More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2380 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011663  Sbal223_2549  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  97.68 
 
 
345 aa  674    Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000317859  hitchhiker  0.000000000231938 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2760  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  98.84 
 
 
352 aa  699    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1845  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  88.12 
 
 
345 aa  635    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000474517  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1596  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  98.26 
 
 
345 aa  696    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000121366  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1730  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  97.39 
 
 
345 aa  689    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000522816  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1735  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  97.68 
 
 
345 aa  674    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000490358  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2097  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  91.59 
 
 
345 aa  652    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.385  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1773  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  97.68 
 
 
345 aa  674    Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00650722  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2094  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  90.72 
 
 
345 aa  651    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000188129  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2380  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  100 
 
 
345 aa  705    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0437006  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2452  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  99.71 
 
 
345 aa  703    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.038607  normal  0.28403 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1452  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  87.83 
 
 
345 aa  642    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00640096  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2545  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  100 
 
 
345 aa  705    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000355661  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1513  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  87.5 
 
 
345 aa  629  1e-179  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000222973  normal  0.483677 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2577  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  86.71 
 
 
346 aa  625  1e-178  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0230981  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2744  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  85.51 
 
 
345 aa  620  1e-176  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000181532  hitchhiker  0.000473524 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002781  phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase  78.82 
 
 
346 aa  568  1e-161  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03200  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  77.65 
 
 
346 aa  562  1.0000000000000001e-159  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2390  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  77.65 
 
 
346 aa  563  1.0000000000000001e-159  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1819  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  77.68 
 
 
346 aa  558  1e-158  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2988  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  74.64 
 
 
345 aa  547  1e-155  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.263587 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02391  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  75.51 
 
 
345 aa  545  1e-154  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0803604  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1170  phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase  75.51 
 
 
345 aa  545  1e-154  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2782  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  75.22 
 
 
345 aa  544  1e-154  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.171997  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02353  hypothetical protein  75.51 
 
 
345 aa  545  1e-154  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0952896  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2647  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  75.51 
 
 
345 aa  545  1e-154  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2873  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  75.51 
 
 
345 aa  545  1e-154  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.636308  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1177  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  75.51 
 
 
345 aa  545  1e-154  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0570522 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3524  phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase  74.49 
 
 
359 aa  545  1e-154  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00772577  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2634  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  75.51 
 
 
345 aa  545  1e-154  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.302094  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3722  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  75.22 
 
 
345 aa  542  1e-153  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.108743  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1129  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  74.93 
 
 
345 aa  543  1e-153  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2647  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  74.34 
 
 
350 aa  538  9.999999999999999e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.42877  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2737  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  74.64 
 
 
345 aa  540  9.999999999999999e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2759  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  74.64 
 
 
345 aa  540  9.999999999999999e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.168086  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2992  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  74.64 
 
 
345 aa  539  9.999999999999999e-153  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.84534  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3187  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  74.34 
 
 
345 aa  540  9.999999999999999e-153  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2695  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  74.34 
 
 
350 aa  538  9.999999999999999e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2868  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  74.64 
 
 
345 aa  540  9.999999999999999e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3196  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  74.7 
 
 
346 aa  535  1e-151  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00297919  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3120  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  73.33 
 
 
347 aa  534  1e-151  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1234  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  73.04 
 
 
347 aa  532  1e-150  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.701579  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1351  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  73.33 
 
 
347 aa  533  1e-150  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1064  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  73.62 
 
 
345 aa  531  1e-150  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2489  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  72.49 
 
 
345 aa  515  1.0000000000000001e-145  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.742519  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1069  phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase  71.18 
 
 
348 aa  509  1e-143  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.750987  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02148  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  71.18 
 
 
346 aa  507  9.999999999999999e-143  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1551  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  71.09 
 
 
345 aa  503  1e-141  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2808  phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase  69.91 
 
 
352 aa  496  1e-139  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.247614  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1700  phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase  69.94 
 
 
352 aa  490  1e-137  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.156273  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3689  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  69.65 
 
 
352 aa  489  1e-137  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0683899  decreased coverage  0.000265107 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36890  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  71.35 
 
 
351 aa  488  1e-137  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1665  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  69.08 
 
 
352 aa  481  1e-135  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294401  normal  0.678153 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1223  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  69.08 
 
 
352 aa  484  1e-135  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0174491  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2112  phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase  67.83 
 
 
358 aa  482  1e-135  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4053  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  69.08 
 
 
352 aa  481  1e-135  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1263  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  69.08 
 
 
352 aa  481  1e-135  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.045095 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2996  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  68.5 
 
 
352 aa  478  1e-134  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.55909  hitchhiker  0.000666575 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1633  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  68.5 
 
 
352 aa  473  1e-132  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.117601 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52040  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  68.41 
 
 
353 aa  472  1e-132  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00555218 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4564  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  68.41 
 
 
410 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0072  phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase  62.91 
 
 
358 aa  464  9.999999999999999e-131  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1440  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  66.86 
 
 
363 aa  464  1e-129  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0894  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  69.03 
 
 
369 aa  462  1e-129  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000980143 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1046  phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase  65 
 
 
347 aa  454  1e-127  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0946  phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase  63.16 
 
 
354 aa  456  1e-127  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1624  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  62.79 
 
 
349 aa  447  1.0000000000000001e-124  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.133695 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1856  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  63.08 
 
 
349 aa  447  1.0000000000000001e-124  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.154474 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2253  phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase  62.57 
 
 
356 aa  436  1e-121  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0205  phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase  61.34 
 
 
346 aa  437  1e-121  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.201771 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2316  phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase  61.96 
 
 
353 aa  422  1e-117  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.631588 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0553  phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase  62.28 
 
 
352 aa  419  1e-116  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1182  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  58.77 
 
 
358 aa  419  1e-116  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.66248  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2617  phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase  59.64 
 
 
379 aa  421  1e-116  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1761  phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase  58.5 
 
 
350 aa  417  9.999999999999999e-116  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0265  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  59.29 
 
 
363 aa  417  9.999999999999999e-116  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1928  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  59.59 
 
 
352 aa  417  9.999999999999999e-116  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0516  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  62.94 
 
 
347 aa  417  9.999999999999999e-116  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.706713 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0373  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  61.36 
 
 
345 aa  412  1e-114  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0710  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  59.3 
 
 
347 aa  411  1e-114  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.315917  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2773  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  59 
 
 
350 aa  412  1e-114  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.111788  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2911  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  58.7 
 
 
350 aa  408  1e-113  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1720  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  58.98 
 
 
368 aa  402  1e-111  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3566  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  59.88 
 
 
346 aa  402  1e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.484906 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2758  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  61.05 
 
 
355 aa  399  9.999999999999999e-111  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.534892  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1844  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  57.43 
 
 
348 aa  400  9.999999999999999e-111  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0176696  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1650  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  58.68 
 
 
368 aa  398  9.999999999999999e-111  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.81226  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2402  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  57.39 
 
 
348 aa  401  9.999999999999999e-111  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.507579  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1817  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  56.81 
 
 
348 aa  399  9.999999999999999e-111  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00980836 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2153  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  55.71 
 
 
348 aa  397  1e-109  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000138623  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1283  phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase  63.55 
 
 
351 aa  397  1e-109  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2167  phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase  57.64 
 
 
388 aa  396  1e-109  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2452  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  59.3 
 
 
351 aa  397  1e-109  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.113914  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1088  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  60.47 
 
 
351 aa  392  1e-108  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1476  phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase  57.43 
 
 
354 aa  393  1e-108  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3311  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  60.47 
 
 
351 aa  392  1e-108  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2195  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  60.47 
 
 
351 aa  392  1e-108  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.401729  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2512  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  59.28 
 
 
349 aa  394  1e-108  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2185  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  59.01 
 
 
350 aa  394  1e-108  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.654153 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3300  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  60.47 
 
 
351 aa  392  1e-108  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.863837  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>