236 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_R0014 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_R0125  tRNA-Gly  100 
 
 
74 bp  147  4e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  1.08683e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0014  tRNA-Gly  100 
 
 
74 bp  147  4e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  3.23957e-08  normal  0.0855349 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0014  tRNA-Gly  100 
 
 
74 bp  147  4e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  8.37111e-05  hitchhiker  0.00969138 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t007  tRNA-Gly  100 
 
 
74 bp  147  4e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0014  tRNA-Gly  100 
 
 
74 bp  147  4e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  2.52588e-10  normal  0.0241581 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0012  tRNA-Gly  100 
 
 
74 bp  147  4e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  4.71876e-08  hitchhiker  8.7686e-05 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0006  tRNA-Gly  97.3 
 
 
74 bp  131  2e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  2.16667e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0015  tRNA-Gly  97.3 
 
 
74 bp  131  2e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  9.56602e-09  hitchhiker  0.000519908 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0013  tRNA-Gly  97.3 
 
 
74 bp  131  2e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  5.62793e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0131  tRNA-Gly  97.3 
 
 
74 bp  131  2e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  5.37425e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t005  tRNA-Gly  97.26 
 
 
74 bp  129  1e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  6.75609e-10  normal  0.123199 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0012  tRNA-Gly  97.33 
 
 
75 bp  125  1e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0008  tRNA-Gly  100 
 
 
74 bp  111  2e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  1.40314e-08  normal  0.0304222 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0011  tRNA-Gly  100 
 
 
74 bp  111  2e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  5.11847e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0150  tRNA-Gly  100 
 
 
74 bp  111  2e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  6.45582e-09  hitchhiker  1.39269e-09 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0154  tRNA-Gly  100 
 
 
74 bp  111  2e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  6.93037e-08  hitchhiker  0.000107525 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0015  tRNA-Gly  100 
 
 
74 bp  111  2e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  3.68729e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4426  tRNA-Gly  93.33 
 
 
75 bp  101  2e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  7.39048e-11  hitchhiker  4.76038e-05 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0107  tRNA-Gly  93.33 
 
 
75 bp  101  2e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  4.60652e-06  hitchhiker  0.00217641 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0013  tRNA-Gly  93.33 
 
 
75 bp  101  2e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  3.16853e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0698  tRNA-Gly  93.33 
 
 
75 bp  101  2e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00121364  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5443  tRNA-Gly  93.33 
 
 
75 bp  101  2e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  1.14766e-09  hitchhiker  0.00132893 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4550  tRNA-Gly  93.33 
 
 
75 bp  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  3.45033e-06  hitchhiker  1.21992e-12 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4386  tRNA-Gly  93.33 
 
 
75 bp  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  1.13588e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4473  tRNA-Gly  93.33 
 
 
75 bp  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  7.78472e-05  hitchhiker  0.000364054 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4354  tRNA-Gly  93.33 
 
 
75 bp  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  3.04012e-08  normal  0.98071 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tGly01  tRNA-Gly  93.33 
 
 
78 bp  101  2e-20  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  5.88593e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4476  tRNA-Gly  93.33 
 
 
75 bp  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  3.8079e-06  hitchhiker  7.85716e-15 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4695  tRNA-Gly  93.33 
 
 
75 bp  101  2e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  5.29308e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1180  tRNA-Gly  93.33 
 
 
75 bp  101  2e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  9.95593e-08  hitchhiker  7.87361e-13 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0490  tRNA-Gly  93.33 
 
 
75 bp  101  2e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.826084  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0092  tRNA-Gly  93.33 
 
 
75 bp  101  2e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  1.54336e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2721  tRNA-Gly  93.33 
 
 
75 bp  101  2e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  2.23193e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0005  tRNA-Gly  93.33 
 
 
75 bp  101  2e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  4.91266e-06  normal  0.390681 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna007  tRNA-Gly  93.33 
 
 
75 bp  101  2e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna050  tRNA-Gly  93.33 
 
 
75 bp  101  2e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  6.72543e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5102  tRNA-Gly  93.33 
 
 
75 bp  101  2e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  6.1566e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4719  tRNA-Gly  93.33 
 
 
75 bp  101  2e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.20782e-22  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00076  tRNA-Gly  93.33 
 
 
75 bp  101  2e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  4.23625e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06159  tRNA-Gly  93.06 
 
 
72 bp  95.6  1e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00235  tRNA-Gly  93.06 
 
 
72 bp  95.6  1e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0089  tRNA-Gly  90.67 
 
 
75 bp  85.7  1e-15  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00198921  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0007  tRNA-Gly  90.67 
 
 
75 bp  85.7  1e-15  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  3.13428e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4287  tRNA-Gly  90.67 
 
 
75 bp  85.7  1e-15  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.14711e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5034  tRNA-Gly  90.67 
 
 
75 bp  85.7  1e-15  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.616369  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0007  tRNA-Gly  90.67 
 
 
75 bp  85.7  1e-15  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000568475  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0013  tRNA-Gly  90.67 
 
 
75 bp  85.7  1e-15  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  1.81775e-06  normal  0.0204352 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5030  tRNA-Gly  90.67 
 
 
75 bp  85.7  1e-15  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.539673  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2801  tRNA-Gly  90.67 
 
 
75 bp  85.7  1e-15  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  4.58752e-10  normal  0.102156 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0082  tRNA-Gly  90.67 
 
 
75 bp  85.7  1e-15  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000798848  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0007  tRNA-Gly  90.67 
 
 
75 bp  85.7  1e-15  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  1.40906e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09150  tRNA-Gly  95.92 
 
 
74 bp  81.8  2e-14  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0613367 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3206t  tRNA-OTHER  91.18 
 
 
72 bp  79.8  8e-14  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0593259  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R23  tRNA-Gly  92.59 
 
 
74 bp  75.8  1e-12  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02828  tRNA-Gly  91.8 
 
 
72 bp  73.8  5e-12  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06802  tRNA-Gly  91.8 
 
 
72 bp  73.8  5e-12  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAGlyVIMSS1309292  tRNA-Gly  95.56 
 
 
71 bp  73.8  5e-12  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0057  tRNA-Gly  90.16 
 
 
74 bp  73.8  5e-12  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1112t  tRNA-Gly  91.8 
 
 
72 bp  73.8  5e-12  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0009  tRNA-Gly  95.56 
 
 
71 bp  73.8  5e-12  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0007  tRNA-Gly  93.75 
 
 
74 bp  71.9  2e-11  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  1.0318e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0017  tRNA-Gly  93.75 
 
 
74 bp  71.9  2e-11  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00877648 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0820  tRNA-Gly  93.75 
 
 
74 bp  71.9  2e-11  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0945604  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0017  tRNA-Gly  93.75 
 
 
74 bp  71.9  2e-11  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.292285 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0068  tRNA-Gly  93.75 
 
 
74 bp  71.9  2e-11  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.911099  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0085  tRNA-Gly  93.75 
 
 
74 bp  71.9  2e-11  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  3.18176e-05  normal  0.990431 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R88  tRNA-Gly  93.75 
 
 
74 bp  71.9  2e-11  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  2.23228e-11  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0009  tRNA-Gly  93.75 
 
 
74 bp  71.9  2e-11  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  1.97964e-10  hitchhiker  8.95065e-06 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0035  tRNA-Gly  93.75 
 
 
74 bp  71.9  2e-11  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA68  tRNA-Gly  93.75 
 
 
74 bp  71.9  2e-11  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  1.11768e-07  normal  0.639487 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0018  tRNA-Gly  93.75 
 
 
74 bp  71.9  2e-11  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.395535  normal  0.2939 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0015  tRNA-Gly  93.75 
 
 
74 bp  71.9  2e-11  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000649804  normal  0.0121052 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1214  tRNA-Gly  93.75 
 
 
74 bp  71.9  2e-11  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4566  tRNA-Gly  93.75 
 
 
74 bp  71.9  2e-11  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.778703  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0018  tRNA-Gly  93.75 
 
 
74 bp  71.9  2e-11  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0132435  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t06  tRNA-Gly  93.75 
 
 
74 bp  71.9  2e-11  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.490066  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2053  tRNA-OTHER  91.38 
 
 
68 bp  67.9  3e-10  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  4.1496e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12430  tRNA-Gly  91.84 
 
 
74 bp  65.9  1e-09  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAGlyVIMSS1309344  tRNA-Gly  93.33 
 
 
71 bp  65.9  1e-09  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t22  tRNA-Gly  93.33 
 
 
71 bp  65.9  1e-09  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.656712  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAGlyVIMSS1309190  tRNA-Gly  93.33 
 
 
71 bp  65.9  1e-09  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.179054  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0017  tRNA-Gly  93.33 
 
 
71 bp  65.9  1e-09  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.162954  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08660  tRNA-Gly  93.33 
 
 
71 bp  65.9  1e-09  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  2.14078e-07  hitchhiker  0.000527439 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0003  tRNA-Gly  97.3 
 
 
74 bp  65.9  1e-09  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t06  tRNA-Gly  93.33 
 
 
71 bp  65.9  1e-09  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.000883403  unclonable  1.95442e-07 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60030  tRNA-Gly  93.33 
 
 
71 bp  65.9  1e-09  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0562  hypothetical protein  91.67 
 
 
141 bp  63.9  5e-09  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  2.93219e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0561  tRNA-Gly  91.67 
 
 
74 bp  63.9  5e-09  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  4.76059e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0020  tRNA-Gly  91.67 
 
 
74 bp  63.9  5e-09  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.156043  normal  0.538933 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0050  tRNA-Gly  91.67 
 
 
74 bp  63.9  5e-09  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  2.35663e-09  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0106  tRNA-Gly  91.67 
 
 
75 bp  63.9  5e-09  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  2.81433e-05  hitchhiker  2.00758e-06 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0016  tRNA-Gly  91.49 
 
 
74 bp  61.9  2e-08  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0014  tRNA-Gly  91.49 
 
 
74 bp  61.9  2e-08  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  3.79014e-05  normal  0.408699 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1121t  tRNA-OTHER  88.89 
 
 
69 bp  61.9  2e-08  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0076  tRNA-Gly  86.67 
 
 
75 bp  61.9  2e-08  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  3.90983e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0015  tRNA-Gly  91.49 
 
 
74 bp  61.9  2e-08  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.685184  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0044  tRNA-Gly  90.2 
 
 
74 bp  61.9  2e-08  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.000110049  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0026  tRNA-Gly  91.49 
 
 
74 bp  61.9  2e-08  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.768519  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAGlyVIMSS1309148  tRNA-Gly  91.11 
 
 
71 bp  58  3e-07  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0007  tRNA-Gly  89.8 
 
 
74 bp  58  3e-07  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>