More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_3088 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_5066  potassium/proton antiporter  63.92 
 
 
580 aa  670    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3821  potassium/proton antiporter  76.48 
 
 
574 aa  830    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000259426  hitchhiker  0.000169781 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3747  potassium/proton antiporter  95.3 
 
 
574 aa  1042    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5023  sodium/hydrogen exchanger family protein  62.87 
 
 
598 aa  692    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0910  potassium/proton antiporter  92.5 
 
 
576 aa  1026    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.490198  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0502  potassium/proton antiporter  63.22 
 
 
580 aa  696    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1867  potassium/proton antiporter  61.3 
 
 
573 aa  670    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45090  potassium/proton antiporter  63.07 
 
 
582 aa  664    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00181989  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0446  potassium/proton antiporter  63.57 
 
 
580 aa  688    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0536009  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5758  potassium/proton antiporter  64.27 
 
 
580 aa  681    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0944  potassium/proton antiporter  92.5 
 
 
576 aa  1024    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.542405 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2361  potassium/proton antiporter  60.17 
 
 
577 aa  639    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.325914  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0560  potassium/proton antiporter  64.45 
 
 
581 aa  677    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.761529  hitchhiker  0.0000000416087 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2276  potassium/proton antiporter  73.3 
 
 
581 aa  844    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0543146  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0762  potassium/proton antiporter  75.74 
 
 
576 aa  876    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0935  potassium/proton antiporter  92.5 
 
 
576 aa  1025    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.108607  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3425  potassium/proton antiporter  92.5 
 
 
576 aa  1026    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0240027  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4939  potassium/proton antiporter  63.92 
 
 
580 aa  670    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1549  potassium/proton antiporter  62.02 
 
 
575 aa  665    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002210  NhaP-type Na+/H+ and K+/H+ antiporter  75.39 
 
 
581 aa  869    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.90325  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5116  potassium/proton antiporter  63.75 
 
 
580 aa  670    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3071  potassium/proton antiporter  93.19 
 
 
574 aa  1015    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.57549  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3088  potassium/proton antiporter  100 
 
 
574 aa  1124    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0092711  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0884  potassium/proton antiporter  100 
 
 
574 aa  1124    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00781318  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1658  potassium/proton antiporter  62.02 
 
 
575 aa  665    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0400  potassium/proton antiporter  64.1 
 
 
580 aa  672    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.763312 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0847  potassium/proton antiporter  99.3 
 
 
574 aa  1115    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000112338  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0729  potassium/proton antiporter  67.65 
 
 
572 aa  743    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66380  potassium/proton antiporter  64.08 
 
 
538 aa  626  1e-178  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1517  potassium/proton antiporter  58.78 
 
 
577 aa  622  1e-177  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.044428  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1332  potassium/proton antiporter  58.78 
 
 
577 aa  622  1e-177  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.0000000000612144  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1939  potassium/proton antiporter  58.78 
 
 
577 aa  622  1e-177  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.058645  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1943  potassium/proton antiporter  58.78 
 
 
577 aa  622  1e-177  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00285963  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1999  potassium/proton antiporter  58.61 
 
 
577 aa  620  1e-176  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.861236  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01166  potassium/proton antiporter  59.3 
 
 
578 aa  602  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.106351  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2457  sodium/hydrogen exchanger  59.3 
 
 
578 aa  602  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000399384  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1678  potassium/proton antiporter  59.48 
 
 
578 aa  602  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000113521  normal  0.874424 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1349  potassium/proton antiporter  59.48 
 
 
578 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.401684  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1336  potassium/proton antiporter  59.48 
 
 
578 aa  602  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000106159  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1294  potassium/proton antiporter  59.3 
 
 
578 aa  602  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000808232  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2434  potassium/proton antiporter  59.3 
 
 
578 aa  602  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.010009  normal  0.436306 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01176  hypothetical protein  59.3 
 
 
578 aa  602  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0803034  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1957  potassium/proton antiporter  59.48 
 
 
578 aa  602  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0260417  normal  0.308586 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1930  potassium/proton antiporter  53.08 
 
 
569 aa  527  1e-148  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.401785  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0122  sodium/hydrogen exchanger  46.81 
 
 
570 aa  473  1e-132  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0583  sodium/hydrogen exchanger  47.36 
 
 
572 aa  458  1e-127  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0500  sodium/hydrogen exchanger family protein  45.36 
 
 
578 aa  429  1e-119  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.76767 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0921  sodium/hydrogen exchanger  44.87 
 
 
574 aa  425  1e-118  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0538395  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0572  sodium/hydrogen exchanger  46.5 
 
 
575 aa  423  1e-117  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0846  transporter-associated region:TrkA-C:Sodium/hydrogen exchanger  43.26 
 
 
588 aa  416  9.999999999999999e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2255  sodium/hydrogen exchanger  44.68 
 
 
573 aa  415  9.999999999999999e-116  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.272655  normal  0.399267 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3191  potassium/proton antiporter  43.98 
 
 
580 aa  412  1e-113  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.943195  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0827  sodium/hydrogen exchanger  43.08 
 
 
605 aa  405  1e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0583075 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0337  potassium/proton antiporter  40.66 
 
 
597 aa  387  1e-106  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.529222 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0056  potassium/proton antiporter  40.14 
 
 
597 aa  387  1e-106  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0157  potassium/proton antiporter  40.03 
 
 
596 aa  387  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0500  sodium/hydrogen exchanger  40.28 
 
 
608 aa  382  1e-105  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0245914  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0580  potassium/proton antiporter  40.35 
 
 
598 aa  385  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.316248  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0432  potassium/proton antiporter  40.14 
 
 
597 aa  384  1e-105  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7379  potassium/proton antiporter  39.97 
 
 
597 aa  385  1e-105  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0550  sodium/hydrogen exchanger  43.31 
 
 
541 aa  380  1e-104  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0657  potassium/proton antiporter  41 
 
 
597 aa  382  1e-104  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0833853 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0393  potassium/proton antiporter  40.35 
 
 
597 aa  373  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0966  potassium/proton antiporter  42.93 
 
 
596 aa  368  1e-100  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.230877  unclonable  0.0000431742 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1831  sodium/hydrogen exchanger  43.43 
 
 
598 aa  363  5.0000000000000005e-99  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000205605 
 
 
-
 
NC_007968  Pcryo_2517  potassium/proton antiporter  42.29 
 
 
590 aa  347  5e-94  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4559  potassium/proton antiporter  40.33 
 
 
592 aa  341  2e-92  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.875877  normal  0.221715 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1079  potassium/proton antiporter  39.04 
 
 
610 aa  339  7e-92  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0650  potassium/proton antiporter  41.39 
 
 
590 aa  338  9.999999999999999e-92  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3634  potassium/proton antiporter  36.77 
 
 
626 aa  331  2e-89  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.698781  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03170  cell volume regulation protein CvrA  39.96 
 
 
485 aa  321  3e-86  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3240  potassium/proton antiporter  39.2 
 
 
624 aa  320  5e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.526693 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3537  potassium/proton antiporter  38.85 
 
 
624 aa  316  6e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3438  potassium/proton antiporter  38.52 
 
 
616 aa  314  2.9999999999999996e-84  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0908  potassium/proton antiporter  40.7 
 
 
497 aa  312  9e-84  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.709599  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1466  sodium/hydrogen exchanger  40 
 
 
487 aa  312  1e-83  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.576685  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1841  Na(+)/H(+) exchanger  39.07 
 
 
485 aa  296  8e-79  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.42634  hitchhiker  0.00748386 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0757  potassium/proton antiporter  39.33 
 
 
481 aa  294  2e-78  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00299818  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3454  potassium/proton antiporter  39.83 
 
 
509 aa  290  6e-77  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00729546  normal  0.358 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0768  potassium/proton antiporter  36.93 
 
 
478 aa  290  7e-77  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0154146  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1035  potassium/proton antiporter  39.31 
 
 
483 aa  287  4e-76  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0407  potassium/proton antiporter  38.56 
 
 
486 aa  284  2.0000000000000002e-75  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.495315  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1203  potassium/proton antiporter  41.61 
 
 
486 aa  282  1e-74  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.195277  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2252  sodium/hydrogen exchanger  46.7 
 
 
414 aa  281  2e-74  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.976938  normal  0.212899 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1590  potassium/proton antiporter  34.87 
 
 
498 aa  278  2e-73  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.609323  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0222  potassium/proton antiporter  40.72 
 
 
499 aa  265  1e-69  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0381  potassium/proton antiporter  36.62 
 
 
506 aa  259  8e-68  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0640  sodium/hydrogen exchanger  47.88 
 
 
411 aa  259  1e-67  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0915  sodium/hydrogen exchanger  42.25 
 
 
490 aa  256  9e-67  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.101671  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0919  sodium/hydrogen exchanger  42.25 
 
 
490 aa  255  2.0000000000000002e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0469679  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0650  sodium/hydrogen exchanger  37.45 
 
 
492 aa  253  9.000000000000001e-66  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.939557  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3728  sodium/hydrogen exchanger  34.38 
 
 
496 aa  252  1e-65  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.938738 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5829  sodium/hydrogen exchanger  36.75 
 
 
593 aa  251  2e-65  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.626917  normal  0.686522 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0870  Sodium/hydrogen exchanger  42.25 
 
 
490 aa  249  1e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1689  hypothetical protein  34.78 
 
 
445 aa  238  2e-61  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2920  potassium/proton antiporter  32.7 
 
 
477 aa  233  1e-59  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3190  sodium/hydrogen exchanger  34.26 
 
 
498 aa  230  5e-59  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1171  sodium/hydrogen exchanger  37.76 
 
 
490 aa  228  2e-58  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.246697 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0611  sodium/hydrogen exchanger  31.1 
 
 
531 aa  225  1e-57  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00744487  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2406  sodium/hydrogen exchanger  36.87 
 
 
491 aa  224  4e-57  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.908088  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>