More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_1222 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_1222  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
297 aa  599  1e-170  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.907683  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1223  LysR family transcriptional regulator  98.65 
 
 
320 aa  593  1e-168  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1293  LysR family transcriptional regulator  98.32 
 
 
297 aa  590  1e-167  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.585298  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3318  LysR family transcriptional regulator  93.6 
 
 
297 aa  563  1e-160  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2658  LysR family transcriptional regulator  89.23 
 
 
297 aa  536  1e-151  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1367  transcriptional regulator, LysR family  85.86 
 
 
297 aa  517  1e-146  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.780274  hitchhiker  0.00766256 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3011  LysR family transcriptional regulator  86.53 
 
 
297 aa  520  1e-146  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2996  LysR family transcriptional regulator  85.52 
 
 
297 aa  518  1e-146  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3154  LysR family transcriptional regulator  85.86 
 
 
297 aa  515  1e-145  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0073956 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1675  LysR family transcriptional regulator  56.76 
 
 
300 aa  332  4e-90  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.297229  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3537  LysR family transcriptional regulator  55.93 
 
 
306 aa  330  2e-89  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0653502 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0207  transcriptional regulator, LysR family protein  52.92 
 
 
297 aa  325  4e-88  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1388  LysR family transcriptional regulator  56.61 
 
 
297 aa  325  8e-88  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.837907  normal  0.0605197 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2566  transcriptional regulator, LysR family protein  50.85 
 
 
297 aa  310  2e-83  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.169801  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1769  LysR family transcriptional regulator  47.08 
 
 
299 aa  263  3e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2269  LysR family transcriptional regulator  45.64 
 
 
300 aa  254  1e-66  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1835  LysR family transcriptional regulator  45.99 
 
 
300 aa  243  3e-63  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0852  LysR family transcriptional regulator  43.99 
 
 
306 aa  238  8e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0564501  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0552  LysR family transcriptional regulator  42.01 
 
 
303 aa  237  2e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.268778 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4973  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 
312 aa  226  4e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00010332  normal  0.633614 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1503  transcriptional regulator, LysR family  44.09 
 
 
306 aa  225  7e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0885147  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01904  hypothetical protein  40.7 
 
 
309 aa  223  3e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.444507  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01918  predicted DNA-binding transcriptional regulator  40.7 
 
 
309 aa  223  3e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.577058  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0901  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 
335 aa  221  1e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.273357  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2580  LysR family transcriptional regulator  43.06 
 
 
342 aa  221  1e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.64734 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2949  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 
309 aa  220  2e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.666822  hitchhiker  4.77709e-10 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2153  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 
309 aa  220  3e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1044  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 
309 aa  220  3e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.141419 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2209  transcriptional regulator transcription regulator protein  43.36 
 
 
300 aa  220  3e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.852985  normal  0.255336 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0757  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 
300 aa  219  4e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.827898 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5712  LysR family transcriptional regulator  40.77 
 
 
306 aa  219  6e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.462122 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2407  transcriptional regulator, LysR family  42.31 
 
 
300 aa  217  1e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4888  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 
306 aa  218  1e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.842782  hitchhiker  5.97964e-07 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7036  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 
302 aa  217  2e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.753996  normal  0.202987 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2306  LysR family transcriptional regulator  39.65 
 
 
309 aa  216  2e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.666046  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1625  LysR family transcriptional regulator  39.65 
 
 
309 aa  216  2e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.27656 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2013  transcriptional regulator, LysR family  42.31 
 
 
300 aa  217  2e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.706751  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1642  transcriptional regulator, LysR family  39.65 
 
 
316 aa  217  2e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0837368  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1217  transcriptional regulator, LysR family  39.65 
 
 
309 aa  216  2e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.50196  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4371  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 
306 aa  216  3e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.120427  normal  0.0114569 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6369  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 
302 aa  216  4e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1459  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 
302 aa  216  4e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2375  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 
306 aa  216  5e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.624275  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2629  LysR family transcriptional regulator  40.35 
 
 
309 aa  215  6e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0897024  normal  0.716838 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00136  transcriptional regulator  43.11 
 
 
314 aa  215  8e-55  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0939848  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6122  transcriptional regulator, LysR family  40.42 
 
 
359 aa  213  2e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5474  transcriptional regulator, LysR family  40.21 
 
 
302 aa  212  8e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.361907  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2406  LysR substrate binding domain-containing protein  38.95 
 
 
304 aa  211  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.668519  normal  0.0417714 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2294  LysR substrate binding domain-containing protein  38.95 
 
 
304 aa  211  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0349652 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2193  LysR substrate binding domain protein  38.95 
 
 
304 aa  211  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.453125  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2247  LysR substrate binding domain protein  38.95 
 
 
304 aa  211  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.160886  normal  0.244849 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5812  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 
302 aa  210  2e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.394289  normal  0.69254 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2296  LysR substrate binding domain protein  38.6 
 
 
304 aa  211  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0629525 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6436  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 
320 aa  209  4e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5596  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 
302 aa  209  7e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.21872  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3247  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  37.93 
 
 
301 aa  207  3e-52  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7006  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 
302 aa  206  4e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00245056 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5934  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 
320 aa  205  6e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5569  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 
320 aa  205  6e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.21388  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6340  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 
302 aa  205  7e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1489  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 
302 aa  205  7e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2013  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.42 
 
 
300 aa  203  3e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  4.22246e-08  normal  0.025363 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2472  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.67 
 
 
300 aa  201  1e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  2.0853e-05  hitchhiker  0.00151008 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2112  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.11 
 
 
300 aa  199  4e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000406165  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4168  MarR family transcriptional regulator  39.24 
 
 
305 aa  198  9e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0180003  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1739  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 
305 aa  196  4e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.133946  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3695  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 
305 aa  195  7e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.12971  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3009  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 
307 aa  193  3e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1432  transcriptional regulator, MarR family  36.43 
 
 
307 aa  192  5e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.830157 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2312  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.78 
 
 
300 aa  192  5e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0007989  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2137  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.11 
 
 
300 aa  192  5e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00543742  normal  0.0202004 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4099  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 
325 aa  192  6e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.296149  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2000  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.59 
 
 
329 aa  192  6e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  1.54279e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1856  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.04 
 
 
310 aa  192  7e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  4.98178e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2167  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.78 
 
 
300 aa  192  7e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  2.80359e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2202  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.78 
 
 
300 aa  192  7e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  6.14587e-07  normal  0.242008 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1872  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.04 
 
 
310 aa  192  7e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  1.44024e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2371  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.04 
 
 
310 aa  192  7e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  1.54931e-08  normal  0.139857 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1539  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.04 
 
 
310 aa  192  7e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0989364  normal  0.0522368 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2204  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.78 
 
 
300 aa  192  7e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  5.82492e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1970  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.04 
 
 
310 aa  192  7e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  9.77256e-05 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1981  transcriptional regulator, LysR family  36.04 
 
 
310 aa  192  7e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0211001  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01619  hypothetical protein  36.04 
 
 
310 aa  191  1e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1739  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.04 
 
 
310 aa  191  1e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  9.07553e-21  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01630  predicted DNA-binding transcriptional regulator  36.04 
 
 
310 aa  191  1e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3997  transcriptional regulator, MarR family  36.08 
 
 
308 aa  191  1e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.686656 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4110  transcriptional regulator, MarR family  36.08 
 
 
308 aa  191  1e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.180794 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3250  MarR family transcriptional regulator  38.54 
 
 
305 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.99864  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4267  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 
305 aa  189  4e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.287329  normal  0.303303 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1805  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.33 
 
 
300 aa  189  4e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.524911  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2061  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.56 
 
 
303 aa  189  6e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0159337  hitchhiker  3.7985e-05 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2002  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.56 
 
 
303 aa  189  6e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0975568  hitchhiker  0.000333311 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1907  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 
312 aa  188  9e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.683551  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1974  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.44 
 
 
303 aa  188  9e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00037862  normal  0.59258 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1788  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.28 
 
 
303 aa  187  3e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.339561  normal  0.0111658 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2902  LysR family transcriptional regulator  38.52 
 
 
319 aa  186  3e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.374405  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1754  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.98 
 
 
310 aa  185  8e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000500899  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2573  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.98 
 
 
310 aa  185  8e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.922833  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1860  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.98 
 
 
310 aa  185  8e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.178979  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2374  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.22 
 
 
300 aa  184  1e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>