More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2346 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_2346  SirA family protein  100 
 
 
77 aa  152  1e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.416048  decreased coverage  4.87815e-10 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1650  SirA family protein  97.4 
 
 
77 aa  149  1e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2418  SirA family protein  94.81 
 
 
77 aa  144  4e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.753437  hitchhiker  0.000838905 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2868  hypothetical protein  86.84 
 
 
77 aa  135  2e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1696  SirA family protein  76.62 
 
 
77 aa  123  9e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1828  SirA family protein  72.73 
 
 
77 aa  114  6e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.263187  normal  0.225214 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1791  SirA family protein  72.73 
 
 
77 aa  114  6e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1784  SirA family protein  72.73 
 
 
77 aa  114  6e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.832592  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2494  SirA family protein  72.73 
 
 
77 aa  114  6e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.284005  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1912  hypothetical protein  62.5 
 
 
76 aa  91.7  3e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.862683  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1648  hypothetical protein  47.22 
 
 
72 aa  80.1  1e-14  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.282998  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1756  SirA family protein  52.05 
 
 
73 aa  79  2e-14  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.807618  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1972  SirA family protein  50.7 
 
 
71 aa  78.6  3e-14  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0435497  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1842  SirA family protein  52.05 
 
 
73 aa  77.8  4e-14  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.483322  normal  0.0895719 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2170  SirA family protein  55.56 
 
 
73 aa  75.9  2e-13  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.44922  normal  0.854548 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2436  SirA family protein  48.61 
 
 
76 aa  70.9  6e-12  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00512226 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0561  SirA family protein  35.29 
 
 
75 aa  59.7  1e-08  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00147914  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2894  SirA family protein  33.82 
 
 
75 aa  59.7  1e-08  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1694  SirA family protein  37.88 
 
 
75 aa  60.1  1e-08  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.304124  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2217  hypothetical protein  35.29 
 
 
76 aa  59.7  1e-08  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.403117  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0631  SirA family protein  32.35 
 
 
76 aa  57.8  5e-08  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.161479 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1254  hypothetical protein  35.29 
 
 
77 aa  57.8  6e-08  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0939  hypothetical protein  31.88 
 
 
75 aa  57  8e-08  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  2.69274e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2575  molybdopterin cofactor biosynthesis MoaC region  38.24 
 
 
85 aa  57  8e-08  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0832  hypothetical protein  35.29 
 
 
76 aa  57  9e-08  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00406829  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1937  SirA family protein  35 
 
 
76 aa  55.8  2e-07  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.559837  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0940  hypothetical protein  32.35 
 
 
75 aa  55.8  2e-07  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  5.96514e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0674  hypothetical protein  32.35 
 
 
76 aa  55.1  3e-07  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.384362  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0740  hypothetical protein  32.35 
 
 
76 aa  55.1  3e-07  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0137112  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0872  hypothetical protein  32.35 
 
 
76 aa  55.1  3e-07  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.3042e-14 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0688  hypothetical protein  32.35 
 
 
76 aa  55.1  3e-07  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.301237  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0778  hypothetical protein  32.35 
 
 
75 aa  55.1  3e-07  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3614  SirA family protein  44.64 
 
 
76 aa  55.5  3e-07  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000103575 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1367  SirA-like  34.78 
 
 
79 aa  54.3  5e-07  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.463137  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0354  SirA family protein  35.29 
 
 
79 aa  54.3  5e-07  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2228  SirA family protein  38.03 
 
 
76 aa  53.9  6e-07  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.976785 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4504  hypothetical protein  32.35 
 
 
76 aa  54.3  6e-07  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  1.17975e-07 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3117  hypothetical protein  38.03 
 
 
76 aa  53.9  6e-07  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2600  hypothetical protein  38.03 
 
 
76 aa  53.9  6e-07  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0208  hypothetical protein  39.19 
 
 
155 aa  54.3  6e-07  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000505701 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1672  SirA family protein  32.35 
 
 
76 aa  54.3  6e-07  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2715  SirA family protein  38.03 
 
 
76 aa  53.9  6e-07  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  unclonable  1.96179e-11 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2116  sulfur transfer protein SirA  33.82 
 
 
80 aa  53.9  7e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.101058 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0574  hypothetical protein  33.82 
 
 
75 aa  53.9  7e-07  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  7.89219e-11  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3625  sulfur transfer protein SirA  33.82 
 
 
80 aa  53.9  7e-07  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.385858 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1656  sulfur transfer protein SirA  33.82 
 
 
80 aa  53.9  7e-07  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.100562  normal  0.450785 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0166  SirA family protein  33.82 
 
 
81 aa  53.5  8e-07  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.766434  normal  0.899413 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0868  hypothetical protein  33.82 
 
 
75 aa  53.5  9e-07  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1633  sulfur transfer protein SirA  32.35 
 
 
80 aa  52.8  2e-06  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.972147 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1881  SirA family protein  40.68 
 
 
75 aa  52.4  2e-06  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.045708 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0967  SirA family protein  29.58 
 
 
72 aa  52.8  2e-06  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.500955  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2572  SirA family protein  30.43 
 
 
80 aa  52  2e-06  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.410608  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2098  SirA family protein  30.43 
 
 
80 aa  52  2e-06  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0952  SirA-like  40.68 
 
 
75 aa  52.4  2e-06  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.872302  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1353  SirA family protein  40.68 
 
 
75 aa  52.4  2e-06  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.563442  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0648  SirA family protein  36.76 
 
 
82 aa  52.8  2e-06  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.900816  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1412  SirA family protein  40.68 
 
 
75 aa  52.4  2e-06  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.960057 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1085  SirA family protein  29.03 
 
 
77 aa  52.8  2e-06  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1434  SirA family protein  40.68 
 
 
75 aa  52.4  2e-06  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1314  SirA family protein  40.68 
 
 
75 aa  52.4  2e-06  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0861  SirA-like  36.84 
 
 
75 aa  52.4  2e-06  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0089  SirA-like protein  35.29 
 
 
73 aa  52.4  2e-06  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.741748  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4578  SirA-like protein  40.68 
 
 
75 aa  52.4  2e-06  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.408362  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1593  SirA family protein  39.62 
 
 
78 aa  52  3e-06  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.433427  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0734  hypothetical protein  40 
 
 
76 aa  52  3e-06  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0075  rhodanese domain-containing protein  31.75 
 
 
354 aa  52  3e-06  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1453  hypothetical protein  40 
 
 
76 aa  52  3e-06  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0073  rhodanese domain-containing protein  31.75 
 
 
354 aa  52  3e-06  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1134  hypothetical protein  35.48 
 
 
75 aa  52  3e-06  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00450728 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1684  hypothetical protein  40 
 
 
76 aa  52  3e-06  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.109756  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0429  hypothetical protein  40 
 
 
76 aa  52  3e-06  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0594568  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1662  hypothetical protein  40 
 
 
76 aa  52  3e-06  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0398143  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0920  hypothetical protein  40 
 
 
76 aa  52  3e-06  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1839  hypothetical protein  40 
 
 
76 aa  52  3e-06  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0090  SirA family protein  32.35 
 
 
85 aa  52  3e-06  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0719339  normal  0.137098 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2640  hypothetical protein  40 
 
 
76 aa  52  3e-06  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0863392  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2434  rhodanese-like domain-containing protein  28.36 
 
 
356 aa  51.6  3e-06  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4185  SirA family protein  31.88 
 
 
79 aa  51.6  4e-06  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.312975  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0015  sulfur transfer protein SirA  30.88 
 
 
81 aa  51.2  4e-06  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0331062  normal  0.432402 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1263  SirA family protein  31.88 
 
 
79 aa  51.6  4e-06  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.600838  normal  0.692978 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3088  SirA-like  34.48 
 
 
75 aa  51.2  4e-06  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1233  SirA family protein  31.88 
 
 
79 aa  51.6  4e-06  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1548  SirA family protein  26.47 
 
 
80 aa  51.6  4e-06  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.0325283 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1959  redox protein regulator of disulfide bond formation-like  32.86 
 
 
103 aa  51.2  5e-06  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  3.73287e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0688  SirA family protein  35 
 
 
75 aa  50.8  5e-06  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3979  SirA family protein  31.88 
 
 
79 aa  50.8  5e-06  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1218  SirA family protein  31.58 
 
 
77 aa  51.2  5e-06  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1333  hypothetical protein  39.62 
 
 
77 aa  51.2  5e-06  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1982  hypothetical protein  28.33 
 
 
79 aa  51.2  5e-06  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.948606  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0228  SirA-like  40 
 
 
161 aa  50.8  5e-06  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  8.6936e-05  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0033  hypothetical protein  30.88 
 
 
78 aa  51.2  5e-06  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  6.71264e-06  normal  0.064173 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0035  rhodanese domain-containing protein  28.36 
 
 
354 aa  50.8  6e-06  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1455  SirA family protein  28.17 
 
 
74 aa  50.8  6e-06  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.316855  normal  0.421643 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3129  SirA-like  34.29 
 
 
80 aa  50.8  6e-06  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.445608  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0826  SirA family protein  41.51 
 
 
75 aa  50.8  6e-06  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.24854 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0035  rhodanese domain-containing protein  28.36 
 
 
354 aa  50.8  6e-06  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2515  rhodanese-like domain-containing protein  28.36 
 
 
354 aa  50.8  6e-06  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.411992  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0756  SirA family protein  41.51 
 
 
75 aa  50.8  6e-06  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0477358 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0012  sulfur transfer protein SirA  30.88 
 
 
81 aa  50.4  7e-06  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0598  SirA family protein  32.35 
 
 
75 aa  50.4  7e-06  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>