45 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_3038 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_3038  TPR repeat-containing protein  100 
 
 
466 aa  956    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000055247  normal  0.645895 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0885  TPR repeat-containing protein  87.61 
 
 
467 aa  839    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000189506  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0915  TPR repeat-containing protein  72.79 
 
 
455 aa  684    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0669152  normal  0.0164618 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0837  TPR repeat-containing protein  70.75 
 
 
469 aa  663    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.150077  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0825  TPR repeat-containing protein  75.06 
 
 
455 aa  711    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.692927  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0899  TPR repeat-containing protein  96.35 
 
 
466 aa  930    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000307995  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3242  TPR repeat-containing protein  67.12 
 
 
456 aa  641    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0125577  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0936  TPR repeat-containing protein  99.14 
 
 
466 aa  949    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000092283  normal  0.106042 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3600  TPR repeat-containing protein  87.83 
 
 
467 aa  839    Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000996774  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0965  TPR repeat-containing protein  71.66 
 
 
455 aa  674    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00115055  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3014  TPR repeat-containing protein  88.44 
 
 
467 aa  868    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00235052  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3402  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  88.89 
 
 
467 aa  838    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0332171  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1061  TPR domain-containing protein  95.06 
 
 
466 aa  919    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3477  TPR repeat-containing protein  88.89 
 
 
467 aa  837    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0100527  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2913  tetratricopeptide TPR_2  64.94 
 
 
453 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000006025  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0638  TPR domain-containing protein  62.75 
 
 
459 aa  576  1.0000000000000001e-163  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.044891  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3949  TPR repeat-containing protein  35.71 
 
 
487 aa  266  5.999999999999999e-70  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000698733  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0598  putative lipoprotein  31.63 
 
 
483 aa  207  3e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004002  putative lipoprotein  31.52 
 
 
465 aa  193  5e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01520  hypothetical protein  30.94 
 
 
468 aa  182  1e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1296  putative lipoprotein  28.66 
 
 
465 aa  167  4e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1486  hypothetical protein  30.29 
 
 
472 aa  164  2.0000000000000002e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00338852  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5472  hypothetical protein  26.29 
 
 
464 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0604  hypothetical protein  25.99 
 
 
559 aa  130  7.000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.243924  normal  0.856917 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2516  hypothetical protein  25.06 
 
 
509 aa  126  7e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.219773 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0064  hypothetical protein  25.58 
 
 
477 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1831  tetratricopeptide TPR_4  26.3 
 
 
441 aa  117  3e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5471  hypothetical protein  22.53 
 
 
457 aa  100  5e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0735646 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2334  hypothetical protein  23.13 
 
 
461 aa  98.6  2e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.000000614425  normal  0.684774 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1905  hypothetical protein  23.94 
 
 
452 aa  94.4  4e-18  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1811  hypothetical protein  27.99 
 
 
407 aa  94  6e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2263  hypothetical protein  25.65 
 
 
435 aa  92.8  1e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.156064  normal  0.937024 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2066  hypothetical protein  26.59 
 
 
407 aa  93.2  1e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1890  hypothetical protein  26.59 
 
 
407 aa  90.5  6e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0124  putative lipoprotein  25.13 
 
 
453 aa  89.7  1e-16  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0084  putative lipoprotein  25.13 
 
 
453 aa  87.4  4e-16  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0179  conserved hypothetical lipoprotein  22.95 
 
 
448 aa  85.5  0.000000000000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0190  hypothetical protein  23.02 
 
 
434 aa  79.3  0.0000000000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1315  hypothetical protein  24.27 
 
 
568 aa  76.3  0.000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.297813  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0631  hypothetical protein  24.43 
 
 
534 aa  73.9  0.000000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.831891  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1193  hypothetical protein  23.26 
 
 
457 aa  70.9  0.00000000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.01113  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0714  hypothetical protein  24.76 
 
 
554 aa  66.6  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3852  hypothetical protein  24.07 
 
 
457 aa  62.4  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.506454  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0082  hypothetical protein  21.53 
 
 
504 aa  54.7  0.000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2794  sporulation domain-containing protein  30.58 
 
 
671 aa  43.5  0.008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>