More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2135 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011663  Sbal223_2302  alpha amylase catalytic region  69.12 
 
 		 786 aa  956    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.073428 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2083  alpha amylase catalytic region  68.7 
 
 		 778 aa  962    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2031  alpha amylase, catalytic region  55.66 
 
 		 641 aa  722    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2207  alpha amylase catalytic region  57.92 
 
 		 631 aa  787    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.247913  hitchhiker  0.0000287119 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2135  alpha amylase, catalytic region  100 
 
 		 665 aa  1380    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.269478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2211  alpha amylase, catalytic region  95.93 
 
 		 665 aa  1292    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1785  alpha amylase, catalytic region  57.32 
 
 		 639 aa  755    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.48062  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2036  cyclomaltodextrinase  67.8 
 
 		 774 aa  959    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.47115  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2313  alpha amylase, catalytic region  91.73 
 
 		 686 aa  1262    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.638219  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2289  alpha amylase, catalytic region  67.47 
 
 		 765 aa  962    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1887  alpha amylase, catalytic region  55.96 
 
 		 654 aa  768    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1660  alpha amylase, catalytic region  49.03 
 
 		 683 aa  625  1e-177  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.500771 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01888  putative alpha-amylase  43.57 
 
 		 644 aa  538  1e-151  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1399  alpha amylase, catalytic region  37.89 
 
 		 620 aa  494  9.999999999999999e-139  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05090  putative alpha-amylase  39.37 
 
 		 609 aa  484  1e-135  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0362  alpha amylase catalytic region  40.06 
 
 		 623 aa  477  1e-133  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.0000617875  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5089  alpha amylase catalytic region  38.1 
 
 		 619 aa  447  1.0000000000000001e-124  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000712833  normal  0.235138 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2883  alpha amylase catalytic region  38.15 
 
 		 630 aa  423  1e-117  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.917662  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1502  alpha amylase  31.66 
 
 		 610 aa  316  9.999999999999999e-85  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.855853 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1514  alpha amylase catalytic region  31.42 
 
 		 511 aa  188  2e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0698  alpha amylase catalytic region  27.46 
 
 		 510 aa  184  3e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1317  alpha amylase, catalytic domain protein  28.09 
 
 		 620 aa  148  4.0000000000000006e-34  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0183  alpha amylase, catalytic region  26.84 
 
 		 600 aa  145  3e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2158  hypothetical protein  72.63 
 
 		 108 aa  144  4e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1746  alpha amylase, catalytic region  28.39 
 
 		 1021 aa  140  6e-32  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.0173524 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4090  alpha amylase catalytic region  27.25 
 
 		 614 aa  137  6.0000000000000005e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.904888  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1852  neopullulanase  25.57 
 
 		 584 aa  137  8e-31  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.496782  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1428  alpha amylase catalytic region  27.57 
 
 		 838 aa  137  8e-31  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000263704  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1170  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  26.68 
 
 		 1855 aa  137  9e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1890  alpha amylase, catalytic region  27.23 
 
 		 609 aa  134  3.9999999999999996e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0817  alpha amylase, catalytic region  24.41 
 
 		 599 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0215  neopullulanase  26.72 
 
 		 574 aa  134  3.9999999999999996e-30  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0425343  hitchhiker  0.000179088 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1683  alpha amylase catalytic region  26.74 
 
 		 836 aa  134  6e-30  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.332102  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4138  Alpha amylase  27.58 
 
 		 533 aa  133  7.999999999999999e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.244711  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4127  Alpha amylase, catalytic region  26.98 
 
 		 545 aa  133  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1187  alpha amylase, catalytic region  24.84 
 
 		 574 aa  133  1.0000000000000001e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.649745  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1375  alpha amylase, catalytic region  26.65 
 
 		 593 aa  132  3e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4288  alpha amylase catalytic region  27.51 
 
 		 588 aa  130  6e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.240212  normal  0.162413 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4258  alpha amylase catalytic region  27.07 
 
 		 541 aa  130  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.256991  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2350  alpha amylase catalytic region  28.86 
 
 		 583 aa  129  1.0000000000000001e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4280  alpha amylase catalytic region  28.22 
 
 		 541 aa  129  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4291  alpha amylase catalytic region  26.46 
 
 		 528 aa  127  8.000000000000001e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.57141  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1180  alpha amylase, catalytic region  25.15 
 
 		 526 aa  127  9e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000265218  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0693  alpha amylase catalytic region  27.86 
 
 		 589 aa  126  1e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.544256  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28060  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  25.61 
 
 		 2068 aa  125  2e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.329007  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0347  alpha amylase catalytic region  25.23 
 
 		 522 aa  125  2e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.242051  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1613  alpha amylase, catalytic region  26.58 
 
 		 589 aa  125  2e-27  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.050548  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3419  hypothetical protein  26.12 
 
 		 481 aa  125  2e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.488491  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4269  alpha amylase catalytic region  26.23 
 
 		 528 aa  125  2e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0794  alpha amylase catalytic region  23.63 
 
 		 562 aa  125  3e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0953  alpha amylase, catalytic region  25.38 
 
 		 814 aa  124  5e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0761659  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3205  alpha amylase catalytic region  27.85 
 
 		 583 aa  124  7e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00323479  normal  0.589076 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0795  alpha amylase, catalytic region  25.49 
 
 		 575 aa  123  9.999999999999999e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1022  alpha amylase catalytic region  26.11 
 
 		 571 aa  122  3e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16160  alpha amylase catalytic region  23.88 
 
 		 582 aa  121  3.9999999999999996e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.135656  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0747  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  27.41 
 
 		 1891 aa  121  4.9999999999999996e-26  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1510  alpha amylase catalytic region  23.5 
 
 		 588 aa  120  9e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3338  Type II secretory pathway pullulanase PulA and related glycosidase-like protein  27.62 
 
 		 1942 aa  118  3e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0998506 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0802  glycosy hydrolase family protein  26.23 
 
 		 610 aa  119  3e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.124248  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1675  alpha amylase catalytic region  27.12 
 
 		 499 aa  118  3.9999999999999997e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0557  putative bifunctional 4-alpha-glucanotransferase/glycogen debranching enzyme  24.89 
 
 		 1175 aa  117  6.9999999999999995e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.641532  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001132  glycosyl hydrolase family 13  24.34 
 
 		 885 aa  116  1.0000000000000001e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4246  alpha amylase catalytic region  26.01 
 
 		 593 aa  117  1.0000000000000001e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.286976  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1856  Alpha amylase, catalytic region  25.29 
 
 		 586 aa  116  1.0000000000000001e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0209  alpha amylase catalytic region  28.01 
 
 		 587 aa  116  1.0000000000000001e-24  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.214929  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0789  cymH protein  26.61 
 
 		 610 aa  116  1.0000000000000001e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2969  alpha amylase catalytic region  29.33 
 
 		 524 aa  115  2.0000000000000002e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2907  alpha amylase catalytic subunit  31.21 
 
 		 715 aa  115  2.0000000000000002e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.245602 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0660  alpha amylase, catalytic region  27.94 
 
 		 484 aa  115  2.0000000000000002e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3180  alpha amylase catalytic region  24.84 
 
 		 635 aa  115  3e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000161809  normal  0.231974 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14740  alpha amylase  26.82 
 
 		 515 aa  114  5e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0597647  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3073  alpha amylase catalytic region  23.53 
 
 		 477 aa  114  7.000000000000001e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2715  alpha amylase catalytic region  24.42 
 
 		 586 aa  114  8.000000000000001e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.783965  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03388  alpha-amylase (Eurofung)  25.82 
 
 		 462 aa  113  1.0000000000000001e-23  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.792359 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3146  alpha amylase catalytic region  25.75 
 
 		 622 aa  113  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.476414 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0948  alpha amylase domain-containing protein  25.26 
 
 		 752 aa  112  2.0000000000000002e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.216997  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01890  cyclomaltodextrin glucanotransferase  24.43 
 
 		 564 aa  112  3e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.773956  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0985  putative alpha amylase  24.82 
 
 		 604 aa  112  3e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4343  alpha amylase catalytic region  24.11 
 
 		 481 aa  112  3e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2344  alpha amylase catalytic region  23 
 
 		 575 aa  112  3e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.520603  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0014  alpha amylase, catalytic region  25.34 
 
 		 595 aa  112  3e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.328102 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4392  alpha amylase, catalytic region  23.75 
 
 		 493 aa  112  3e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.47907 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1454  alpha amylase, catalytic region  28.89 
 
 		 739 aa  112  3e-23  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.137251  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04858  periplasmic alpha-amylase precursor  24.95 
 
 		 686 aa  111  4.0000000000000004e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1087  pullulanase family protein  25.77 
 
 		 2638 aa  110  6e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3705  alpha amylase catalytic region  22.74 
 
 		 617 aa  110  8.000000000000001e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00647332  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1849  alpha-amylase  28.18 
 
 		 524 aa  110  8.000000000000001e-23  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4622  alpha amylase catalytic region  26.93 
 
 		 649 aa  110  9.000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00204986 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4120  alpha-amylase  25 
 
 		 586 aa  110  1e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.000171258  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001107  periplasmic alpha-amylase  25.14 
 
 		 686 aa  110  1e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0600503  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1119  alpha-amylase  23.96 
 
 		 586 aa  110  1e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0181074  normal  0.698294 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0965  alpha amylase, catalytic region  24.68 
 
 		 555 aa  108  2e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000585421  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0983  alpha amylase catalytic region  24.68 
 
 		 555 aa  108  2e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.0000965574  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23200  alpha amylase  22.58 
 
 		 654 aa  108  3e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000149088  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2916  Alpha-amylase  25.95 
 
 		 472 aa  108  4e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4065  alpha-amylase  24.34 
 
 		 586 aa  108  4e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00857502  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3842  alpha amylase catalytic region  24.06 
 
 		 586 aa  107  5e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000752132  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1046  4-alpha-glucanotransferase  24.63 
 
 		 1145 aa  107  7e-22  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4139  alpha-amylase  24.12 
 
 		 586 aa  106  1e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00110847  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2869  alpha amylase catalytic region  26.34 
 
 		 578 aa  107  1e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>