158 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2784 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_2784  phage transcriptional regulator, AlpA  100 
 
 
66 aa  133  9e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.834885  normal  0.857348 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004310  phage transcriptional regulator AlpA  69.23 
 
 
66 aa  97.8  5e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.207831  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04065  phage transcriptional regulator, AlpA  58.18 
 
 
80 aa  76.3  1e-13  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0716  phage transcriptional regulator, AlpA  47.62 
 
 
86 aa  70.1  9e-12  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2372  prophage CP4-57 regulatory  47.54 
 
 
67 aa  67.4  6e-11  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.296006  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2677  transcriptional regulator  53.33 
 
 
70 aa  66.2  1e-10  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17010  Prophage CP4-57 regulatory, AlpA-like protein  43.86 
 
 
95 aa  66.6  1e-10  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0962  putative bacteriophage DNA-binding transcription regulator protein  50 
 
 
88 aa  66.6  1e-10  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.907406 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1382  transcriptional regulator  47.06 
 
 
68 aa  65.5  2e-10  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1260  phage transcriptional regulator, AlpA  53.7 
 
 
67 aa  65.9  2e-10  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1598  phage transcriptional regulator, AlpA  52.54 
 
 
79 aa  65.9  2e-10  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0771353  normal  0.422154 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0048  phage transcriptional regulator, AlpA  48.33 
 
 
88 aa  65.1  3e-10  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3275  phage transcriptional regulator, AlpA  44.44 
 
 
86 aa  65.1  3e-10  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0241  phage transcriptional regulator, AlpA  54.84 
 
 
73 aa  65.1  3e-10  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4006  AlpA family transcriptional regulator  49.15 
 
 
88 aa  64.7  4e-10  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1058  phage transcriptional regulator, AlpA  49.15 
 
 
88 aa  64.7  4e-10  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2153  phage transcriptional regulator, AlpA  48.08 
 
 
81 aa  64.3  5e-10  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1496  phage transcriptional regulator, AlpA  45.61 
 
 
64 aa  63.9  6e-10  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1159  phage transcriptional regulator, AlpA  48.15 
 
 
62 aa  64.3  6e-10  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0925485  normal  0.345427 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02082  phage transcriptional regulator, AlpA  46.77 
 
 
70 aa  62.8  1e-09  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.376453  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1687  phage transcriptional regulator, AlpA  42.11 
 
 
64 aa  62.8  1e-09  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0154  phage transcriptional regulator, AlpA  51.92 
 
 
80 aa  63.2  1e-09  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.77914  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1777  phage transcriptional regulator, AlpA  43.33 
 
 
73 aa  62.8  2e-09  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.235945 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3885  phage transcriptional regulator, AlpA  41.67 
 
 
68 aa  62.4  2e-09  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0482  phage transcriptional regulator, AlpA  53.7 
 
 
56 aa  62.4  2e-09  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0668  hypothetical protein  40.98 
 
 
65 aa  62  2e-09  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.778257  hitchhiker  5.28136e-07 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2822  transcriptional regulator  44.29 
 
 
98 aa  61.6  3e-09  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.15617  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3550  phage transcriptional regulator, AlpA  48.28 
 
 
67 aa  61.2  4e-09  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3709  phage transcriptional regulator, AlpA  48.28 
 
 
67 aa  61.2  5e-09  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3697  phage transcriptional regulator, AlpA  48.28 
 
 
67 aa  61.2  5e-09  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0664555  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2332  phage transcriptional regulator, AlpA  45.45 
 
 
72 aa  60.8  6e-09  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2907  hypothetical protein  43.33 
 
 
69 aa  60.8  6e-09  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00184004 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3522  phage transcriptional regulator, AlpA  46.3 
 
 
65 aa  60.8  6e-09  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2193  prophage CP4-57 regulatory  44.07 
 
 
87 aa  60.5  8e-09  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4141  phage transcriptional regulator, AlpA  46.3 
 
 
70 aa  60.5  8e-09  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0715374  hitchhiker  7.72725e-05 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1406  putative transcriptional regulator  41.38 
 
 
76 aa  60.5  8e-09  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3413  phage transcriptional regulator, AlpA  47.06 
 
 
71 aa  60.1  9e-09  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00533865 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3106  phage transcriptional regulator, AlpA  46.55 
 
 
88 aa  60.1  1e-08  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.19989 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40550  prophage CP4-57 regulatory protein  52.94 
 
 
74 aa  59.7  1e-08  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1156  phage transcriptional regulator, AlpA  43.1 
 
 
71 aa  59.7  1e-08  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0567  phage transcriptional regulator, AlpA  45.45 
 
 
75 aa  59.3  2e-08  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4349  phage transcriptional regulator, AlpA  44.26 
 
 
74 aa  58.9  2e-08  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000832793 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2904  phage transcriptional regulator, AlpA  37.7 
 
 
68 aa  58.9  2e-08  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.438187 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4521  phage transcriptional regulator, AlpA  48.21 
 
 
71 aa  59.3  2e-08  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.243833 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0440  Phage transcriptional regulator, AlpA  51.92 
 
 
80 aa  58.9  2e-08  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3120  phage transcriptional regulator, AlpA  39.34 
 
 
86 aa  59.3  2e-08  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0481  phage transcriptional regulator, AlpA  44.44 
 
 
70 aa  58.9  2e-08  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.922024  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2960  phage DNA binding protein  46.55 
 
 
88 aa  58.9  2e-08  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.630956  hitchhiker  1.57452e-06 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2749  phage transcriptional regulator, AlpA  57.14 
 
 
67 aa  58.9  2e-08  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.496617  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1258  phage transcriptional regulator, AlpA  43.33 
 
 
61 aa  58.5  3e-08  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.496683 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4755  phage transcriptional regulator, AlpA  46.3 
 
 
60 aa  58.5  3e-08  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0434  putative prophage CP4-57 regulatory protein  41.54 
 
 
72 aa  58.5  3e-08  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0988805  normal  0.918772 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6373  phage transcriptional regulator, AlpA  44.64 
 
 
71 aa  58.2  3e-08  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0267057  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0635  phage transcriptional regulator, AlpA  41.82 
 
 
72 aa  58.2  3e-08  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.1566  normal  0.0401138 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2950  hypothetical protein  48.15 
 
 
103 aa  58.5  3e-08  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.058037  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1000  phage transcriptional regulator, AlpA  43.64 
 
 
72 aa  58.5  3e-08  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1424  phage transcriptional regulator, AlpA  43.4 
 
 
61 aa  58.5  3e-08  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.435044  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1667  phage transcriptional regulator, AlpA  44.44 
 
 
70 aa  58.2  4e-08  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.215931  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3427  phage transcriptional regulator, AlpA  39.22 
 
 
70 aa  57.8  5e-08  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0384  phage transcriptional regulator, AlpA  48.21 
 
 
65 aa  57.8  5e-08  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  5.80996e-06 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3285  phage transcriptional regulator, AlpA  40.98 
 
 
71 aa  57.4  6e-08  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.597574  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1361  putative transcriptional regulator  50 
 
 
85 aa  57.4  6e-08  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.900175  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4842  phage transcriptional regulator, AlpA  44.64 
 
 
86 aa  57.4  6e-08  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.257562 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1045  phage transcriptional regulator, AlpA  46.55 
 
 
80 aa  57.4  6e-08  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  1.19119e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3376  phage transcriptional regulator, AlpA  44.44 
 
 
70 aa  57  7e-08  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.658853  normal  0.605571 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0316  phage DNA binding protein  42.86 
 
 
86 aa  57  7e-08  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.370656 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0381  phage transcriptional regulator, AlpA  46.3 
 
 
66 aa  57  7e-08  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  5.63179e-06 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1454  phage transcriptional regulator, AlpA  44.44 
 
 
70 aa  57  8e-08  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2913  phage transcriptional regulator, AlpA  44.64 
 
 
71 aa  57  8e-08  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1700  phage transcriptional regulator, AlpA  46 
 
 
64 aa  57  8e-08  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.843747  normal  0.0591517 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1231  Phage transcriptional regulator, AlpA  44.44 
 
 
70 aa  57  8e-08  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0150  phage transcriptional regulator, AlpA  44.64 
 
 
71 aa  57  9e-08  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0948  phage transcriptional regulator, AlpA  37.93 
 
 
66 aa  56.2  1e-07  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3863  AlpA family protein  37.93 
 
 
66 aa  56.2  1e-07  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0520497  hitchhiker  0.0087856 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2812  phage transcriptional regulator, AlpA  40.35 
 
 
72 aa  56.2  1e-07  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.652167  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0443  phage transcriptional regulator, AlpA  48 
 
 
66 aa  56.6  1e-07  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.614779 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6511  phage transcriptional regulator, AlpA  46.3 
 
 
77 aa  56.6  1e-07  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2662  Phage transcriptional regulator, AlpA  50.94 
 
 
78 aa  56.2  1e-07  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.687834  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2182  phage transcriptional regulator, AlpA  46.55 
 
 
83 aa  56.2  1e-07  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0966831  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0893  AlpA family protein  37.93 
 
 
66 aa  56.2  1e-07  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2289  phage transcriptional regulator, AlpA  44.44 
 
 
70 aa  56.6  1e-07  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00398001  hitchhiker  8.34169e-05 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1320  phage transcriptional regulator, AlpA  44.44 
 
 
70 aa  56.6  1e-07  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.362532  normal  0.0773061 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0683  phage transcriptional regulator, AlpA  45 
 
 
69 aa  55.8  2e-07  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1511  phage transcriptional regulator, AlpA  45.76 
 
 
81 aa  55.8  2e-07  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2277  prophage CP4-57 regulatory  45.1 
 
 
71 aa  55.5  2e-07  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.19411 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2652  phage transcriptional regulator, AlpA  41.07 
 
 
71 aa  55.5  2e-07  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0273  phage transcriptional regulator, AlpA  41.07 
 
 
71 aa  55.5  2e-07  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.334205  normal  0.0643219 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1363  AlpA family transcriptional regulator  40.98 
 
 
66 aa  55.5  3e-07  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.129507  hitchhiker  0.00109178 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1542  phage transcriptional regulator, AlpA  44.23 
 
 
76 aa  55.5  3e-07  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.417665 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0243  phage transcriptional regulator, AlpA  38.89 
 
 
74 aa  54.7  4e-07  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.95474  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0336  phage transcriptional regulator, AlpA  41.51 
 
 
66 aa  54.7  4e-07  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2006  prophage regulatory protein AlpA family protein  41.67 
 
 
72 aa  54.3  5e-07  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0927823  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2362  phage transcriptional regulator, AlpA  45.28 
 
 
76 aa  53.9  6e-07  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.566785 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1730  phage transcriptional regulator, AlpA  33.33 
 
 
72 aa  54.3  6e-07  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.907409  n/a   
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3216  phage transcriptional regulator, AlpA  45.45 
 
 
68 aa  53.5  9e-07  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2334  hypothetical protein  40.35 
 
 
72 aa  53.5  1e-06  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.31954  hitchhiker  1.98775e-08 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2092  hypothetical protein  40.35 
 
 
72 aa  53.5  1e-06  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0653  phage transcriptional regulator, AlpA  40 
 
 
75 aa  53.1  1e-06  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0437376  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2255  phage transcriptional regulator, AlpA  41.18 
 
 
88 aa  53.1  1e-06  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.379253  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4520  phage transcriptional regulator, AlpA  41.18 
 
 
88 aa  52.8  1e-06  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>