More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_1785 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 293 aa  607  1e-173  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  99.32 
 
 		 293 aa  603  9.999999999999999e-173  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  98.97 
 
 		 293 aa  598  1e-170  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  97.92 
 
 		 291 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  93.15 
 
 		 292 aa  573  1.0000000000000001e-163  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  94.1 
 
 		 292 aa  571  1.0000000000000001e-162  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  94.1 
 
 		 292 aa  570  1.0000000000000001e-162  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  93.4 
 
 		 292 aa  568  1e-161  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  93.4 
 
 		 292 aa  567  1e-160  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  65.28 
 
 		 289 aa  424  1e-117  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  64.36 
 
 		 289 aa  412  1e-114  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  65.4 
 
 		 292 aa  412  1e-114  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  64.01 
 
 		 289 aa  409  1e-113  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  65.28 
 
 		 289 aa  409  1e-113  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  65.62 
 
 		 289 aa  409  1e-113  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  64.01 
 
 		 290 aa  410  1e-113  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4060  transcriptional regulator, LysR family protein  62.15 
 
 		 288 aa  397  1e-109  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.833958  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1672  LysR family transcriptional regulator  62.24 
 
 		 288 aa  387  1e-107  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.255647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  62.59 
 
 		 288 aa  390  1e-107  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  61.09 
 
 		 295 aa  389  1e-107  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  60.55 
 
 		 289 aa  384  1e-105  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  60.42 
 
 		 302 aa  381  1e-105  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  59.52 
 
 		 290 aa  382  1e-105  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3529  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  59.79 
 
 		 298 aa  383  1e-105  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00382378 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  57.89 
 
 		 290 aa  364  1e-100  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1033  LysR family transcriptional regulator  59.93 
 
 		 298 aa  366  1e-100  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  56.94 
 
 		 289 aa  357  9.999999999999999e-98  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  56.29 
 
 		 289 aa  355  3.9999999999999996e-97  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  56.75 
 
 		 298 aa  353  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  56.29 
 
 		 298 aa  353  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  56.06 
 
 		 298 aa  350  1e-95  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4162  LysR family transcriptional regulator  56.29 
 
 		 298 aa  348  7e-95  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.711373 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  53.98 
 
 		 304 aa  348  7e-95  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1615  LysR family transcriptional regulator  55.94 
 
 		 298 aa  348  8e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86393  normal  0.536311 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  55.94 
 
 		 298 aa  348  8e-95  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  56.29 
 
 		 298 aa  347  1e-94  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  52.6 
 
 		 302 aa  340  1e-92  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  52.05 
 
 		 302 aa  341  1e-92  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0984  LysR family transcriptional regulator  48.26 
 
 		 300 aa  300  2e-80  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03330  putative transcriptional regulator  46.58 
 
 		 292 aa  290  3e-77  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3681  LysR family transcriptional regulator  45.88 
 
 		 290 aa  281  6.000000000000001e-75  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0791735  normal  0.203208 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0873  LysR family transcriptional regulator  42.46 
 
 		 295 aa  258  7e-68  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.155303  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1180  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 326 aa  246  4e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  38.75 
 
 		 302 aa  232  5e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  38.19 
 
 		 307 aa  231  8.000000000000001e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 299 aa  231  1e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 298 aa  230  2e-59  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 303 aa  230  2e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 298 aa  228  7e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 305 aa  228  8e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  37.93 
 
 		 298 aa  226  3e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 298 aa  223  2e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 298 aa  222  4e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 296 aa  223  4e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  39.3 
 
 		 298 aa  222  7e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  38.3 
 
 		 293 aa  221  8e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0791  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 314 aa  221  9.999999999999999e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  36.11 
 
 		 295 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3691  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 299 aa  219  5e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  37.93 
 
 		 335 aa  219  6e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 298 aa  217  2e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3212  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 297 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 296 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1670  LysR family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 295 aa  215  7e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.969341  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 295 aa  215  7e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1068  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 313 aa  213  2.9999999999999995e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.168461 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3105  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 293 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.432402 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3280  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 303 aa  213  3.9999999999999995e-54  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.190175  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  38.16 
 
 		 300 aa  212  5.999999999999999e-54  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 305 aa  212  5.999999999999999e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2431  LysR family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 312 aa  211  1e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.517573 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3755  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 319 aa  211  1e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 301 aa  211  1e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  38.95 
 
 		 307 aa  210  3e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2248  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 320 aa  209  3e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.462301  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 305 aa  210  3e-53  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  38.95 
 
 		 307 aa  210  3e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2502  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 308 aa  209  4e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 302 aa  209  5e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  35.81 
 
 		 309 aa  208  7e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  37.46 
 
 		 305 aa  208  7e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 307 aa  208  7e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 306 aa  208  9e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 		 300 aa  207  1e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 301 aa  207  1e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  36.93 
 
 		 299 aa  207  1e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 294 aa  207  1e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 300 aa  207  1e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 301 aa  207  1e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 299 aa  207  2e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4864  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 297 aa  207  2e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 294 aa  207  2e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 294 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2286  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 303 aa  207  2e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 294 aa  207  2e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 294 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 294 aa  207  2e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  37.81 
 
 		 301 aa  206  3e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4691  LysR family substrate binding transcriptional regulator  38.16 
 
 		 300 aa  206  4e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 304 aa  206  4e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>