More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_3743 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009052  Sbal_0206  amidohydrolase  87.97 
 
 
471 aa  819    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.196253  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0208  amidohydrolase  89.34 
 
 
466 aa  842    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.132335  normal  0.813004 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4257  amidohydrolase  88.79 
 
 
465 aa  822    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.15916 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4131  amidohydrolase  87.55 
 
 
471 aa  815    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3487  peptidase M20D, amidohydrolase  84.19 
 
 
435 aa  708    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00054557  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3743  carboxypeptidase  100 
 
 
465 aa  943    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3816  carboxypeptidase  98.28 
 
 
465 aa  924    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0302  amidohydrolase  82.48 
 
 
437 aa  735    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0259  amidohydrolase  76.98 
 
 
435 aa  700    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0605709 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3941  carboxypeptidase  94.26 
 
 
470 aa  877    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3688  amidohydrolase  61.22 
 
 
439 aa  511  1e-144  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.395415  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03984  N-acyl-L-amino acid amidohydrolase  58.78 
 
 
438 aa  494  9.999999999999999e-139  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1258  peptidase M20D, amidohydrolase  59.25 
 
 
431 aa  484  1e-136  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.248557  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2714  amidohydrolase  52.94 
 
 
449 aa  474  1e-132  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0207  amidohydrolase  49.45 
 
 
480 aa  450  1e-125  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.696886  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1358  carboxypeptidase  54.5 
 
 
459 aa  446  1.0000000000000001e-124  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3266  amidohydrolase  53.5 
 
 
438 aa  441  9.999999999999999e-123  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.309281 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4303  amidohydrolase  50.81 
 
 
436 aa  404  1e-111  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5885  amidohydrolase  50 
 
 
449 aa  401  9.999999999999999e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1306  amidohydrolase  49.75 
 
 
447 aa  395  1e-109  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00571  Peptidase M20D, amidohydrolase  46.38 
 
 
432 aa  394  1e-108  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1417  amidohydrolase  47.85 
 
 
458 aa  383  1e-105  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1501  amidohydrolase  45.01 
 
 
431 aa  337  1.9999999999999998e-91  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.190577  normal  0.0701308 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0130  N-acyl-L-amino acid amidohydrolase  40.05 
 
 
401 aa  306  5.0000000000000004e-82  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0750166  normal  0.238012 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0066  amidohydrolase  41.62 
 
 
390 aa  301  1e-80  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2758  amidohydrolase  43.01 
 
 
393 aa  298  2e-79  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  hitchhiker  0.00285471  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1020  peptidase M20D, amidohydrolase  42.97 
 
 
407 aa  292  7e-78  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.0205344 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1324  amidohydrolase  41.35 
 
 
410 aa  289  8e-77  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1597  amidohydrolase  41.15 
 
 
399 aa  288  2e-76  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0486539 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0273  amidohydrolase  39.25 
 
 
395 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0169  amidohydrolase  39.05 
 
 
411 aa  282  1e-74  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.358542  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0613  amidohydrolase  39.7 
 
 
400 aa  281  2e-74  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3841  amidohydrolase  38.24 
 
 
397 aa  280  4e-74  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.677455 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0493  amidohydrolase  41.16 
 
 
391 aa  277  2e-73  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.642244  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3557  amidohydrolase  39.64 
 
 
405 aa  277  3e-73  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0217903 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0022  amidohydrolase  42.28 
 
 
380 aa  276  4e-73  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0528  amidohydrolase  39.22 
 
 
390 aa  276  8e-73  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0903  peptidase M20D, amidohydrolase  39.85 
 
 
409 aa  275  1.0000000000000001e-72  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1591  amidohydrolase  40.85 
 
 
389 aa  275  1.0000000000000001e-72  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.653364 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1764  amidohydrolase  40.45 
 
 
389 aa  275  1.0000000000000001e-72  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1254  amidohydrolase  39.85 
 
 
404 aa  275  1.0000000000000001e-72  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.226068  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1044  amidohydrolase  39.24 
 
 
408 aa  274  3e-72  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000000210114  unclonable  0.00000194036 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4368  amidohydrolase  37.66 
 
 
403 aa  274  3e-72  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4430  amidohydrolase  37.66 
 
 
403 aa  273  4.0000000000000004e-72  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.282991 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1843  amidohydrolase  38.76 
 
 
405 aa  273  5.000000000000001e-72  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0004  amidohydrolase  38.78 
 
 
399 aa  272  8.000000000000001e-72  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.209653  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2218  peptidase M20D, amidohydrolase  39.03 
 
 
405 aa  271  1e-71  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4957  amidohydrolase  37.66 
 
 
395 aa  271  1e-71  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00657786 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2073  amidohydrolase  38.44 
 
 
393 aa  271  2e-71  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0172  amidohydrolase  39 
 
 
388 aa  270  4e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.564603 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2667  peptidase M20D, amidohydrolase  38.92 
 
 
404 aa  268  2e-70  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4369  amidohydrolase  39.19 
 
 
405 aa  268  2e-70  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7287  amidohydrolase  38.19 
 
 
391 aa  268  2e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0678  amidohydrolase  39.15 
 
 
394 aa  267  2.9999999999999995e-70  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.000000231632  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1330  amidohydrolase  38.8 
 
 
407 aa  267  2.9999999999999995e-70  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0256  peptidase M20D, amidohydrolase  38.14 
 
 
408 aa  266  5.999999999999999e-70  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0982  amidohydrolase  39.13 
 
 
404 aa  266  8e-70  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.463842 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36900  amidohydrolase  38.86 
 
 
410 aa  265  1e-69  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.0846344 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1096  hypothetical protein  38.27 
 
 
400 aa  265  1e-69  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.081293 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0023  amidohydrolase  39.8 
 
 
417 aa  264  2e-69  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.69346  normal  0.453416 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4829  amidohydrolase  38.94 
 
 
384 aa  265  2e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.316322  normal  0.642966 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2708  amidohydrolase  36.83 
 
 
415 aa  264  3e-69  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0728  amidohydrolase  41.33 
 
 
454 aa  263  4e-69  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  hitchhiker  0.0037974  hitchhiker  0.0000264187 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4353  amidohydrolase  42.39 
 
 
399 aa  263  4e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.980853  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1225  amidohydrolase family protein  37.59 
 
 
398 aa  263  4e-69  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0413476  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1415  amidohydrolase family protein  38 
 
 
398 aa  263  6e-69  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.486637  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2919  amidohydrolase  39.1 
 
 
388 aa  262  8e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.54348  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7215  hippurate hydrolase  40.92 
 
 
397 aa  262  8e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4372  hippurate hydrolase  38.54 
 
 
379 aa  262  1e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.362461  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3382  amidohydrolase  37.72 
 
 
402 aa  261  1e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1361  amidohydrolase  37.19 
 
 
405 aa  261  2e-68  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1624  amidohydrolase  37.72 
 
 
387 aa  261  2e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.538958  hitchhiker  0.00444937 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2925  amidohydrolase  38.54 
 
 
388 aa  260  3e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1012  amidohydrolase  37.91 
 
 
400 aa  260  3e-68  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.570696 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4664  amidohydrolase  38.3 
 
 
388 aa  260  3e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0687549  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1169  peptidase M20D, amidohydrolase  37.63 
 
 
387 aa  261  3e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1649  amidohydrolase  37.63 
 
 
387 aa  261  3e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3897  amidohydrolase  38.1 
 
 
387 aa  260  4e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00269559 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3007  peptidase M20D, amidohydrolase  39.19 
 
 
397 aa  260  4e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2573  amidohydrolase  40.74 
 
 
387 aa  259  6e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0165265  normal  0.498174 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1729  peptidase M20D, amidohydrolase  39.75 
 
 
390 aa  259  8e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0022862 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5199  hippurate hydrolase  40.86 
 
 
403 aa  259  8e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3623  amidohydrolase  38.96 
 
 
399 aa  259  9e-68  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000412782  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1589  amidohydrolase  37.22 
 
 
387 aa  257  2e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.855495  normal  0.041045 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4797  peptidase M20D, amidohydrolase  37.84 
 
 
387 aa  258  2e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.107968  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3340  amidohydrolase  37.75 
 
 
394 aa  258  2e-67  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26260  putative hydrolase  37.72 
 
 
389 aa  258  2e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.474103  normal  0.713071 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4224  amidohydrolase  35.91 
 
 
391 aa  257  4e-67  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000104143  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3609  amidohydrolase  37.34 
 
 
387 aa  257  4e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.752392  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1296  amidohydrolase  38.29 
 
 
392 aa  256  6e-67  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.224852  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3159  peptidase M20D, amidohydrolase  38.72 
 
 
397 aa  256  6e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1550  amidohydrolase  36.75 
 
 
387 aa  256  7e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.388214  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2314  peptidase M20D, amidohydrolase  38.48 
 
 
402 aa  256  9e-67  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.63249  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2688  amidohydrolase  37.12 
 
 
445 aa  255  1.0000000000000001e-66  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.101321 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1094  amidohydrolase  39.29 
 
 
394 aa  255  1.0000000000000001e-66  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0634  amidohydrolase  37.28 
 
 
387 aa  254  2.0000000000000002e-66  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1569  amidohydrolase  36.75 
 
 
387 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.115888  normal  0.271355 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3175  amidohydrolase  37.56 
 
 
394 aa  254  2.0000000000000002e-66  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4367  amidohydrolase  39.21 
 
 
388 aa  254  2.0000000000000002e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1490  N-acyl-L-amino acid amidohydrolase  37.19 
 
 
389 aa  254  3e-66  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>