More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_3356 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008740  Maqu_0009  ABC transporter related  59.22 
 
 
597 aa  698    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2980  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  66.33 
 
 
602 aa  782    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.53006  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0754  ABC transporter, ATP-binding protein  96.13 
 
 
596 aa  1141    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0853  ABC transporter-related protein  76.82 
 
 
591 aa  951    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0413616  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0803  ABC transporter related  91.4 
 
 
598 aa  1086    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000452129  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02200  ABC transporter, ATP-binding protein  66.08 
 
 
577 aa  785    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0348  ABC transporter, transmembrane region:ABC transporter related  54.75 
 
 
605 aa  636    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  unclonable  0.000000098516 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1685  ABC transporter related  58.22 
 
 
606 aa  709    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.801202  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1273  ABC-type transport system ATPase  53.94 
 
 
622 aa  647    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.788537  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0839  ABC transporter related  73.9 
 
 
590 aa  916    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000691959  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2616  ABC transporter ATP-binding protein  67.06 
 
 
591 aa  793    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.603716 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0659  ABC transporter, ATP-binding protein  79.56 
 
 
594 aa  922    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000175742  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3826  ABC transporter related  91.4 
 
 
598 aa  1086    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.094291  normal  0.296978 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0682  ABC transporter related  54.21 
 
 
606 aa  640    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0151  ABC transporter related  57.51 
 
 
595 aa  659    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.512349  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0988  ABC transporter related  75.3 
 
 
591 aa  934    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.026388 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3644  ABC transporter related  91.23 
 
 
598 aa  1085    Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00219538  normal  0.175783 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3236  ABC transporter related  92.24 
 
 
598 aa  1093    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00224105  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2899  ABC transporter related  73.38 
 
 
601 aa  867    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0186152  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1001  ABC transporter related protein  54.28 
 
 
593 aa  648    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0939  ABC transporter-related protein  76.44 
 
 
590 aa  944    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1701  ABC transporter related  69.08 
 
 
598 aa  812    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3356  ABC transporter related  100 
 
 
594 aa  1210    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0405132  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0597  ABC transporter related  99.66 
 
 
596 aa  1206    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0391  ABC transporter related  57.56 
 
 
606 aa  674    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.905375 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0630  ABC transporter related  78.45 
 
 
597 aa  962    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0837  ABC transporter related protein  58.52 
 
 
603 aa  691    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.568302 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3702  ABC transporter related  91.06 
 
 
598 aa  1083    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000889772  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3526  ABC transporter related  99.16 
 
 
598 aa  1201    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00262032  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0354  ABC transporter related  53.09 
 
 
612 aa  634  1e-180  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0369  ABC transporter related  52.58 
 
 
612 aa  632  1e-180  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1890  ABC transporter related  52.67 
 
 
607 aa  625  1e-178  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000124056  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0478  ABC transporter ATP-binding protein  52.58 
 
 
592 aa  624  1e-177  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0452  ABC transporter, transmembrane region:ABC transporter related  51.78 
 
 
629 aa  619  1e-176  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0439  putative composite ATP-binding transmembrane ABC transporter protein  53.45 
 
 
621 aa  617  1e-175  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.130019 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0803  ABC transporter related  55.06 
 
 
624 aa  615  1e-175  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.253517  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1595  ABC transporter related  51.64 
 
 
607 aa  615  1e-175  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00338699  normal  0.481245 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0823  ABC transporter related  51.26 
 
 
625 aa  610  1e-173  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0393  ABC transporter related  51.75 
 
 
631 aa  606  9.999999999999999e-173  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.17883 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0391  ABC transporter-related protein  51.7 
 
 
630 aa  606  9.999999999999999e-173  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00324467 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0585  ABC transporter related  51.92 
 
 
623 aa  604  1.0000000000000001e-171  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0572  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  51.24 
 
 
651 aa  601  1e-170  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.620233  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2741  ABC transporter related  50.74 
 
 
623 aa  598  1e-170  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.18087  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4027  ABC transporter, fused ATPase and inner membrane subunits  51.77 
 
 
656 aa  601  1e-170  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2102  ABC transporter related  50.91 
 
 
623 aa  600  1e-170  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.314001  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2714  ABC transporter related  50.91 
 
 
623 aa  600  1e-170  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.582774  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0672  ABC transporter related  51.43 
 
 
629 aa  596  1e-169  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.798433  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0581  ABC transporter related  52.95 
 
 
603 aa  596  1e-169  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2632  ABC transporter related  51.75 
 
 
623 aa  597  1e-169  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6041  ABC transporter, fused ATPase and innermembrane subunits  51.24 
 
 
623 aa  594  1e-168  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2766  ABC transporter related  51.59 
 
 
623 aa  594  1e-168  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3493  ABC transporter related  50.43 
 
 
608 aa  591  1e-167  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0975  ABC transporter related  51.11 
 
 
626 aa  590  1e-167  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3037  ABC transporter related  51.47 
 
 
596 aa  588  1e-166  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.752623  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2418  heavy metal ABC transporter permease/ATP-binding protein  50.74 
 
 
623 aa  587  1e-166  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0204  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  50.74 
 
 
623 aa  587  1e-166  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4079  ABC transporter-related protein  52.43 
 
 
590 aa  586  1e-166  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0688  heavy metal ABC transporter permease/ATP-binding protein  50.74 
 
 
623 aa  587  1e-166  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0867  ATP-binding transmembrane ABC transporter protein  50.74 
 
 
654 aa  587  1e-166  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2740  heavy metal ABC transporter permease/ATP-binding protein  50.74 
 
 
623 aa  587  1e-166  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2338  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  50.74 
 
 
623 aa  587  1e-166  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.587388  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1866  heavy metal ABC transporter (HMT) family permease/ATP-binding protein  50.94 
 
 
631 aa  587  1e-166  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.024089 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3858  ABC transporter-related protein  51.11 
 
 
589 aa  587  1e-166  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.121089  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0702  heavy metal ABC transporter permease/ATP-binding protein  50.74 
 
 
623 aa  587  1e-166  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.1736  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2965  heavy metal ABC transporter (HMT) family permease/ATP-binding protein  51.47 
 
 
596 aa  588  1e-166  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3460  ABC transporter related  52.66 
 
 
621 aa  583  1.0000000000000001e-165  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5281  ABC transporter related  51.03 
 
 
655 aa  584  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.471967 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19150  ABC transporter, composite transmembrane permease and ATP binding components  51.72 
 
 
615 aa  582  1.0000000000000001e-165  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1113  ABC transporter related  50.34 
 
 
646 aa  583  1.0000000000000001e-165  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0602  ABC transporter related  52.6 
 
 
603 aa  578  1e-164  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1927  ABC transporter related  50.69 
 
 
640 aa  579  1e-164  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.161772  normal  0.0559282 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1023  ABC transporter related  49.57 
 
 
625 aa  579  1e-164  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.037611  normal  0.814852 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1472  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  49.66 
 
 
628 aa  581  1e-164  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.868614  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2094  ABC transporter related  49.06 
 
 
661 aa  580  1e-164  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.181859  normal  0.935873 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1175  ABC transporter related  49.74 
 
 
625 aa  581  1e-164  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.27233  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0482  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  50.17 
 
 
627 aa  578  1.0000000000000001e-163  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1349  ABC transporter related  50.34 
 
 
608 aa  575  1.0000000000000001e-163  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1233  ABC transporter, transmembrane region  49.06 
 
 
652 aa  578  1.0000000000000001e-163  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3906  ABC transporter related  51.96 
 
 
619 aa  578  1.0000000000000001e-163  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.203354  normal  0.366472 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0555  ABC transporter related  48.89 
 
 
628 aa  573  1.0000000000000001e-162  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5208  ABC transporter related  49.75 
 
 
663 aa  572  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.670373  normal  0.309398 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1120  ABC transporter, transmembrane region  49.49 
 
 
617 aa  574  1.0000000000000001e-162  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0902217  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3368  ABC transporter related  48.55 
 
 
655 aa  573  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00530466 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0449  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  49.57 
 
 
625 aa  573  1.0000000000000001e-162  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1494  ABC transporter related  50.34 
 
 
647 aa  573  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05528  ABC transporter (Eurofung)  49.92 
 
 
721 aa  568  1e-161  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.649835  normal  0.920621 
 
 
-
 
NC_004310  BR0442  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  49.23 
 
 
628 aa  569  1e-161  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.745625  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4741  ABC transporter related  49.66 
 
 
662 aa  570  1e-161  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.616952  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4026  ABC transporter-related protein  51.46 
 
 
619 aa  568  1e-160  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000236263 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0689  ABC transporter related  49.83 
 
 
644 aa  566  1e-160  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.366434  normal  0.23371 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2216  ABC transporter related  49.06 
 
 
651 aa  565  1e-160  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.298218  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2585  ABC transporter related  50.25 
 
 
637 aa  568  1e-160  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.695823  decreased coverage  0.00374434 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1975  ABC transporter related  50 
 
 
607 aa  567  1e-160  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4185  ABC transporter related  47.97 
 
 
654 aa  563  1.0000000000000001e-159  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.903444 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1492  ABC transporter related  48.72 
 
 
652 aa  563  1.0000000000000001e-159  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.723174  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1868  ABC transporter related  48.09 
 
 
610 aa  559  1e-158  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1909  ABC transporter related  48.75 
 
 
672 aa  560  1e-158  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2696  ABC transporter, fused ATPase and inner membrane subunits  48.07 
 
 
612 aa  560  1e-158  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.143711  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0722  ABC transporter related  50.6 
 
 
627 aa  561  1e-158  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1353  ABC transporter related  48.07 
 
 
612 aa  560  1e-158  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.592078  normal  0.01379 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>