More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_1897 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_2367  diguanylate cyclase  47.08 
 
 		 923 aa  908    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.457753  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1934  diguanylate cyclase  74.81 
 
 		 937 aa  1473    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0766434  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2434  extracellular solute-binding protein  84.31 
 
 		 937 aa  1637    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2576  diguanylate cyclase  47.59 
 
 		 931 aa  917    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000375627  hitchhiker  0.0011212 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2080  diguanylate cyclase  49.58 
 
 		 934 aa  957    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2029  diguanylate cyclase  51.5 
 
 		 932 aa  996    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0571217  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2081  diguanylate cyclase  98.19 
 
 		 937 aa  1885    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0379355  normal  0.0338945 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1952  diguanylate cyclase  93.6 
 
 		 937 aa  1812    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.105215  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2424  diguanylate cyclase  76.32 
 
 		 928 aa  1468    Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00236557  normal  0.130217 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2039  diguanylate cyclase with extracellular sensor  77.14 
 
 		 912 aa  1454    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0269682  hitchhiker  0.000000244551 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2308  diguanylate cyclase  76.21 
 
 		 928 aa  1463    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00466975  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1888  GGDEF domain-containing protein  48.92 
 
 		 930 aa  929    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000133848  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1844  extracellular solute-binding protein  54.13 
 
 		 932 aa  1051    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.192206  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2185  diguanylate cyclase  53.41 
 
 		 941 aa  1044    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.260855  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2037  diguanylate cyclase  75.89 
 
 		 928 aa  1459    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1897  diguanylate cyclase  100 
 
 		 937 aa  1917    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0415273 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2113  extracellular solute-binding protein  32.1 
 
 		 955 aa  544  1e-153  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  27.64 
 
 		 775 aa  188  3e-46  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  24.21 
 
 		 714 aa  185  4.0000000000000006e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3689  diguanylate cyclase  23.24 
 
 		 935 aa  182  2e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1864  putative diguanylate cyclase  51.41 
 
 		 882 aa  177  7e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.327534  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  28.1 
 
 		 464 aa  176  1.9999999999999998e-42  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2237  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.28 
 
 		 556 aa  172  2e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3975  GGDEF  46 
 
 		 523 aa  170  1e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.456822  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3241  diguanylate cyclase  49.7 
 
 		 572 aa  170  1e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0207551  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  26.21 
 
 		 474 aa  168  4e-40  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1237  sensory box protein  50.58 
 
 		 712 aa  167  5.9999999999999996e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.267434  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2209  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  50.28 
 
 		 844 aa  166  2.0000000000000002e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2315  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.3 
 
 		 458 aa  166  2.0000000000000002e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1609  multisensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  47.4 
 
 		 944 aa  166  2.0000000000000002e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.954205  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2785  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.02 
 
 		 648 aa  166  2.0000000000000002e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0841  GGDEF domain-containing protein  27.23 
 
 		 489 aa  166  3e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2629  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  48.3 
 
 		 821 aa  165  3e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000585262  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1721  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.95 
 
 		 294 aa  165  3e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2972  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.69 
 
 		 761 aa  165  4.0000000000000004e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.542463  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3089  sensory box protein  45.76 
 
 		 858 aa  165  4.0000000000000004e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.168178  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0054  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.29 
 
 		 467 aa  165  4.0000000000000004e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.24 
 
 		 768 aa  164  6e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1184  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.75 
 
 		 738 aa  164  7e-39  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3325  diguanylate cyclase  27.92 
 
 		 482 aa  164  7e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.662914  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1557  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  49.12 
 
 		 292 aa  164  8.000000000000001e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.24573  hitchhiker  0.000000000880766 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.79 
 
 		 664 aa  164  8.000000000000001e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1999  GGDEF domain-containing protein  41.5 
 
 		 292 aa  164  8.000000000000001e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1291  sensory box protein  41.41 
 
 		 284 aa  163  1e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4425  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.63 
 
 		 1143 aa  163  1e-38  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4489  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.63 
 
 		 1143 aa  163  1e-38  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1706  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 324 aa  163  1e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3437  diguanylate cyclase  27.92 
 
 		 483 aa  164  1e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0184931  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2510  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.16 
 
 		 826 aa  163  1e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.825062 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0693  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.84 
 
 		 664 aa  162  2e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.84 
 
 		 664 aa  162  2e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3924  sensory box protein  44.15 
 
 		 1086 aa  163  2e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0697  diguanylate cyclase  27.69 
 
 		 482 aa  162  2e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000140018  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3694  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.84 
 
 		 664 aa  162  3e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3437  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.98 
 
 		 684 aa  161  4e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  45.74 
 
 		 882 aa  161  5e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4105  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  45.74 
 
 		 882 aa  161  5e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3989  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  45.74 
 
 		 882 aa  161  5e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41 
 
 		 947 aa  160  7e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1265  periplasmic sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.74 
 
 		 758 aa  160  7e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  46.59 
 
 		 1508 aa  161  7e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  46.59 
 
 		 1508 aa  160  8e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3950  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.59 
 
 		 1508 aa  160  8e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1542  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  50 
 
 		 1006 aa  160  8e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.101137 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3990  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.21 
 
 		 1665 aa  160  8e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4026  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  46.59 
 
 		 1508 aa  160  8e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3217  signal transduction protein  42.64 
 
 		 951 aa  160  1e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00711667  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42220  membrane sensor domain-containing protein  42.38 
 
 		 685 aa  160  1e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2937  signal transduction protein  36.1 
 
 		 1141 aa  160  1e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3265  GGDEF domain-containing protein  48.09 
 
 		 862 aa  160  1e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00136665  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4948  sensory box protein  45.05 
 
 		 921 aa  159  2e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0415  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.59 
 
 		 1486 aa  159  2e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1931  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.4 
 
 		 1289 aa  159  2e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0959119  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2637  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  49.12 
 
 		 678 aa  159  2e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.5465  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3327  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.2 
 
 		 693 aa  159  2e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.166514  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0377  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  44.56 
 
 		 876 aa  159  2e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0140415  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0375  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  44.56 
 
 		 876 aa  159  2e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.413916  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0128  diguanylate cyclase  53.42 
 
 		 636 aa  159  3e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.308364  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3052  GGDEF  44.39 
 
 		 523 aa  159  3e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.927179  normal  0.0159246 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7110  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.33 
 
 		 694 aa  158  3e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0633557 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  49.45 
 
 		 1238 aa  159  3e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.891716  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1988  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.02 
 
 		 435 aa  159  3e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.02 
 
 		 1511 aa  159  3e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1329  diguanylate cyclase  48.15 
 
 		 565 aa  159  3e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.19 
 
 		 829 aa  158  4e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3649  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  44.04 
 
 		 876 aa  158  4e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.02582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3261  GGDEF domain-containing protein  46.47 
 
 		 702 aa  158  4e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.012427  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2016  sensory box/GGDEF family protein  46.59 
 
 		 799 aa  158  5.0000000000000005e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.334987  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1077  sensory box/GGDEF family protein  46.86 
 
 		 808 aa  158  5.0000000000000005e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0581  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.88 
 
 		 659 aa  158  5.0000000000000005e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3475  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.89 
 
 		 571 aa  158  5.0000000000000005e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.100102  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2664  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.82 
 
 		 1063 aa  157  7e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.180042  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3448  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.63 
 
 		 696 aa  157  7e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2656  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.63 
 
 		 696 aa  157  7e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4291  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.97 
 
 		 446 aa  157  9e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4179  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.97 
 
 		 446 aa  157  9e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.206948  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3579  hypothetical protein  41.9 
 
 		 685 aa  157  9e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0227937  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4752  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.24 
 
 		 652 aa  156  1e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.724915 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3337  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  44.26 
 
 		 1020 aa  157  1e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1297  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.85 
 
 		 891 aa  157  1e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.112988  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>