More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_3922 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_4959  TonB-dependent receptor  53.13 
 
 		 706 aa  748    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4743  TonB-dependent receptor, putative  84 
 
 		 690 aa  1194    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4236  TonB-dependent siderophore receptor  70.61 
 
 		 710 aa  1045    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000695536  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4127  TonB-dependent siderophore receptor  95.49 
 
 		 702 aa  1386    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00050238  normal  0.542591 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4483  TonB-dependent siderophore receptor  71.31 
 
 		 712 aa  1042    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000188322  hitchhiker  0.0000171512 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4363  TonB-dependent siderophore receptor  83.57 
 
 		 706 aa  1228    Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000323777  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4307  TonB-dependent siderophore receptor  83.57 
 
 		 706 aa  1228    Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000234699  hitchhiker  0.000000000225287 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3641  TonB-dependent receptor, putative  63.39 
 
 		 697 aa  939    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000783326  normal  0.0764781 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3841  TonB-dependent siderophore receptor  73.01 
 
 		 712 aa  1053    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000249714  hitchhiker  0.000312087 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4504  TonB-dependent siderophore receptor  85.73 
 
 		 703 aa  1259    Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000141313  normal  0.145781 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3953  TonB-dependent siderophore receptor  82.1 
 
 		 701 aa  1203    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000731032  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4894  TonB-dependent siderophore receptor  72.27 
 
 		 714 aa  1075    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.142345  normal  0.811526 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3922  TonB-dependent siderophore receptor  100 
 
 		 709 aa  1461    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000715438  normal  0.0397715 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4014  TonB-dependent siderophore receptor  99.15 
 
 		 709 aa  1449    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00017833  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4042  TonB-dependent siderophore receptor  83.78 
 
 		 697 aa  1237    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.296308  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4362  TonB-dependent siderophore receptor  82.59 
 
 		 706 aa  1217    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000023504  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06761  hypothetical protein  44.87 
 
 		 690 aa  575  1.0000000000000001e-163  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000849  putative ferrichrome-iron receptor  44.46 
 
 		 699 aa  566  1e-160  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.744816  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0110  TonB dependent receptor  39.44 
 
 		 693 aa  484  1e-135  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1814  putative putative ferrichrome-iron receptor  35.3 
 
 		 693 aa  427  1e-118  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2303  TonB-dependent siderophore receptor  30.41 
 
 		 710 aa  251  4e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.470584  normal  0.447365 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3612  TonB-dependent siderophore receptor  29.37 
 
 		 770 aa  246  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.565753  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3109  TonB-dependent siderophore receptor  29.37 
 
 		 710 aa  246  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63960  putative uter membrane protein precursor  27.24 
 
 		 708 aa  214  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3001  TonB-dependent siderophore receptor  27.5 
 
 		 721 aa  214  4.9999999999999996e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.463402  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2551  TonB-dependent siderophore receptor  28.35 
 
 		 738 aa  211  5e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000835907  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5556  outer membrane protein  26.96 
 
 		 703 aa  209  1e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.459514  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0718  hydroxamate-type ferrisiderophore receptor  28.79 
 
 		 724 aa  209  2e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4376  TonB-dependent siderophore receptor  27.21 
 
 		 706 aa  208  3e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0886158 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4266  TonB-dependent siderophore receptor  27.21 
 
 		 706 aa  208  3e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.569556  normal  0.280378 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2891  TonB-dependent siderophore receptor  26.46 
 
 		 711 aa  206  1e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2458  TonB-dependent siderophore receptor  28.16 
 
 		 742 aa  206  1e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0314212 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0229  putative TonB-dependent receptor  27.16 
 
 		 795 aa  205  2e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3203  TonB-dependent siderophore receptor  28.79 
 
 		 694 aa  206  2e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2386  TonB-dependent siderophore receptor  28.51 
 
 		 742 aa  205  3e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000185534  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01870  putative TonB-dependent receptor  27.3 
 
 		 795 aa  203  7e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.554245 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0217  TonB-dependent siderophore receptor  28.34 
 
 		 850 aa  203  9.999999999999999e-51  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5058  TonB-dependent siderophore receptor  28.82 
 
 		 715 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00424318  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2232  TonB-dependent siderophore receptor  27.29 
 
 		 708 aa  202  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1724  TonB-dependent siderophore receptor  27.97 
 
 		 748 aa  202  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000700289  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1767  TonB-dependent siderophore receptor  27.97 
 
 		 748 aa  202  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000312172  normal  0.573538 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2439  TonB-dependent siderophore receptor  25.87 
 
 		 860 aa  201  3e-50  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000275089 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3980  TonB-dependent siderophore receptor  27.51 
 
 		 719 aa  200  7e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.348977  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1590  TonB-dependent siderophore receptor  28.11 
 
 		 737 aa  200  7.999999999999999e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3294  TonB-dependent siderophore receptor, putative  27.17 
 
 		 711 aa  200  9e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4606  TonB-dependent siderophore receptor  27.82 
 
 		 796 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1729  TonB-dependent siderophore receptor  27.84 
 
 		 749 aa  199  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.775588  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2565  TonB-dependent siderophore receptor  27.32 
 
 		 740 aa  199  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000192113  hitchhiker  0.000234826 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4465  TonB-dependent siderophore receptor  27.76 
 
 		 796 aa  199  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1443  TonB-dependent siderophore receptor  27.35 
 
 		 743 aa  199  2.0000000000000003e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.281605  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3124  TonB-dependent siderophore receptor  28.49 
 
 		 710 aa  198  3e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.319333  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2559  TonB-dependent siderophore receptor  25.97 
 
 		 708 aa  197  5.000000000000001e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1016  TonB-dependent siderophore receptor  26.06 
 
 		 707 aa  197  8.000000000000001e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.846104 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3325  outer membrane ferric siderophore receptor, putative  27.09 
 
 		 696 aa  196  1e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.54373 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0858  TonB-dependent siderophore receptor  27.6 
 
 		 796 aa  194  4e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4588  TonB-dependent siderophore receptor  27.8 
 
 		 796 aa  194  4e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2076  TonB-dependent siderophore receptor  27.01 
 
 		 743 aa  194  5e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2419  TonB-dependent siderophore receptor  27.32 
 
 		 696 aa  194  6e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.56644  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3155  outer membrane ferric siderophore receptor, putative  26.47 
 
 		 709 aa  192  1e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.990361 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1610  TonB-dependent siderophore receptor, putative  26.97 
 
 		 724 aa  192  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.317263  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3848  TonB-dependent siderophore receptor  27.91 
 
 		 743 aa  191  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.617009 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0802  TonB-dependent siderophore receptor  25.96 
 
 		 764 aa  192  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4103  TonB-dependent siderophore receptor  27.71 
 
 		 710 aa  191  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.615047  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2878  TonB-dependent siderophore receptor  26.88 
 
 		 707 aa  191  4e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5758  TonB-dependent siderophore receptor  27.53 
 
 		 815 aa  190  7e-47  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3674  TonB-dependent siderophore receptor  27.51 
 
 		 743 aa  190  7e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450242  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4689  TonB-dependent siderophore receptor  27.51 
 
 		 743 aa  190  7e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.141202  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2953  TonB-dependent siderophore receptor  27.03 
 
 		 792 aa  190  8e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2514  TonB-dependent siderophore receptor  26.1 
 
 		 726 aa  189  1e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0931  TonB-dependent siderophore receptor  28.41 
 
 		 809 aa  189  1e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.79278  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0391  TonB-dependent siderophore receptor  26.49 
 
 		 712 aa  189  1e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.196206  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1826  TonB-dependent siderophore receptor  28.15 
 
 		 779 aa  189  2e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.605271  normal  0.34402 
 
 
-
 
NC_003296  RS02469  ferrisiderophore receptor protein  27.43 
 
 		 695 aa  187  5e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2399  TonB-dependent siderophore receptor  25.42 
 
 		 726 aa  187  5e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1126  TonB-dependent siderophore receptor  27.55 
 
 		 708 aa  187  7e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.984983  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5875  TonB-dependent siderophore receptor  26.3 
 
 		 689 aa  186  9e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.18447 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2436  TonB-dependent siderophore receptor  27.63 
 
 		 743 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.849974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0805  TonB-dependent siderophore receptor  27.24 
 
 		 731 aa  185  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4343  TonB-dependent outer membrane ferric coprogen receptor FitA  27.87 
 
 		 713 aa  186  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1057  TonB-dependent siderophore receptor  26.76 
 
 		 719 aa  185  2.0000000000000003e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3324  TonB-dependent outer membrane ferric coprogen receptor FitA  28.01 
 
 		 713 aa  186  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.992566  normal  0.497085 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3576  TonB-dependent siderophore receptor  27.26 
 
 		 743 aa  185  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0391438 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2122  TonB-dependent siderophore receptor  25.79 
 
 		 726 aa  185  3e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.892393  normal  0.0378186 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5483  TonB-dependent siderophore receptor  28.09 
 
 		 701 aa  184  5.0000000000000004e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00706275 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0815  TonB-dependent siderophore receptor  26.83 
 
 		 714 aa  184  6e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.806497  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5036  TonB-dependent siderophore receptor  26.95 
 
 		 751 aa  183  8.000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.549683 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0137  TonB-dependent iron-siderophore receptor precursor  26.45 
 
 		 721 aa  183  9.000000000000001e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3200  TonB-dependent siderophore receptor  27.82 
 
 		 701 aa  182  1e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.611474  normal  0.133436 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5420  TonB-dependent siderophore receptor  26.82 
 
 		 743 aa  182  1e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00589363  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0815  TonB-dependent siderophore receptor  26.69 
 
 		 714 aa  182  2e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0155  TonB-dependent siderophore receptor  26.48 
 
 		 677 aa  182  2e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000133249 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4928  TonB-dependent siderophore receptor  27.96 
 
 		 701 aa  182  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92165  normal  0.0613128 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3465  TonB-dependent siderophore receptor  25.4 
 
 		 757 aa  182  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0293  TonB-dependent siderophore receptor  25.96 
 
 		 700 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.810589 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47140  putative TonB-dependent receptor  28.14 
 
 		 732 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4068  putative TonB-dependent receptor  27.89 
 
 		 733 aa  182  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4056  TonB-dependent siderophore receptor  25.63 
 
 		 709 aa  181  5.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2414  TonB-dependent siderophore receptor  27.62 
 
 		 817 aa  181  5.999999999999999e-44  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.281451 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3769  TonB-dependent siderophore receptor  27.29 
 
 		 724 aa  180  7e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.503702  normal  0.128914 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1460  TonB-dependent siderophore receptor  26.7 
 
 		 712 aa  180  8e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0192209  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>