More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_3588 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_00076  2-isopropylmalate synthase  67.98 
 
 
523 aa  714    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3524  2-isopropylmalate synthase  67.98 
 
 
523 aa  714    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3828  2-isopropylmalate synthase  89.29 
 
 
523 aa  964    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.507391  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3405  2-isopropylmalate synthase  70.08 
 
 
520 aa  757    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4208  2-isopropylmalate synthase  67.44 
 
 
526 aa  720    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4236  2-isopropylmalate synthase  98.28 
 
 
522 aa  1062    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0079  2-isopropylmalate synthase  68.18 
 
 
523 aa  716    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00817  2-isopropylmalate synthase  72.41 
 
 
544 aa  759    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0125  2-isopropylmalate synthase  67.18 
 
 
523 aa  719    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.16499  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3583  2-isopropylmalate synthase  68.18 
 
 
523 aa  716    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000384081 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2936  2-isopropylmalate synthase  70.08 
 
 
520 aa  757    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0594  2-isopropylmalate synthase  66.67 
 
 
524 aa  712    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0385  2-isopropylmalate synthase  95.98 
 
 
522 aa  1038    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0077  2-isopropylmalate synthase  68.18 
 
 
523 aa  716    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0129  2-isopropylmalate synthase  67.18 
 
 
523 aa  719    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0229765 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2096  2-isopropylmalate synthase  60 
 
 
511 aa  634    Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0079  2-isopropylmalate synthase  67.98 
 
 
523 aa  715    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.999327 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4550  2-isopropylmalate synthase  86.23 
 
 
523 aa  941    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.518555  normal  0.0133708 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0081  2-isopropylmalate synthase  68.18 
 
 
523 aa  716    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2065  2-isopropylmalate synthase  73.39 
 
 
516 aa  770    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3795  2-isopropylmalate synthase  68.97 
 
 
532 aa  722    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.946227  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0068  2-isopropylmalate synthase  68.18 
 
 
523 aa  716    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0334  2-isopropylmalate synthase  83.91 
 
 
522 aa  889    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0386  2-isopropylmalate synthase  95.59 
 
 
522 aa  1034    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00075  hypothetical protein  67.98 
 
 
523 aa  714    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0122  2-isopropylmalate synthase  67.18 
 
 
523 aa  719    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.624748  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3268  2-isopropylmalate synthase  68.42 
 
 
519 aa  738    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.983126  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0397  2-isopropylmalate synthase  95.4 
 
 
522 aa  1033    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000563336 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0392  2-isopropylmalate synthase  66.6 
 
 
517 aa  709    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0124  2-isopropylmalate synthase  67.18 
 
 
523 aa  719    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.041588 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3588  2-isopropylmalate synthase  100 
 
 
522 aa  1079    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0368  2-isopropylmalate synthase  99.62 
 
 
522 aa  1075    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0377  2-isopropylmalate synthase  71.09 
 
 
515 aa  750    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3820  2-isopropylmalate synthase  87.74 
 
 
522 aa  951    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0622  2-isopropylmalate synthase  66.6 
 
 
523 aa  717    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0282494 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03085  2-isopropylmalate synthase  68.3 
 
 
515 aa  729    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3535  2-isopropylmalate synthase  70.08 
 
 
520 aa  757    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0471  2-isopropylmalate synthase  95.59 
 
 
522 aa  1035    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3472  2-isopropylmalate synthase  86.04 
 
 
523 aa  934    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.817295 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3761  2-isopropylmalate synthase  99.81 
 
 
522 aa  1078    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.211233 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3607  2-isopropylmalate synthase  68.58 
 
 
532 aa  720    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0335  2-isopropylmalate synthase  88.51 
 
 
522 aa  950    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0216  2-isopropylmalate synthase  71.98 
 
 
519 aa  765    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.408005 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0129  2-isopropylmalate synthase  67.18 
 
 
523 aa  719    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0632  2-isopropylmalate synthase  66.92 
 
 
525 aa  713    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.310101  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0411  2-isopropylmalate synthase  95.59 
 
 
522 aa  1035    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000204337 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001656  2-isopropylmalate synthase  73.19 
 
 
515 aa  766    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0745  2-isopropylmalate synthase  69.05 
 
 
524 aa  743    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0393  2-isopropylmalate synthase  86.23 
 
 
523 aa  936    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000340876 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1889  2-isopropylmalate synthase  59.72 
 
 
511 aa  629  1e-179  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0017  2-isopropylmalate synthase  59.53 
 
 
511 aa  628  1e-179  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0285  2-isopropylmalate synthase  51.2 
 
 
505 aa  512  1e-144  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0226  2-isopropylmalate synthase  49.71 
 
 
525 aa  506  9.999999999999999e-143  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.885298  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2275  2-isopropylmalate synthase  51.9 
 
 
514 aa  497  1e-139  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2143  2-isopropylmalate synthase  51.61 
 
 
509 aa  496  1e-139  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.151808  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0355  2-isopropylmalate synthase  51.5 
 
 
509 aa  494  9.999999999999999e-139  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3434  2-isopropylmalate synthase  50.2 
 
 
508 aa  492  9.999999999999999e-139  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2153  2-isopropylmalate synthase  50.4 
 
 
516 aa  493  9.999999999999999e-139  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0595  2-isopropylmalate synthase  50.59 
 
 
532 aa  492  9.999999999999999e-139  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000207046  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2516  2-isopropylmalate synthase  50.3 
 
 
511 aa  491  1e-137  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1907  2-isopropylmalate synthase  50.1 
 
 
513 aa  489  1e-137  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2255  2-isopropylmalate synthase  50 
 
 
517 aa  491  1e-137  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42440  2-isopropylmalate synthase  51.5 
 
 
516 aa  489  1e-137  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.892988  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0505  2-isopropylmalate synthase  51 
 
 
507 aa  491  1e-137  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1986  2-isopropylmalate synthase  48.91 
 
 
503 aa  487  1e-136  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.680034 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1329  2-isopropylmalate synthase  49.8 
 
 
527 aa  483  1e-135  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0989  2-isopropylmalate synthase  50.7 
 
 
515 aa  483  1e-135  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000770176 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3325  2-isopropylmalate synthase  49.6 
 
 
519 aa  484  1e-135  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2477  2-isopropylmalate synthase  50.1 
 
 
516 aa  483  1e-135  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0860  2-isopropylmalate synthase  50.1 
 
 
536 aa  481  1e-134  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.872251 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2777  2-isopropylmalate synthase  49.1 
 
 
511 aa  480  1e-134  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0903  2-isopropylmalate synthase  50.8 
 
 
513 aa  479  1e-134  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0832  2-isopropylmalate synthase  50.1 
 
 
536 aa  481  1e-134  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1986  2-isopropylmalate synthase  48.9 
 
 
511 aa  477  1e-133  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5587  2-isopropylmalate synthase  49.41 
 
 
514 aa  476  1e-133  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.774339 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0602  2-isopropylmalate synthase  49.02 
 
 
522 aa  475  1e-133  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_734  isopropylmalate/homocitrate/citramalate synthase  48.1 
 
 
505 aa  477  1e-133  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.368888  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0830  2-isopropylmalate synthase  47.9 
 
 
505 aa  473  1e-132  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.141095  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1906  2-isopropylmalate synthase  49.7 
 
 
512 aa  474  1e-132  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00355798  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3071  2-isopropylmalate synthase  47.24 
 
 
513 aa  472  1e-132  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000941582 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2017  2-isopropylmalate synthase  49.02 
 
 
516 aa  473  1e-132  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.409159  normal  0.649599 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1758  2-isopropylmalate synthase  48.7 
 
 
520 aa  473  1e-132  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2742  2-isopropylmalate synthase  50 
 
 
515 aa  472  1e-132  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0749  2-isopropylmalate synthase  48.21 
 
 
505 aa  474  1e-132  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1791  2-isopropylmalate synthase  48.69 
 
 
514 aa  474  1e-132  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.265436 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1126  2-isopropylmalate synthase  49.51 
 
 
536 aa  472  1e-132  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1333  2-isopropylmalate synthase  48.82 
 
 
515 aa  473  1e-132  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.145859  normal  0.128519 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3715  2-isopropylmalate synthase  50.1 
 
 
516 aa  471  1.0000000000000001e-131  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000112658  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1265  2-isopropylmalate synthase  50.51 
 
 
512 aa  468  1.0000000000000001e-131  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000029461  decreased coverage  0.00000000000565514 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2283  2-isopropylmalate synthase  48.63 
 
 
514 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.923372 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1721  2-isopropylmalate synthase  48.62 
 
 
522 aa  470  1.0000000000000001e-131  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.455277 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3225  2-isopropylmalate synthase  48.24 
 
 
515 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.808229 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1648  2-isopropylmalate synthase  48.63 
 
 
514 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2259  2-isopropylmalate synthase  48.63 
 
 
514 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0306  2-isopropylmalate synthase  46.99 
 
 
503 aa  470  1.0000000000000001e-131  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.168492 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0478  2-isopropylmalate synthase  49.29 
 
 
518 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00000102603  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0690  2-isopropylmalate synthase  49.2 
 
 
516 aa  471  1.0000000000000001e-131  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1424  2-isopropylmalate synthase  48.53 
 
 
515 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2223  2-isopropylmalate synthase  48.16 
 
 
513 aa  466  9.999999999999999e-131  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.556121 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0599  2-isopropylmalate synthase  49.5 
 
 
516 aa  468  9.999999999999999e-131  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.541423 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>