90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2510 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011663  Sbal223_2765  decaheme cytochrome c  64.38 
 
 
650 aa  836  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00105295  hitchhiker  7.31399e-07 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2510  decaheme cytochrome c  100 
 
 
655 aa  1359  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0178218  hitchhiker  0.000666167 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1612  decaheme cytochrome c  64.08 
 
 
650 aa  830  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0130523  normal  0.2896 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2525  decaheme cytochrome c  54.99 
 
 
656 aa  698  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  8.37992e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2578  decaheme cytochrome c  69.15 
 
 
650 aa  890  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00427395  decreased coverage  0.00803379 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2637  decaheme cytochrome c  56.86 
 
 
653 aa  768  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3125  decaheme cytochrome c  55.34 
 
 
667 aa  736  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  1.045e-05  hitchhiker  6.06277e-06 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2676  decaheme cytochrome c  67.96 
 
 
650 aa  875  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000503474  normal  0.0214929 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1589  decaheme cytochrome c  64.38 
 
 
650 aa  833  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  2.35795e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1208  decaheme cytochrome c  54.02 
 
 
656 aa  696  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.474569  normal  0.550051 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2698  decaheme cytochrome c  53.73 
 
 
671 aa  679  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0681671  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1525  decaheme cytochrome c  55.97 
 
 
660 aa  712  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.100516  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1578  decaheme cytochrome c  64.08 
 
 
650 aa  829  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  2.05402e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1778  decaheme cytochrome c  68.88 
 
 
671 aa  923  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1478  decaheme cytochrome c  50.07 
 
 
663 aa  612  1e-174  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  2.54716e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2674  decaheme cytochrome c MtrF  30.14 
 
 
639 aa  259  9e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0899912  normal  0.105553 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1780  decaheme cytochrome c MtrF  29.46 
 
 
639 aa  258  2e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2576  decaheme cytochrome c MtrF  30.59 
 
 
639 aa  257  5e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.134423  decreased coverage  0.00876105 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2508  decaheme cytochrome c MtrF  30.75 
 
 
639 aa  254  3e-66  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00292179  decreased coverage  0.000509076 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1211  decaheme cytochrome c MtrF  30.43 
 
 
639 aa  252  1e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2694  decaheme cytochrome c MtrF  31.08 
 
 
640 aa  242  2e-62  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1614  decaheme cytochrome c MtrF  29.08 
 
 
639 aa  241  3e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0474266  normal  0.168927 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1580  decaheme cytochrome c MtrF  29.34 
 
 
639 aa  241  4e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0766819  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2763  decaheme cytochrome c MtrF  29.27 
 
 
639 aa  238  3e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0120659  hitchhiker  4.44921e-05 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1591  decaheme cytochrome c MtrF  28.74 
 
 
639 aa  233  1e-59  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  1.58979e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1528  decaheme cytochrome c MtrF  30.91 
 
 
646 aa  224  3e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2521  decaheme cytochrome c MtrF  30.42 
 
 
639 aa  223  7e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3466  hypothetical protein  31.27 
 
 
785 aa  143  1e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.724503 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4048  hypothetical protein  25.31 
 
 
764 aa  132  3e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0918  decaheme cytochrome c  24.9 
 
 
764 aa  106  2e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.613412  normal  0.552776 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2522  decaheme cytochrome c  25.4 
 
 
720 aa  104  6e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1210  decaheme cytochrome c  24.26 
 
 
727 aa  100  7e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.260087  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2292  hypothetical protein  25.81 
 
 
782 aa  95.9  2e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1658  hypothetical protein  26.53 
 
 
898 aa  89.7  1e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.131846  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0998  decaheme cytochrome c  22.91 
 
 
766 aa  89  2e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2216  hypothetical protein  26.24 
 
 
898 aa  89.7  2e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.352223  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1527  decaheme cytochrome c  22.15 
 
 
722 aa  87.8  6e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1731  multiheme cytochrome  26.26 
 
 
898 aa  86.7  1e-15  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2636  decaheme cytochrome c  22.55 
 
 
724 aa  87  1e-15  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2524  decaheme cytochrome c  22.99 
 
 
725 aa  85.9  2e-15  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000418395  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2509  decaheme cytochrome c  23.05 
 
 
731 aa  82  3e-14  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  1.84393e-06  hitchhiker  0.000632353 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2613  decaheme cytochrome c  24.27 
 
 
762 aa  79.7  2e-13  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000355284  hitchhiker  7.40819e-06 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1579  decaheme cytochrome c  21.85 
 
 
730 aa  79  3e-13  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00874065  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1590  decaheme cytochrome c  22.18 
 
 
730 aa  78.2  5e-13  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  4.52412e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1526  decaheme cytochrome c  21.86 
 
 
738 aa  77.4  7e-13  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.324001  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2675  decaheme cytochrome c  22.7 
 
 
724 aa  77.4  8e-13  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  7.33685e-05  normal  0.0455406 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2577  decaheme cytochrome c  22.12 
 
 
731 aa  77  1e-12  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00883016  decreased coverage  0.00925289 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1209  decaheme cytochrome c  22.09 
 
 
729 aa  77  1e-12  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00658895  normal  0.327868 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1613  decaheme cytochrome c  22.66 
 
 
730 aa  75.9  2e-12  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  1.96014e-05  normal  0.166254 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3588  decaheme cytochrome c  22.38 
 
 
745 aa  75.1  3e-12  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3124  decaheme cytochrome c  21.51 
 
 
741 aa  74.7  5e-12  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00184772  hitchhiker  4.2193e-05 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0913  decaheme cytochrome c  23.5 
 
 
770 aa  73.9  8e-12  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.546873  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2299  hypothetical protein  30.26 
 
 
809 aa  73.6  1e-11  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2680  decaheme cytochrome c  23.8 
 
 
762 aa  73.2  1e-11  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.463028  unclonable  6.43351e-05 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2697  decaheme cytochrome c  24.23 
 
 
745 aa  73.2  2e-11  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0633196  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2695  decaheme cytochrome c  21.68 
 
 
719 aa  71.6  4e-11  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.734788  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1779  decaheme cytochrome c  22.33 
 
 
735 aa  71.2  6e-11  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2787  decaheme cytochrome c  24.16 
 
 
762 aa  70.5  1e-10  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0256712 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2228  decaheme cytochrome c  23.43 
 
 
755 aa  69.7  2e-10  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.236086  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3286  hypothetical protein  24.72 
 
 
714 aa  66.6  1e-09  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.909593  hitchhiker  4.68411e-07 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2696  hypothetical protein  21.35 
 
 
822 aa  67  1e-09  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2523  hypothetical protein  29.57 
 
 
757 aa  63.5  1e-08  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0875  hypothetical protein  23.18 
 
 
893 aa  63.5  1e-08  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0421546 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3573  decaheme cytochrome c  24.65 
 
 
716 aa  60.8  7e-08  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4254  decaheme cytochrome c  22.61 
 
 
729 aa  60.8  8e-08  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.353597  unclonable  2.80036e-08 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1479  hypothetical protein  24.35 
 
 
833 aa  58.9  3e-07  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0424195  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1421  hypothetical protein  22.86 
 
 
657 aa  57.4  9e-07  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.515821 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1380  decaheme cytochrome c  22.39 
 
 
765 aa  56.2  2e-06  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0910  hypothetical protein  25.66 
 
 
731 aa  55.8  2e-06  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.688824 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1473  decaheme cytochrome c  26.43 
 
 
761 aa  55.8  2e-06  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000262006  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1478  decaheme cytochrome c  26.43 
 
 
761 aa  55.8  2e-06  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.174618  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1509  decaheme cytochrome c  26.24 
 
 
764 aa  55.5  3e-06  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.130709  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4083  hypothetical protein  27.08 
 
 
826 aa  55.5  4e-06  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0344261  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2874  decaheme cytochrome c  26.24 
 
 
764 aa  55.1  4e-06  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0594793  hitchhiker  8.91097e-06 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1659  decaheme cytochrome c  23.7 
 
 
758 aa  53.9  1e-05  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1244  hypothetical protein  21.75 
 
 
742 aa  51.6  4e-05  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0505071  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6275  decaheme c-type cytochrome, OmcA/MtrC family  25.22 
 
 
741 aa  51.2  6e-05  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.772817 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003776  decaheme cytochrome c MtrF  21.9 
 
 
754 aa  50.1  0.0001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1345  multiheme cytochrome  21.75 
 
 
742 aa  49.7  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4079  hypothetical protein  24.83 
 
 
885 aa  47.8  0.0007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.299167  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1213  decaheme cytochrome c MtrD  29.73 
 
 
318 aa  47.4  0.0008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.766107  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1257  hypothetical protein  23.18 
 
 
762 aa  46.6  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4080  hypothetical protein  19.76 
 
 
936 aa  46.2  0.002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000183317  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2692  cytochrome C family protein  30.77 
 
 
319 aa  46.2  0.002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2990  hypothetical protein  22.78 
 
 
680 aa  46.2  0.002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1542  cytochrome C family protein  27.33 
 
 
655 aa  45.8  0.003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0724057 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2764  hypothetical protein  27.88 
 
 
843 aa  45.4  0.004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.185672  hitchhiker  8.08171e-07 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2603  hypothetical protein  23.08 
 
 
742 aa  45.1  0.004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.430741  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2507  hypothetical protein  25.87 
 
 
700 aa  44.7  0.006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.116766  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2638  cytochrome C family protein  28.97 
 
 
329 aa  44.3  0.008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.838087  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>