48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_1866 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_1866  hypothetical protein  100 
 
 
197 aa  406  1e-113  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.235297 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2112  hypothetical protein  97.46 
 
 
197 aa  396  1e-109  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.178277  normal  0.022349 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1921  hypothetical protein  74.62 
 
 
199 aa  301  4.0000000000000003e-81  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2723  hypothetical protein  31.72 
 
 
211 aa  103  2e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2548  putative lipoprotein  36.84 
 
 
192 aa  96.7  2e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00417943  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1991  putative lipoprotein  36.84 
 
 
192 aa  96.7  2e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2637  hypothetical protein  36.84 
 
 
192 aa  96.7  2e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.2573  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1747  hypothetical protein  34.18 
 
 
185 aa  93.2  2e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00777543  decreased coverage  0.000000370009 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003027  putative lipoprotein  33 
 
 
192 aa  90.1  2e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1353  putative lipoprotein  33.14 
 
 
192 aa  90.5  2e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000161061  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2068  protein of unknown function DUF330  33.16 
 
 
188 aa  89.7  2e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.742737  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02852  hypothetical protein  30.69 
 
 
189 aa  87.4  1e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4854  hypothetical protein  32.11 
 
 
182 aa  85.5  4e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000642046 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0367  hypothetical protein  32.11 
 
 
182 aa  85.5  4e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1106  putative lipoprotein  33.5 
 
 
187 aa  84.7  7e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00265959  normal  0.0111053 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1174  hypothetical protein  33.5 
 
 
187 aa  84.7  7e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00770681  normal  0.496959 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1128  putative lipoprotein  33.5 
 
 
187 aa  84.7  7e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000973487  normal  0.73613 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1023  putative lipoprotein  33.5 
 
 
187 aa  84.7  7e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000948477  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1795  hypothetical protein  32.09 
 
 
188 aa  84.3  9e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.309895  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1140  putative lipoprotein  32.99 
 
 
187 aa  83.2  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000741069  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2644  hypothetical protein  34.27 
 
 
187 aa  80.1  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000251515  hitchhiker  0.00000297897 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1061  hypothetical protein  34.27 
 
 
187 aa  80.1  0.00000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000240203  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1067  hypothetical protein  34.27 
 
 
187 aa  80.1  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000185697  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2691  protein of unknown function DUF330  34.27 
 
 
187 aa  80.1  0.00000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000327636  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1116  putative lipoprotein  34.27 
 
 
187 aa  79.7  0.00000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000042581  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2365  putative lipoprotein  34.27 
 
 
187 aa  79.7  0.00000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0264734  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2167  putative lipoprotein  34.27 
 
 
187 aa  79.3  0.00000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000482452  normal  0.394753 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1684  protein of unknown function DUF330  31.55 
 
 
186 aa  78.6  0.00000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1464  hypothetical protein  32.97 
 
 
188 aa  78.2  0.00000000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000157242  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00956  hypothetical protein  35.12 
 
 
182 aa  77.8  0.0000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000276204  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00963  hypothetical protein  35.12 
 
 
182 aa  77.8  0.0000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000461465  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02657  hypothetical protein  26.52 
 
 
202 aa  65.9  0.0000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2009  hypothetical protein  31.75 
 
 
221 aa  63.9  0.000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1653  protein of unknown function DUF330  32.16 
 
 
185 aa  60.8  0.00000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.780336  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2931  hypothetical protein  21.97 
 
 
198 aa  52  0.000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0364  putative lipoprotein  28.42 
 
 
201 aa  50.8  0.00001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.14709  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2417  hypothetical protein  26.67 
 
 
204 aa  51.2  0.00001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0242841  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1703  hypothetical protein  28 
 
 
197 aa  49.3  0.00004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1055  protein of unknown function DUF330  30.46 
 
 
198 aa  46.6  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0555  hypothetical protein  29.03 
 
 
232 aa  45.1  0.0006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0231  hypothetical protein  21.72 
 
 
241 aa  45.1  0.0007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4959  lipoprotein, putative  29.03 
 
 
231 aa  44.7  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3508  resolvase, RNase H-like fold  29.79 
 
 
217 aa  44.7  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0230  hypothetical protein  21.95 
 
 
241 aa  42.7  0.004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4964  hypothetical protein  28.17 
 
 
214 aa  42.4  0.004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.340246  normal  0.72478 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0504  hypothetical protein  30.32 
 
 
237 aa  42  0.005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0320775  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0600  hypothetical protein  28.93 
 
 
241 aa  41.6  0.009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2634  hypothetical protein  21.2 
 
 
212 aa  41.2  0.01  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>