73 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2238 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_2238  fimbrial protein  100 
 
 		 327 aa  663    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.160036  decreased coverage  0.00460081 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2241  fimbrial protein  54.48 
 
 		 331 aa  142  7e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0288255  normal  0.0430038 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3289  fimbrial protein  48.31 
 
 		 134 aa  93.6  4e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.222873 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0124  fimbrial protein  29.59 
 
 		 334 aa  79.7  0.00000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2030  type-1 fimbrial protein, A subunit  31.91 
 
 		 323 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2230  type-1 fimbrial protein, A subunit  34.04 
 
 		 323 aa  72.8  0.000000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1024  type-1 fimbrial protein, A subunit  33.33 
 
 		 204 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2087  major fimbrial subunit protein  33.33 
 
 		 323 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6926  Fimbrial protein  31.03 
 
 		 340 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.289443  normal  0.816903 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6274  type-1 fimbrial protein subunit A  33.83 
 
 		 306 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.229557  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3295  fimbrial protein  32.7 
 
 		 336 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0139531 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2234  fimbrial protein  30.43 
 
 		 338 aa  64.7  0.000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.22557  normal  0.0194534 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3389  fimbrial protein  25.99 
 
 		 317 aa  63.9  0.000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.261644 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3297  fimbrial protein  30.92 
 
 		 329 aa  62.8  0.000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0152009 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5793  fimbrial protein  29.17 
 
 		 311 aa  62.8  0.000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0492679 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0062  fimbrial adhesin precursor  32.45 
 
 		 348 aa  60.5  0.00000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.571199  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0060  fimbrial adhesin precursor  28.06 
 
 		 354 aa  59.3  0.00000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.485498  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4996  fimbrial protein  30 
 
 		 228 aa  58.2  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.230772  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0050  fimbrial protein  29.41 
 
 		 354 aa  58.5  0.0000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2969  putative fimbrial protein  29.79 
 
 		 338 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.9016 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5763  fimbrial protein  27.74 
 
 		 396 aa  57.4  0.0000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000317961 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2033  fimbrial protein  26.99 
 
 		 176 aa  57.4  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.833658  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2233  fimbrial subunit  26.99 
 
 		 176 aa  57.4  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0918187  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2090  fimbrial protein  26.99 
 
 		 176 aa  57.4  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1072  fimbrial protein  35.77 
 
 		 305 aa  56.6  0.0000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.251459 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1052  fimbrial protein  30 
 
 		 345 aa  56.2  0.0000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0195347 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5940  fimbrial protein  33.09 
 
 		 335 aa  55.8  0.0000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.201564  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0564  Fimbrial protein  31.29 
 
 		 345 aa  55.5  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.648396 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0591  type-1 fimbrial protein subunit A  34.01 
 
 		 185 aa  55.8  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.645033  normal  0.190697 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0589  type-1 fimbrial protein, A chain  34.01 
 
 		 185 aa  55.1  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.108306  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0596  type-1 fimbrial protein subunit A  33.8 
 
 		 185 aa  53.5  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0272864 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1150  putative fimbrial protein  32.53 
 
 		 380 aa  53.1  0.000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0250  fimbrial family protein  30.41 
 
 		 368 aa  53.1  0.000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.319484  hitchhiker  0.000123535 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0653  type-1 fimbrial protein, A chain  34.01 
 
 		 185 aa  52.8  0.000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4025  fimbrial protein  32.84 
 
 		 334 aa  52.8  0.000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.355446 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0588  type-1 fimbrial protein, A chain  33.33 
 
 		 185 aa  52.8  0.000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0138802 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2545  fimbrial protein  28.57 
 
 		 360 aa  52  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.625686 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0010  Fimbrial protein  28.03 
 
 		 319 aa  52.4  0.00001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0697  fimbrial protein  30.41 
 
 		 367 aa  52  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0616  fimbrial family protein  30.41 
 
 		 367 aa  51.6  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4253  fimbrial protein  31.71 
 
 		 336 aa  48.9  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000413623  normal  0.180606 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2875  fimbrial protein  25 
 
 		 355 aa  48.5  0.0001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1789  fimbrial protein  26.49 
 
 		 387 aa  48.5  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00112621  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1678  fimbrial family protein  26.49 
 
 		 387 aa  48.5  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1667  protein FimF-like protein  29.79 
 
 		 176 aa  48.5  0.0002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.554066 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0010  Fimbrial protein  28.79 
 
 		 319 aa  48.5  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01462  predicted fimbrial-like adhesin protein  29.08 
 
 		 176 aa  47.4  0.0003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.998876  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01474  hypothetical protein  29.08 
 
 		 176 aa  47.4  0.0003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2142  Fimbrial protein  29.08 
 
 		 176 aa  47.4  0.0003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00278828  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1588  protein FimF-like protein  29.08 
 
 		 176 aa  47.4  0.0003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.860042  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2153  fimbrial protein  29.08 
 
 		 176 aa  47.4  0.0003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.248521  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2117  protein FimF homolog  29.08 
 
 		 176 aa  47  0.0004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.153043 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1693  fimbrial protein  29.08 
 
 		 176 aa  47  0.0004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1816  fimbrial protein-like protein  23.49 
 
 		 338 aa  46.6  0.0006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0146115 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6670  fimbrial protein  31.71 
 
 		 181 aa  44.7  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.12656 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1664  fimbrial protein  30.28 
 
 		 187 aa  45.1  0.002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.515875 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1343  Fimbrial protein  27.04 
 
 		 315 aa  45.1  0.002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.259111  normal  0.0328086 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2120  fimbrial protein  30.28 
 
 		 187 aa  45.1  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.367974 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4193  long polar fimbrial operon protein LpfA  28.22 
 
 		 190 aa  44.3  0.003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4243  fimbrial protein  28.22 
 
 		 190 aa  44.3  0.003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4096  long polar fimbrial operon protein LpfA  28.22 
 
 		 190 aa  44.3  0.003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.161781 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2785  fimbrial protein  26.79 
 
 		 317 aa  43.9  0.004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.971875  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1055  fimbrial protein  31.03 
 
 		 193 aa  43.5  0.005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0378165 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0836  Fimbrial protein  30.07 
 
 		 298 aa  43.5  0.005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.252785 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3031  fimbrial protein  27.97 
 
 		 187 aa  43.5  0.006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4771  fimbrial protein  31.21 
 
 		 170 aa  43.1  0.006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.560585  normal  0.583963 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4845  fimbrial protein FimF  31.03 
 
 		 176 aa  43.5  0.006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69760  putative fimbrial protein  29.17 
 
 		 304 aa  42.7  0.008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0511825  normal  0.411103 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5820  type-1 fimbrial protein homolog  30.99 
 
 		 182 aa  42.7  0.008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1888  fimbrial protein  30.53 
 
 		 364 aa  42.7  0.008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0436738  hitchhiker  0.00532877 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3816  Fimbrial protein  25.69 
 
 		 222 aa  42.7  0.009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.351886 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3929  Fimbrial protein  25.69 
 
 		 222 aa  42.7  0.009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.19818 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4540  type-1 fimbrial protein  33.06 
 
 		 184 aa  42.4  0.01  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00344914  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>