79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_1134 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_1134  cytochrome c, class II  100 
 
 
149 aa  305  1e-82  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  2.45313e-08  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1135  cytochrome c, class II  99.33 
 
 
149 aa  303  7e-82  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  3.23618e-09  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1205  cytochrome c, class II  99.33 
 
 
149 aa  303  7e-82  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  3.42907e-07  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3420  cytochrome c'  93.96 
 
 
149 aa  288  1e-77  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3090  cytochrome c prime  93.96 
 
 
149 aa  288  2e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  6.89857e-09  normal  0.0144373 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1223  cytochrome c, class II  93.96 
 
 
149 aa  288  2e-77  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  3.08946e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1267  cytochrome c class II  93.29 
 
 
149 aa  286  8e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  3.08815e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1300  cytochrome c prime  93.29 
 
 
149 aa  285  1e-76  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  5.71925e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2738  cytochrome c, class II  89.26 
 
 
149 aa  273  5e-73  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  2.39572e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1062  cytochrome c class II  71.24 
 
 
153 aa  216  7e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.251364  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2910  cytochrome c, class II  71.81 
 
 
149 aa  214  3e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.963403  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1075  cytochrome c, class II  76.34 
 
 
153 aa  209  8e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  8.70281e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1171  cytochrome c, class II  63.09 
 
 
153 aa  205  2e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0901  cytochrome c, class II  67.79 
 
 
147 aa  198  2e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.502133 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1266  cytochrome c prime  66.21 
 
 
153 aa  195  2e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00355907 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2744  cytochrome c, class II  67.11 
 
 
149 aa  189  1e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0462  cytochrome c'  47.18 
 
 
155 aa  132  1e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3537  cytochrome c prime  45.03 
 
 
150 aa  123  7e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0147332 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1989  cytochrome c, class II  39.22 
 
 
155 aa  104  4e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.13994  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1340  cytochrome c prime  40.97 
 
 
150 aa  103  1e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  hitchhiker  1.94758e-08 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0600  cytochrome c, class II  38.67 
 
 
150 aa  99.4  1e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0474  cytochrome c, class II  40.67 
 
 
150 aa  96.3  1e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.731529  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1325  cytochrome c, class II  37.66 
 
 
151 aa  96.3  1e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0216  cytochrome c, class II  35.43 
 
 
151 aa  91.3  4e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.322979 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0291  cytochrome c, class II  41.35 
 
 
153 aa  90.9  5e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  2.94803e-06 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0286  cytochrome c prime  40.6 
 
 
153 aa  89.4  2e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0933227  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2799  cytochrome c'  37.18 
 
 
159 aa  87.8  4e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.340153  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0269  cytochrome c, class II  35.71 
 
 
151 aa  86.7  1e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0404  cytochrome c prime  34.53 
 
 
136 aa  85.5  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1277  cytochrome c, class II  37.98 
 
 
151 aa  82  2e-15  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.593485  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1123  cytochrome c prime  35.25 
 
 
155 aa  79.3  2e-14  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000239105  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3135  cytochrome c prime  33.6 
 
 
172 aa  75.1  3e-13  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02251  cytochrome c  28.39 
 
 
170 aa  73.6  8e-13  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.536111  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1106  cytochrome c, class II  31.47 
 
 
152 aa  70.9  6e-12  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00108735  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2695  cytochrome c class II  32.69 
 
 
146 aa  68.9  2e-11  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.618119  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1225  cytochrome c prime  30.77 
 
 
155 aa  68.6  3e-11  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.239177 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1427  cytochrome c, class II  32.62 
 
 
153 aa  67.4  6e-11  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.466816  normal  0.0348813 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2396  cytochrome c, class II  34.21 
 
 
149 aa  67.4  7e-11  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  hitchhiker  0.00865436  normal  0.433653 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2785  cytochrome c-554  32.62 
 
 
153 aa  67  8e-11  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.336484  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2126  cytochrome c, class II  36.59 
 
 
149 aa  65.5  3e-10  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4700  cytochrome c, class II  31.58 
 
 
151 aa  65.5  3e-10  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.311415  normal  0.313773 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0474  cytochrome c'  35.77 
 
 
149 aa  62.8  1e-09  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0495  cytochrome c prime  28.8 
 
 
148 aa  62.4  2e-09  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3283  cytochrome c, class II  30.46 
 
 
152 aa  62.4  2e-09  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00438456  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4843  cytochrome c, class II  28.8 
 
 
152 aa  62.8  2e-09  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.250644  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4970  cytochrome c', putative  28.8 
 
 
155 aa  61.2  5e-09  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.151016  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3015  cytochrome c, class II  28.57 
 
 
154 aa  60.1  1e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.628177  normal  0.504757 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2544  cytochrome c, class II  31.75 
 
 
159 aa  58.9  2e-08  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2868  cytochrome c  35.14 
 
 
159 aa  58.9  2e-08  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5019  cytochrome c'  28 
 
 
152 aa  58.5  3e-08  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1236  cytochrome C-556  30.91 
 
 
157 aa  55.5  2e-07  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0590  cytochrome c class II  30.77 
 
 
148 aa  55.1  4e-07  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1043  cytochrome c, class II  31.91 
 
 
153 aa  54.7  5e-07  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1455  cytochrome c, class II  24.14 
 
 
153 aa  54.3  6e-07  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5272  cytochrome c, class II  22.82 
 
 
149 aa  53.5  8e-07  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.400589  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1163  cytochrome c, class II  27.08 
 
 
149 aa  53.5  8e-07  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.678207  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1296  Cytochrome c556-like protein  25 
 
 
154 aa  53.5  9e-07  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.618676  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0112  cytochrome c prime  33.33 
 
 
144 aa  53.5  1e-06  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.277441 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0242  cytochrome c, class II  32.43 
 
 
156 aa  52.4  2e-06  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00183316  normal  0.94125 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4420  cytochrome c, class II  22.4 
 
 
154 aa  52  3e-06  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4122  hypothetical protein  26.67 
 
 
169 aa  51.2  5e-06  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.22167  normal  0.119493 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0451  cytochrome c556-like protein  23.2 
 
 
148 aa  50.8  6e-06  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.870649  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2023  cytochrome c prime  25.83 
 
 
152 aa  50.4  9e-06  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0972  cytochrome c prime  32.11 
 
 
146 aa  50.1  1e-05  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49090  Cytochrome C, class II  28.35 
 
 
151 aa  48.9  2e-05  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.472535  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0107  cytochrome c prime  28.67 
 
 
150 aa  48.9  2e-05  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1614  cytochrome c, class II  28.29 
 
 
149 aa  48.5  3e-05  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.290263  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07030  putative cytochrome c'  27.2 
 
 
152 aa  48.1  4e-05  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0408  cytochrome c, class II  31.37 
 
 
148 aa  47.4  7e-05  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.0156942 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1785  cytochrome c prime  28.57 
 
 
151 aa  47.4  7e-05  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.849922  normal  0.0128632 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0644  putative lipoprotein  26.4 
 
 
152 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.773212  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2229  cytochrome c, class II  29.25 
 
 
156 aa  45.8  0.0002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0041  cytochrome c, class II  23.77 
 
 
151 aa  44.7  0.0004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.417622  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1625  cytochrome c, class II  26.49 
 
 
149 aa  43.5  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.574438  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5606  cytochrome c, class II  26.98 
 
 
149 aa  42  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.325565 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0850  cytochrome c prime  29.03 
 
 
146 aa  42.7  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.990375 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1440  cytochrome c, class II  26.61 
 
 
150 aa  41.2  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.675106  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2256  cytochrome c, class II  29.75 
 
 
147 aa  40  0.01  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.335708  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2557  cytochrome c prime  27.15 
 
 
146 aa  40  0.01  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.524451  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>