79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2139 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009507  Swit_5264  hypothetical protein  52.59 
 
 		 617 aa  636    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0738  hypothetical protein  54.2 
 
 		 631 aa  679    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2139  hypothetical protein  100 
 
 		 617 aa  1288    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0359  hypothetical protein  24.26 
 
 		 827 aa  166  1.0000000000000001e-39  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.000526889  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001515  hypothetical protein  25 
 
 		 634 aa  157  7e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.431863  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1108  hypothetical protein  25.83 
 
 		 593 aa  116  1.0000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.290007  normal  0.36043 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4891  hypothetical protein  26.34 
 
 		 616 aa  113  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.412698  normal  0.98473 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1299  NERD domain protein  25.23 
 
 		 593 aa  106  2e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5380  DNA helicase II  24.28 
 
 		 619 aa  102  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1772  DNA helicase II  24.92 
 
 		 619 aa  93.2  1e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1094  hypothetical protein  24.06 
 
 		 588 aa  92.4  2e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4939  DNA helicase II  26 
 
 		 613 aa  91.3  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.891198  normal  0.619317 
 
 
-
 
NC_003296  RS02993  hypothetical protein  24.39 
 
 		 612 aa  90.1  1e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000145899  normal  0.116581 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3682  NERD domain-containing protein  26.07 
 
 		 601 aa  88.2  4e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.023391  normal  0.021571 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4005  hypothetical protein  25.98 
 
 		 610 aa  87.8  5e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.467683  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0807  hypothetical protein  23.52 
 
 		 616 aa  87  9e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0350  DNA helicase II related protein, putative  25.61 
 
 		 394 aa  86.3  0.000000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00193946  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4619  hypothetical protein  25.35 
 
 		 615 aa  85.5  0.000000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.502486 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2302  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  25.3 
 
 		 607 aa  84.3  0.000000000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0076  DNA helicase II  25.89 
 
 		 632 aa  79  0.0000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39740  DNA helicase  23.69 
 
 		 615 aa  73.6  0.000000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0820371  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3974  hypothetical protein  23.5 
 
 		 607 aa  73.2  0.00000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335001 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2959  NERD domain-containing protein  23.05 
 
 		 625 aa  66.2  0.000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1296  hypothetical protein  23.58 
 
 		 669 aa  65.1  0.000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0263973  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1020  hypothetical protein  23.58 
 
 		 554 aa  64.7  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.44837  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2536  hypothetical protein  23.58 
 
 		 554 aa  64.7  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1281  hypothetical protein  23.58 
 
 		 554 aa  64.7  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0983409  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0275  hypothetical protein  23.58 
 
 		 554 aa  64.7  0.000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0985894  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0546  hypothetical protein  23.58 
 
 		 554 aa  64.7  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.946495  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1359  hypothetical protein  23.28 
 
 		 554 aa  64.3  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0349  DNA helicase II related protein, putative  21.37 
 
 		 237 aa  63.2  0.00000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.217591  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0729  hypothetical protein  22.8 
 
 		 574 aa  63.5  0.00000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1680  NERD domain-containing protein  28.14 
 
 		 568 aa  62.4  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1146  hypothetical protein  24.56 
 
 		 551 aa  62  0.00000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1463  hypothetical protein  22.99 
 
 		 626 aa  62  0.00000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0847  hypothetical protein  28.48 
 
 		 549 aa  58.9  0.0000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.20557  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0097  hypothetical protein  26.11 
 
 		 719 aa  58.9  0.0000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0544866  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0055  UvrD/REP helicase  29.03 
 
 		 671 aa  57.8  0.0000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0545819  normal  0.378623 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3351  NERD domain-containing protein  23.72 
 
 		 557 aa  57.4  0.0000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.164276  hitchhiker  0.000169391 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0844  hypothetical protein  23.21 
 
 		 563 aa  57  0.000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0239  NERD domain-containing protein  25.43 
 
 		 579 aa  57  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0827  hypothetical protein  23.21 
 
 		 563 aa  57  0.000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0285  NERD domain protein  21.83 
 
 		 540 aa  56.2  0.000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0845  hypothetical protein  21.69 
 
 		 544 aa  53.5  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0545753  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1159  hypothetical protein  24.64 
 
 		 555 aa  52.4  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.127687 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5351  UvrD/REP helicase  26.67 
 
 		 695 aa  53.1  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.149775 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5176  hypothetical protein  30.12 
 
 		 551 aa  52.8  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.798305 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4510  NERD domain-containing protein  24.64 
 
 		 555 aa  52  0.00003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1774  hypothetical protein  22.13 
 
 		 573 aa  52  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.245885  hitchhiker  0.0000023235 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1706  NERD domain protein  26.99 
 
 		 541 aa  51.6  0.00004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.516506  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0351  hypothetical protein  23.65 
 
 		 388 aa  51.6  0.00004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0328547  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0342  NERD domain protein  26.67 
 
 		 550 aa  51.2  0.00005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4052  hypothetical protein  24.17 
 
 		 555 aa  51.6  0.00005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.890756 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4026  NERD domain-containing protein  25.7 
 
 		 555 aa  50.8  0.00007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5636  NERD domain-containing protein  25 
 
 		 557 aa  50.4  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0748755  normal  0.450463 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4786  pentapeptide repeat protein  30.82 
 
 		 824 aa  50.4  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1633  UvrD/REP helicase  31.25 
 
 		 681 aa  49.3  0.0002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4099  NERD domain-contain protein  24.18 
 
 		 606 aa  49.7  0.0002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0743  plasmid stabilization system  40.85 
 
 		 712 aa  48.9  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2424  NERD domain protein  24.34 
 
 		 559 aa  48.1  0.0004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  decreased coverage  0.0000000438453  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3704  hypothetical protein  23.22 
 
 		 557 aa  48.1  0.0005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.064418  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4664  hypothetical protein  23.22 
 
 		 557 aa  48.1  0.0005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.220049  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0022  LexA repressor  22.46 
 
 		 819 aa  47.8  0.0006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000018035  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2277  hypothetical protein  24.02 
 
 		 720 aa  47.4  0.0008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00000453679  hitchhiker  0.0000445422 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0515  hypothetical protein  23.27 
 
 		 558 aa  47.4  0.0009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0189041  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2447  putative ATP-dependent DNA helicase  30.91 
 
 		 792 aa  46.6  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.250058  normal  0.190451 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2752  hypothetical protein  27.69 
 
 		 324 aa  46.2  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.172027 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3670  pentapeptide repeat protein  26.44 
 
 		 830 aa  45.8  0.002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.414516  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8908  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  34.07 
 
 		 672 aa  45.4  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3742  UvrD/REP helicase  27.51 
 
 		 1142 aa  45.1  0.004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.404574  normal  0.909717 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0110  putative DNA helicase  28.18 
 
 		 659 aa  44.7  0.005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.609607 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3754  UvrD/REP helicase  32.38 
 
 		 1059 aa  44.7  0.005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.216008  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0716  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.27 
 
 		 685 aa  44.7  0.005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3297  superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  33.72 
 
 		 659 aa  44.7  0.005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.925836 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0641  UvrD/REP helicase  23.68 
 
 		 602 aa  44.3  0.006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4277  DNA helicase II  22.46 
 
 		 314 aa  44.7  0.006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.260274  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2326  putative DNA helicase  25.91 
 
 		 711 aa  44.3  0.007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0589  UvrD/REP helicase  24.42 
 
 		 663 aa  44.3  0.007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3085  UvrD/Rep helicase  51.16 
 
 		 717 aa  43.9  0.009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.173371  hitchhiker  0.00106438 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>