More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_1859 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1716  TonB-dependent receptor, plug  43.34 
 
 		 893 aa  688    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.716976  hitchhiker  0.000145025 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2875  TonB-dependent receptor plug  43.8 
 
 		 896 aa  709    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00943225 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2385  TonB-dependent receptor, plug  43.87 
 
 		 895 aa  712    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000246068  hitchhiker  0.00510046 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1859  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 890 aa  1824    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000127168 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2119  TonB-dependent receptor  99.44 
 
 		 890 aa  1816    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.817127  hitchhiker  0.00248227 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1503  outer membrane receptor protein  41.85 
 
 		 899 aa  675    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1914  TonB-dependent receptor  97.19 
 
 		 890 aa  1768    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0073326 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001855  outer membrane receptor protein  37.06 
 
 		 866 aa  494  9.999999999999999e-139  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2469  TonB-dependent receptor  34.08 
 
 		 891 aa  402  9.999999999999999e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0991  TonB-dependent receptor  30.72 
 
 		 925 aa  370  1e-101  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0120803  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1100  outer membrane receptor protein  31.21 
 
 		 922 aa  372  1e-101  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000948721  hitchhiker  0.00320832 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2907  TonB-dependent receptor domain-containing protein  31.3 
 
 		 884 aa  351  3e-95  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1558  TonB-dependent receptor  30.71 
 
 		 883 aa  349  2e-94  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.786788  normal  0.359395 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1497  TonB-dependent receptor  30.61 
 
 		 883 aa  347  8e-94  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0195918 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1564  TonB-dependent receptor  30.61 
 
 		 883 aa  347  8e-94  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0877437 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2767  TonB-dependent receptor  30.57 
 
 		 924 aa  345  2e-93  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0740261 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2688  TonB-dependent receptor  30.57 
 
 		 924 aa  345  2e-93  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.161731  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1696  TonB-dependent receptor  30.57 
 
 		 924 aa  345  2e-93  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.438223  hitchhiker  0.000325998 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00638  iron transport protein  30.87 
 
 		 827 aa  343  8e-93  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3184  TonB-dependent receptor  30.88 
 
 		 861 aa  337  5e-91  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.162767  hitchhiker  0.00577733 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0754  TonB-dependent receptor  30.88 
 
 		 861 aa  336  1e-90  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.95641  normal  0.139424 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0782  TonB-dependent receptor  30.88 
 
 		 861 aa  335  2e-90  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.089219  normal  0.0917766 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2404  TonB-dependent receptor  30.81 
 
 		 872 aa  330  6e-89  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0837  TonB-dependent receptor  29.79 
 
 		 855 aa  328  2.0000000000000001e-88  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.111272  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0680  TonB-dependent receptor  29.66 
 
 		 852 aa  327  7e-88  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000204176  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0906  TonB-dependent receptor  29.32 
 
 		 875 aa  321  3.9999999999999996e-86  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1499  TonB-dependent receptor  30.08 
 
 		 894 aa  320  7.999999999999999e-86  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0738  TonB-dependent receptor  29 
 
 		 847 aa  318  2e-85  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0108325  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2967  TonB-dependent receptor  30.02 
 
 		 857 aa  318  3e-85  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000174041  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3630  TonB-dependent receptor  29.59 
 
 		 861 aa  315  2.9999999999999996e-84  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2416  TonB-dependent receptor  30.98 
 
 		 842 aa  315  2.9999999999999996e-84  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3562  TonB-dependent receptor  29.59 
 
 		 861 aa  314  3.9999999999999997e-84  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000011652  normal  0.26922 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3753  TonB-dependent receptor  29.59 
 
 		 861 aa  314  3.9999999999999997e-84  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000402099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0967  TonB-dependent receptor  29.13 
 
 		 869 aa  314  4.999999999999999e-84  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0133332  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2699  TonB-dependent receptor  30.62 
 
 		 886 aa  313  9e-84  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.475317  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2624  TonB-dependent receptor  30.62 
 
 		 886 aa  313  1e-83  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0750923  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2244  TonB-dependent receptor  29.52 
 
 		 892 aa  310  1.0000000000000001e-82  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00187564 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2298  TonB-dependent receptor  28.78 
 
 		 874 aa  309  2.0000000000000002e-82  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.867047  normal  0.236375 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2335  TonB-dependent receptor  30.47 
 
 		 882 aa  308  3e-82  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0682535  normal  0.0458053 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2618  TonB-dependent receptor  29.42 
 
 		 849 aa  307  4.0000000000000004e-82  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000702632  normal  0.386313 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2263  TonB-dependent receptor  29.94 
 
 		 882 aa  307  5.0000000000000004e-82  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.594677  normal  0.894337 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1569  TonB-dependent receptor  30.33 
 
 		 869 aa  302  1e-80  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000550471  decreased coverage  0.0000000582733 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1986  TonB-dependent receptor  29.8 
 
 		 867 aa  298  3e-79  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.430479  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2001  TonB-dependent receptor  30.2 
 
 		 867 aa  298  3e-79  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00988263  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2418  TonB-dependent receptor plug  29.66 
 
 		 853 aa  297  6e-79  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0641681  hitchhiker  0.00118555 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2302  TonB-dependent receptor plug  29.66 
 
 		 853 aa  297  6e-79  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.780014  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2045  TonB-dependent receptor plug  29.66 
 
 		 853 aa  297  7e-79  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0699598  hitchhiker  0.00000000333969 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2338  TonB-dependent receptor  29.59 
 
 		 867 aa  296  2e-78  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.094918  normal  0.111511 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1903  TonB-dependent receptor  29.51 
 
 		 855 aa  295  3e-78  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000110647  hitchhiker  0.0000976809 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2049  TonB-dependent receptor  29.48 
 
 		 867 aa  294  4e-78  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.115789  normal  0.0404089 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1958  TonB-dependent receptor  29.04 
 
 		 853 aa  294  5e-78  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0202201  normal  0.592447 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01107  TonB-dependent receptor  29.24 
 
 		 871 aa  294  6e-78  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0244435  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2427  TonB-dependent receptor, putative  29.41 
 
 		 853 aa  292  2e-77  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2036  TonB-dependent receptor  29.25 
 
 		 841 aa  291  3e-77  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.519963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0341  TonB-dependent receptor  30.07 
 
 		 909 aa  291  4e-77  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000307773  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2565  TonB-dependent receptor  28.96 
 
 		 843 aa  290  1e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0458531 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0404  TonB-dependent receptor  28.56 
 
 		 896 aa  288  2e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0380405  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1838  TonB-dependent receptor, putative  30.5 
 
 		 839 aa  288  2.9999999999999996e-76  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000660835  normal  0.0669762 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02820  TonB-dependent receptor  28.85 
 
 		 935 aa  287  5.999999999999999e-76  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00655846  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2075  TonB-dependent receptor  29.24 
 
 		 855 aa  286  1.0000000000000001e-75  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00318528  hitchhiker  0.00256739 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1806  TonB-dependent receptor  26.8 
 
 		 927 aa  285  2.0000000000000002e-75  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.248046  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2627  TonB-dependent receptor  28.72 
 
 		 937 aa  286  2.0000000000000002e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000622883  hitchhiker  0.000020018 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2074  TonB-dependent receptor  30.15 
 
 		 836 aa  283  7.000000000000001e-75  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2628  TonB-dependent receptor  28.5 
 
 		 868 aa  283  9e-75  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000198241  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2480  TonB-dependent receptor  28.21 
 
 		 876 aa  283  9e-75  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00179427  hitchhiker  0.0000950091 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2393  TonB-dependent receptor  29.14 
 
 		 866 aa  282  2e-74  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.228025  normal  0.562058 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1883  TonB-dependent receptor  26.91 
 
 		 928 aa  279  2e-73  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.320358  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0516  TonB-dependent receptor  29.58 
 
 		 909 aa  278  2e-73  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0428705 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1822  TonB-dependent receptor, putative  28.28 
 
 		 936 aa  278  4e-73  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0708  TonB-dependent receptor  28.24 
 
 		 956 aa  278  4e-73  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.888049  normal  0.164789 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0477  TonB-dependent receptor  27.99 
 
 		 879 aa  276  1.0000000000000001e-72  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1623  TonB-dependent receptor  27.87 
 
 		 935 aa  275  2.0000000000000002e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000685263  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1659  TonB-dependent receptor  27.87 
 
 		 935 aa  275  2.0000000000000002e-72  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000155568  normal  0.103819 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2720  TonB-dependent receptor  27.87 
 
 		 935 aa  275  2.0000000000000002e-72  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000443965  decreased coverage  0.0000000374921 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2722  TonB-dependent receptor  27.34 
 
 		 930 aa  272  2e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000264454  hitchhiker  0.00000515529 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37730  putative TonB dependent receptor  28.57 
 
 		 880 aa  271  5e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.951701  normal  0.164066 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1621  TonB-dependent receptor  27.23 
 
 		 930 aa  270  8e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00153762  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1655  TonB-dependent receptor  27.23 
 
 		 930 aa  270  8e-71  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.375074  normal  0.0861797 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3124  TonB-dependent receptor  28.81 
 
 		 973 aa  270  8.999999999999999e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.308275 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1940  TonB-dependent receptor  28.48 
 
 		 838 aa  269  2e-70  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0622221  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3740  TonB-dependent receptor  27.87 
 
 		 901 aa  268  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.488195 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0819  TonB-dependent receptor plug  27.26 
 
 		 974 aa  268  4e-70  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.712019 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3385  TonB-dependent receptor  28.83 
 
 		 910 aa  267  7e-70  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37900  putative TonB-dependent receptor  28.41 
 
 		 846 aa  265  3e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00691809  normal  0.333573 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1516  TonB-dependent receptor  27.58 
 
 		 933 aa  265  4e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000131421  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0162  TonB-dependent receptor  28.92 
 
 		 817 aa  264  4.999999999999999e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.539362  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3556  TonB-dependent receptor  26.79 
 
 		 944 aa  262  2e-68  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2669  TonB-dependent receptor  28.74 
 
 		 800 aa  262  2e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0138  TonB-dependent receptor:TonB-dependent receptor  27.06 
 
 		 904 aa  261  4e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.764609  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2361  TonB-dependent receptor  27.15 
 
 		 869 aa  260  9e-68  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0791716  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2904  TonB-dependent receptor  26.92 
 
 		 944 aa  259  2e-67  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2861  TonB-dependent receptor  27.59 
 
 		 873 aa  257  6e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.318133  hitchhiker  0.0000000966582 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2427  TonB-dependent receptor, plug  27.71 
 
 		 966 aa  257  8e-67  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000018893  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03827  TonB-dependent receptor  26.91 
 
 		 892 aa  256  9e-67  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0268  TonB system transport protein, putative  26.86 
 
 		 877 aa  254  6e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1120  TonB-dependent receptor  26.61 
 
 		 942 aa  252  2e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00264761 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0820  TonB-dependent receptor  26.44 
 
 		 975 aa  252  2e-65  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3424  TonB-dependent receptor  26.5 
 
 		 944 aa  250  7e-65  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00012336  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1784  TonB-dependent receptor  26.46 
 
 		 873 aa  249  1e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.942088  hitchhiker  0.0000219382 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2535  TonB-dependent receptor  26.65 
 
 		 966 aa  248  4e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00182165  unclonable  0.0000531763 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>