108 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_1999 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_2047  glycoside hydrolase family protein  78.21 
 
 
1112 aa  1813  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000114958  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3317  Beta-xylosidase-like  46.68 
 
 
1174 aa  1017  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00018095  hitchhiker  7.02951e-07 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2161  glycoside hydrolase family protein  68.36 
 
 
1143 aa  1511  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000526501  hitchhiker  4.57644e-05 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1999  glycoside hydrolase family protein  100 
 
 
1121 aa  2282  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000101187  decreased coverage  1.70847e-08 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2086  beta-xylosidase-like protein  96.25 
 
 
1121 aa  2202  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00280414  decreased coverage  4.69917e-08 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1976  glycoside hydrolase family protein  98.66 
 
 
1121 aa  2257  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00565193  hitchhiker  0.00420486 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2728  hypothetical protein  42.19 
 
 
848 aa  588  1e-166  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1623  glycoside hydrolase family 43  41.59 
 
 
804 aa  533  1e-149  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0299424  normal  0.680345 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1393  immunoglobulin I-set domain-containing protein  43.86 
 
 
810 aa  400  1e-110  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0637  glycoside hydrolase family protein  44.73 
 
 
471 aa  397  1e-109  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  6.22549e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0639  glycoside hydrolase family protein  46.34 
 
 
475 aa  396  1e-108  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  3.70471e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0662  glycoside hydrolase family protein  44.09 
 
 
471 aa  395  1e-108  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  1.91922e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0664  glycoside hydrolase family protein  45.59 
 
 
476 aa  391  1e-107  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0015  alpha-L-arabinofuranosidase B  46.34 
 
 
707 aa  388  1e-106  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2809  ATPase  43.69 
 
 
789 aa  386  1e-105  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.153749  decreased coverage  4.01461e-07 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3292  glycoside hydrolase family 43  43.44 
 
 
488 aa  358  3e-97  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.223704  hitchhiker  0.00299224 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1622  glycoside hydrolase family 43  42.71 
 
 
703 aa  353  9e-96  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.372812  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29390  beta-xylosidase  36.93 
 
 
494 aa  306  2e-81  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.838648  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1543  beta-xylosidase  33.99 
 
 
531 aa  214  7e-54  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.000200892  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1729  glycoside hydrolase family 43  28.68 
 
 
472 aa  187  8e-46  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.101805  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1738  hypothetical protein  39.83 
 
 
249 aa  186  2e-45  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  3.06198e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1737  hypothetical protein  44.04 
 
 
251 aa  180  2e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  1.79479e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1542  beta-xylosidase  34.41 
 
 
581 aa  167  8e-40  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0638  hypothetical protein  37.99 
 
 
250 aa  155  4e-36  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  6.13219e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0663  hypothetical protein  36.68 
 
 
250 aa  149  3e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.351278  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0667  LamG domain-containing protein  40.45 
 
 
247 aa  148  5e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0642  LamG domain-containing protein  41.18 
 
 
247 aa  147  8e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  1.10792e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0641  hypothetical protein  31.91 
 
 
258 aa  130  1e-28  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  3.24507e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0640  hypothetical protein  36.9 
 
 
250 aa  129  4e-28  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  2.66751e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0666  hypothetical protein  34.53 
 
 
258 aa  128  6e-28  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0665  hypothetical protein  36.36 
 
 
250 aa  125  5e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0510  glycoside hydrolase family 43  26.77 
 
 
456 aa  120  2e-25  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0180422  hitchhiker  0.00320544 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2813  glycoside hydrolase family 43  27.43 
 
 
331 aa  104  9e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0257715  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3403  glycoside hydrolase family 43  26.72 
 
 
357 aa  102  3e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.000194853  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4703  glycoside hydrolase family 43  27.1 
 
 
341 aa  98.6  7e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.184013  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3750  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  30.15 
 
 
319 aa  97.4  1e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00407758  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0786  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  27.95 
 
 
346 aa  92.4  4e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  1.41301e-10  normal  0.447167 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2051  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  27.22 
 
 
357 aa  92.4  4e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2201  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  31.13 
 
 
343 aa  90.9  1e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2082  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  28.89 
 
 
356 aa  87.8  9e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000230744  hitchhiker  1.89943e-07 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2732  glycoside hydrolase family 43  26.79 
 
 
315 aa  87  2e-15  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2156  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  28.89 
 
 
352 aa  87  2e-15  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  1.16592e-07  hitchhiker  0.00999646 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1980  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  28.61 
 
 
355 aa  86.3  3e-15  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  5.32018e-05  hitchhiker  0.000349844 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4284  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  30.53 
 
 
327 aa  85.5  5e-15  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1995  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  27.22 
 
 
355 aa  84.3  1e-14  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  2.6265e-07  hitchhiker  9.68585e-05 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04520  beta-xylosidase  27.53 
 
 
491 aa  83.6  2e-14  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.130696  normal  0.0670778 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1390  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  25.63 
 
 
341 aa  79.7  3e-13  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.287204  normal  0.664348 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0473  glycoside hydrolase family 43  26.44 
 
 
829 aa  79.3  4e-13  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.658009  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1547  S-layer domain protein  28.71 
 
 
3320 aa  73.9  2e-11  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1856  hypothetical protein  26.92 
 
 
739 aa  73.2  2e-11  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0763554  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1014  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  25.32 
 
 
472 aa  73.9  2e-11  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  1.94163e-10  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0179  cellulose-binding family II  27.03 
 
 
598 aa  73.2  3e-11  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00318302 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0989  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  28.91 
 
 
334 aa  72.4  5e-11  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0127699  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0516  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  26.54 
 
 
366 aa  69.3  4e-10  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  1.12186e-06  decreased coverage  0.000226611 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2449  glycoside hydrolase family 43  25.98 
 
 
537 aa  68.9  6e-10  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.114761  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6081  glycoside hydrolase family 43  26.1 
 
 
480 aa  68.6  7e-10  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2423  glycoside hydrolase family 43  26.91 
 
 
699 aa  67  2e-09  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06352  Endo-alpha-1,5-L-arabinanasePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5AZC8]  27.61 
 
 
400 aa  65.5  5e-09  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.605603  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3011  LamG domain-containing protein  23.16 
 
 
4761 aa  62.8  3e-08  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4496  glycoside hydrolase family 43  26.47 
 
 
503 aa  62.8  4e-08  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0241272  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0737  glycoside hydrolase family protein  25.61 
 
 
345 aa  62.4  4e-08  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.612706  normal  0.340405 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4504  glycoside hydrolase family 43  26.72 
 
 
510 aa  62.8  4e-08  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2866  glycoside hydrolase family 43  21.94 
 
 
487 aa  62.4  5e-08  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.141314  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0078  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  28.61 
 
 
379 aa  61.2  1e-07  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.144884  normal  0.277265 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2169  LamG domain-containing protein  23.74 
 
 
4357 aa  60.5  2e-07  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1990  tail collar domain-containing protein  23.9 
 
 
865 aa  60.5  2e-07  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03044  Endo-arabinanase [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q1HFU2]  26.64 
 
 
386 aa  57.8  1e-06  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2966  PKD domain containing protein  28.48 
 
 
531 aa  56.2  3e-06  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.506413 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3200  hypothetical protein  27.43 
 
 
307 aa  56.6  3e-06  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00274431  normal  0.134727 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2392  glycoside hydrolase family 43  27.58 
 
 
306 aa  55.8  4e-06  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  5.40158e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0396  VcfQ-like protein  26.24 
 
 
1306 aa  55.8  5e-06  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2998  S-layer domain-containing protein  40.37 
 
 
926 aa  52.8  4e-05  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6044  glycoside hydrolase family 43  26.12 
 
 
501 aa  52.8  4e-05  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.845022  normal  0.0554344 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1524  glycoside hydrolase family 43  23.88 
 
 
524 aa  52.4  5e-05  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0206  glycoside hydrolase family 43  25.07 
 
 
304 aa  52  7e-05  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.306204  normal  0.253285 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3109  glycoside hydrolase family protein  26.42 
 
 
644 aa  51.6  7e-05  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1087  MotA/TolQ/ExbB proton channel  28.39 
 
 
598 aa  51.2  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000962589  normal  0.110672 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3360  glycoside hydrolase family 43  26.24 
 
 
522 aa  51.2  0.0001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0779432 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1291  Beta-xylosidase  24.8 
 
 
553 aa  51.2  0.0001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0430  glycoside hydrolase family 43  25.67 
 
 
497 aa  50.8  0.0001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.710686 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4996  protein of unknown function DUF1680  25.23 
 
 
846 aa  50.8  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0569195 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1047  hypothetical protein  25.49 
 
 
316 aa  51.2  0.0001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2027  glycoside hydrolase family protein  23.45 
 
 
325 aa  51.2  0.0001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.808853  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4788  Xylan 1,4-beta-xylosidase  27.21 
 
 
562 aa  50.1  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.771274  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0875  glycoside hydrolase family protein  26.23 
 
 
636 aa  49.7  0.0003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  4.12559e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0850  hypothetical protein  39.77 
 
 
428 aa  50.1  0.0003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0290611  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2915  cell wall/surface repeat protein  24.55 
 
 
1310 aa  49.7  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2469  fibronectin, type III  28.43 
 
 
3507 aa  49.3  0.0004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1511  surface protein  43.01 
 
 
1065 aa  48.9  0.0005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.36671  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02534  endoarabinanase (Eurofung)  25.78 
 
 
380 aa  49.3  0.0005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5511  glycoside hydrolase family 43  24.17 
 
 
536 aa  48.9  0.0006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0274092 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2914  cell surface receptor IPT/TIG domain protein  25.09 
 
 
1035 aa  47.4  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3020  hypothetical protein  49.23 
 
 
1250 aa  48.1  0.001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.54139  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2203  protein of unknown function DUF1549  26.47 
 
 
1091 aa  48.1  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1614  glycosy hydrolase family protein  27.4 
 
 
1471 aa  47  0.002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6069  LamG domain-containing protein  28.28 
 
 
739 aa  47  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3599  glycoside hydrolase family 43  29.81 
 
 
497 aa  47.4  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0127437  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2506  S-layer-like domain-containing protein  25.5 
 
 
1013 aa  47  0.002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6366  putative transmembrane protein  26.37 
 
 
739 aa  46.6  0.003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1017  hypothetical protein  24.87 
 
 
252 aa  46.6  0.003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>