69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2191 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_2191  DNA ligase  100 
 
 		 302 aa  623  1e-177  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.163072  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2268  DNA ligase  99.01 
 
 		 302 aa  617  1e-176  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.819174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2401  DNA ligase  84.87 
 
 		 304 aa  530  1e-149  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.980486 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2204  DNA ligase  75.33 
 
 		 311 aa  476  1e-133  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1748  DNA ligase  74.81 
 
 		 309 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1838  DNA ligase  69.93 
 
 		 315 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00105408  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2439  DNA ligase  69.78 
 
 		 309 aa  413  1e-114  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.488176  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1852  DNA ligase  68.84 
 
 		 315 aa  409  1e-113  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0107738  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1886  DNA ligase  70.63 
 
 		 315 aa  410  1e-113  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0219866  normal  0.840695 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1990  DNA ligase  56.25 
 
 		 288 aa  299  4e-80  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00542431 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2639  DNA ligase  55.78 
 
 		 281 aa  288  7e-77  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00943925  normal  0.0523485 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2511  DNA ligase  47.93 
 
 		 291 aa  288  1e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4404  DNA ligase  52.12 
 
 		 292 aa  273  2.0000000000000002e-72  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1587  DNA ligase  52.96 
 
 		 270 aa  268  8.999999999999999e-71  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.382464  normal  0.257911 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1484  DNA ligase  52.36 
 
 		 282 aa  268  1e-70  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.159526  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0812  DNA ligase  48.68 
 
 		 306 aa  267  2e-70  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.35337  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3695  DNA ligase  46.05 
 
 		 295 aa  266  4e-70  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0073  DNA ligase  49.21 
 
 		 279 aa  266  4e-70  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.555561  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1157  DNA ligase  48.55 
 
 		 279 aa  260  2e-68  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00148017  normal  0.132142 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1235  DNA ligase  49.61 
 
 		 279 aa  259  4e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1359  DNA ligase  50.79 
 
 		 290 aa  251  9.000000000000001e-66  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2739  DNA ligase  47.33 
 
 		 283 aa  248  8e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2712  DNA ligase  47.84 
 
 		 303 aa  248  9e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0226859 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2019  DNA ligase  43.69 
 
 		 295 aa  248  9e-65  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3497  DNA ligase  47.54 
 
 		 337 aa  246  3e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.105029 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1436  DNA ligase  46.67 
 
 		 298 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.532256  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1995  DNA ligase  47.49 
 
 		 282 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0244293  normal  0.371724 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03421  DNA ligase  40.76 
 
 		 317 aa  242  7e-63  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2369  DNA ligase  42.14 
 
 		 279 aa  240  2e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.815308  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0077  DNA ligase  46.88 
 
 		 298 aa  238  1e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.285949  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2416  DNA ligase  43.18 
 
 		 306 aa  235  7e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2761  DNA ligase  46.04 
 
 		 326 aa  227  2e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2251  DNA ligase  46.36 
 
 		 375 aa  226  3e-58  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003526  ATP-dependent DNA ligase  42.13 
 
 		 281 aa  223  2e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1841  DNA ligase  39.93 
 
 		 282 aa  223  4e-57  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.867286  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1665  DNA ligase  40.3 
 
 		 282 aa  221  9e-57  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2043  DNA ligase  40.3 
 
 		 282 aa  221  9e-57  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000183031  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1148  DNA ligase  41.34 
 
 		 282 aa  220  3e-56  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.269751  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1324  DNA ligase  41.07 
 
 		 269 aa  218  8.999999999999998e-56  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1366  DNA ligase  37.74 
 
 		 284 aa  216  2.9999999999999998e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.332373  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1395  DNA ligase  41.41 
 
 		 272 aa  216  5e-55  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.168291  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0036  DNA ligase  41.11 
 
 		 312 aa  214  9.999999999999999e-55  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0584  DNA ligase  40.22 
 
 		 272 aa  214  1.9999999999999998e-54  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000000250691  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1672  DNA ligase  40.98 
 
 		 266 aa  209  5e-53  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1225  DNA ligase  40.57 
 
 		 302 aa  204  2e-51  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0877468  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0782  DNA ligase  35.27 
 
 		 275 aa  199  3e-50  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.200091  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1796  DNA ligase (ATP)  38.52 
 
 		 271 aa  194  2e-48  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0465  DNA ligase  35.43 
 
 		 275 aa  176  3e-43  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.51001  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1648  PBCV-1 DNA ligase  25.63 
 
 		 306 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.176774  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  27.02 
 
 		 825 aa  51.6  0.00002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  27.15 
 
 		 847 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  26.46 
 
 		 840 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07110  ATP-dependent DNA ligase  28.52 
 
 		 847 aa  48.9  0.0001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3464  DNA ligase, ATP-dependent, putative  25.67 
 
 		 851 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2338  DNA polymerase LigD ligase domain-containing subunit  29.87 
 
 		 321 aa  48.9  0.0001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.738121  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  29.11 
 
 		 882 aa  47.8  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  29.5 
 
 		 831 aa  46.6  0.0005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1695  ATP dependent DNA ligase  27.14 
 
 		 843 aa  46.2  0.0007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616199  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4339  ATP-dependent DNA ligase  27.69 
 
 		 871 aa  45.8  0.0008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275716 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  24.92 
 
 		 822 aa  45.8  0.0008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18891  ATP-dependent DNA ligase  27.4 
 
 		 437 aa  45.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.986725  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13060  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  32.39 
 
 		 852 aa  45.1  0.001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1772  ATP-dependent DNA ligase  24.31 
 
 		 437 aa  44.7  0.002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18701  ATP-dependent DNA ligase  24.31 
 
 		 437 aa  44.3  0.002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.570895  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0653  ATP-dependent DNA ligase  41.67 
 
 		 816 aa  44.7  0.002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3245  ATP-dependent DNA ligase  25.58 
 
 		 866 aa  44.7  0.002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.833216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2156  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  34.38 
 
 		 550 aa  44.7  0.002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.521071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0844  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.29 
 
 		 552 aa  43.9  0.003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0357397  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18701  ATP-dependent DNA ligase  27.5 
 
 		 412 aa  43.5  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>