More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_1313 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009665  Shew185_2905  amino acid/peptide transporter  80.64 
 
 
500 aa  823  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  3.47826e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1393  amino acid/peptide transporter  80.44 
 
 
501 aa  824  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.825614  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1468  amino acid/peptide transporter  85.43 
 
 
501 aa  873  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00129299  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1357  amino acid/peptide transporter  86.09 
 
 
489 aa  860  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  3.17071e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3037  amino acid/peptide transporter  85.43 
 
 
501 aa  874  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  1.64206e-06  normal  0.191533 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2895  amino acid/peptide transporter  85.23 
 
 
501 aa  874  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  5.44318e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1380  amino acid/peptide transporter  100 
 
 
489 aa  984  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00016017  normal  0.180173 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1313  amino acid/peptide transporter  100 
 
 
489 aa  984  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  6.07679e-08  normal  0.565693 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1649  amino acid/peptide transporter  90.61 
 
 
490 aa  893  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  5.1541e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3034  alkaline phosphatase  89.21 
 
 
491 aa  884  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.513893  hitchhiker  0.00921345 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1373  amino acid/peptide transporter  98.57 
 
 
489 aa  977  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  3.02128e-07  hitchhiker  7.91426e-06 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1397  amino acid/peptide transporter  92.02 
 
 
489 aa  874  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000128075  normal  0.33376 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2266  amino acid/peptide transporter  91.98 
 
 
490 aa  897  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  2.91592e-07  hitchhiker  0.00874925 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2545  amino acid/peptide transporter  82.44 
 
 
501 aa  833  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01330  hypothetical protein  63.69 
 
 
462 aa  591  1e-168  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004134  di-/tripeptide transporter  63.34 
 
 
462 aa  585  1e-166  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0825  di-/tripeptide transporter  62.66 
 
 
451 aa  584  1e-165  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3647  peptide/proton symporter family protein  54.66 
 
 
479 aa  527  1e-148  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3194.1  peptide transporter  79.38 
 
 
324 aa  523  1e-147  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0669  proton/peptide symporter family protein  43.87 
 
 
461 aa  373  1e-102  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.3578e-43 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0744  proton/peptide symporter family protein  43.61 
 
 
461 aa  374  1e-102  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.87987e-11 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0721  proton/peptide symporter family protein  43.4 
 
 
461 aa  373  1e-102  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  8.79332e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0655  proton/peptide symporter family protein  43.4 
 
 
461 aa  372  1e-101  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  3.9773e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0600  peptide symporter family protein  43.19 
 
 
461 aa  370  1e-101  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  8.22499e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0689  proton/peptide symporter family protein  43.4 
 
 
461 aa  372  1e-101  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  1.79263e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0599  peptide symporter family protein  43.4 
 
 
461 aa  372  1e-101  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  2.79304e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0604  amino acid/peptide transporter  43.19 
 
 
461 aa  369  1e-101  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  1.92962e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0757  proton/peptide symporter family protein  42.98 
 
 
461 aa  370  1e-101  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  3.69558e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0531  amino acid/peptide transporter  44.09 
 
 
463 aa  369  1e-101  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0236293  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0682  proton/peptide symporter family protein  46.15 
 
 
461 aa  368  1e-100  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00298567  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0817  proton/peptide symporter family protein  42.77 
 
 
461 aa  368  1e-100  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  1.67379e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0651  proton/peptide symporter family protein  46.15 
 
 
461 aa  366  1e-100  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  9.84184e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4615  proton/peptide symporter family protein  42.77 
 
 
461 aa  369  1e-100  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  7.40471e-06  normal  0.0901188 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0457  hypothetical protein  45.65 
 
 
446 aa  365  1e-99  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0463  hypothetical protein  45.65 
 
 
446 aa  365  1e-99  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0614  proton/peptide symporter family protein  47.03 
 
 
452 aa  356  5e-97  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  3.52854e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0580  proton/peptide symporter family protein  47.03 
 
 
452 aa  356  5e-97  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00403619  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0523  amino acid/peptide transporter  45.6 
 
 
463 aa  353  3e-96  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0562889  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0524  POT family peptide transport protein  42.32 
 
 
449 aa  351  2e-95  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  2.21919e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0524  POT family peptide transport protein  42.32 
 
 
449 aa  351  2e-95  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  2.99815e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4686  peptide transport protein, POT family  42.76 
 
 
449 aa  351  2e-95  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  1.38038e-07  hitchhiker  8.70422e-24 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0528  amino acid/peptide transporter  42.32 
 
 
449 aa  350  4e-95  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000146171  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1927  amino acid/peptide transporter  46.22 
 
 
464 aa  347  4e-94  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1058  amino acid/peptide transporter  44.75 
 
 
467 aa  345  1e-93  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0183593  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1845  amino acid/peptide transporter  47.03 
 
 
504 aa  344  2e-93  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.241988 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0834  amino acid/peptide transporter  44.15 
 
 
432 aa  340  5e-92  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.655453  normal  0.033682 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0742  proton/peptide symporter family protein  45.8 
 
 
395 aa  339  7e-92  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  1.14111e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0510  permease  45.6 
 
 
463 aa  338  9e-92  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1505  amino acid/peptide transporter  42.42 
 
 
444 aa  333  5e-90  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000267924 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0920  amino acid/peptide transporter  45.15 
 
 
436 aa  332  1e-89  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  3.08736e-09  unclonable  5.10372e-19 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3195  peptide transporter  97.14 
 
 
176 aa  323  4e-87  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0955  amino acid/peptide transporter  37.13 
 
 
510 aa  308  2e-82  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.334898  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3596  amino acid/peptide transporter  37.28 
 
 
501 aa  306  6e-82  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.161382  normal  0.0248648 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1074  di-tripeptide ABC transporter membrane protein  38 
 
 
510 aa  305  1e-81  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3744  amino acid/peptide transporter  36.95 
 
 
499 aa  295  1e-78  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.971567 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0922  amino acid/peptide transporter  37.58 
 
 
477 aa  290  5e-77  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  3.22625e-05  unclonable  8.27442e-19 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0954  amino acid/peptide transporter  36.79 
 
 
527 aa  289  8e-77  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.935259  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3244  amino acid/peptide transporter  35.69 
 
 
495 aa  287  3e-76  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.950565  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0834  amino acid/peptide transporter  36.06 
 
 
499 aa  286  8e-76  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  hitchhiker  4.22142e-07 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04219  di-tripeptide transporter  36.82 
 
 
502 aa  283  4e-75  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.189754  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0823  amino acid/peptide transporter  35.95 
 
 
517 aa  283  5e-75  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0093  di-tripeptide ABC transporter  36.63 
 
 
497 aa  281  3e-74  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.569603  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3773  amino acid/peptide transporter  38.9 
 
 
471 aa  279  7e-74  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1737  amino acid/peptide transporter  34.65 
 
 
497 aa  277  2e-73  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.824621  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2849  amino acid/peptide transporter  39.47 
 
 
498 aa  275  1e-72  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2925  amino acid/peptide transporter  35.41 
 
 
528 aa  274  3e-72  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.69108  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1344  di-/tripeptide transporter  34.72 
 
 
507 aa  272  8e-72  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.938084  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2868  amino acid/peptide transporter  34.98 
 
 
495 aa  269  8e-71  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00750801  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4484  amino acid/peptide transporter  36.86 
 
 
516 aa  265  1e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0470977  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3942  amino acid/peptide transporter  36.82 
 
 
496 aa  265  2e-69  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0547773  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0767  amino acid/peptide transporter  33.83 
 
 
501 aa  261  2e-68  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2274  amino acid/peptide transporter  35.95 
 
 
520 aa  261  2e-68  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000484906 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1420  amino acid/peptide transporter  38.57 
 
 
558 aa  261  2e-68  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0750  amino acid/peptide transporter  33.83 
 
 
501 aa  261  2e-68  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.603499  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0392  di-tripeptide transporter, putative  34.89 
 
 
501 aa  259  8e-68  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3303  amino acid/peptide transporter  36.4 
 
 
516 aa  259  8e-68  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1105  alkaline phosphatase  36.59 
 
 
544 aa  254  2e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.377732 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1555  proton dependent peptide transporter  34.31 
 
 
512 aa  253  6e-66  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1664  amino acid/peptide transporter  34.31 
 
 
512 aa  253  6e-66  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.182008  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2335  amino acid/peptide transporter  35.48 
 
 
524 aa  251  3e-65  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0988959  normal  0.193339 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03062  putative proton-dependent peptide transporter  34.72 
 
 
483 aa  251  3e-65  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000506345  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5954  hypothetical protein  35.25 
 
 
509 aa  249  9e-65  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0911535  normal  0.0715474 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3369  proton/peptide symporter family protein  34.07 
 
 
544 aa  242  1e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.31641  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04805  proton/peptide symporter family protein  39.9 
 
 
533 aa  241  3e-62  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0734  di-/tripeptide transporter  35.13 
 
 
497 aa  241  3e-62  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0279102  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1444  proton/peptide symporter family protein  34.23 
 
 
490 aa  240  3e-62  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000293034  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0984  dipeptide/tripeptide permease  31.87 
 
 
483 aa  232  9e-60  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.00152732  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2556  amino acid/peptide transporter  32.19 
 
 
484 aa  231  2e-59  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.109155  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0277  amino acid/peptide transporter  31.96 
 
 
499 aa  230  3e-59  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  2.59644e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0521  dipeptide/tripeptide permease  32.18 
 
 
498 aa  228  2e-58  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  1.67951e-10  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0757  di-/tripeptide transporter  33.06 
 
 
517 aa  228  2e-58  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.548363  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1345  di-/tripeptide transporter  33.13 
 
 
516 aa  224  3e-57  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2904  amino acid/peptide transporter  31.08 
 
 
497 aa  222  1e-56  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00155043 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1710  putative tripeptide transporter permease  32.02 
 
 
500 aa  221  2e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0064967  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1844  putative tripeptide transporter permease  31.4 
 
 
500 aa  219  6e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  3.45542e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1824  putative tripeptide transporter permease  31.4 
 
 
500 aa  219  6e-56  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2006  amino acid/peptide transporter  31.4 
 
 
500 aa  219  8e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0749107  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01594  hypothetical protein  31.4 
 
 
500 aa  219  8e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00471162  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1565  putative tripeptide transporter permease  31.4 
 
 
500 aa  219  8e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01604  putative tripeptide transporter permease  31.4 
 
 
500 aa  219  8e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00542523  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>