitive hemagglutinin D (MSHD)  49.91 
 
 
546 aa  508  1e-143  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00341212  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002368  MSHA biogenesis protein MshL  49.72 
 
 
530 aa  499  1e-140  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0170  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  51.9 
 
 
550 aa  499  1e-140  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03698  hypothetical protein  48.03 
 
 
544 aa  496  1e-139  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2820  MSHA biogenesis protein MshL  49.56 
 
 
559 aa  486  1e-136  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00251  putative Mannose-sensitive agglutinin (MSHA) biogenesis protein MshL (pilus type IV)  44.93 
 
 
569 aa  460  9.999999999999999e-129  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0385  type II and III secretion system protein  44.97 
 
 
537 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.16862  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1135  MSHA biogenesis protein MshL  42.03 
 
 
543 aa  402  1e-111  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00664047  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0753  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  43.27 
 
 
572 aa  379  1e-104  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.22971  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0764  general secretion pathway protein D  37.3 
 
 
554 aa  343  5e-93  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.0000564128  normal  0.152478 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0329  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  38.43 
 
 
538 aa  334  3e-90  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.683129  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3332  type II and III secretion system protein  35.58 
 
 
614 aa  331  2e-89  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.449777  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3096  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  38.12 
 
 
577 aa  319  7.999999999999999e-86  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0893  type II and III secretion system secretin  33.28 
 
 
585 aa  296  6e-79  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0887  type II and III secretion system protein  27.91 
 
 
625 aa  185  2.0000000000000003e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0606978  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1968  type II and III secretion system protein  32.05 
 
 
506 aa  163  6e-39  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.150823  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1007  type II and III secretion system protein  29.29 
 
 
512 aa  158  2e-37  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0109  type II and III secretion system protein  29.53 
 
 
547 aa  158  2e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.379094  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3405  type II and III secretion system protein  26.18 
 
 
594 aa  155  1e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1343  Type II secretory pathway component PulD-like  28.2 
 
 
546 aa  153  8e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.255385  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0076  type II and III secretion system protein  26.25 
 
 
539 aa  153  8e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1227  PP family ATPase  30.09 
 
 
508 aa  150  5e-35  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1056  type II and III secretion system protein  30.75 
 
 
541 aa  150  5e-35  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  decreased coverage  0.0036675  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3259  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  25.26 
 
 
830 aa  149  1.0000000000000001e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0701174 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1384  type II and III secretion system protein  28.54 
 
 
563 aa  149  2.0000000000000003e-34  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.157655  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0549  putative Type II secretory pathway component PulD  25.64 
 
 
581 aa  142  9.999999999999999e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1821  general secretory pathway protein D  25.23 
 
 
470 aa  142  9.999999999999999e-33  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.533467  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1647  general secretory pathway protein D  23.86 
 
 
470 aa  142  1.9999999999999998e-32  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.948115  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1467  general secretory pathway protein D  23.61 
 
 
470 aa  142  1.9999999999999998e-32  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0928  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  31.4 
 
 
574 aa  140  4.999999999999999e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0351042  normal  0.287685 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0639  type II and III secretion system protein  26.63 
 
 
569 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1036  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  29.61 
 
 
506 aa  132  2.0000000000000002e-29  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0390  putative type II protein secretion system D protein CtsD  24.26 
 
 
463 aa  130  9.000000000000001e-29  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0917  general secretion pathway protein D  29.25 
 
 
810 aa  118  1.9999999999999998e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.460737  normal  0.382842 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3307  general secretion pathway protein D  29.23 
 
 
763 aa  117  5e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.335208  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2771  general secretion pathway protein D  30.94 
 
 
686 aa  115  1.0000000000000001e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.662007  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0667  general secretion pathway protein D  29.04 
 
 
781 aa  115  2.0000000000000002e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.509623 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1309  general secretion pathway protein D  28.39 
 
 
819 aa  114  4.0000000000000004e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0418049  normal  0.0430257 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0683  general secretion pathway protein D  32.23 
 
 
641 aa  114  5e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00528314  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0646  general secretion pathway protein D  28.71 
 
 
781 aa  114  5e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255398  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1175  general secretion pathway protein D  29.46 
 
 
797 aa  111  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.217594  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3529  general secretion pathway protein D  28.94 
 
 
740 aa  109  1e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22216  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0031  general secretion pathway protein D  31.4 
 
 
794 aa  108  2e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.412275  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5697  general secretion pathway protein D  28.79 
 
 
787 aa  108  3e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0549216 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0756  general secretion pathway protein D  28.26 
 
 
738 aa  107  6e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.2147 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3131  type II and III secretion system secretin  32.75 
 
 
706 aa  106  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1299  general secretion pathway protein D  27.19 
 
 
716 aa  106  1e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1123  general secretion pathway protein D  26.15 
 
 
751 aa  105  2e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0676  type IV pilus secretin PilQ  29.18 
 
 
712 aa  105  2e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0513827 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1329  type II and III secretion system protein  28.35 
 
 
747 aa  105  2e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4591  general secretion pathway protein D  27.96 
 
 
697 aa  105  3e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0542  type II and III secretion system protein  28.92 
 
 
702 aa  105  3e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3141  type II and III secretion system protein:NolW-like  30.14 
 
 
776 aa  104  4e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.529282  normal  0.96586 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0097  general secretion pathway protein D  28.57 
 
 
662 aa  103  8e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.395857  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3136  general secretion pathway protein D  27.03 
 
 
736 aa  103  1e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.81817  hitchhiker  0.003504 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2173  general secretion pathway protein D  30.11 
 
 
745 aa  102  2e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3268  type II and III secretion system protein  29.29 
 
 
710 aa  102  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0703  type IV pilus secretin PilQ  31.47 
 
 
696 aa  102  2e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.853833  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2370  general secretion pathway protein D  27.69 
 
 
670 aa  101  3e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4150  general secretion pathway protein D  33.22 
 
 
829 aa  101  3e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0456168  hitchhiker  0.0000162446 
 
 
-
 
NC_002978  WD0500  type II secretion system protein, putative  23.51 
 
 
500 aa  101  4e-20  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.555962  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0707  putative type II and III secretion system outermembrane protein, secretin  29.47 
 
 
423 aa  101  4e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.848525  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0734  type IV pilus secretin PilQ  30.07 
 
 
696 aa  100  5e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0375525  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2924  general secretion pathway protein D  26.18 
 
 
675 aa  100  5e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4358  general secretion pathway protein D  28.06 
 
 
724 aa  100  7e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000917218  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3114  general secretory pathway D transmembrane protein  28.39 
 
 
805 aa  100  1e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.442209  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0609  general secretion pathway protein D  27.99 
 
 
635 aa  99.8  1e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.73081e-17 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3403  type IV pilus secretin PilQ  28.94 
 
 
726 aa  99.4  2e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.613607 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3399  general secretion pathway protein D  28.09 
 
 
807 aa  98.6  2e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3281  type II and III secretion system protein  30.82 
 
 
915 aa  99  2e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4251  general secretion pathway protein D  30.28 
 
 
660 aa  98.2  3e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0106048 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1941  type IV pilus secretin PilQ  25.52 
 
 
729 aa  98.2  3e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.77071  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40320  secretion protein XqhA  28.7 
 
 
776 aa  98.2  4e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.386319  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02838  GspD, hypothetical type II secretion protein  25.99 
 
 
686 aa  97.4  5e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000664316  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02788  hypothetical protein  25.99 
 
 
686 aa  97.4  5e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000655056  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3247  general secretion pathway protein GspD  25.99 
 
 
686 aa  97.4  6e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0062  general secretion pathway protein D  26.97 
 
 
771 aa  97.4  7e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0052  general secretion pathway protein D  26.97 
 
 
777 aa  97.4  7e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3138  general secretion pathway protein D  25.69 
 
 
686 aa  97.1  8e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3427  general secretion pathway protein D  25.69 
 
 
686 aa  97.1  8e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4206  general secretion pathway protein D  27.22 
 
 
705 aa  97.1  8e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.016769  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00601  general secretion pathway protein D  27.53 
 
 
658 aa  97.1  9e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0105  general secretion pathway protein D  28.71 
 
 
710 aa  96.7  9e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>