186 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_1212 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_3333  transporter, putative  90.48 
 
 		 481 aa  877    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1212  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 497 aa  1025    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1283  extracellular solute-binding protein  96.18 
 
 		 497 aa  991    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1213  extracellular solute-binding protein  91.75 
 
 		 497 aa  952    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1357  extracellular solute-binding protein family 1  82.94 
 
 		 467 aa  820    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000953949 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3006  extracellular solute-binding protein  82.29 
 
 		 467 aa  817    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3164  extracellular solute-binding protein  82.51 
 
 		 467 aa  818    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.625995  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2670  extracellular solute-binding protein  79.46 
 
 		 482 aa  805    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00030492  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3021  extracellular solute-binding protein  80.71 
 
 		 487 aa  832    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1420  extracellular solute-binding protein  64.11 
 
 		 478 aa  622  1e-177  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.30312  normal  0.358597 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1533  extracellular solute-binding protein  61.76 
 
 		 478 aa  624  1e-177  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.219593 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2375  transporter, putative  62.58 
 
 		 479 aa  605  9.999999999999999e-173  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.229304 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2456  extracellular solute-binding protein  32.48 
 
 		 451 aa  206  9e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.674954  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1262  extracellular solute-binding protein  25.68 
 
 		 424 aa  95.5  2e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00529057  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4125  extracellular solute-binding protein  24.57 
 
 		 408 aa  90.5  6e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0487  extracellular solute-binding protein family 1  23.32 
 
 		 433 aa  85.9  0.000000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3055  extracellular solute-binding protein family 1  27.5 
 
 		 449 aa  85.9  0.000000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1743  extracellular solute-binding protein family 1  26.98 
 
 		 447 aa  85.1  0.000000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1390  extracellular solute-binding protein  26.01 
 
 		 444 aa  82  0.00000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00129811  normal  0.103249 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0305  extracellular solute-binding protein  21.87 
 
 		 428 aa  82  0.00000000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.937006  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0258  extracellular solute-binding protein family 1  24.4 
 
 		 477 aa  81.3  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0287  extracellular solute-binding protein family 1  24.8 
 
 		 477 aa  80.5  0.00000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.635572  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2051  extracellular solute-binding protein family 1  23.39 
 
 		 536 aa  77.8  0.0000000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3584  hypothetical protein  24.75 
 
 		 484 aa  75.9  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.638591  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2459  extracellular solute-binding protein  25.13 
 
 		 443 aa  73.6  0.000000000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.924766  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2420  extracellular solute-binding protein  24.87 
 
 		 443 aa  72.4  0.00000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.783182  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4707  extracellular solute-binding protein family 1  29.1 
 
 		 419 aa  72.4  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2465  extracellular solute-binding protein  24.87 
 
 		 443 aa  72.4  0.00000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.270585  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5744  extracellular solute-binding protein family 1  28.57 
 
 		 419 aa  72.4  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.593109 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2426  extracellular solute-binding protein family 1  26.79 
 
 		 441 aa  69.7  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.741734 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3495  extracellular solute-binding protein, family 1  23.04 
 
 		 487 aa  70.1  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.413396  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5858  extracellular solute-binding protein  23.77 
 
 		 435 aa  68.6  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.437643  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2696  extracellular solute-binding protein  23.88 
 
 		 498 aa  67.8  0.0000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1886  extracellular solute-binding protein family 1  26.3 
 
 		 435 aa  67  0.0000000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.23125 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4989  extracellular solute-binding protein family 1  24.3 
 
 		 436 aa  66.6  0.0000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.192631  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2610  extracellular solute-binding protein  24.1 
 
 		 477 aa  66.2  0.000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3683  extracellular solute-binding protein  23.86 
 
 		 432 aa  66.2  0.000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0309  extracellular solute-binding protein  24.29 
 
 		 438 aa  66.6  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.242924  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0547  ABC-type sugar / sn-glycerol 3-phosphate transport protein  24.29 
 
 		 447 aa  64.3  0.000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0228  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  22.99 
 
 		 439 aa  64.3  0.000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0235  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  22.99 
 
 		 439 aa  63.2  0.000000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.61248  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7049  extracellular solute-binding protein  28.65 
 
 		 439 aa  62.8  0.00000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0982583  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2090  extracellular solute-binding protein family 1  24.04 
 
 		 423 aa  62.4  0.00000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000307561  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0397  extracellular solute-binding protein  21.52 
 
 		 428 aa  62.4  0.00000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3246  extracellular solute-binding protein family 1  24.21 
 
 		 440 aa  62  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00178427  normal  0.716937 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4979  extracellular solute-binding protein  23.51 
 
 		 439 aa  62  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.336131  normal  0.060129 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3399  extracellular solute-binding protein  23.84 
 
 		 440 aa  61.6  0.00000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0250918  normal  0.750741 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0459  extracellular solute-binding protein  28.81 
 
 		 436 aa  62  0.00000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.420805  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2821  extracellular solute-binding protein  23.79 
 
 		 428 aa  61.2  0.00000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.858803  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3339  Maltose-binding periplasmic protein/domains- like protein  26.65 
 
 		 431 aa  60.5  0.00000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.202326 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0671  extracellular solute-binding protein  22.62 
 
 		 436 aa  60.1  0.00000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.687145  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2278  extracellular solute-binding protein  23.3 
 
 		 448 aa  60.1  0.00000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2753  extracellular solute-binding protein family 1  22.93 
 
 		 410 aa  60.1  0.00000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.501272  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0720  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  23.27 
 
 		 440 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000000241977  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0490  extracellular solute-binding protein  23.21 
 
 		 440 aa  58.5  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000283806  hitchhiker  0.00214005 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3005  extracellular solute-binding protein  23.7 
 
 		 386 aa  58.5  0.0000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0509574  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2624  extracellular solute-binding protein  22 
 
 		 444 aa  58.2  0.0000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0646  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  24.32 
 
 		 326 aa  58.5  0.0000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0353327  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2058  extracellular solute-binding protein family 1  25.62 
 
 		 435 aa  57.4  0.0000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.617385 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5926  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  24.92 
 
 		 441 aa  57.4  0.0000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.517551  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2643  extracellular solute-binding protein  24.92 
 
 		 441 aa  57.4  0.0000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0222782  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2511  extracellular solute-binding protein  24.92 
 
 		 441 aa  57.4  0.0000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0464819  normal  0.359234 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0702  extracellular solute-binding protein  24.26 
 
 		 440 aa  57  0.0000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.812706  normal  0.378032 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0695  mannitol ABC transporter, periplasmic mannitol-binding protein  24.59 
 
 		 441 aa  57  0.0000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2619  extracellular solute-binding protein  24.92 
 
 		 441 aa  57  0.0000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.925096  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1985  extracellular solute-binding protein  24.92 
 
 		 441 aa  57  0.0000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0378619  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2595  extracellular solute-binding protein  24.92 
 
 		 441 aa  57  0.0000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.13364  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3775  extracellular solute-binding protein  21.57 
 
 		 441 aa  56.2  0.000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.577316  normal  0.394592 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4845  extracellular solute-binding protein  24.81 
 
 		 434 aa  55.5  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.834917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2064  extracellular solute-binding protein  21.92 
 
 		 449 aa  55.8  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0548204 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0870  extracellular solute-binding protein family 1  23.83 
 
 		 419 aa  55.1  0.000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.649209  normal  0.121264 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0333  maltose/mannitol ABC transporter, periplasmic maltose/mannitol-binding protein, putative  24.6 
 
 		 442 aa  55.1  0.000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00410857  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1034  extracellular solute-binding protein  24.6 
 
 		 442 aa  55.1  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2901  extracellular solute-binding protein family 1  25.17 
 
 		 425 aa  55.1  0.000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0631  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  24.6 
 
 		 442 aa  55.1  0.000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2465  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  24.6 
 
 		 442 aa  55.1  0.000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0872  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  24.6 
 
 		 442 aa  55.1  0.000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0876  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  24.6 
 
 		 442 aa  55.1  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0755942  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0079  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  24.6 
 
 		 442 aa  55.1  0.000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1658  extracellular solute-binding protein  24.12 
 
 		 449 aa  55.1  0.000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.521221  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5638  extracellular solute-binding protein family 1  24.8 
 
 		 443 aa  54.3  0.000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2144  sugar-binding periplasmic signal peptide protein  23.93 
 
 		 441 aa  54.3  0.000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000125903  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0158  extracellular solute-binding protein family 1  24.79 
 
 		 435 aa  53.9  0.000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.317406 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2244  extracellular solute-binding protein family 1  22.42 
 
 		 440 aa  53.1  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0958946 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15281  ABC transporter for sugars, solute-binding protein  20.61 
 
 		 422 aa  53.1  0.00001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.493249 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2286  extracellular solute-binding protein family 1  23.69 
 
 		 484 aa  52.8  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.322369 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7822  putative ABC-type sugar transport system, periplasmic component  27.7 
 
 		 486 aa  52.8  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0048  extracellular solute-binding protein  23.61 
 
 		 513 aa  52.8  0.00002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3854  extracellular solute-binding protein  22.8 
 
 		 439 aa  52  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2229  extracellular solute-binding protein  26.7 
 
 		 580 aa  51.6  0.00003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0301867  normal  0.190368 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6371  extracellular solute-binding protein  24.01 
 
 		 443 aa  51.2  0.00004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.970426 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0970  extracellular solute-binding protein  23.38 
 
 		 411 aa  50.8  0.00005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000309876  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0954  extracellular solute-binding protein  23.38 
 
 		 411 aa  50.8  0.00005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6090  extracellular solute-binding protein family 1  23.49 
 
 		 425 aa  50.8  0.00006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0699  extracellular solute-binding protein  22.34 
 
 		 443 aa  50.4  0.00007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0974  extracellular solute-binding protein family 1  29.66 
 
 		 435 aa  50.1  0.00008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.606433  normal  0.163223 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1552  extracellular solute-binding protein  22.86 
 
 		 391 aa  50.1  0.00008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000398035  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0375  extracellular solute-binding protein  25.63 
 
 		 574 aa  50.1  0.00009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.812044  normal  0.244045 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2204  extracellular solute-binding protein  26.44 
 
 		 579 aa  49.7  0.0001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2902  extracellular solute-binding protein  24.84 
 
 		 439 aa  49.7  0.0001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.489617 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>