More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_3218 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_3218  phage integrase family protein  100 
 
 		 310 aa  641    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000104017 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3884  phage integrase family site specific recombinase  98.06 
 
 		 310 aa  630  1e-179  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3558  phage integrase family protein  64.63 
 
 		 311 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00295  site-specific recombinase, phage integrase family protein  52.86 
 
 		 297 aa  301  7.000000000000001e-81  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0730  phage integrase  47.81 
 
 		 305 aa  277  2e-73  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4243  phage integrase  38.26 
 
 		 309 aa  196  3e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000426285 
 
 
-
 
NC_011732  PCC7424_5582  integrase family protein  34.81 
 
 		 313 aa  162  5.0000000000000005e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013163  Cyan8802_4591  integrase family protein  33.45 
 
 		 316 aa  155  1e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.00000000427706  n/a   
 
 
-
 
NC_013167  Cyan8802_4618  integrase family protein  32.47 
 
 		 311 aa  152  1e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011721  PCC8801_4462  integrase family protein  32.34 
 
 		 311 aa  151  2e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014000  Ava_D0026  Phage integrase  31.88 
 
 		 309 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4229  phage integrase family protein  30.2 
 
 		 329 aa  137  3.0000000000000003e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0012  Phage integrase  30.2 
 
 		 320 aa  135  9.999999999999999e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0027  integrase/recombinase  31.37 
 
 		 325 aa  134  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000824478  normal  0.490771 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3221  integrase family protein  33.22 
 
 		 337 aa  133  3.9999999999999996e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.107588  hitchhiker  0.000000474252 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0645  integrase family protein  30.23 
 
 		 328 aa  130  4.0000000000000003e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000112195  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1730  integrase family protein  31.18 
 
 		 317 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.715889  normal  1 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0180  phage integrase  31.9 
 
 		 336 aa  119  6e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0996549 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4067  integrase/recombinase  27.24 
 
 		 324 aa  118  1.9999999999999998e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.130649  normal  0.280594 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2794  integrase family protein  27.03 
 
 		 304 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.160655  normal  1 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2840  integrase family protein  25.96 
 
 		 322 aa  106  6e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0238888  normal  0.278729 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2389  integrase family protein  27.21 
 
 		 345 aa  105  1e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000168042  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2840  Phage integrase  27.55 
 
 		 296 aa  103  3e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2848  phage integrase family protein  27.14 
 
 		 304 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2751  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  28.22 
 
 		 321 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.74292  normal  0.0246266 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2939  integrase family protein  26.79 
 
 		 304 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2841  phage integrase family site specific recombinase  26.88 
 
 		 292 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.424466  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2966  site-specific recombinase, phage integrase family  27.08 
 
 		 321 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.121059  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10430  site-specific recombinase XerD  29.41 
 
 		 313 aa  94.4  2e-18  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00129547  unclonable  0.000000000966981 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1412  integrase family protein  31.3 
 
 		 323 aa  91.3  2e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.157207  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  31.58 
 
 		 296 aa  90.9  2e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0381  tyrosine recombinase XerD  28.21 
 
 		 303 aa  88.6  1e-16  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4127  tyrosine recombinase XerC  31.72 
 
 		 301 aa  88.2  1e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.442069 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  30.74 
 
 		 296 aa  88.6  1e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0489  tyrosine recombinase XerC  28.77 
 
 		 299 aa  87.4  3e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.110232  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1821  integrase family protein  25.27 
 
 		 307 aa  87.4  3e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0364742  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1900  phage integrase family protein  26.99 
 
 		 331 aa  87  3e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.125862  hitchhiker  0.00365877 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0435  integrase family protein  26.87 
 
 		 299 aa  86.7  4e-16  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1819  integrase/recombinase XerD  27.14 
 
 		 295 aa  86.3  6e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.530175  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1556  integrase family protein  26.14 
 
 		 307 aa  85.9  8e-16  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.36987  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1003  tyrosine recombinase XerD subunit  28.02 
 
 		 302 aa  85.9  8e-16  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.497558  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2169  tyrosine recombinase XerD  31.76 
 
 		 298 aa  85.5  0.000000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.167772  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1934  phage integrase family protein  27.13 
 
 		 297 aa  85.1  0.000000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5643  tyrosine recombinase XerD  32.94 
 
 		 299 aa  84.7  0.000000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.776137 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0325  tyrosine recombinase XerC  26.69 
 
 		 297 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0394  tyrosine recombinase XerC  28.51 
 
 		 299 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3631  tyrosine recombinase XerC  28.51 
 
 		 299 aa  84  0.000000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.465228 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0393  tyrosine recombinase XerC  28.51 
 
 		 299 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.426652 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1687  tyrosine recombinase XerD subunit  29.35 
 
 		 314 aa  83.6  0.000000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2260  integrase family protein  33.12 
 
 		 395 aa  83.6  0.000000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.46728  normal  0.0539974 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00203  tyrosine recombinase  35.33 
 
 		 306 aa  82.8  0.000000000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  31.36 
 
 		 294 aa  82.8  0.000000000000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1299  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.88 
 
 		 291 aa  82.8  0.000000000000007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1554  tyrosine recombinase XerD  26.22 
 
 		 295 aa  82.8  0.000000000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4114  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.46 
 
 		 322 aa  82.4  0.000000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1585  tyrosine recombinase XerD  26.22 
 
 		 295 aa  82.8  0.000000000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3696  integrase family protein  31.97 
 
 		 334 aa  81.6  0.00000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4006  integrase family protein  31.97 
 
 		 334 aa  81.6  0.00000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0447  tyrosine recombinase XerC  27.98 
 
 		 299 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4429  tyrosine recombinase XerD  27.08 
 
 		 301 aa  81.6  0.00000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0676058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2117  tyrosine recombinase XerD  30.37 
 
 		 298 aa  81.3  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.815623  normal  0.0464222 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1099  tyrosine recombinase XerD  33.33 
 
 		 296 aa  81.6  0.00000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07060  site-specific recombinase XerD  25.94 
 
 		 315 aa  80.9  0.00000000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.273434 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08760  tyrosine recombinase XerD  27.09 
 
 		 309 aa  80.5  0.00000000000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.940341  unclonable  0.00000000128305 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3715  integrase family protein  26.6 
 
 		 298 aa  79.7  0.00000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1082  integrase family protein  23.84 
 
 		 290 aa  79.7  0.00000000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0057  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.76 
 
 		 369 aa  80.1  0.00000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.326798  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4087  tyrosine recombinase XerC  27.84 
 
 		 306 aa  80.1  0.00000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0169707 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3993  tyrosine recombinase XerC  27.84 
 
 		 306 aa  79.7  0.00000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0653  integrase family protein  30.81 
 
 		 282 aa  79.7  0.00000000000006  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.319783  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3247  integrase/recombinase XerC  29.07 
 
 		 296 aa  79.7  0.00000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2255  tyrosine recombinase XerD  34.48 
 
 		 305 aa  79.3  0.00000000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000204462  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4306  integrase/recombinase XerC  26.91 
 
 		 299 aa  79.3  0.00000000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.24 
 
 		 298 aa  78.6  0.0000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0818  tyrosine recombinase XerC  26.24 
 
 		 296 aa  79  0.0000000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.368613  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0047  tyrosine recombinase XerC  28.26 
 
 		 298 aa  78.6  0.0000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.53 
 
 		 296 aa  79  0.0000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.53 
 
 		 296 aa  79  0.0000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2332  tyrosine recombinase XerD  30.17 
 
 		 292 aa  78.6  0.0000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.09 
 
 		 296 aa  79  0.0000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0318  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.79 
 
 		 300 aa  78.6  0.0000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.55 
 
 		 299 aa  78.6  0.0000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0660  integrase family protein  28.07 
 
 		 284 aa  78.6  0.0000000000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.53 
 
 		 296 aa  79  0.0000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3894  tyrosine recombinase XerC  27.2 
 
 		 306 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00533729 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.53 
 
 		 296 aa  79  0.0000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1320  tyrosine recombinase XerD  30.8 
 
 		 302 aa  79  0.0000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  33.14 
 
 		 295 aa  77.8  0.0000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.94 
 
 		 296 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.94 
 
 		 296 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.94 
 
 		 296 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4806  phage integrase  28.86 
 
 		 291 aa  77.8  0.0000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.92941  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.94 
 
 		 296 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3580  tyrosine recombinase XerC  28.93 
 
 		 302 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.636062  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2348  phage integrase family protein  32.83 
 
 		 301 aa  77.8  0.0000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.94 
 
 		 296 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4583  tyrosine recombinase XerD  33.14 
 
 		 317 aa  77.8  0.0000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.422443 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  27.27 
 
 		 295 aa  77  0.0000000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1622  tyrosine recombinase XerD  29.24 
 
 		 310 aa  77.4  0.0000000000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1674  tyrosine recombinase XerD  25.9 
 
 		 297 aa  77.4  0.0000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0517708  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>