71 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_3039 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_3039  hypothetical protein  100 
 
 
201 aa  415  1e-115  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000888459  normal  0.414715 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0935  hypothetical protein  100 
 
 
201 aa  415  1e-115  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  4.06943e-07  normal  0.0868767 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0898  hypothetical protein  100 
 
 
201 aa  415  1e-115  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  1.38757e-05  normal  0.418189 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0884  membrane lipoprotein lipid attachment site  99 
 
 
201 aa  410  1e-114  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000370182  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3015  membrane lipoprotein lipid attachment site  99 
 
 
201 aa  411  1e-114  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0036157  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3478  membrane lipoprotein lipid attachment site  99 
 
 
201 aa  410  1e-114  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0966746  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3601  membrane lipoprotein lipid attachment site  99 
 
 
201 aa  410  1e-114  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000352733  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1060  hypothetical protein  99.49 
 
 
197 aa  406  1e-112  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3403  membrane lipoprotein lipid attachment site  98.98 
 
 
197 aa  403  1e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00726225  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0824  membrane lipoprotein lipid attachment site  93.03 
 
 
201 aa  395  1e-109  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.525373  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0637  hypothetical protein  91.54 
 
 
201 aa  390  1e-108  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0353203  normal  0.98697 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3243  hypothetical protein  91.54 
 
 
201 aa  386  1e-106  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.126868  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0914  hypothetical protein  89.05 
 
 
201 aa  380  1e-105  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.310752  normal  0.0133601 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2914  hypothetical protein  89.55 
 
 
201 aa  383  1e-105  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  4.21511e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0836  membrane lipoprotein lipid attachment site  89.34 
 
 
197 aa  375  1e-103  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0143317  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0964  membrane lipoprotein lipid attachment site  88.83 
 
 
197 aa  372  1e-102  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0219897  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1484  putative lipoprotein  66.67 
 
 
196 aa  270  1e-71  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.233925  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0596  putative lipoprotein  63.64 
 
 
200 aa  266  2e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004000  putative lipoprotein  65.1 
 
 
196 aa  264  6e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01522  hypothetical protein  63.96 
 
 
195 aa  262  2e-69  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1298  putative lipoprotein  67.98 
 
 
196 aa  257  9e-68  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.41074  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3947  membrane lipoprotein lipid attachment site  52.6 
 
 
200 aa  217  1e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  1.91679e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2514  putative lipoprotein  46.04 
 
 
204 aa  169  4e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.284557 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1313  membrane lipoprotein lipid attachment site  44.22 
 
 
196 aa  160  1e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.565237  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0633  membrane lipoprotein lipid attachment site  42.42 
 
 
196 aa  157  7e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5474  putative lipoprotein  44.16 
 
 
195 aa  149  3e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.756494 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2065  putative lipoprotein  46.51 
 
 
196 aa  147  1e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.274451  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1812  membrane lipoprotein lipid attachment site  45.93 
 
 
204 aa  145  4e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0606  membrane lipoprotein lipid attachment site  44.19 
 
 
205 aa  144  9e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.624185  normal  0.467937 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1891  membrane lipoprotein lipid attachment site  45.93 
 
 
204 aa  143  2e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0713  hypothetical protein  32.31 
 
 
208 aa  106  2e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0189  hypothetical protein  31.55 
 
 
196 aa  100  1e-20  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2264  hypothetical protein  28.06 
 
 
199 aa  83.2  3e-15  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0680426  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1310  hypothetical protein  28.65 
 
 
197 aa  80.9  1e-14  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0063  hypothetical protein  28.21 
 
 
210 aa  77.8  1e-13  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1832  hypothetical protein  26.44 
 
 
197 aa  70.5  2e-11  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2333  hypothetical protein  24.35 
 
 
195 aa  69.3  4e-11  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000127187  normal  0.606412 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0126  putative lipoprotein  25.87 
 
 
207 aa  67.8  1e-10  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1306  hypothetical protein  29.13 
 
 
212 aa  66.6  2e-10  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.123286  hitchhiker  1.11415e-07 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0086  putative lipoprotein  27.27 
 
 
207 aa  66.6  2e-10  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2162  hypothetical protein  28.57 
 
 
212 aa  65.9  4e-10  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  3.41487e-07 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1321  hypothetical protein  28.57 
 
 
212 aa  65.9  4e-10  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.475261  hitchhiker  3.88777e-06 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1283  hypothetical protein  28.57 
 
 
212 aa  65.9  4e-10  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1978  hypothetical protein  28.57 
 
 
212 aa  65.9  4e-10  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1620  fibronectin-binding protein B  27.73 
 
 
216 aa  63.9  2e-09  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0791942  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01109  hypothetical protein  27.73 
 
 
213 aa  63.2  3e-09  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.479957  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2218  putative lipoprotein  27.73 
 
 
212 aa  63.2  3e-09  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.108561  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1485  putative lipoprotein  27.73 
 
 
213 aa  63.2  3e-09  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.757345  hitchhiker  7.42206e-05 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01101  predicted outer membrane lipoprotein  27.73 
 
 
213 aa  63.2  3e-09  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.511897  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2021  putative lipoprotein  27.73 
 
 
213 aa  63.2  3e-09  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.351626  hitchhiker  7.02236e-05 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2496  membrane lipoprotein lipid attachment site  27.73 
 
 
213 aa  63.2  3e-09  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  2.60622e-07 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2542  membrane lipoprotein lipid attachment site  27.73 
 
 
213 aa  63.2  3e-09  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00786128  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1227  putative lipoprotein  27.73 
 
 
213 aa  63.2  3e-09  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  2.00273e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1228  putative lipoprotein  27.73 
 
 
213 aa  63.2  3e-09  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0969231  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1635  membrane lipoprotein lipid attachment site  28.57 
 
 
197 aa  62.4  5e-09  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00120258  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1219  hypothetical protein  27.27 
 
 
213 aa  60.5  2e-08  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.702073 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1698  membrane lipoprotein lipid attachment site  28.19 
 
 
191 aa  59.3  4e-08  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1590  putative lipoprotein  28.19 
 
 
191 aa  58.9  5e-08  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.228931  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2816  putative lipoprotein  28.19 
 
 
191 aa  58.9  5e-08  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.663439 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1191  membrane lipoprotein lipid attachment site  26.8 
 
 
207 aa  56.6  2e-07  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00328821  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0427  hypothetical protein  29.46 
 
 
177 aa  55.8  4e-07  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2796  membrane lipoprotein lipid attachment site  27.12 
 
 
193 aa  53.5  2e-06  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2490  membrane lipoprotein lipid attachment site  27.12 
 
 
193 aa  52.8  3e-06  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.527693  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1490  hypothetical protein  27.27 
 
 
211 aa  53.1  3e-06  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.687468  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3851  membrane lipoprotein lipid attachment site  25.14 
 
 
199 aa  52.8  4e-06  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.160992  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1922  membrane lipoprotein lipid attachment site  25.62 
 
 
195 aa  51.6  7e-06  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.939521  hitchhiker  4.34188e-06 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0084  hypothetical protein  25.25 
 
 
202 aa  50.1  2e-05  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1604  membrane lipoprotein lipid attachment site  26.89 
 
 
197 aa  48.5  6e-05  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0180  conserved hypothetical lipoprotein  25.24 
 
 
209 aa  48.5  7e-05  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1695  hypothetical protein  24.77 
 
 
332 aa  45.4  0.0006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3644  curli production assembly/transport component CsgG  29.23 
 
 
340 aa  43.9  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.8014  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>