75 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2000 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_2000  hypothetical protein  100 
 
 
283 aa  547  1e-155  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00389336  decreased coverage  3.77823e-09 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1975  hypothetical protein  98.59 
 
 
283 aa  541  1e-153  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0979714  hitchhiker  0.00214562 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2087  LysR family transcriptional regulator  96.11 
 
 
283 aa  526  1e-148  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.632032  hitchhiker  9.53173e-08 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3109  hypothetical protein  57.4 
 
 
289 aa  283  2e-75  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0895719 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2935  hypothetical protein  56.49 
 
 
286 aa  272  3e-72  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0746  DMT family permease  53.76 
 
 
297 aa  263  3e-69  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4266  hypothetical protein  48.94 
 
 
295 aa  253  2e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3816  hypothetical protein  56.47 
 
 
307 aa  253  2e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0781  protein of unknown function DUF6 transmembrane  49.82 
 
 
295 aa  251  1e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01739  hypothetical protein  52.36 
 
 
303 aa  251  1e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5364  hypothetical protein  54.58 
 
 
285 aa  247  2e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.278081  normal  0.929346 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4790  membrane protein  46.45 
 
 
285 aa  235  7e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.278325  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1774  hypothetical protein  44.41 
 
 
297 aa  231  1e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4102  hypothetical protein  48.87 
 
 
302 aa  230  2e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.576037  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1416  hypothetical protein  41.55 
 
 
304 aa  229  4e-59  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.732037  normal  0.239593 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0646  hypothetical protein  44.72 
 
 
288 aa  223  2e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00955347  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3521  hypothetical protein  51.49 
 
 
290 aa  221  7e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.801415 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1850  sensor protein GLPS  48.01 
 
 
302 aa  219  4e-56  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.829384 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2406  hypothetical protein  52.61 
 
 
290 aa  216  3e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.268881  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1656  hypothetical protein  48.91 
 
 
297 aa  213  3e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0479067  normal  0.122332 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2254  hypothetical protein  52.61 
 
 
290 aa  209  3e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.290541  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1068  hypothetical protein  42.12 
 
 
311 aa  202  5e-51  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38950  hypothetical protein  56.12 
 
 
287 aa  201  2e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001148  permease  44.72 
 
 
289 aa  201  2e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.270511  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0600  hypothetical protein  43.46 
 
 
297 aa  198  7e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.172684 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1346  hypothetical protein  40.46 
 
 
314 aa  197  1e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1446  hypothetical protein  39.12 
 
 
314 aa  196  4e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3318  hypothetical protein  55.6 
 
 
286 aa  189  6e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1051  DMT superfamily efflux pump  42.48 
 
 
254 aa  184  1e-45  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.226473  normal  0.464817 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1891  hypothetical protein  41.86 
 
 
300 aa  184  2e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2916  hypothetical protein  46.86 
 
 
282 aa  182  6e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.264108  normal  0.862431 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1087  hypothetical protein  55.98 
 
 
281 aa  180  2e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.647653 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06636  hypothetical protein  42.01 
 
 
289 aa  180  3e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46360  hypothetical protein  55.77 
 
 
285 aa  179  4e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.206778  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1433  protein of unknown function DUF6 transmembrane  45.13 
 
 
296 aa  178  7e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3356  hypothetical protein  44 
 
 
287 aa  175  6e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02132  permease of the drug/metabolite transporter superfamily protein  50 
 
 
194 aa  170  2e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259073  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6146  hypothetical protein  39.21 
 
 
302 aa  157  3e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6439  hypothetical protein  39.93 
 
 
275 aa  155  6e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.719443 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1689  protein of unknown function DUF6 transmembrane  47.48 
 
 
301 aa  155  8e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.112167  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1613  protein of unknown function DUF6 transmembrane  46.55 
 
 
307 aa  155  9e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.76207  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0856  hypothetical protein  43.46 
 
 
288 aa  152  6e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0559005  normal  0.228089 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2262  hypothetical protein  48.06 
 
 
319 aa  144  1e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.099345  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0791  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.33 
 
 
296 aa  60.1  4e-08  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1272  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.61 
 
 
314 aa  54.3  3e-06  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.162759  normal  0.535938 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2135  hypothetical protein  28.7 
 
 
314 aa  50.8  3e-05  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0459408  normal  0.325702 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2588  hypothetical protein  28.31 
 
 
293 aa  49.7  5e-05  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0344975  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0732  hypothetical protein  26.94 
 
 
343 aa  49.7  5e-05  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1258  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.63 
 
 
305 aa  49.7  6e-05  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.559477  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2564  hypothetical protein  28.31 
 
 
292 aa  49.7  6e-05  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1953  hypothetical protein  28.31 
 
 
293 aa  49.7  6e-05  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0201428  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5896  hypothetical protein  27.85 
 
 
321 aa  49.3  7e-05  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.557426 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3820  hypothetical protein  29.76 
 
 
308 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0151109  normal  0.339393 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0519  hypothetical protein  27.72 
 
 
301 aa  47.4  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0144274 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4020  DMT family permease  25 
 
 
330 aa  47  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000861601  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46200  hypothetical protein  28.31 
 
 
303 aa  46.6  0.0005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0349407  normal  0.0243238 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0523  hypothetical protein  25.98 
 
 
305 aa  46.2  0.0006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.599851  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3927  hypothetical protein  28.31 
 
 
303 aa  46.2  0.0007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0441  hypothetical protein  26.24 
 
 
301 aa  45.4  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0367  hypothetical protein  24.19 
 
 
310 aa  44.7  0.002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.198495  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0925  hypothetical protein  24.76 
 
 
304 aa  44.3  0.002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.986628  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0318  hypothetical protein  24.62 
 
 
304 aa  43.9  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1054  hypothetical protein  29.84 
 
 
306 aa  43.9  0.003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.378299  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2877  protein of unknown function DUF6 transmembrane  31.82 
 
 
301 aa  43.5  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.133205  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2967  hypothetical protein  46.15 
 
 
293 aa  43.5  0.004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.105288  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0972  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.84 
 
 
306 aa  43.5  0.004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.032769  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4793  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.94 
 
 
300 aa  43.5  0.004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2089  hypothetical protein  29.69 
 
 
304 aa  43.1  0.005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.920786  normal  0.915824 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0395  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.14 
 
 
301 aa  43.1  0.005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4034  hypothetical protein  27.27 
 
 
308 aa  43.1  0.006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.411001 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1383  hypothetical protein  27.81 
 
 
308 aa  43.1  0.006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.22021  normal  0.350213 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0771  protein of unknown function DUF6 transmembrane  25.22 
 
 
286 aa  43.1  0.006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.872591 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0490  hypothetical protein  25.6 
 
 
315 aa  42.7  0.007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.044481 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0410  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30 
 
 
301 aa  42.4  0.008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.200837  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1448  hypothetical protein  28 
 
 
310 aa  42.4  0.008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.802769 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>