More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_3462 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_0584  ABC-2 type transporter  84.03 
 
 
408 aa  637  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4088  hypothetical protein  89.39 
 
 
435 aa  749  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0507  ABC-2 type transporter  82.33 
 
 
430 aa  673  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3812  ABC-2 type transporter  82.33 
 
 
430 aa  693  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.188014  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3462  ABC-2 type transporter  100 
 
 
429 aa  859  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0532  ABC-2 type transporter  85.68 
 
 
405 aa  654  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0489  ABC-2 type transporter  98.14 
 
 
429 aa  844  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3638  ABC-2 type transporter  94.25 
 
 
431 aa  788  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0528  ABC-2 type transporter  85.43 
 
 
405 aa  674  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.089523  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4392  ABC-2 type transporter  71.31 
 
 
384 aa  504  1e-141  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.140219  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3728  hypothetical protein  65.83 
 
 
390 aa  474  1e-132  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0568  ABC-2 type transporter  62.91 
 
 
387 aa  474  1e-132  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.094665 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3744  ABC-2 type transporter  63.91 
 
 
387 aa  473  1e-132  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0413  ABC-2 type transporter  59.69 
 
 
390 aa  469  1e-131  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.425702  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0479  hypothetical protein  58.96 
 
 
375 aa  406  1e-112  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.168605 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1213  hypothetical protein  37.33 
 
 
387 aa  221  2e-56  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0148967  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02436  hypothetical protein  35.48 
 
 
395 aa  215  1e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003316  ABC-type multidrug transport system permease component  37.9 
 
 
362 aa  214  3e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0476  hypothetical protein  33.69 
 
 
372 aa  197  3e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.985148  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0395  hypothetical protein  34.88 
 
 
371 aa  196  7e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1841  hypothetical protein  33.33 
 
 
395 aa  196  7e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0803735  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0619  membrane protein  31.01 
 
 
378 aa  182  1e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1038  hypothetical protein  28.65 
 
 
434 aa  133  5e-30  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4570  ABC-2 type transporter  31.77 
 
 
417 aa  132  9e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1025  ABC-2 type transporter  27.08 
 
 
391 aa  128  2e-28  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1172  ABC-2 type transporter  28.11 
 
 
395 aa  124  2e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4807  putative permease component of ABC transporter  27.22 
 
 
402 aa  118  2e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.459012  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0597  hypothetical protein  25.36 
 
 
383 aa  114  2e-24  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1729  hypothetical protein  28.12 
 
 
390 aa  99.8  8e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.285921  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0652  hypothetical protein  27.09 
 
 
491 aa  98.6  2e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0092  transporter, putative  25.81 
 
 
379 aa  98.2  2e-19  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0602598 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20100  hypothetical protein  28.13 
 
 
390 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.944312 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2702  ABC-2 type transporter  25.55 
 
 
780 aa  94.7  3e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0596  ABC-2 type transporter  25.21 
 
 
395 aa  91.3  3e-17  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0992  ABC-2 type transporter  23.8 
 
 
391 aa  88.2  2e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003315  ABC-type multidrug transport system permease component  24.06 
 
 
383 aa  87.8  3e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0091  transporter, putative  23.95 
 
 
405 aa  87.4  4e-16  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.060558 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4363  ABC-2 type transporter  24.16 
 
 
367 aa  85.5  2e-15  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1730  hypothetical protein  29.04 
 
 
377 aa  85.1  2e-15  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.151004  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0585  ABC-2 type transporter  24.44 
 
 
371 aa  84.3  4e-15  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000556211 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001402  ABC-type multidrug transport system permease component  23.61 
 
 
366 aa  81.3  3e-14  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4201  ABC-2 type transporter  25.85 
 
 
381 aa  81.6  3e-14  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1926  ABC-2 type transporter  25.57 
 
 
389 aa  79.7  8e-14  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0215511 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20110  hypothetical protein  28.05 
 
 
377 aa  79.3  1e-13  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.918672 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0500  ABC-2 type transporter  25.84 
 
 
384 aa  79.3  1e-13  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3447  ABC-2 type transporter  25.87 
 
 
376 aa  78.6  2e-13  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0565648  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1248  ABC transporter, permease protein  24.16 
 
 
382 aa  78.6  2e-13  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1037  hypothetical protein  21.18 
 
 
397 aa  78.2  3e-13  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1037  hypothetical protein  23.94 
 
 
382 aa  77.8  3e-13  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.209314  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2056  export ABC transporter permease protein  22.65 
 
 
379 aa  78.2  3e-13  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00520961  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1024  hypothetical protein  28.64 
 
 
293 aa  77.4  4e-13  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0557  hypothetical protein  26.2 
 
 
379 aa  77.4  5e-13  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1951  ABC-2 type transporter  23.64 
 
 
373 aa  77  6e-13  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.171698  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0810  ABC-2 type transporter  23.19 
 
 
366 aa  76.6  8e-13  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1265  ABC-type multidrug transport system, permease component  23.03 
 
 
365 aa  76.6  8e-13  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  4.31089e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5973  ABC transporter permease  23.86 
 
 
374 aa  76.3  1e-12  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2330  hypothetical protein  24.3 
 
 
379 aa  75.9  1e-12  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1420  hypothetical protein  25.53 
 
 
387 aa  75.5  2e-12  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0348  multidrug ABC transporter permease component  22.88 
 
 
384 aa  74.7  3e-12  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3587  ABC transporter, permease protein, putative  23.64 
 
 
375 aa  74.7  3e-12  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1422  ABC-2 type transporter  24.15 
 
 
373 aa  74.7  3e-12  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5750  ABC transporter related  24.23 
 
 
942 aa  74.3  4e-12  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.295356  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4310  ABC-2 type transporter  24.57 
 
 
390 aa  73.9  5e-12  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0739  hypothetical protein  22.31 
 
 
378 aa  73.6  6e-12  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4569  ABC-2 type transporter  26.22 
 
 
377 aa  73.6  7e-12  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5055  ABC-2 type transporter  23.32 
 
 
371 aa  73.6  7e-12  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.863659 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3062  ABC-2 type transporter  23.34 
 
 
376 aa  73.2  9e-12  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.191967  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0501  ABC-2 type transporter  28.75 
 
 
379 aa  72.8  1e-11  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00132  putative ABC transport protein  23.5 
 
 
373 aa  72.8  1e-11  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0181  ABC-type multidrug transport system permease component  22.47 
 
 
382 aa  72  2e-11  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0315878  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3539  ABC-2 type transporter  22 
 
 
369 aa  72  2e-11  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1927  ABC-2 type transporter  27.24 
 
 
390 aa  72  2e-11  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.751197  normal  0.0397267 
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4806  ABC-2 type transporter  25.15 
 
 
367 aa  71.6  2e-11  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.271694  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69060  putative permease of ABC transporter  23.66 
 
 
374 aa  71.6  2e-11  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5116  ABC-2 type transporter  25.24 
 
 
370 aa  71.2  3e-11  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.75858  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0169  hypothetical protein  25.6 
 
 
371 aa  71.6  3e-11  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.466784  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0720  hypothetical protein  21.76 
 
 
378 aa  71.6  3e-11  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1707  ABC transporter, permease protein, putative  23.08 
 
 
373 aa  71.2  3e-11  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06359  hypothetical protein  23.03 
 
 
366 aa  70.9  4e-11  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5208  ABC transporter  25.24 
 
 
370 aa  70.9  4e-11  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.325379  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02437  hypothetical protein  24.33 
 
 
383 aa  70.9  5e-11  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5269  ABC-2 type transporter  24.6 
 
 
370 aa  70.5  5e-11  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.139137  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2748  ABC-2 type transporter  22.59 
 
 
373 aa  70.1  8e-11  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0394  ABC-2 type transporter  25 
 
 
397 aa  69.7  9e-11  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2831  ABC-2 type transporter  22.07 
 
 
373 aa  69.7  1e-10  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.335891  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1515  ABC-2 type transporter  22.07 
 
 
373 aa  69.7  1e-10  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1505  ABC-2 type transporter  23.92 
 
 
373 aa  69.7  1e-10  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.366767  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2640  ABC-2 type transporter  22.59 
 
 
373 aa  69.3  1e-10  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1524  ABC-2 type transporter  22.07 
 
 
373 aa  69.7  1e-10  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0537  ABC-2 type transporter  24.43 
 
 
398 aa  68.6  2e-10  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1551  ABC-2 type transporter  22.6 
 
 
373 aa  68.6  2e-10  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2919  ABC-2 type transporter  24.12 
 
 
368 aa  68.9  2e-10  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.856849  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1911  ABC multidrug efflux pump, inner membrane subunit  23.04 
 
 
378 aa  68.6  2e-10  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0168619  normal  0.0840076 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0651  ABC-2 type transporter  22.39 
 
 
496 aa  68.9  2e-10  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2863  ABC transporter, permease protein, putative  23.59 
 
 
371 aa  68.2  3e-10  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.633584  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2484  ABC-2 type transporter  23.59 
 
 
371 aa  68.2  3e-10  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0209  ABC-2 type transporter  26.65 
 
 
393 aa  67.8  3e-10  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.223728  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1214  hypothetical protein  25.37 
 
 
382 aa  67.8  3e-10  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0247305  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0501  ABC-2 type transporter  25 
 
 
399 aa  67.8  4e-10  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0566  ABC-2 type transporter  25 
 
 
399 aa  67.8  4e-10  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.222842  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>