More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_0055 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_0057  response regulator receiver protein  100 
 
 		 243 aa  500  1e-141  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000048418  decreased coverage  0.0000000648872 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0055  response regulator receiver protein  100 
 
 		 243 aa  500  1e-141  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000989316  hitchhiker  0.000468323 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0059  two component transcriptional regulator, LytTR family  99.59 
 
 		 243 aa  498  1e-140  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.182784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0055  LytTR family two component transcriptional regulator  98.35 
 
 		 243 aa  494  1e-139  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.868518  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4299  LytTR family two component transcriptional regulator  98.77 
 
 		 243 aa  493  1e-139  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000001386  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0060  LytTR family two component transcriptional regulator  98.77 
 
 		 243 aa  493  1e-139  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0478076  hitchhiker  0.000497336 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3405  LytTR family two component transcriptional regulator  64.34 
 
 		 244 aa  325  3e-88  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.732179  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2443  two component transcriptional regulator, LytTR family  62.04 
 
 		 245 aa  323  1e-87  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.191147  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1879  two component transcriptional regulator, LytTR family  62.65 
 
 		 249 aa  323  2e-87  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.247337  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2357  two component transcriptional regulator, LytTR family  63.41 
 
 		 244 aa  322  3e-87  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2920  LytTR family two component transcriptional regulator  61.63 
 
 		 245 aa  320  1.9999999999999998e-86  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02291  predicted response regulator in two-component system withYpdA  61.48 
 
 		 244 aa  318  7e-86  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1276  two component transcriptional regulator, LytTR family  61.48 
 
 		 244 aa  318  7e-86  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.435037  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2671  response regulator  61.48 
 
 		 244 aa  318  7e-86  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3613  response regulator  61.48 
 
 		 244 aa  318  7e-86  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.560415 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2750  response regulator  61.48 
 
 		 244 aa  318  7e-86  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2518  response regulator  61.48 
 
 		 244 aa  318  7e-86  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1288  LytTR family two component transcriptional regulator  61.48 
 
 		 244 aa  318  7e-86  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.524379  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2171  two component transcriptional regulator, LytTR family  61.45 
 
 		 249 aa  317  1e-85  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0294549  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2533  response regulator  61.22 
 
 		 244 aa  316  2e-85  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 252 aa  181  6e-45  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1001  LytR/AlgR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 262 aa  171  1e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2697  LytR/AlgR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 240 aa  168  6e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5573  response regulator LytR  38.04 
 
 		 246 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2791  LytTR family two component transcriptional regulator  37.19 
 
 		 250 aa  163  2.0000000000000002e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.073585  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5621  response regulator LytR  38.04 
 
 		 246 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0119  response regulator receiver protein  36.07 
 
 		 249 aa  160  1e-38  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5565  response regulator LytR  37.9 
 
 		 246 aa  160  1e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5295  response regulator LytR  37.65 
 
 		 246 aa  160  2e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5122  response regulator  37.65 
 
 		 246 aa  160  2e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5137  response regulator  38.55 
 
 		 246 aa  160  2e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4408  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.21 
 
 		 268 aa  160  2e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5691  response regulator LytR  37.65 
 
 		 246 aa  160  2e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5536  response regulator LytR  37.65 
 
 		 246 aa  160  2e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5384  response regulator LytR  38.43 
 
 		 246 aa  160  2e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.662493  normal  0.485514 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0765  LytR/AlgR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 247 aa  160  3e-38  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.584976  normal  0.255142 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1964  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 255 aa  159  4e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.777054 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5234  LytTR family two component transcriptional regulator  37.74 
 
 		 246 aa  159  4e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3958  LytTR family two component transcriptional regulator  37.25 
 
 		 246 aa  158  7e-38  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3773  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.16 
 
 		 260 aa  158  7e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.10961  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00400  response regulator of the LytR/AlgR family  34.57 
 
 		 237 aa  157  1e-37  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.132657  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01160  response regulator of the LytR/AlgR family  36.36 
 
 		 238 aa  155  7e-37  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1761  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.93 
 
 		 251 aa  155  8e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0898  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.4 
 
 		 265 aa  153  2e-36  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0137  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.21 
 
 		 237 aa  153  2.9999999999999998e-36  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0469  response regulator receiver protein  33.86 
 
 		 254 aa  151  1e-35  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0885  response regulator  32.26 
 
 		 247 aa  149  4e-35  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0355946  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2957  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 236 aa  142  4e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00954821  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0904  LytTR family two component transcriptional regulator  32.52 
 
 		 243 aa  142  5e-33  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10420  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.76 
 
 		 253 aa  142  6e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000460621  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1323  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.06 
 
 		 237 aa  140  1.9999999999999998e-32  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0540721  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0183  response regulator  35.15 
 
 		 246 aa  138  6e-32  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3544  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.47 
 
 		 251 aa  138  7e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0394969  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1016  response regulator  32.51 
 
 		 244 aa  136  3.0000000000000003e-31  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0715  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.84 
 
 		 245 aa  135  7.000000000000001e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00500528  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00984  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.84 
 
 		 242 aa  132  5e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3670  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 246 aa  132  6e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0699  response regulator receiver  32.4 
 
 		 275 aa  131  6.999999999999999e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0246  two-component response regulator  30.08 
 
 		 246 aa  131  7.999999999999999e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0252  two-component response regulator  30.08 
 
 		 246 aa  131  7.999999999999999e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3341  putative two-component response-regulatory protein YehT  34.01 
 
 		 244 aa  130  1.0000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.798853 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0387  response regulator  32.66 
 
 		 261 aa  130  2.0000000000000002e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3416  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.78 
 
 		 237 aa  130  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.329348  normal  0.0577965 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 253 aa  130  2.0000000000000002e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1281  putative two-component response-regulatory protein YehT  34.58 
 
 		 236 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.155887  normal  0.0159688 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004414  response regulator of the LytR/AlgR family  31.02 
 
 		 242 aa  130  2.0000000000000002e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2356  response regulator receiver protein  29.17 
 
 		 257 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.325932  normal  0.149931 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0068  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.35 
 
 		 244 aa  129  3e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00288448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1440  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.69 
 
 		 236 aa  129  4.0000000000000003e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0224  putative two-component response-regulatory protein YehT  33.47 
 
 		 237 aa  129  4.0000000000000003e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2025  two-component response regulator  34.65 
 
 		 252 aa  128  7.000000000000001e-29  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1844  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.93 
 
 		 236 aa  128  7.000000000000001e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2133  LytTR family two component transcriptional regulator  32.24 
 
 		 248 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.565653  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1765  putative two-component response-regulatory protein YehT  33.9 
 
 		 232 aa  125  5e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.199181  hitchhiker  0.00544661 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.64 
 
 		 246 aa  125  6e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4494  LytTr DNA-binding region  31.12 
 
 		 250 aa  124  1e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0706486  normal  0.304613 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5008  LytTR family two component transcriptional regulator  31.38 
 
 		 250 aa  123  2e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.135227  hitchhiker  0.0000288771 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07024  transcriptional regulator  28.35 
 
 		 263 aa  124  2e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1375  response regulator receiver protein  31.25 
 
 		 239 aa  124  2e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1318  putative two-component response-regulatory protein YehT  35.32 
 
 		 238 aa  123  2e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2186  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.94 
 
 		 275 aa  123  3e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0444  response regulator receiver protein  31.01 
 
 		 262 aa  123  3e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0617  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.92 
 
 		 243 aa  123  3e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.23864 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.74 
 
 		 244 aa  122  4e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5278  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.21 
 
 		 281 aa  122  6e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.415246  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0480  response regulator receiver domain-containing protein  27.8 
 
 		 265 aa  122  7e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3358  putative two-component response-regulatory protein YehT  33.47 
 
 		 238 aa  122  7e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3485  putative two-component response-regulatory protein YehT  33.47 
 
 		 238 aa  122  7e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.159726 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0957  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.13 
 
 		 241 aa  121  8e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.147856  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0388  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.31 
 
 		 233 aa  120  9.999999999999999e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000974  response regulator of the LytR/AlgR family  27.97 
 
 		 263 aa  120  9.999999999999999e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.728867  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5734  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.05 
 
 		 257 aa  121  9.999999999999999e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2030  LytTR family two component transcriptional regulator  31.22 
 
 		 237 aa  120  1.9999999999999998e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0231  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 254 aa  119  3e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.740894 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3221  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.81 
 
 		 238 aa  120  3e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2594  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.67 
 
 		 236 aa  119  3e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0103906  hitchhiker  0.00157605 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  30.65 
 
 		 255 aa  119  3e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0959  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.58 
 
 		 241 aa  119  3.9999999999999996e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.606019  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2671  response regulator receiver protein  29.39 
 
 		 243 aa  119  3.9999999999999996e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000586434 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1527  LytTR family two component transcriptional regulator  30.8 
 
 		 246 aa  119  6e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.109257  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>