105 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_0028 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0033  LysM domain-containing protein  91.01 
 
 		 378 aa  714    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0030  peptidoglycan-binding LysM  98.93 
 
 		 374 aa  763    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.772252  hitchhiker  0.00540943 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0028  peptidoglycan-binding LysM  100 
 
 		 374 aa  769    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.198583 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0036  peptidoglycan-binding LysM  98.93 
 
 		 374 aa  764    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000243599 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0033  peptidoglycan-binding LysM  84.57 
 
 		 376 aa  677    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0025  peptidoglycan-binding LysM  80.48 
 
 		 374 aa  655    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0028  peptidoglycan-binding LysM  84.31 
 
 		 376 aa  674    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0032  peptidoglycan-binding LysM  84.57 
 
 		 376 aa  676    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00105156 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0032  Peptidoglycan-binding LysM  84.57 
 
 		 376 aa  675    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000235775 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0036  peptidoglycan-binding LysM  64.23 
 
 		 367 aa  513  1e-144  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.971795  normal  0.107314 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0039  peptidoglycan-binding LysM  63.69 
 
 		 369 aa  510  1e-143  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.357546 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3735  peptidoglycan-binding LysM  65.85 
 
 		 365 aa  507  9.999999999999999e-143  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.315042  hitchhiker  0.00230648 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0025  peptidoglycan-binding LysM  61.02 
 
 		 369 aa  479  1e-134  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0032  peptidoglycan-binding LysM  62.16 
 
 		 362 aa  480  1e-134  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0025  peptidoglycan-binding LysM  61.76 
 
 		 368 aa  476  1e-133  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0044  LysM domain-containing protein  63.07 
 
 		 346 aa  471  1.0000000000000001e-131  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.764087  normal  0.149636 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0056  peptidoglycan-binding LysM  35.34 
 
 		 345 aa  226  6e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0044  peptidoglycan-binding LysM  35 
 
 		 338 aa  213  2.9999999999999995e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0077  peptidoglycan-binding LysM  34.58 
 
 		 360 aa  211  1e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.820269 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00180  peptidoglycan-binding LysM protein  35.24 
 
 		 341 aa  210  3e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0309659  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00210  lysin domain-containing protein  34.5 
 
 		 341 aa  209  7e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0120002  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0021  hypothetical protein  34.5 
 
 		 341 aa  209  9e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.156222  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0021  LysM domain-containing protein  33.33 
 
 		 361 aa  200  3e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0018  peptidoglycan-binding LysM  33.63 
 
 		 341 aa  199  7.999999999999999e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000019767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0022  hypothetical protein  32.1 
 
 		 352 aa  194  2e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.124597  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0176  LysM domain protein  32.56 
 
 		 341 aa  192  6e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0020  peptidoglycan-binding LysM  32.56 
 
 		 341 aa  191  2e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0194  peptidoglycan-binding LysM  32.14 
 
 		 383 aa  187  3e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2274  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  30.72 
 
 		 389 aa  186  6e-46  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00514615 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2629  peptidoglycan-binding LysM  31.62 
 
 		 338 aa  184  2.0000000000000003e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.829323  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0013  peptidoglycan-binding LysM-like protein  28.5 
 
 		 403 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.154454 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002058  LysM domain-containing protein  32.7 
 
 		 364 aa  179  7e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.778363  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00390  hypothetical protein  32.7 
 
 		 364 aa  176  6e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2472  hypothetical protein  33.51 
 
 		 391 aa  173  5e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0349  peptidoglycan-binding LysM  31.43 
 
 		 394 aa  172  9e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0885534 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2087  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  30.55 
 
 		 393 aa  168  1e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0188  peptidoglycan-binding LysM  31.06 
 
 		 350 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000749903 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3013  peptidoglycan-binding LysM  29 
 
 		 345 aa  164  3e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2464  peptidoglycan-binding LysM  29.66 
 
 		 377 aa  163  4.0000000000000004e-39  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.175579 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2649  hypothetical protein  30 
 
 		 345 aa  163  6e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2519  hypothetical protein  29.73 
 
 		 345 aa  160  3e-38  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2136  hypothetical protein  29.1 
 
 		 377 aa  160  5e-38  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.116452 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0076  putative cell wall degradation enzyme  30.36 
 
 		 353 aa  159  6e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4687  peptidoglycan-binding LysM  31.08 
 
 		 417 aa  150  2e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4050  peptidoglycan-binding LysM  30.77 
 
 		 426 aa  150  3e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.021914  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0834  peptidoglycan-binding LysM  31.78 
 
 		 401 aa  150  3e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0096  Peptidoglycan-binding LysM  28.46 
 
 		 349 aa  150  3e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0024  peptidoglycan-binding LysM  32.95 
 
 		 359 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3395  Peptidoglycan-binding LysM  30.77 
 
 		 419 aa  148  2.0000000000000003e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3586  Peptidoglycan-binding LysM  30.1 
 
 		 377 aa  146  7.0000000000000006e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2842  LysM domain-containing protein  28.57 
 
 		 341 aa  145  1e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0020  peptidoglycan-binding LysM  28.46 
 
 		 343 aa  145  1e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.732804  normal  0.419154 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0282  putative signal peptide protein  29.68 
 
 		 387 aa  145  1e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0184346 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00023  Peptidoglycan-binding LysM  30.23 
 
 		 367 aa  142  8e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.574097  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4083  peptidoglycan-binding LysM  29.46 
 
 		 420 aa  140  3.9999999999999997e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.164352  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4640  peptidoglycan-binding LysM  29.07 
 
 		 408 aa  137  3.0000000000000003e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.132875  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5114  Peptidoglycan-binding LysM  30.71 
 
 		 405 aa  137  3.0000000000000003e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0439251  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04054  LysM domain protein  29.76 
 
 		 366 aa  137  4e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3409  peptidoglycan-binding LysM  29.89 
 
 		 388 aa  134  3e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.392654  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3680  Peptidoglycan-binding LysM  28.9 
 
 		 395 aa  134  3e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3357  Peptidoglycan-binding LysM  28.9 
 
 		 364 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.695863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3861  peptidoglycan-binding LysM  27.84 
 
 		 409 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0069  signal peptide protein  27.87 
 
 		 390 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3566  peptidoglycan-binding LysM  26.4 
 
 		 358 aa  127  3e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3879  peptidoglycan-binding LysM  28.35 
 
 		 430 aa  124  2e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0019  Peptidoglycan-binding LysM  27.42 
 
 		 349 aa  117  3.9999999999999997e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.154254 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0018  LysM domain protein  27.42 
 
 		 349 aa  117  3.9999999999999997e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0889  peptidoglycan-binding LysM  27.91 
 
 		 333 aa  115  8.999999999999998e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000030411  hitchhiker  0.00000000000323717 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1930  hypothetical protein  26.93 
 
 		 384 aa  115  1.0000000000000001e-24  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1866  peptidoglycan-binding LysM  26.68 
 
 		 384 aa  111  2.0000000000000002e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2551  LysM domain-containing protein  29.33 
 
 		 335 aa  105  2e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.551976  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3691  peptidoglycan-binding LysM  25.54 
 
 		 340 aa  99.8  8e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000027016  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0530  peptidoglycan-binding LysM  25.07 
 
 		 331 aa  94  4e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0501  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  28.57 
 
 		 429 aa  93.2  6e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0409  LysM domain-containing protein  24.78 
 
 		 333 aa  93.2  7e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000322112  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2701  peptidoglycan-binding LysM  25.69 
 
 		 440 aa  89.7  7e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3268  Peptidoglycan-binding LysM  27.04 
 
 		 339 aa  89.4  9e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000361142  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2887  Peptidoglycan-binding LysM  25.2 
 
 		 440 aa  89.4  9e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.94359  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2695  peptidoglycan-binding LysM  23.02 
 
 		 435 aa  89  1e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0516695  normal  0.123815 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2794  Peptidoglycan-binding LysM  25.2 
 
 		 440 aa  89.4  1e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0244523  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2713  Peptidoglycan-binding LysM  28.48 
 
 		 335 aa  88.6  1e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.292431  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1527  Peptidoglycan-binding LysM  25.41 
 
 		 338 aa  82.4  0.00000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.27524e-30 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0537  peptidoglycan-binding LysM  23.32 
 
 		 394 aa  68.6  0.0000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000201658  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0326  LysM domain protein  51.11 
 
 		 377 aa  52  0.00002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.0219877  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8593  Peptidoglycan-binding LysM  43.64 
 
 		 356 aa  51.6  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.902374  normal  0.799796 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0662  putative cell wall turnover protein  34.52 
 
 		 185 aa  50.1  0.00007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1755  peptidoglycan-binding LysM  34.52 
 
 		 195 aa  48.9  0.0001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.273127 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6887  transcriptional regulator, SARP family  42.11 
 
 		 935 aa  47.8  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.691511  normal  0.899507 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2281  LysM domain-containing protein  41.82 
 
 		 357 aa  47  0.0005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0169093  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2148  LysM domain/BON superfamily protein  29.76 
 
 		 160 aa  46.6  0.0007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00099645  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1442  hypothetical protein  41.38 
 
 		 212 aa  46.6  0.0007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1944  LysM domain/BON superfamily protein  29.76 
 
 		 161 aa  46.2  0.0008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.123188  normal  0.0308749 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2267  LysM domain/BON superfamily protein  29.76 
 
 		 161 aa  46.2  0.0009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0461572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1548  peptidoglycan-binding LysM  44 
 
 		 1051 aa  46.2  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.637066  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2489  peptidoglycan-binding LysM  36.23 
 
 		 219 aa  45.8  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0431  peptidoglycan-binding LysM  31.94 
 
 		 543 aa  45.1  0.002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000410197  normal  0.723763 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2725  5'-nucleotidase-like  37.5 
 
 		 663 aa  44.7  0.002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2044  LysM domain/BON superfamily protein  38 
 
 		 143 aa  44.7  0.003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1627  Peptidoglycan-binding LysM  44.68 
 
 		 207 aa  44.3  0.003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000379646 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0300  Allergen V5/Tpx-1 related  34.85 
 
 		 205 aa  43.1  0.008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.022059  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>