130 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_3228 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_3228  porin  100 
 
 
356 aa  703  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  2.70281e-08  hitchhiker  4.79229e-07 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0733  porin  88.86 
 
 
359 aa  635  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  5.51944e-08  decreased coverage  3.18488e-05 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0761  porin  86.87 
 
 
353 aa  603  1e-171  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  3.31419e-06  unclonable  2.51685e-05 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0789  porin  84.83 
 
 
346 aa  586  1e-166  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  1.29455e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3896  outer membrane porin, putative  80.75 
 
 
369 aa  576  1e-163  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0814  porin Gram-negative type  81.89 
 
 
354 aa  573  1e-162  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  4.9607e-08  unclonable  3.54557e-12 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3570  porin  81.89 
 
 
354 aa  573  1e-162  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  2.55579e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0821  porin  78.38 
 
 
365 aa  563  1e-159  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  4.36075e-07  normal  0.264016 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4151  porin  70.22 
 
 
348 aa  494  1e-139  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00169518  normal  0.241214 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0544  outer membrane porin, putative  66.76 
 
 
361 aa  482  1e-135  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  2.69892e-08  normal  0.0120764 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3260  porin  68.41 
 
 
342 aa  483  1e-135  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  1.38522e-07  normal  0.0127606 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4009  porin  65.92 
 
 
342 aa  462  1e-129  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  2.45606e-07  unclonable  1.65223e-10 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0781  porin  65.3 
 
 
353 aa  449  1e-125  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  2.1464e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4152  porin  62.18 
 
 
342 aa  445  1e-124  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0544389  normal  0.155829 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0589  porin  66.02 
 
 
344 aa  443  1e-123  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  4.86852e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0503  porin  63.74 
 
 
347 aa  435  1e-121  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00290192  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0590  porin  54.62 
 
 
354 aa  360  3e-98  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0124003  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3252  porin  52.73 
 
 
352 aa  355  8e-97  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  1.45814e-07  normal  0.417141 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4008  porin  53.26 
 
 
354 aa  352  4e-96  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  2.96209e-05  hitchhiker  5.99213e-08 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2681  porin  53.04 
 
 
347 aa  352  6e-96  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201946  normal  0.861695 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0815  porin Gram-negative type  52.45 
 
 
354 aa  351  9e-96  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00496289  hitchhiker  1.46698e-10 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0822  porin  53.12 
 
 
354 aa  350  1e-95  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0441851  normal  0.422579 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3569  porin  52.85 
 
 
354 aa  351  1e-95  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136982  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2749  porin  53.04 
 
 
372 aa  351  1e-95  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0790  porin  52.85 
 
 
354 aa  350  2e-95  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  4.1631e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0734  porin  51.49 
 
 
354 aa  350  2e-95  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  4.94692e-05  decreased coverage  3.62774e-05 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0545  outer membrane porin, putative  51.35 
 
 
355 aa  348  1e-94  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00179021  hitchhiker  0.00341076 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3227  outer membrane porin, putative  51.22 
 
 
354 aa  344  1e-93  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000101033  hitchhiker  5.40368e-07 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0762  outer membrane porin, putative  50.41 
 
 
354 aa  341  1e-92  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  4.57647e-05  unclonable  2.46582e-05 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2587  porin  50 
 
 
351 aa  336  3e-91  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3239  outer membrane porin, putative  45.35 
 
 
338 aa  283  2e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.922918 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2403  outer membrane porin, putative  36.49 
 
 
351 aa  188  1e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.987816  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2278  porin  34.96 
 
 
346 aa  182  7e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.134296  normal  0.609479 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1973  porin  35.58 
 
 
349 aa  182  1e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.629836  normal  0.321076 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0811  outer membrane porin, putative  35.16 
 
 
342 aa  181  2e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2092  porin  35.31 
 
 
346 aa  176  4e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.078027  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1420  outer membrane porin, putative  33.42 
 
 
345 aa  171  1e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2880  porin  31.29 
 
 
314 aa  139  7e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  2.45677e-07  hitchhiker  6.46129e-06 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2710  porin  29.71 
 
 
314 aa  138  2e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  3.6835e-06  hitchhiker  1.68324e-06 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2690  porin  31.42 
 
 
317 aa  137  3e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  4.91313e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2778  porin  29.41 
 
 
314 aa  136  4e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  2.03454e-06  decreased coverage  0.000224903 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2982  porin Gram-negative type  30.12 
 
 
313 aa  133  5e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000345498  hitchhiker  0.00128876 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1557  outer membrane porin, putative  30.23 
 
 
321 aa  133  6e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1073  porin  31.08 
 
 
308 aa  132  7e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0147353  normal  0.297004 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1402  porin  29.82 
 
 
314 aa  132  9e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0177121  normal  0.0236539 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1377  porin  29.82 
 
 
314 aa  132  1e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000151109  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1363  porin  29.74 
 
 
314 aa  132  1e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0264795  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3304  porin  28.15 
 
 
314 aa  130  3e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  8.71207e-05  hitchhiker  1.30468e-06 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2769  porin  28.18 
 
 
314 aa  129  9e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0218371  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3454  porin  28.9 
 
 
315 aa  128  2e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0284932  hitchhiker  0.000170236 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1295  porin  29.25 
 
 
316 aa  127  4e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  1.7597e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2750  porin  28.52 
 
 
316 aa  121  2e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  1.9899e-06  unclonable  3.82336e-06 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2970  porin  26.83 
 
 
316 aa  114  2e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00088463  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1206  putative outer membrane porin  26.63 
 
 
340 aa  114  3e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3750  outer membrane protein (porin)  27.55 
 
 
302 aa  99.4  9e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.817752 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0448  outer membrane protein (porin)  28.43 
 
 
362 aa  92  1e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  2.07768e-05  normal  0.425074 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2784  putative porin  29.79 
 
 
339 aa  84.7  2e-15  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  6.3685e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1984  porin Gram-negative type  29.83 
 
 
367 aa  80.1  5e-14  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  8.64013e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0464  porin  26.82 
 
 
345 aa  73.9  4e-12  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  9.37994e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0022  porin Gram-negative type  30.88 
 
 
342 aa  69.7  8e-11  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.561527  normal  0.116595 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1891  porin  24.73 
 
 
349 aa  61.2  3e-08  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0840152  normal  0.0627255 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1907  porin  25.35 
 
 
371 aa  57  4e-07  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.178405  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5820  porin  25.23 
 
 
338 aa  57  5e-07  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.595518  normal  0.841519 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2038  porin  24.31 
 
 
360 aa  55.1  2e-06  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3484  porin  24.59 
 
 
357 aa  55.1  2e-06  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000221125 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1642  porin  27.65 
 
 
365 aa  55.1  2e-06  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  8.69717e-14  unclonable  1.25637e-06 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0884  porin  31.28 
 
 
362 aa  54.3  3e-06  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.273334  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1671  porin  28.8 
 
 
363 aa  53.9  4e-06  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  4.74529e-07  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4097  outer membrane porin  23.94 
 
 
374 aa  53.9  4e-06  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.552753  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5850  porin  24.72 
 
 
366 aa  53.5  6e-06  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3032  porin Gram-negative type  23.81 
 
 
336 aa  53.1  7e-06  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0983473  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2270  putative outer membrane porin  30.56 
 
 
362 aa  52  1e-05  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1583  putative outer membrane porin  30.56 
 
 
362 aa  52  1e-05  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0360665  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1244  porin  30.56 
 
 
362 aa  52  1e-05  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.289233  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0594  porin  25.71 
 
 
354 aa  52.4  1e-05  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  unclonable  2.27625e-07  unclonable  3.18865e-18 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3014  putative outer membrane porin  30.56 
 
 
362 aa  52  1e-05  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  1.44829e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0743  outer membrane porin, putative  30.56 
 
 
362 aa  52  1e-05  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000425296  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1086  putative outer membrane porin  30.56 
 
 
362 aa  52  1e-05  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.420468  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1091  putative outer membrane porin  30.56 
 
 
363 aa  52  1e-05  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.432467  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1755  outer membrane protein (porin)  26.62 
 
 
344 aa  52  2e-05  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3751  porin  23.03 
 
 
336 aa  52  2e-05  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1877  porin  27.89 
 
 
361 aa  50.8  4e-05  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  5.0808e-06  unclonable  8.17359e-05 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0818  porin  25.72 
 
 
356 aa  50.4  4e-05  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.94844  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4796  porin Gram-negative type  24.53 
 
 
352 aa  50.4  5e-05  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0944571 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3719  porin Gram-negative type  24.53 
 
 
352 aa  50.4  5e-05  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0865217  normal  0.777538 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2085  porin Gram-negative type  26.62 
 
 
344 aa  50.1  6e-05  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1463  porin  32.84 
 
 
376 aa  48.9  0.0001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000881778  normal  0.0418658 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0527  porin  25.08 
 
 
352 aa  48.5  0.0002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0023989  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3020  outer membrane protein (porin)  24.49 
 
 
365 aa  48.1  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.377594 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4118  porin Gram-negative type  23.5 
 
 
342 aa  47.8  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2167  OmpC family outer membrane porin  26.89 
 
 
369 aa  47.4  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  1.59789e-08  hitchhiker  4.36019e-06 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2179  porin Gram-negative type  29.22 
 
 
344 aa  47.8  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6806  OmpC family outer membrane porin  24.29 
 
 
383 aa  47  0.0005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2314  porin  26.04 
 
 
350 aa  47  0.0005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.224998 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0593  porin  24.51 
 
 
368 aa  47  0.0005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  unclonable  1.97819e-07  unclonable  2.88423e-18 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0843  OmpC family outer membrane porin  29.83 
 
 
375 aa  46.6  0.0007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0712597 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3619  porin  22.93 
 
 
319 aa  45.8  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00814713  hitchhiker  0.000626755 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6317  outer membrane protein, (porin)  25.23 
 
 
358 aa  45.8  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS00714  porin precursor transmembrane protein  24.84 
 
 
351 aa  45.4  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000654265  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0154  porin  27.07 
 
 
367 aa  45.8  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.167447  normal  0.122543 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>