143 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2164 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_2614  AsmA family protein  55.52 
 
 		 606 aa  692    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.745873  normal  0.322867 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2566  asmA protein  88.14 
 
 		 606 aa  1049    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2331  AsmA family protein  77.92 
 
 		 607 aa  941    Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00854787  hitchhiker  0.00634925 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2164  AsmA family protein  100 
 
 		 606 aa  1207    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0565997  normal  0.411123 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2241  AsmA family protein  99.5 
 
 		 606 aa  1201    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.104222  normal  0.355768 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2209  AsmA family protein  56.03 
 
 		 606 aa  706    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2372  AsmA protein  96.04 
 
 		 606 aa  1112    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00905663  normal  0.0519979 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1993  AsmA family protein  77.27 
 
 		 607 aa  931    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2116  AsmA family protein  52.27 
 
 		 614 aa  657    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.738267  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1773  AsmA family protein  76.9 
 
 		 608 aa  909    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000090206  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2008  AsmA family protein  77.27 
 
 		 607 aa  921    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0960641  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1985  AsmA family protein  55.79 
 
 		 611 aa  661    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0885974  normal  0.0733894 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2409  AsmA family protein  55.19 
 
 		 612 aa  666    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.278474  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2056  AsmA family protein  77.43 
 
 		 607 aa  930    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.399142  hitchhiker  0.00088344 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1887  AsmA protein  51.97 
 
 		 604 aa  619  1e-176  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.510755  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2024  AsmA  47.25 
 
 		 614 aa  546  1e-154  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000524921  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0557  asmA protein  33.38 
 
 		 703 aa  337  3.9999999999999995e-91  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00432882  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1019  outer membrane protein assembly protein AsmA  32.03 
 
 		 640 aa  298  2e-79  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2229  putative outer membrane assembly protein  29.77 
 
 		 719 aa  284  3.0000000000000004e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.87964  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2694  AsmA family protein  29.64 
 
 		 699 aa  241  2.9999999999999997e-62  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.264  normal  0.390099 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02923  hypothetical protein  34.6 
 
 		 695 aa  239  1e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002984  AsmA protein  33.41 
 
 		 695 aa  234  4.0000000000000004e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1332  AsmA family protein  26.98 
 
 		 696 aa  194  3e-48  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.176392  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2948  AsmA family protein  42.68 
 
 		 712 aa  190  5.999999999999999e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.50394  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0552  AsmA family protein  26.57 
 
 		 677 aa  190  5.999999999999999e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.259696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2265  hypothetical protein  32.84 
 
 		 812 aa  181  4.999999999999999e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1851  AsmA family protein  24.7 
 
 		 709 aa  171  3e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.997541 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2483  AsmA family protein  29.06 
 
 		 742 aa  162  2e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1168  putative assembly protein  25.53 
 
 		 617 aa  160  5e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01970  predicted assembly protein  25.36 
 
 		 617 aa  159  1e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01959  hypothetical protein  25.36 
 
 		 617 aa  159  1e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1593  AsmA family protein  25.36 
 
 		 617 aa  159  2e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00514431  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2526  AsmA  33.24 
 
 		 893 aa  159  2e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2357  putative assembly protein  25.36 
 
 		 617 aa  159  2e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1577  putative assembly protein  25.36 
 
 		 617 aa  159  2e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.190719  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0996  putative assembly protein  25.2 
 
 		 617 aa  158  3e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3001  putative assembly protein  25.2 
 
 		 617 aa  158  3e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.352254 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1140  AsmA family protein  28.49 
 
 		 732 aa  155  2e-36  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.999799  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1953  AsmA family protein  31.14 
 
 		 682 aa  152  2e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.279291  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2204  putative assembly protein  24.56 
 
 		 617 aa  151  3e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1852  AsmA family protein  30.13 
 
 		 797 aa  149  1.0000000000000001e-34  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2678  putative assembly protein  24.01 
 
 		 615 aa  149  2.0000000000000003e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.462778  normal  0.273138 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2451  putative assembly protein  23.55 
 
 		 618 aa  142  9.999999999999999e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3193  putative assembly protein  23.55 
 
 		 618 aa  142  9.999999999999999e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.182103  normal  0.0103225 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2550  putative assembly protein  23.55 
 
 		 618 aa  142  9.999999999999999e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.208031  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3040  putative assembly protein  23.99 
 
 		 611 aa  133  7.999999999999999e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1291  putative assembly protein  24.35 
 
 		 611 aa  130  9.000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2461  putative assembly protein  22.33 
 
 		 618 aa  129  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.45795 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2303  putative assembly protein  22.33 
 
 		 618 aa  129  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2247  putative assembly protein  22.33 
 
 		 618 aa  129  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2354  putative assembly protein  22.17 
 
 		 618 aa  127  5e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.827623  normal  0.53573 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2347  putative assembly protein  22.17 
 
 		 618 aa  127  6e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3609  AsmA  24.19 
 
 		 640 aa  124  5e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2162  AsmA family protein  24.61 
 
 		 701 aa  120  7.999999999999999e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.152966  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3033  hypothetical protein  24.78 
 
 		 649 aa  120  9e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0689945  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2006  hypothetical protein  24.92 
 
 		 660 aa  118  3.9999999999999997e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0368531  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1578  putative assembly protein  21.72 
 
 		 611 aa  115  3e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.976931  normal  0.530891 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0560  putative AsmA-like protein  25.96 
 
 		 705 aa  114  4.0000000000000004e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.748944 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1004  AsmA family protein  26.84 
 
 		 502 aa  114  4.0000000000000004e-24  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000644102  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1134  ASMA  26.52 
 
 		 508 aa  112  2.0000000000000002e-23  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.038364  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1199  putative assembly protein  22.83 
 
 		 599 aa  109  2e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3103  AsmA family protein  29.86 
 
 		 675 aa  107  7e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.596916  normal  0.117573 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0159  AsmA family protein  26.32 
 
 		 794 aa  107  9e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4258  AsmA family protein  25.97 
 
 		 741 aa  104  5e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000475178 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0716  AsmA family protein  29.89 
 
 		 660 aa  103  8e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.194292 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0110  AsmA family protein  24.39 
 
 		 704 aa  100  7e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4921  AsmA family protein  23.73 
 
 		 747 aa  99.8  1e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00010257 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0892  AsmA  22.34 
 
 		 655 aa  99.4  2e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0521  AsmA  25.54 
 
 		 789 aa  97.4  6e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0321  AsmA  26.14 
 
 		 740 aa  97.1  9e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.188121  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5341  hypothetical protein  24.92 
 
 		 741 aa  95.9  2e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5162  AsmA family protein  23.71 
 
 		 602 aa  95.5  3e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.63495  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2869  putative assembly protein  21.28 
 
 		 604 aa  94.7  4e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0590  uncharacterized protein involved in outer membrane biogenesis  26.17 
 
 		 826 aa  94.7  4e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4900  AsmA  24.6 
 
 		 741 aa  94  8e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5009  AsmA family protein  28.89 
 
 		 1013 aa  90.9  7e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0536968 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04540  hypothetical protein  23.12 
 
 		 748 aa  90.1  1e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0307  AsmA family protein  22.86 
 
 		 748 aa  88.6  3e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0304017 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1028  hypothetical protein  23.97 
 
 		 725 aa  88.2  4e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.632611  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0312  AsmA family protein  22.22 
 
 		 748 aa  86.7  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0287  AsmA family protein  22.4 
 
 		 748 aa  86.3  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000233767 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67975  hypothetical protein  26.48 
 
 		 750 aa  85.1  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.302933  normal  0.0556453 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1016  AsmA  26.03 
 
 		 656 aa  83.2  0.00000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.620407  normal  0.697565 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2863  AsmA family protein  31.58 
 
 		 711 aa  83.2  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0118  AsmA  27.03 
 
 		 762 aa  82.8  0.00000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.413911  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5883  hypothetical protein  24.49 
 
 		 750 aa  82.4  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4644  AsmA family protein  23.51 
 
 		 649 aa  82  0.00000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0752121  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1004  AsmA  24.52 
 
 		 649 aa  80.1  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.478001  normal  0.298922 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0754  AsmA family protein  23.7 
 
 		 745 aa  79  0.0000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0651  AsmA  26.04 
 
 		 646 aa  78.6  0.0000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.639423 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3175  AsmA family protein  24.19 
 
 		 741 aa  78.6  0.0000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0077  AsmA  27.98 
 
 		 506 aa  78.2  0.0000000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1428  hypothetical protein  22.72 
 
 		 711 aa  76.6  0.000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0919  hypothetical protein  24.04 
 
 		 611 aa  75.5  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1327  hypothetical protein  23.19 
 
 		 599 aa  68.9  0.0000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.158025  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0711  AsmA family protein  32.16 
 
 		 609 aa  69.7  0.0000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6831  putative asmA protein, assembly of outer membrane proteins  22.81 
 
 		 645 aa  68.2  0.0000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0946528  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1313  hypothetical protein  27.71 
 
 		 809 aa  62.8  0.00000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000526597  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2682  AsmA family protein  28.65 
 
 		 895 aa  62.8  0.00000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.397979  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3293  AsmA family protein  20.12 
 
 		 656 aa  61.2  0.00000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.187573  normal  0.760873 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>