More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_1233 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_3294  exodeoxyribonuclease VII large subunit  91.44 
 
 
445 aa  842    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1312  exodeoxyribonuclease VII large subunit  71.46 
 
 
445 aa  678    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2647  exodeoxyribonuclease VII large subunit  89.41 
 
 
466 aa  827    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1378  exodeoxyribonuclease VII large subunit  89.19 
 
 
448 aa  824    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.904255 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2985  exodeoxyribonuclease VII large subunit  89.19 
 
 
448 aa  821    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.274759  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1268  exodeoxyribonuclease VII large subunit  72.07 
 
 
446 aa  678    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000016399  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3000  exodeoxyribonuclease VII large subunit  89.41 
 
 
448 aa  824    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1558  exodeoxyribonuclease VII large subunit  71.66 
 
 
442 aa  671    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0686099  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1233  exodeoxyribonuclease VII large subunit  100 
 
 
448 aa  919    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1304  exodeoxyribonuclease VII large subunit  98.21 
 
 
448 aa  908    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.566056  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1136  exodeoxyribonuclease VII large subunit  73.48 
 
 
450 aa  678    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000110023  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3125  exodeoxyribonuclease VII large subunit  72.79 
 
 
442 aa  675    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0284972  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3143  exodeoxyribonuclease VII large subunit  89.19 
 
 
448 aa  822    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.246096 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1234  exodeoxyribonuclease VII large subunit  98.21 
 
 
448 aa  907    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.181169  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1296  exodeoxyribonuclease VII large subunit  74.15 
 
 
442 aa  681    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0430502  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2360  exodeoxyribonuclease VII large subunit  66.89 
 
 
447 aa  610  1e-173  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.203365  normal  0.598645 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004342  exodeoxyribonuclease VII large subunit  55.17 
 
 
443 aa  478  1e-134  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01075  exodeoxyribonuclease VII large subunit  54.57 
 
 
443 aa  477  1e-133  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1126  exodeoxyribonuclease VII large subunit  51.35 
 
 
461 aa  468  9.999999999999999e-131  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000645996  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0294  exodeoxyribonuclease VII large subunit  52.64 
 
 
446 aa  466  9.999999999999999e-131  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2730  exodeoxyribonuclease VII large subunit  52.37 
 
 
465 aa  455  1e-127  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.00000422836  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0736  exodeoxyribonuclease VII large subunit  52.07 
 
 
444 aa  453  1.0000000000000001e-126  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1267  exodeoxyribonuclease VII large subunit  51.13 
 
 
464 aa  448  1e-125  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000176036  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3597  exodeoxyribonuclease VII large subunit  50.57 
 
 
458 aa  446  1.0000000000000001e-124  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.00000000130865  normal  0.463212 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3005  exodeoxyribonuclease VII large subunit  51.25 
 
 
462 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000184236  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2658  exodeoxyribonuclease VII large subunit  49.54 
 
 
455 aa  444  1e-123  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000423152  normal  0.673985 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3000  exodeoxyribonuclease VII large subunit  49.2 
 
 
457 aa  442  1e-123  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00000210085  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2746  exodeoxyribonuclease VII large subunit  47.95 
 
 
449 aa  436  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.00000699903  normal  0.210011 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2951  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  50.56 
 
 
447 aa  437  1e-121  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.19698  normal  0.152138 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02974  exonuclease VII, large subunit  51.14 
 
 
450 aa  437  1e-121  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.143789  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2661  exodeoxyribonuclease VII large subunit  47.95 
 
 
449 aa  436  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.000000000015005  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2877  exodeoxyribonuclease VII large subunit  47.73 
 
 
449 aa  434  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.000174489  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2705  exodeoxyribonuclease VII large subunit  47.73 
 
 
449 aa  434  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000963372  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2768  exodeoxyribonuclease VII large subunit  47.73 
 
 
449 aa  433  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.000315473  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02401  exodeoxyribonuclease VII large subunit  48.97 
 
 
456 aa  430  1e-119  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000149221  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1159  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  48.97 
 
 
456 aa  430  1e-119  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000102008  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4244  exodeoxyribonuclease VII large subunit  49.43 
 
 
444 aa  431  1e-119  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02363  hypothetical protein  48.97 
 
 
456 aa  430  1e-119  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000142965  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1168  exodeoxyribonuclease VII large subunit  48.97 
 
 
456 aa  429  1e-119  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00000633307  normal  0.0126087 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2660  exodeoxyribonuclease VII large subunit  48.97 
 
 
456 aa  429  1e-119  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.87444e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2885  exodeoxyribonuclease VII large subunit  49.2 
 
 
456 aa  431  1e-119  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.0000000000000248025  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1301  exodeoxyribonuclease VII large subunit  50.68 
 
 
459 aa  419  1e-116  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.00000000114365  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1193  exodeoxyribonuclease VII large subunit  50.68 
 
 
458 aa  420  1e-116  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  7.10806e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3734  exodeoxyribonuclease VII large subunit  49.2 
 
 
456 aa  420  1e-116  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000326312  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3121  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  50.45 
 
 
444 aa  419  1e-116  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.698852  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0410  exodeoxyribonuclease VII large subunit  50.68 
 
 
459 aa  418  1e-116  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.000000000134785  hitchhiker  0.000369784 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1216  exodeoxyribonuclease VII large subunit  48.51 
 
 
448 aa  410  1e-113  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0401789  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1729  exodeoxyribonuclease VII large subunit  46.92 
 
 
451 aa  403  1e-111  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.038914  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1683  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  46.14 
 
 
458 aa  384  1e-105  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.763853  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0693  exodeoxyribonuclease VII large subunit  46.53 
 
 
458 aa  382  1e-105  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.183752  normal  0.0687889 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4197  exodeoxyribonuclease VII large subunit  46.7 
 
 
463 aa  380  1e-104  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.822853  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2406  exodeoxyribonuclease VII large subunit  47.18 
 
 
475 aa  375  1e-103  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000113939  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1458  exodeoxyribonuclease VII large subunit  47.02 
 
 
454 aa  373  1e-102  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39770  exodeoxyribonuclease VII large subunit  46.79 
 
 
456 aa  370  1e-101  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.979844  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1446  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  45.29 
 
 
463 aa  371  1e-101  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1259  exodeoxyribonuclease VII large subunit  45.06 
 
 
463 aa  369  1e-101  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1027  exodeoxyribonuclease VII large subunit  46.31 
 
 
459 aa  367  1e-100  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.444658  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0612  exodeoxyribonuclease VII  47.22 
 
 
452 aa  365  1e-100  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000716955  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1034  Exodeoxyribonuclease VII  46.65 
 
 
447 aa  367  1e-100  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1025  exodeoxyribonuclease VII large subunit  46.08 
 
 
463 aa  365  1e-100  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3490  exodeoxyribonuclease VII large subunit  46.22 
 
 
476 aa  365  1e-99  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.655561  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1067  exodeoxyribonuclease VII large subunit  45.85 
 
 
463 aa  363  3e-99  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4592  exodeoxyribonuclease VII large subunit  44.7 
 
 
459 aa  362  8e-99  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1818  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  43.71 
 
 
467 aa  355  7.999999999999999e-97  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1339  exodeoxyribonuclease VII large subunit  45.75 
 
 
462 aa  354  2e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.690144  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15230  exodeoxyribonuclease VII large subunit  45.52 
 
 
459 aa  349  5e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.173867  hitchhiker  0.000000000874033 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3028  exodeoxyribonuclease VII large subunit  43.52 
 
 
458 aa  345  1e-93  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00415  exodeoxyribonuclease VII large subunit  43.94 
 
 
445 aa  345  1e-93  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.391794  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4149  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  41.04 
 
 
446 aa  345  1e-93  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.0000027114  normal  0.773576 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1255  exodeoxyribonuclease VII large subunit  43.08 
 
 
458 aa  342  7e-93  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000215567  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1327  exodeoxyribonuclease VII large subunit  43.08 
 
 
414 aa  340  2.9999999999999998e-92  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.180784  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1848  exodeoxyribonuclease VII large subunit  40.13 
 
 
453 aa  338  9.999999999999999e-92  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000692777  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0718  exodeoxyribonuclease VII large subunit  42.79 
 
 
448 aa  336  3.9999999999999995e-91  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1386  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  42.41 
 
 
414 aa  336  5e-91  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4290  exodeoxyribonuclease VII large subunit  40.32 
 
 
452 aa  328  9e-89  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.507724  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0944  exodeoxyribonuclease VII large subunit  40.32 
 
 
452 aa  328  9e-89  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.43043  hitchhiker  0.000327864 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4084  exodeoxyribonuclease VII large subunit  40.09 
 
 
452 aa  328  1.0000000000000001e-88  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.796094  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3922  exodeoxyribonuclease VII large subunit  40.09 
 
 
452 aa  328  1.0000000000000001e-88  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0384993  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3933  exodeoxyribonuclease VII large subunit  40.09 
 
 
452 aa  328  1.0000000000000001e-88  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.452158  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4404  exodeoxyribonuclease VII large subunit  40.09 
 
 
452 aa  328  1.0000000000000001e-88  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0732423  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4200  exodeoxyribonuclease VII large subunit  40.09 
 
 
452 aa  328  1.0000000000000001e-88  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.09756e-21 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4032  exodeoxyribonuclease VII large subunit  39.86 
 
 
452 aa  327  2.0000000000000001e-88  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.156439  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1665  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  42.83 
 
 
448 aa  327  2.0000000000000001e-88  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.156088  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0857  exodeoxyribonuclease VII large subunit  41.57 
 
 
443 aa  326  7e-88  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1890  exodeoxyribonuclease VII large subunit  41.55 
 
 
446 aa  325  9e-88  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000101941  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4253  exodeoxyribonuclease VII large subunit  39.86 
 
 
452 aa  325  1e-87  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0297469  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0888  exodeoxyribonuclease VII large subunit  41.18 
 
 
443 aa  325  1e-87  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4310  exodeoxyribonuclease VII large subunit  39.86 
 
 
452 aa  325  1e-87  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00178952  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0279  exodeoxyribonuclease VII large subunit  38.18 
 
 
455 aa  323  3e-87  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.86893  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1767  exodeoxyribonuclease VII large subunit  40.41 
 
 
447 aa  323  5e-87  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00135793  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2759  exodeoxyribonuclease VII large subunit  41.08 
 
 
443 aa  320  3e-86  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.340088  normal  0.610939 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3218  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  40.13 
 
 
457 aa  319  7e-86  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2085  exodeoxyribonuclease VII large subunit  41.5 
 
 
465 aa  313  2.9999999999999996e-84  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2323  exodeoxyribonuclease VII large subunit  38.48 
 
 
453 aa  313  3.9999999999999997e-84  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000207972  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2006  exodeoxyribonuclease VII large subunit  41.5 
 
 
444 aa  312  9e-84  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2873  exodeoxyribonuclease VII large subunit  38.27 
 
 
451 aa  311  1e-83  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0504713  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1415  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  41.03 
 
 
494 aa  310  2.9999999999999997e-83  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0998332  normal  0.187038 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06490  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  38.34 
 
 
405 aa  306  4.0000000000000004e-82  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000332629  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0248  exodeoxyribonuclease VII large subunit  38.57 
 
 
448 aa  306  7e-82  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1915  exodeoxyribonuclease VII large subunit  39.11 
 
 
454 aa  305  1.0000000000000001e-81  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000169842  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>