More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_1330 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_1373  UDP-glucose 6-dehydrogenase  79.38 
 
 
388 aa  652  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1330  UDP-glucose 6-dehydrogenase  100 
 
 
388 aa  793  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.143594  decreased coverage  0.000414466 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001761  UDP-glucose dehydrogenase  80.93 
 
 
388 aa  662  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00706  nucleotide sugar dehydrogenase  79.12 
 
 
388 aa  654  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1418  UDP-glucose 6-dehydrogenase  80.15 
 
 
388 aa  659  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1387  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  89.18 
 
 
388 aa  721  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.496605  hitchhiker  9.66488e-05 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3019  nucleotide sugar dehydrogenase  92.53 
 
 
397 aa  747  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0876853 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0800  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  76.74 
 
 
391 aa  631  1e-180  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0591  UDP-glucose 6-dehydrogenase  75.52 
 
 
388 aa  629  1e-179  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2641  UDP-glucose 6-dehydrogenase  75.26 
 
 
388 aa  629  1e-179  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2178  UDP-glucose 6-dehydrogenase  75.52 
 
 
388 aa  629  1e-179  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.112663  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1203  UDP-glucose 6-dehydrogenase  75.26 
 
 
388 aa  630  1e-179  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.699954  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1572  nucleotide sugar dehydrogenase  75.26 
 
 
388 aa  626  1e-178  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1032  UDP-glucose 6-dehydrogenase  75 
 
 
388 aa  620  1e-177  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.366892 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01916  hypothetical protein  75.26 
 
 
388 aa  622  1e-177  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.656876  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01930  UDP-glucose 6-dehydrogenase  75.26 
 
 
388 aa  622  1e-177  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.586017  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2259  udp-glucose 6-dehydrogenase  75.52 
 
 
388 aa  622  1e-177  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.389868  normal  0.025931 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2306  udp-glucose 6-dehydrogenase  75.26 
 
 
388 aa  621  1e-177  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0255325 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1629  nucleotide sugar dehydrogenase  75.26 
 
 
388 aa  622  1e-177  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00733567  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00992  nucleotide sugar dehydrogenase  74.68 
 
 
395 aa  621  1e-177  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000137814  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2418  udp-glucose 6-dehydrogenase  75.52 
 
 
388 aa  622  1e-177  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00233828 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2205  udp-glucose 6-dehydrogenase  75.52 
 
 
388 aa  622  1e-177  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.638468  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2961  UDP-glucose 6-dehydrogenase  75 
 
 
388 aa  620  1e-176  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  2.04361e-06 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2308  UDP-glucose 6-dehydrogenase  74.74 
 
 
388 aa  617  1e-176  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0186642 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2319  UDP-glucose 6-dehydrogenase  74.74 
 
 
388 aa  620  1e-176  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1202  nucleotide sugar dehydrogenase  75 
 
 
389 aa  617  1e-175  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.988641  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1510  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  74.36 
 
 
390 aa  615  1e-175  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0919  nucleotide sugar dehydrogenase  73.2 
 
 
388 aa  617  1e-175  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00213667  normal  0.147124 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1614  nucleotide sugar dehydrogenase  74.74 
 
 
388 aa  617  1e-175  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.812894 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2115  DNA gyrase, subunit A  74.23 
 
 
388 aa  613  1e-174  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.539484 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2679  nucleotide sugar dehydrogenase  73.2 
 
 
388 aa  609  1e-173  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1968  UDP-glucose 6-dehydrogenase  71.65 
 
 
389 aa  604  1e-172  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2849  nucleotide sugar dehydrogenase  73.45 
 
 
388 aa  604  1e-172  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1795  nucleotide sugar dehydrogenase  70.36 
 
 
389 aa  597  1e-170  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0071  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  72.16 
 
 
387 aa  597  1e-169  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3978  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  71.39 
 
 
409 aa  595  1e-169  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.261644 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4687  UDP-glucose 6-dehydrogenase  71.91 
 
 
387 aa  592  1e-168  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3483  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  71.13 
 
 
389 aa  593  1e-168  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.956099  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4273  nucleotide sugar dehydrogenase  71.65 
 
 
387 aa  591  1e-168  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0720  UDP-glucose 6-dehydrogenase  71.65 
 
 
388 aa  592  1e-168  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  8.75671e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4328  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  71.65 
 
 
387 aa  592  1e-168  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4468  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  71.13 
 
 
387 aa  590  1e-167  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4088  phosphoglycerate mutase  71.91 
 
 
409 aa  590  1e-167  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3885  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  71.39 
 
 
409 aa  589  1e-167  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2929  nucleotide sugar dehydrogenase  71.39 
 
 
388 aa  588  1e-167  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2850  nucleotide sugar dehydrogenase  71.13 
 
 
388 aa  578  1e-164  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.217055  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1349  nucleotide sugar dehydrogenase  69.85 
 
 
388 aa  579  1e-164  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1563  UDP-glucose 6-dehydrogenase  69.07 
 
 
397 aa  572  1e-162  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.03127  normal 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3861  UDP-glucose 6-dehydrogenase  67.62 
 
 
398 aa  551  1e-156  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0444005  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1498  nucleotide sugar dehydrogenase  65.38 
 
 
389 aa  540  1e-152  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1067  UDP-glucose 6-dehydrogenase  65.04 
 
 
391 aa  535  1e-151  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.575864  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0900  hypothetical protein  63.48 
 
 
397 aa  513  1e-144  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.0374108 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1256  transcriptional regulator, XRE family  59.31 
 
 
491 aa  498  1e-139  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1737  UDP-glucose 6-dehydrogenase  60.57 
 
 
388 aa  478  1e-134  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0150  UDP-glucose 6-dehydrogenase  54.57 
 
 
372 aa  430  1e-119  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0958685  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0275  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase, dimerisation  53.16 
 
 
422 aa  423  1e-117  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0309187  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0592  nucleotide sugar dehydrogenase  48.84 
 
 
389 aa  382  1e-105  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.887508 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0568  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  48.84 
 
 
389 aa  382  1e-105  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00339328  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0599  nucleotide sugar dehydrogenase  48.84 
 
 
389 aa  382  1e-105  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1121  nucleotide sugar dehydrogenase  32 
 
 
447 aa  185  1e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.396392  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2277  UDP-glucose 6-dehydrogenase  36.58 
 
 
451 aa  182  9e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00280919  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0606  UDP-glucose 6-dehydrogenase  32.42 
 
 
442 aa  180  4e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.641401  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4534  UDP-glucose 6-dehydrogenase  31.92 
 
 
451 aa  177  2e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0608813  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3767  nucleotide sugar dehydrogenase  32.03 
 
 
473 aa  171  2e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0312169 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0866  UDP-glucose 6-dehydrogenase  32.69 
 
 
467 aa  171  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.359864 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5385  UDP-glucose 6-dehydrogenase  33.24 
 
 
457 aa  170  3e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.463781  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3180  nucleotide sugar dehydrogenase  33.85 
 
 
449 aa  169  5e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  6.2373e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2536  nucleotide sugar dehydrogenase  32.49 
 
 
427 aa  170  5e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.171539 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2750  nucleotide sugar dehydrogenase  31.51 
 
 
475 aa  167  4e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4824  nucleotide sugar dehydrogenase  32.58 
 
 
435 aa  167  4e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0653  UDP-glucose 6-dehydrogenase  33.52 
 
 
434 aa  165  1e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0616726  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2306  UDP-glucose 6-dehydrogenase  33.52 
 
 
434 aa  165  1e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.595452  normal  0.13158 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2489  UDP-glucose 6-dehydrogenase  31.51 
 
 
436 aa  165  1e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.656583  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0076  UDP-glucose 6-dehydrogenase  31.87 
 
 
434 aa  164  2e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5638  UDP-glucose 6-dehydrogenase  32.5 
 
 
441 aa  164  2e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  1.54055e-10 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1116  nucleotide sugar dehydrogenase  32.13 
 
 
437 aa  164  3e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1185  nucleotide sugar dehydrogenase  32.13 
 
 
437 aa  164  3e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4994  UDP-glucose 6-dehydrogenase  32.11 
 
 
456 aa  163  4e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0986  UDP-glucose 6-dehydrogenase  30.16 
 
 
467 aa  162  1e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1858  nucleotide sugar dehydrogenase  32.24 
 
 
450 aa  162  1e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.840288  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3344  nucleotide sugar dehydrogenase  31.93 
 
 
457 aa  161  2e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5321  UDP-glucose 6-dehydrogenase  31.39 
 
 
441 aa  161  2e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0579  UDP-glucose 6-dehydrogenase  33.24 
 
 
437 aa  160  3e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0396175  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0034  nucleotide sugar dehydrogenase  30.4 
 
 
440 aa  160  3e-38  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.250011 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2997  nucleotide sugar dehydrogenase  29.89 
 
 
467 aa  160  3e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.218843  hitchhiker  0.00250768 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2339  nucleotide sugar dehydrogenase  31.59 
 
 
443 aa  160  4e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.247119  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4614  nucleotide sugar dehydrogenase  30.79 
 
 
431 aa  160  4e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1210  nucleotide sugar dehydrogenase  33.61 
 
 
430 aa  160  4e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22770  UDP-glucose 6-dehydrogenase  32.12 
 
 
460 aa  160  5e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1057  UDP-glucose 6-dehydrogenase  31.73 
 
 
437 aa  160  5e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1710  UDP-glucose 6-dehydrogenase  31.25 
 
 
448 aa  159  6e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0481028  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0961  UDP-glucose dehydrogenase  30.3 
 
 
440 aa  159  7e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.837953  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1284  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  30.71 
 
 
439 aa  159  7e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.583067 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4305  UDP-glucose 6-dehydrogenase  30.73 
 
 
436 aa  159  7e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.434047  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4098  hypothetical protein  32.96 
 
 
464 aa  159  8e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.197765  normal  0.22433 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1859  nucleotide sugar dehydrogenase  29.44 
 
 
466 aa  159  1e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4460  nucleotide sugar dehydrogenase  30.46 
 
 
436 aa  158  1e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0544  UDP-glucose 6-dehydrogenase  29.41 
 
 
473 aa  157  2e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1031  GDP-mannose 6-dehydrogenase  30.81 
 
 
436 aa  157  2e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0917  UDP-glucose 6-dehydrogenase 2  30.05 
 
 
473 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.853858  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>