264 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_3202 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_3202  DNA-cytosine methyltransferase  100 
 
 
417 aa  871    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000317903  unclonable  0.0000000000251181 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0145  hypothetical protein  41.69 
 
 
417 aa  259  7e-68  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4919  DNA-cytosine methyltransferase  44.28 
 
 
416 aa  258  2e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00440588 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2460  DNA-cytosine methyltransferase  41.36 
 
 
424 aa  254  2.0000000000000002e-66  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00000000266884  hitchhiker  0.00000000000186187 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0414  DNA-cytosine methyltransferase  40.96 
 
 
436 aa  249  7e-65  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.596456  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0298  DNA-cytosine methyltransferase  40.92 
 
 
415 aa  248  2e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0083  DNA-cytosine methyltransferase  39.66 
 
 
425 aa  245  9.999999999999999e-64  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.817279  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4374  DNA-cytosine methyltransferase  38.57 
 
 
417 aa  243  3e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.423632  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3057  DNA-cytosine methyltransferase  37.87 
 
 
406 aa  243  3.9999999999999997e-63  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2140  DNA-cytosine methyltransferase  38.53 
 
 
428 aa  241  2e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000767539 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2371  DNA-cytosine methyltransferase  40 
 
 
419 aa  239  5.999999999999999e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0692329  hitchhiker  0.000000223127 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4747  DNA cytosine methylase  37.74 
 
 
474 aa  239  5.999999999999999e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.209155  normal  0.300797 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3354  C-5 cytosine-specific DNA methylase  38.44 
 
 
418 aa  238  2e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1143  DNA-cytosine methyltransferase  38.73 
 
 
426 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3387  DNA-cytosine methyltransferase  39.23 
 
 
417 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.28418  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00371  site-specific DNA methylase  41.14 
 
 
305 aa  233  3e-60  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009470  Acry_3583  DNA-cytosine methyltransferase  40.06 
 
 
487 aa  231  2e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0573  DNA cytosine methylase  38.57 
 
 
491 aa  230  3e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0356  site-specific DNA methylase  39.94 
 
 
323 aa  224  2e-57  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1565  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  41 
 
 
328 aa  223  4e-57  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2155  DNA cytosine methylase  39.2 
 
 
476 aa  214  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0409475 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4748  DNA cytosine methylase  38.07 
 
 
447 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2151  DNA cytosine methylase  39.2 
 
 
476 aa  214  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.366802 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1127  DNA cytosine methylase  39.2 
 
 
476 aa  214  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00778828  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1249  DNA cytosine methylase  39.2 
 
 
476 aa  214  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.608462  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2208  DNA cytosine methylase  39.2 
 
 
476 aa  214  2.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.736012 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1224  DNA cytosine methylase  38.53 
 
 
472 aa  212  1e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.27257  normal  0.639542 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2063  DNA cytosine methylase  38.53 
 
 
472 aa  212  1e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00482699  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2551  DNA cytosine methylase  37.82 
 
 
471 aa  210  4e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.491902 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1688  DNA-cytosine methyltransferase  38.53 
 
 
472 aa  209  6e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.105701  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1682  DNA cytosine methylase  38.53 
 
 
472 aa  209  6e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0382129 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2738  DNA cytosine methylase  38.53 
 
 
472 aa  209  6e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.285306  normal  0.358012 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0923  DNA cytosine methylase  38.53 
 
 
472 aa  209  6e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.579059  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2193  DNA cytosine methylase  38.53 
 
 
472 aa  209  7e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000335113  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2549  DNA-cytosine methyltransferase  39.83 
 
 
338 aa  204  2e-51  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.149278  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1968  DNA-cytosine methyltransferase  37.5 
 
 
324 aa  199  1.0000000000000001e-49  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0060  DNA-cytosine methyltransferase  36.84 
 
 
329 aa  193  5e-48  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2867  DNA-cytosine methyltransferase  36.98 
 
 
416 aa  191  2.9999999999999997e-47  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000000939229  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf138  cytosine-specific methyltransferase, related to HhaI  37.64 
 
 
327 aa  185  1.0000000000000001e-45  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  decreased coverage  0.000711386  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0822  DNA-cytosine methyltransferase  36.72 
 
 
318 aa  181  2e-44  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.091848  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1526  DNA-cytosine methyltransferase  35.61 
 
 
311 aa  178  2e-43  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  7.5111e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1078  hypothetical protein  34.02 
 
 
320 aa  161  2e-38  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1839  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase., Type II site-specific deoxyribonuclease  36.15 
 
 
657 aa  160  5e-38  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.520497  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2793  DNA-cytosine methyltransferase  33.61 
 
 
727 aa  159  8e-38  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3307  DNA-cytosine methyltransferase  33.89 
 
 
331 aa  158  1e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.594869 
 
 
-
 
NC_011681  PHATRDRAFT_47357  predicted protein  29.01 
 
 
495 aa  138  2e-31  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.22131  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2695  DNA-cytosine methyltransferase  29.94 
 
 
320 aa  134  3e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1008  cytosine-specific methyltransferase NlaX  31.27 
 
 
350 aa  133  5e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.02363e-62 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0816  DNA-cytosine methyltransferase  30.7 
 
 
350 aa  130  6e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0652  DNA-cytosine methyltransferase  30.24 
 
 
329 aa  128  1.0000000000000001e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.000019493  n/a   
 
 
-
 
NC_010182  BcerKBAB4_5352  DNA-cytosine methyltransferase  37.44 
 
 
444 aa  128  2.0000000000000002e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2360  DNA-cytosine methyltransferase  29.8 
 
 
336 aa  128  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.00768264  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1962  DNA-cytosine methyltransferase  32.92 
 
 
467 aa  127  4.0000000000000003e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.0166825 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0587  DNA-cytosine methyltransferase  31.08 
 
 
319 aa  123  5e-27  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  decreased coverage  0.00791678  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0084  DNA-cytosine methyltransferase  29.74 
 
 
423 aa  118  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0841  modification methylase HpaII (cytosine-specific methyltransferase HpaII)  29.92 
 
 
373 aa  117  3e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  4.59966e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5355  modification methylase HaeIII  29.15 
 
 
313 aa  116  7.999999999999999e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000134666  hitchhiker  1.11891e-16 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1297  C-5 cytosine-specific DNA methylase  38.5 
 
 
451 aa  115  1.0000000000000001e-24  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000219997  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5354  modification methylase HaeIII  29.66 
 
 
313 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000130575  hitchhiker  4.94055e-16 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0082  DNA-cytosine methyltransferase  29.45 
 
 
423 aa  115  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.576583 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0271  DNA-cytosine methyltransferase  27.71 
 
 
310 aa  109  9.000000000000001e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1869  prophage LambdaSa2, type II DNA modification methyltransferase, putative  38.5 
 
 
437 aa  107  3e-22  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000208673  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0272  DNA-cytosine methyltransferase  26.3 
 
 
308 aa  105  2e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.861301  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1245  DNA-cytosine methyltransferase  33.62 
 
 
438 aa  103  6e-21  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0932  DNA-cytosine methyltransferase  28.81 
 
 
350 aa  101  2e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000150039 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2320  DNA-cytosine methyltransferase  28.4 
 
 
334 aa  96.7  8e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1633  DNA-cytosine methyltransferase  25.63 
 
 
368 aa  96.3  1e-18  Methanococcus vannielii SB  Archaea  hitchhiker  0.00134402  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0756  DNA-cytosine methyltransferase  27.34 
 
 
671 aa  94  4e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.967927  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2666  DNA-cytosine methyltransferase  30.86 
 
 
460 aa  94  5e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.566614  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3450  DNA-cytosine methyltransferase  30.86 
 
 
460 aa  94  5e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0160  DNA-cytosine methyltransferase  28.61 
 
 
328 aa  93.2  7e-18  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4652  DNA-cytosine methyltransferase  32 
 
 
413 aa  91.7  2e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.030739 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4356  DNA-cytosine methyltransferase  31.54 
 
 
456 aa  91.7  2e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.593221  normal  0.193587 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4296  DNA-cytosine methyltransferase  31.54 
 
 
456 aa  91.7  2e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl308  modification methylase Sau3AI (GATC cytosine-specific methyltransferase)  24.34 
 
 
404 aa  89  1e-16  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00656674  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001833  DNA-cytosine methyltransferase  26.47 
 
 
427 aa  89  1e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0568  DNA-cytosine methyltransferase  25.13 
 
 
652 aa  89  1e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.905473  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0047  cytosine-specific methyltransferase NlaX (M.NlaX)  26.92 
 
 
352 aa  85.1  0.000000000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00306927  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1093  DNA-cytosine methyltransferase  26.42 
 
 
386 aa  85.5  0.000000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2257  DNA-cytosine methyltransferase  26.07 
 
 
323 aa  84.3  0.000000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00120501 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1855  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  32.67 
 
 
435 aa  83.6  0.000000000000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.918584  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0079  DNA-cytosine methyltransferase  28.06 
 
 
335 aa  83.6  0.000000000000007  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4337  cytosine-specific methyltransferase NlaX  29.13 
 
 
348 aa  83.2  0.000000000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0259442  hitchhiker  0.000000011708 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0819  modification methylase HaeIII (cytosine-specificmethyltransferase HaeIII; M.HaeIII)  25.19 
 
 
388 aa  82  0.00000000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.230352  n/a   
 
 
-
 
NC_006578  pBT9727_0058  phage-related DNA methylase, N-terminal region  33.16 
 
 
239 aa  79.7  0.00000000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2284  DNA-cytosine methyltransferase  24.56 
 
 
399 aa  77.8  0.0000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1972  DNA-cytosine methyltransferase  26.9 
 
 
490 aa  77.4  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0825702  normal  0.570166 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1523  DNA-cytosine methyltransferase  28.31 
 
 
335 aa  77.4  0.0000000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00206279  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0731  site-specific DNA methylase  29.63 
 
 
406 aa  76.6  0.0000000000007  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00265008  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0352  DNA-cytosine methyltransferase  28.57 
 
 
390 aa  75.9  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2462  DNA-cytosine methyltransferase  25.88 
 
 
412 aa  75.1  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.017331  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1132  DNA-cytosine methyltransferase  25.44 
 
 
395 aa  75.1  0.000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.53813  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1722  DNA-cytosine methyltransferase  25.21 
 
 
335 aa  74.7  0.000000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000269653  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0535  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  23.71 
 
 
357 aa  74.3  0.000000000004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000373164 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1270  DNA-cytosine methyltransferase  27.42 
 
 
406 aa  73.9  0.000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1617  DNA-cytosine methyltransferase  24.07 
 
 
437 aa  73.9  0.000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00132126 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0883  DNA-cytosine methyltransferase  34.41 
 
 
389 aa  73.6  0.000000000006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0472  DNA-cytosine methyltransferase  27.03 
 
 
390 aa  72.8  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1823  DNA-cytosine methyltransferase  27.01 
 
 
321 aa  71.6  0.00000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2261  DNA-cytosine methyltransferase  29.38 
 
 
387 aa  72  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>