More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2405 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_1989  ribonuclease E  64.01 
 
 		 1141 aa  1194    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.378047  normal  0.0201653 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2436  ribonuclease, Rne/Rng family  62.85 
 
 		 1061 aa  689    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2643  ribonuclease, Rne/Rng family  58.42 
 
 		 1029 aa  638    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2304  ribonuclease  61.01 
 
 		 1071 aa  792    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3086  ribonuclease  59.25 
 
 		 1076 aa  646    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1905  ribonuclease, Rne/Rng family  70.32 
 
 		 1091 aa  726    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.879394  unclonable  0.000000947805 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1481  ribonuclease E  65.31 
 
 		 885 aa  686    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00665357  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2634  ribonuclease  66.87 
 
 		 1201 aa  1176    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0740113  hitchhiker  0.00367459 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1040  ribonuclease E protein  52.26 
 
 		 1014 aa  681    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.120307  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2289  ribonuclease E  72.58 
 
 		 1004 aa  880    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.705464  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3507  ribonuclease E  61.87 
 
 		 1216 aa  858    Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0058516  normal  0.0230667 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0818  ribonuclease  57.99 
 
 		 1092 aa  671    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00158382  normal  0.513461 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2785  ribonuclease E  79.78 
 
 		 1088 aa  1650    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1173  ribonuclease E  58.53 
 
 		 1040 aa  637    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3841  ribonuclease, Rne/Rng family protein  60.39 
 
 		 1128 aa  728    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.87898  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0520  ribonuclease E  63.69 
 
 		 1090 aa  665    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000787566  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2244  ribonuclease E  51.44 
 
 		 663 aa  657    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2216  ribonuclease E  51.44 
 
 		 663 aa  657    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1638  ribonuclease E and G  60.16 
 
 		 1120 aa  726    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.664118 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0592  ribonuclease  58.43 
 
 		 1058 aa  645    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0452769 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0256  RNAse E  58.33 
 
 		 1405 aa  637    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4788  ribonuclease  62.06 
 
 		 1038 aa  643    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.870424  normal  0.38307 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1600  ribonuclease E  69.69 
 
 		 1048 aa  838    Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000427165  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2005  ribonuclease E  58.36 
 
 		 870 aa  688    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1707  ribonuclease  73.71 
 
 		 1148 aa  1484    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000116835  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2275  RNAse E  64.56 
 
 		 1042 aa  672    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.896581  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1569  ribonuclease E  60.63 
 
 		 1216 aa  858    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000219809  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1564  RNAse E  59.79 
 
 		 873 aa  683    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.270508  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1677  ribonuclease E  60.63 
 
 		 1216 aa  858    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000377607  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0656  ribonuclease E  58.22 
 
 		 998 aa  639    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.59395 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2918  ribonuclease E  63.47 
 
 		 1085 aa  658    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000100731  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1814  ribonuclease E  63.69 
 
 		 1087 aa  665    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0112079  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2843  ribonuclease E and G  59.54 
 
 		 764 aa  687    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.298666  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2802  ribonuclease E  63.69 
 
 		 1088 aa  665    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.0000361809  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4166  RNAse E  60.35 
 
 		 1082 aa  730    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000306864  normal  0.124166 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01517  ribonuclease E  64.59 
 
 		 1238 aa  709    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1615  ribonuclease, Rne/Rng family  61.19 
 
 		 1058 aa  855    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.000319313  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2220  ribonuclease, Rne/Rng family  63.27 
 
 		 782 aa  654    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4223  ribonuclease E  58.72 
 
 		 1053 aa  670    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0187486  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0970  ribonuclease, Rne/Rng family  53.2 
 
 		 1008 aa  678    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.100697 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1378  ribonuclease, Rne/Rng family  59.77 
 
 		 1074 aa  645    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.282937  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1619  RNAse E  60.9 
 
 		 1012 aa  743    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0118741  normal  0.382079 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1590  ribonuclease E  56.85 
 
 		 720 aa  658    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.000584784  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0703  ribonuclease  61.57 
 
 		 752 aa  724    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3290  ribonuclease E  58.42 
 
 		 1025 aa  639    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1064  ribonuclease  52.87 
 
 		 977 aa  684    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.973146  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1579  ribonuclease, Rne/Rng family  57.97 
 
 		 1060 aa  842    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00521114  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2504  ribonuclease  62.25 
 
 		 1084 aa  1199    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1707  ribonuclease E  63.47 
 
 		 1068 aa  660    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.000337375  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1898  ribonuclease E  74.11 
 
 		 1122 aa  830    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000446531  hitchhiker  0.000483574 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1481  ribonuclease  61.39 
 
 		 1086 aa  731    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00984617  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2193  ribonuclease  62.4 
 
 		 1111 aa  665    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.695078  normal  0.0536966 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0991  ribonuclease  60.66 
 
 		 1059 aa  669    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.19075  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1874  ribonuclease, Rne/Rng family  63.27 
 
 		 782 aa  654    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.0000717737  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1720  ribonuclease  55.82 
 
 		 1007 aa  649    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2863  ribonuclease E  63.69 
 
 		 1088 aa  664    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.829315  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1619  RNAse E  69.88 
 
 		 968 aa  741    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000868095  normal  0.696665 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2185  ribonuclease E  63.56 
 
 		 1073 aa  748    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0610467  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2032  ribonuclease  60.9 
 
 		 1142 aa  1222    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.390229  normal  0.144876 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1321  ribonuclease E  49.23 
 
 		 904 aa  719    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0034947  normal  0.881501 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3660  ribonuclease E  61.16 
 
 		 1041 aa  642    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1062  ribonuclease E  60.7 
 
 		 1096 aa  671    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  unclonable  0.00000580995  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1615  ribonuclease E  70.95 
 
 		 688 aa  855    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000120942  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2302  ribonuclease  63.8 
 
 		 1102 aa  1265    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.275092  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02342  RNase E  56.77 
 
 		 1131 aa  910    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.596666  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5282  ribonuclease  52.07 
 
 		 1044 aa  655    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0972122  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1592  ribonuclease E  60.7 
 
 		 1175 aa  775    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.690225  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2791  ribonuclease E  63.69 
 
 		 1087 aa  665    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.000882056  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1750  ribonuclease  72.95 
 
 		 1158 aa  1481    Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00127119  normal  0.447333 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2440  RNAse E  64.14 
 
 		 1037 aa  674    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.19566  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0440  ribonuclease E  70.4 
 
 		 589 aa  723    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0396  ribonuclease, Rne/Rng family  56.14 
 
 		 865 aa  675    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1516  ribonuclease  61.22 
 
 		 1072 aa  745    Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00855049  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0631  ribonuclease  60.11 
 
 		 1059 aa  667    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0577121  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0389  ribonuclease  58.36 
 
 		 879 aa  682    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.57215  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1573  ribonuclease  73.1 
 
 		 1128 aa  1467    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2134  ribonuclease  52.8 
 
 		 1070 aa  941    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0595  ribonuclease  57.14 
 
 		 718 aa  657    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000095022  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2491  ribonuclease E  63.69 
 
 		 1090 aa  665    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000172006  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0715  ribonuclease E  61.42 
 
 		 942 aa  850    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.32082  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2405  RNAse E  100 
 
 		 1093 aa  2194    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.133315  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1710  ribonuclease  72.93 
 
 		 1144 aa  1477    Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000580294  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2475  RNAse E  96.71 
 
 		 1095 aa  1989    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.350754  normal  0.0309861 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3809  ribonuclease  70.32 
 
 		 1090 aa  725    Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000518974  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1430  ribonuclease E  69.67 
 
 		 1073 aa  744    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.260181 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1490  ribonuclease, Rne/Rng family protein  64.05 
 
 		 1124 aa  1288    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.326409  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2233  ribonuclease E  70.89 
 
 		 1015 aa  870    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.893079  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0905  ribonuclease, Rne/Rng family  53.61 
 
 		 1011 aa  685    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0755598  normal  0.0613595 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0986  ribonuclease  60.66 
 
 		 1068 aa  669    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.41392  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25560  ribonuclease E  65.19 
 
 		 1057 aa  758    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0583784  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1242  ribonuclease  65.54 
 
 		 928 aa  704    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2088  ribonuclease  56.48 
 
 		 1132 aa  715    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1110  ribonuclease  60.11 
 
 		 1059 aa  667    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.000270139  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1593  ribonuclease  61.77 
 
 		 1128 aa  1201    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0247639 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2657  ribonuclease, Rne/Rng family  72.92 
 
 		 1154 aa  1484    Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00498519  hitchhiker  0.000418055 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1069  ribonuclease  60.11 
 
 		 1056 aa  668    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.17751  decreased coverage  0.00648425 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2567  RNAse E  93.72 
 
 		 1098 aa  1924    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2176  ribonuclease E  53.65 
 
 		 1132 aa  712    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1353  ribonuclease E  61.51 
 
 		 938 aa  756    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.000765938  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2208  ribonuclease, Rne/Rng family protein  72.77 
 
 		 1065 aa  904    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.162702 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>