More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2015 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_2015  universal stress protein UspE  100 
 
 
310 aa  641  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  decreased coverage  4.55059e-09 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1960  universal stress protein UspE  100 
 
 
310 aa  641  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00778314 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2116  universal stress protein UspE  100 
 
 
310 aa  641  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.673331  normal  0.0394292 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2355  universal stress protein UspE  95.48 
 
 
310 aa  614  1e-175  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1950  universal stress protein UspE  94.5 
 
 
310 aa  605  1e-172  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2223  universal stress protein UspE  93.55 
 
 
310 aa  600  1e-170  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  1.45957e-05  normal  0.12873 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2211  universal stress protein UspE  93.55 
 
 
310 aa  600  1e-170  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00209938  normal  0.266977 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4496  universal stress protein UspE  93.55 
 
 
310 aa  600  1e-170  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2161  universal stress protein UspE  93.23 
 
 
310 aa  599  1e-170  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0882327  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2210  universal stress protein UspE  93.55 
 
 
310 aa  600  1e-170  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000689351  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2019  universal stress protein UspE  79.94 
 
 
309 aa  532  1e-150  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.865134  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1994  universal stress protein UspE  82.52 
 
 
310 aa  530  1e-149  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.436901  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2220  universal stress protein UspE  81.94 
 
 
310 aa  526  1e-148  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.875118  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1800  universal stress protein UspE  78.71 
 
 
310 aa  515  1e-145  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.846071  normal  0.320472 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1842  universal stress protein UspE  77.02 
 
 
309 aa  506  1e-142  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  9.92679e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2223  universal stress protein UspE  77.67 
 
 
310 aa  507  1e-142  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0502569  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2416  universal stress protein UspE  76.77 
 
 
310 aa  506  1e-142  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.268854  decreased coverage  1.87412e-07 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1986  universal stress protein UspE  56.19 
 
 
316 aa  376  1e-103  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.652994  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2065  universal stress protein UspE  57.28 
 
 
311 aa  369  1e-101  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1786  universal stress protein UspE  55.66 
 
 
315 aa  355  4e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.144508 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1846  universal stress protein UspE  55.66 
 
 
315 aa  355  4e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.717195  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1490  universal stress protein UspE  55.66 
 
 
315 aa  355  4e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0578551  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1980  universal stress protein UspE  55.34 
 
 
316 aa  355  8e-97  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.420697 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2292  universal stress protein UspE  55.34 
 
 
316 aa  355  8e-97  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1789  universal stress protein UspE  55.34 
 
 
316 aa  355  8e-97  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2312  UspA domain protein  55.34 
 
 
316 aa  355  8e-97  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.172993  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1449  universal stress protein UspE  55.34 
 
 
316 aa  355  8e-97  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01320  hypothetical protein  55.34 
 
 
316 aa  355  8e-97  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01310  stress-induced protein  55.34 
 
 
316 aa  355  8e-97  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1545  universal stress protein UspE  55.34 
 
 
316 aa  354  1e-96  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1784  universal stress protein UspE  55.34 
 
 
315 aa  354  1e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.334213  normal  0.266242 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1851  universal stress protein UspE  55.02 
 
 
316 aa  353  2e-96  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.749942 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1672  universal stress protein UspE  55.34 
 
 
315 aa  352  5e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0632813 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02294  universal stress protein UspE  53.87 
 
 
315 aa  350  1e-95  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2399  universal stress protein UspE  53.87 
 
 
316 aa  348  5e-95  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1044  universal stress protein UspE  53.23 
 
 
315 aa  347  1e-94  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.106711  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2106  universal stress protein UspE  54.22 
 
 
316 aa  347  2e-94  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.107549  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1943  universal stress protein UspE  52.43 
 
 
318 aa  346  3e-94  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.361169  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1832  universal stress protein UspE  52.43 
 
 
318 aa  346  3e-94  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1863  universal stress protein UspE  53.23 
 
 
319 aa  345  5e-94  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.809514  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2080  universal stress protein UspE  54.22 
 
 
323 aa  344  1e-93  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.108307  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02064  universal stress protein UspE  54.4 
 
 
307 aa  344  1e-93  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00593148  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2583  universal stress protein UspE  53.25 
 
 
320 aa  342  4e-93  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0930  universal stress protein UspE  47.9 
 
 
311 aa  314  1e-84  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.92756 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1572  universal stress protein UspE  48.87 
 
 
314 aa  312  4e-84  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.322555  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0879  universal stress protein UspE  45.21 
 
 
307 aa  290  2e-77  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0349688  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003476  universal stress protein E  52.21 
 
 
254 aa  283  3e-75  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.181718  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3514  hypothetical protein  33.01 
 
 
287 aa  155  1e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.306404  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2576  UspA domain-containing protein  33.55 
 
 
287 aa  154  2e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.140838  hitchhiker  0.00089263 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41440  hypothetical protein  32.36 
 
 
287 aa  152  5e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2938  universal stress protein  31.1 
 
 
297 aa  150  4e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1288  universal stress protein UspA  27.36 
 
 
310 aa  143  4e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38400  universal stress protein family  29.49 
 
 
310 aa  141  1e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3393  hypothetical protein  30.74 
 
 
287 aa  141  2e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2103  hypothetical protein  29.14 
 
 
293 aa  140  4e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0483069  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3432  UspA domain-containing protein  31.56 
 
 
287 aa  139  6e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.85473  normal  0.743493 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0629  UspA domain-containing protein  31.21 
 
 
271 aa  139  6e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1041  UspA domain-containing protein  29.57 
 
 
298 aa  137  2e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2187  universal stress protein  31.23 
 
 
287 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1258  universal stress protein UspA  28.75 
 
 
320 aa  137  3e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3260  UspA domain-containing protein  30.19 
 
 
302 aa  134  1e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3550  UspA domain-containing protein  30.23 
 
 
287 aa  134  2e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1811  UspA domain-containing protein  31.23 
 
 
287 aa  133  5e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0988  UspA domain-containing protein  29.32 
 
 
296 aa  131  1e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3296  universal stress protein  25 
 
 
307 aa  126  4e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.249085  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2169  hypothetical protein  28.29 
 
 
309 aa  125  6e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.199565 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1103  hypothetical protein  26.17 
 
 
291 aa  125  9e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.21994  normal  0.105 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2623  putative universal stress protein  28.75 
 
 
308 aa  125  1e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0884  UspA domain-containing protein  27.63 
 
 
294 aa  124  1e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1169  UspA domain-containing protein  26.51 
 
 
291 aa  124  3e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0512262  normal  0.061235 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1103  UspA domain-containing protein  26.17 
 
 
291 aa  123  4e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.384617  normal  0.477468 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1391  universal stress protein, UspA  31.25 
 
 
327 aa  122  6e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56220  hypothetical protein  28.29 
 
 
304 aa  121  1e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0722  hypothetical protein  26.28 
 
 
294 aa  121  1e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.483462 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4897  hypothetical protein  28.01 
 
 
304 aa  121  2e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000419  universal stress protein family 1  27.36 
 
 
311 aa  118  1e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0929  UspA domain protein  30.43 
 
 
326 aa  117  2e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2095  UspA domain-containing protein  27.38 
 
 
320 aa  115  6e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3340  universal stress protein  30.03 
 
 
315 aa  115  8e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0834  UspA domain protein  27.94 
 
 
315 aa  115  9e-25  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.652975  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2453  UspA domain-containing protein  29.13 
 
 
296 aa  115  1e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.740896 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2951  universal stress protein UspA  26.38 
 
 
318 aa  112  7e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.70353  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1615  UspA domain protein  28.88 
 
 
315 aa  110  3e-23  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3237  universal stress protein  27.83 
 
 
296 aa  110  4e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25790  universal stress protein, UspA family  26.03 
 
 
311 aa  109  6e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3342  hypothetical protein  24.26 
 
 
305 aa  106  4e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.662627  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3008  UspA domain-containing protein  24.75 
 
 
298 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2734  hypothetical protein  26.32 
 
 
293 aa  102  1e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1119  hypothetical protein  25.31 
 
 
313 aa  101  2e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2745  universal stress protein  24.75 
 
 
298 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.712229  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2285  hypothetical protein  27.62 
 
 
323 aa  99.8  6e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3963  hypothetical protein  24.66 
 
 
294 aa  99.4  7e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.144543  normal  0.129841 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1915  UspA domain-containing protein  23.21 
 
 
289 aa  98.6  1e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1066  GGDEF  24.26 
 
 
271 aa  97.8  2e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2765  UspA domain-containing protein  23.53 
 
 
318 aa  97.8  2e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2558  UspA domain-containing protein  26.14 
 
 
296 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3344  hypothetical protein  28.92 
 
 
307 aa  96.7  5e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0585  hypothetical protein  26.61 
 
 
293 aa  95.5  9e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.723189  decreased coverage  0.000113105 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0566  hypothetical protein  25.94 
 
 
311 aa  95.5  9e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3156  universal stress protein  25.82 
 
 
296 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.318164  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>