91 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_1317 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_1317  lipopolysaccharide biosynthesis  100 
 
 		 328 aa  674    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0310451 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1384  lipopolysaccharide biosynthesis  93.21 
 
 		 324 aa  623  1e-177  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00868672 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3191  chain length determinant protein  89.81 
 
 		 329 aa  608  1e-173  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2541  lipopolysaccharide biosynthesis  88.82 
 
 		 329 aa  593  1e-168  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1471  lipopolysaccharide biosynthesis protein  85.14 
 
 		 328 aa  578  1e-164  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.782719  normal  0.412759 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2891  lipopolysaccharide biosynthesis protein  88.27 
 
 		 325 aa  568  1e-161  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1376  lipopolysaccharide biosynthesis  92.65 
 
 		 318 aa  561  1.0000000000000001e-159  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.648353  hitchhiker  0.00000667322 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2902  lipopolysaccharide biosynthesis protein  82.61 
 
 		 324 aa  555  1e-157  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3033  lipopolysaccharide biosynthesis protein  85.35 
 
 		 320 aa  556  1e-157  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.725553  normal  0.307874 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1653  lipopolysaccharide biosynthesis protein  80.32 
 
 		 321 aa  511  1e-144  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0595159  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1400  lipopolysaccharide biosynthesis protein  75.62 
 
 		 324 aa  510  1e-143  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00684666 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1397  lipopolysaccharide biosynthesis protein  75.3 
 
 		 325 aa  489  1e-137  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2841  lipopolysaccharide biosynthesis  73.91 
 
 		 326 aa  483  1e-135  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.500509  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2669  lipopolysaccharide biosynthesis  73.7 
 
 		 324 aa  462  1e-129  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2262  chain length determinant protein  72.17 
 
 		 327 aa  454  1e-127  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0523506  decreased coverage  0.000488654 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0795  lipopolysaccharide biosynthesis protein  52.65 
 
 		 315 aa  337  9.999999999999999e-92  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.851329  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0278  O-antigen length determinant protein  52.33 
 
 		 325 aa  333  3e-90  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2090  chain length determinant family protein  56.33 
 
 		 322 aa  330  1e-89  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.77217  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0764  lipopolysaccharide biosynthesis  52.32 
 
 		 307 aa  322  6e-87  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0283751  normal  0.394454 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00688  hypothetical protein  51.24 
 
 		 320 aa  316  3e-85  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2132  chain length determinant protein  45.18 
 
 		 340 aa  285  5.999999999999999e-76  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.104216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2975  chain length determinant family protein  41.02 
 
 		 317 aa  259  4e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.978239 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1605  lipopolysaccharide biosynthesis protein  33.59 
 
 		 395 aa  72  0.00000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1354  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.01 
 
 		 463 aa  68.2  0.0000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06667  hypothetical protein  35.19 
 
 		 716 aa  65.1  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001117  tyrosine-protein kinase wzc  36.11 
 
 		 721 aa  64.7  0.000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0502594  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3402  lipopolysaccharide biosynthesis  24.12 
 
 		 388 aa  56.2  0.0000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1511  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.36 
 
 		 422 aa  54.7  0.000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0643  lipopolysaccharide biosynthesis protein  42.42 
 
 		 398 aa  54.3  0.000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2625  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.52 
 
 		 403 aa  54.3  0.000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00623391  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3034  tyrosine kinase  35.14 
 
 		 723 aa  53.5  0.000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1768  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.05 
 
 		 297 aa  52  0.00001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0945  lipopolysaccharide biosynthesis  36.73 
 
 		 280 aa  51.2  0.00002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0580  tyrosine-protein kinase  33.33 
 
 		 759 aa  50.8  0.00003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.298329  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2235  lipopolysaccharide biosynthesis protein  35.71 
 
 		 396 aa  50.8  0.00003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1985  chain length determinant domain-containing protein  21.36 
 
 		 405 aa  50.8  0.00003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3789  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27.83 
 
 		 407 aa  50.4  0.00004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0472  lipopolysaccharide biosynthesis protein  30.59 
 
 		 355 aa  50.4  0.00004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0419  chain length determinant protein  46.94 
 
 		 370 aa  50.4  0.00004  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.554474  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0370  lipopolysaccharide biosynthesis protein  20.17 
 
 		 334 aa  50.4  0.00004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4429  capsular exopolysaccharide family  39.39 
 
 		 747 aa  50.4  0.00004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1674  lipopolysaccharide biosynthesis  22.97 
 
 		 364 aa  50.1  0.00006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2183  lipopolysaccharide biosynthesis  20.64 
 
 		 409 aa  49.3  0.00008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.716445  hitchhiker  0.000227002 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0621  capsular exopolysaccharide family  44.23 
 
 		 726 aa  49.3  0.0001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.242447  normal  0.136345 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1298  tyrosine kinase  42.62 
 
 		 724 aa  48.9  0.0001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.661567  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0567  chain length determinant protein  20.45 
 
 		 405 aa  48.5  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0661  chain length determinant protein  20.45 
 
 		 405 aa  48.5  0.0002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1960  putative transport-related membrane protein  20.45 
 
 		 405 aa  48.5  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.954505  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1855  capsule polysaccharide export protein, putative  26.76 
 
 		 406 aa  47.8  0.0003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0722635  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00984  cryptic autophosphorylating protein tyrosine kinase Etk  27.41 
 
 		 726 aa  47.4  0.0003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.616626  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1217  cryptic autophosphorylating protein tyrosine kinase Etk  27.41 
 
 		 726 aa  47.4  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1090  cryptic autophosphorylating protein tyrosine kinase Etk  27.41 
 
 		 726 aa  47.4  0.0003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1346  lipopolysaccharide biosynthesis  28.38 
 
 		 401 aa  47.8  0.0003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000737646 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00991  hypothetical protein  27.41 
 
 		 726 aa  47.4  0.0003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.486912  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2615  cryptic autophosphorylating protein tyrosine kinase Etk  27.41 
 
 		 726 aa  47.4  0.0003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.662631  normal  0.0600868 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1097  cryptic autophosphorylating protein tyrosine kinase Etk  32.5 
 
 		 726 aa  47.4  0.0004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0653674  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2334  cryptic autophosphorylating protein tyrosine kinase Etk  32.5 
 
 		 726 aa  47.4  0.0004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0315  chain length determinant protein-like protein  40.82 
 
 		 347 aa  47  0.0004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2662  capsular exopolysaccharide family  32.5 
 
 		 726 aa  47.4  0.0004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.149577  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2674  tyrosine kinase  38.46 
 
 		 720 aa  46.6  0.0006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.314219 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22900  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.15 
 
 		 278 aa  46.2  0.0007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1977  capsular exopolysaccharide family  24.14 
 
 		 803 aa  46.2  0.0007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0664452 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1234  lipopolysaccharide biosynthesis  32.84 
 
 		 388 aa  45.8  0.001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.288153  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3012  lipopolysaccharide biosynthesis  23.24 
 
 		 797 aa  45.4  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01955  hypothetical protein  36.54 
 
 		 720 aa  45.8  0.001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2865  tyrosine kinase  36.17 
 
 		 723 aa  45.4  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2995  tyrosine kinase  36.54 
 
 		 720 aa  45.8  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00970433 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2353  tyrosine kinase  36.54 
 
 		 720 aa  45.8  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01966  protein-tyrosine kinase  36.54 
 
 		 720 aa  45.8  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1581  tyrosine kinase  36.54 
 
 		 720 aa  45.8  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1172  tyrosine kinase  36.54 
 
 		 720 aa  45.8  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1002  tyrosine kinase  36.54 
 
 		 720 aa  45.8  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1888  hypothetical protein  23.33 
 
 		 343 aa  44.7  0.002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.173823  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0628  ferric enterobactin transport protein FepE  35.94 
 
 		 378 aa  44.3  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0685  ferric enterobactin transport protein FepE  35.94 
 
 		 378 aa  44.3  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0747  ferric enterobactin transport protein FepE  35.94 
 
 		 378 aa  44.3  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4000  protein-tyrosine kinase  23.71 
 
 		 708 aa  43.9  0.003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.218918  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0642  ferric enterobactin transport protein FepE  35.94 
 
 		 378 aa  44.3  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.412553  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1597  capsular exopolysaccharide family  34.62 
 
 		 720 aa  44.3  0.003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.818894  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3276  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  38.78 
 
 		 736 aa  43.9  0.004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.205435  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0701  ferric enterobactin transport protein FepE  35.94 
 
 		 378 aa  43.9  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4053  exopolysaccharide transport protein family  29.73 
 
 		 740 aa  43.9  0.004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1257  ferric enterobactin transport protein FepE  32.94 
 
 		 383 aa  43.5  0.005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000394328  hitchhiker  0.0000000226828 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3321  lipopolysaccharide biosynthesis  21.56 
 
 		 772 aa  43.1  0.006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.134805 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3948  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27.62 
 
 		 365 aa  43.1  0.006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.174367 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1115  capsular exopolysaccharide family  32.41 
 
 		 730 aa  43.1  0.007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.335686  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3036  ferric enterobactin transport protein FepE  35.21 
 
 		 383 aa  43.1  0.007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.177075  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2893  non-specific protein-tyrosine kinase  28.28 
 
 		 727 aa  43.1  0.007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.22224  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3177  ferric enterobactin transport protein FepE  35.21 
 
 		 383 aa  43.1  0.007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3844  lipopolysaccharide biosynthesis  38.24 
 
 		 740 aa  42.7  0.009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0608  ferric enterobactin transport protein FepE  21.98 
 
 		 377 aa  42.7  0.01  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>